# TARGET T0381 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 840 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.114 0.065 0.004 0.018 0.004 0.014 0.781 3 A 0.092 0.017 0.011 0.033 0.157 0.051 0.639 4 T 0.082 0.019 0.014 0.048 0.138 0.049 0.649 5 E 0.066 0.021 0.023 0.082 0.172 0.049 0.586 6 P 0.026 0.010 0.026 0.085 0.109 0.065 0.678 7 T 0.016 0.019 0.045 0.090 0.126 0.086 0.618 8 E 0.011 0.007 0.133 0.166 0.157 0.287 0.240 9 K 0.007 0.011 0.181 0.156 0.110 0.267 0.268 10 I 0.006 0.022 0.180 0.131 0.172 0.144 0.345 11 L 0.006 0.010 0.117 0.119 0.207 0.231 0.310 12 P 0.005 0.008 0.094 0.151 0.166 0.259 0.317 13 S 0.004 0.009 0.062 0.146 0.236 0.152 0.392 14 P 0.003 0.005 0.066 0.288 0.154 0.221 0.264 15 D 0.003 0.005 0.062 0.347 0.108 0.300 0.174 16 Y 0.003 0.005 0.041 0.584 0.089 0.142 0.135 17 V 0.004 0.005 0.009 0.818 0.038 0.026 0.101 18 Q 0.002 0.002 0.007 0.906 0.015 0.017 0.051 19 S 0.001 0.001 0.002 0.974 0.005 0.006 0.011 20 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.003 21 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 27 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 28 R 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.018 0.001 29 C 0.001 0.001 0.010 0.944 0.004 0.037 0.004 30 F 0.002 0.006 0.026 0.891 0.009 0.055 0.011 31 D 0.004 0.006 0.030 0.704 0.039 0.184 0.033 32 H 0.003 0.002 0.023 0.480 0.075 0.331 0.085 33 R 0.003 0.005 0.022 0.225 0.207 0.167 0.371 34 N 0.006 0.009 0.038 0.055 0.313 0.198 0.382 35 Q 0.020 0.005 0.040 0.047 0.316 0.222 0.349 36 R 0.046 0.025 0.033 0.039 0.171 0.179 0.507 37 R 0.053 0.031 0.005 0.020 0.293 0.030 0.568 38 T 0.046 0.055 0.001 0.037 0.104 0.010 0.746 39 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.002 0.003 0.002 40 S 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.002 0.001 41 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 45 A 0.001 0.001 0.002 0.942 0.002 0.053 0.001 46 T 0.001 0.001 0.003 0.462 0.028 0.497 0.009 47 D 0.001 0.001 0.001 0.022 0.121 0.692 0.161 48 L 0.001 0.008 0.001 0.003 0.245 0.011 0.732 49 T 0.003 0.006 0.001 0.004 0.093 0.005 0.889 50 R 0.001 0.001 0.131 0.757 0.049 0.041 0.021 51 A 0.001 0.001 0.069 0.871 0.020 0.027 0.012 52 T 0.001 0.001 0.050 0.921 0.004 0.016 0.008 53 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.003 0.004 54 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 61 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 62 E 0.001 0.001 0.006 0.899 0.005 0.087 0.002 63 L 0.001 0.001 0.004 0.205 0.006 0.784 0.001 64 G 0.001 0.001 0.003 0.015 0.020 0.943 0.018 65 Y 0.163 0.011 0.008 0.019 0.060 0.044 0.696 66 V 0.817 0.019 0.007 0.014 0.017 0.008 0.118 67 A 0.832 0.007 0.010 0.013 0.021 0.011 0.106 68 T 0.741 0.011 0.006 0.015 0.044 0.031 0.153 69 D 0.432 0.006 0.006 0.005 0.115 0.055 0.381 70 G 0.056 0.003 0.036 0.005 0.240 0.567 0.094 71 S 0.017 0.001 0.034 0.003 0.141 0.762 0.041 72 A 0.273 0.014 0.062 0.006 0.186 0.218 0.242 73 F 0.637 0.030 0.006 0.004 0.045 0.021 0.257 74 W 0.605 0.045 0.004 0.005 0.043 0.014 0.284 75 L 0.490 0.046 0.003 0.017 0.087 0.020 0.337 76 T 0.144 0.006 0.002 0.056 0.137 0.025 0.631 77 P 0.002 0.001 0.033 0.910 0.014 0.035 0.006 78 R 0.002 0.001 0.031 0.934 0.006 0.022 0.005 79 V 0.002 0.001 0.029 0.955 0.002 0.009 0.002 80 L 0.003 0.001 0.009 0.976 0.002 0.005 0.004 81 E 0.004 0.001 0.008 0.955 0.003 0.023 0.005 82 L 0.003 0.001 0.011 0.924 0.006 0.048 0.007 83 G 0.002 0.001 0.010 0.925 0.011 0.040 0.011 84 Y 0.002 0.001 0.021 0.922 0.012 0.031 0.012 85 S 0.001 0.001 0.025 0.907 0.014 0.040 0.012 86 Y 0.002 0.001 0.031 0.879 0.017 0.052 0.019 87 L 0.003 0.004 0.073 0.724 0.033 0.124 0.039 88 S 0.003 0.001 0.095 0.439 0.035 0.390 0.038 89 S 0.002 0.002 0.082 0.303 0.064 0.460 0.087 90 L 0.005 0.010 0.041 0.212 0.279 0.197 0.257 91 S 0.014 0.021 0.028 0.117 0.143 0.185 0.492 92 L 0.005 0.007 0.133 0.626 0.055 0.064 0.109 93 P 0.004 0.002 0.104 0.787 0.024 0.028 0.051 94 E 0.004 0.001 0.101 0.802 0.014 0.058 0.020 95 V 0.003 0.002 0.078 0.801 0.007 0.091 0.018 96 A 0.003 0.003 0.021 0.844 0.026 0.072 0.031 97 Q 0.002 0.001 0.009 0.918 0.016 0.027 0.028 98 P 0.001 0.001 0.004 0.976 0.005 0.008 0.005 99 H 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.008 0.002 100 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.002 104 S 0.001 0.001 0.004 0.972 0.003 0.018 0.003 105 H 0.001 0.001 0.009 0.865 0.007 0.112 0.006 106 K 0.001 0.001 0.011 0.723 0.016 0.234 0.015 107 V 0.003 0.006 0.008 0.357 0.134 0.348 0.144 108 H 0.010 0.002 0.005 0.020 0.218 0.346 0.398 109 E 0.082 0.006 0.010 0.010 0.410 0.040 0.441 110 S 0.542 0.022 0.010 0.008 0.093 0.013 0.313 111 S 0.856 0.005 0.006 0.004 0.013 0.006 0.110 112 S 0.948 0.002 0.005 0.003 0.007 0.003 0.032 113 V 0.944 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.041 114 S 0.937 0.001 0.004 0.004 0.007 0.003 0.044 115 I 0.932 0.006 0.003 0.005 0.008 0.005 0.042 116 L 0.782 0.007 0.009 0.008 0.023 0.034 0.137 117 D 0.324 0.005 0.027 0.007 0.135 0.377 0.125 118 G 0.033 0.001 0.017 0.001 0.124 0.798 0.026 119 A 0.082 0.002 0.011 0.001 0.237 0.571 0.096 120 D 0.616 0.005 0.002 0.001 0.123 0.030 0.223 121 I 0.944 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.047 122 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 123 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 124 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 125 A 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.031 126 R 0.882 0.005 0.002 0.001 0.014 0.003 0.094 127 V 0.751 0.017 0.003 0.001 0.055 0.009 0.164 128 P 0.425 0.012 0.008 0.002 0.153 0.034 0.366 129 V 0.156 0.021 0.014 0.004 0.244 0.093 0.467 130 S 0.080 0.017 0.027 0.004 0.364 0.186 0.322 131 R 0.090 0.009 0.023 0.005 0.489 0.078 0.306 132 I 0.275 0.015 0.018 0.005 0.146 0.048 0.493 133 M 0.576 0.013 0.008 0.004 0.080 0.021 0.297 134 T 0.808 0.017 0.005 0.004 0.026 0.009 0.131 135 V 0.831 0.016 0.003 0.004 0.015 0.005 0.126 136 G 0.759 0.013 0.003 0.003 0.035 0.007 0.180 137 I 0.583 0.024 0.005 0.005 0.058 0.012 0.312 138 T 0.391 0.021 0.011 0.005 0.078 0.057 0.437 139 I 0.202 0.015 0.029 0.012 0.157 0.346 0.239 140 G 0.081 0.009 0.032 0.012 0.313 0.328 0.224 141 T 0.120 0.010 0.019 0.020 0.403 0.109 0.318 142 R 0.338 0.065 0.013 0.034 0.136 0.059 0.355 143 L 0.371 0.046 0.007 0.060 0.107 0.020 0.390 144 P 0.257 0.020 0.017 0.138 0.076 0.034 0.458 145 A 0.204 0.014 0.065 0.369 0.077 0.120 0.152 146 Y 0.113 0.015 0.089 0.442 0.069 0.130 0.141 147 A 0.038 0.007 0.079 0.520 0.096 0.072 0.188 148 T 0.024 0.006 0.035 0.618 0.099 0.090 0.129 149 S 0.008 0.008 0.016 0.754 0.037 0.100 0.076 150 M 0.004 0.002 0.012 0.815 0.018 0.117 0.030 151 G 0.005 0.002 0.009 0.807 0.027 0.118 0.032 152 R 0.013 0.002 0.009 0.881 0.042 0.014 0.038 153 V 0.010 0.001 0.016 0.934 0.012 0.008 0.020 154 L 0.003 0.001 0.047 0.909 0.009 0.022 0.010 155 L 0.002 0.001 0.274 0.593 0.007 0.105 0.016 156 A 0.002 0.001 0.193 0.231 0.013 0.552 0.009 157 G 0.001 0.002 0.122 0.088 0.031 0.722 0.034 158 L 0.001 0.008 0.005 0.008 0.458 0.014 0.506 159 P 0.001 0.002 0.001 0.004 0.033 0.002 0.956 160 D 0.001 0.001 0.053 0.868 0.014 0.040 0.024 161 D 0.001 0.001 0.034 0.925 0.008 0.022 0.010 162 E 0.001 0.001 0.021 0.956 0.005 0.010 0.007 163 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.004 0.006 0.004 164 D 0.002 0.001 0.003 0.966 0.004 0.017 0.008 165 A 0.001 0.001 0.005 0.947 0.004 0.036 0.006 166 Y 0.001 0.001 0.007 0.920 0.015 0.036 0.020 167 L 0.002 0.002 0.023 0.872 0.018 0.057 0.027 168 E 0.001 0.001 0.033 0.707 0.018 0.221 0.019 169 K 0.001 0.002 0.044 0.552 0.046 0.293 0.061 170 L 0.004 0.008 0.058 0.307 0.177 0.229 0.218 171 D 0.007 0.011 0.073 0.118 0.105 0.342 0.344 172 I 0.008 0.021 0.113 0.092 0.127 0.111 0.527 173 Q 0.014 0.016 0.164 0.081 0.133 0.093 0.499 174 R 0.020 0.013 0.141 0.080 0.164 0.215 0.367 175 L 0.016 0.028 0.075 0.062 0.198 0.114 0.509 176 T 0.010 0.029 0.032 0.019 0.206 0.041 0.662 177 E 0.008 0.010 0.096 0.052 0.174 0.416 0.245 178 R 0.009 0.011 0.109 0.038 0.212 0.391 0.230 179 T 0.020 0.037 0.061 0.037 0.219 0.076 0.550 180 I 0.031 0.028 0.054 0.077 0.168 0.130 0.512 181 T 0.031 0.048 0.032 0.059 0.279 0.089 0.461 182 A 0.013 0.033 0.007 0.075 0.177 0.020 0.673 183 R 0.001 0.001 0.018 0.937 0.010 0.015 0.019 184 D 0.001 0.001 0.011 0.954 0.007 0.021 0.007 185 E 0.001 0.001 0.009 0.964 0.003 0.018 0.005 186 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.005 0.006 187 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 188 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.003 189 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.003 190 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.003 191 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.011 0.002 192 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.013 0.004 193 V 0.001 0.001 0.001 0.972 0.007 0.008 0.010 194 R 0.002 0.001 0.005 0.961 0.005 0.017 0.008 195 A 0.002 0.001 0.007 0.881 0.008 0.094 0.007 196 D 0.001 0.001 0.003 0.454 0.020 0.512 0.010 197 G 0.009 0.001 0.003 0.096 0.139 0.597 0.154 198 I 0.096 0.022 0.006 0.037 0.136 0.044 0.659 199 C 0.445 0.072 0.011 0.026 0.079 0.021 0.346 200 V 0.389 0.038 0.016 0.029 0.123 0.036 0.369 201 L 0.262 0.020 0.012 0.033 0.096 0.035 0.542 202 D 0.068 0.005 0.167 0.296 0.087 0.265 0.113 203 Q 0.034 0.003 0.201 0.293 0.098 0.304 0.068 204 E 0.069 0.007 0.198 0.356 0.084 0.181 0.106 205 L 0.118 0.032 0.114 0.310 0.091 0.112 0.224 206 E 0.155 0.020 0.093 0.164 0.129 0.122 0.317 207 A 0.045 0.008 0.082 0.080 0.152 0.559 0.075 208 G 0.071 0.004 0.038 0.019 0.130 0.635 0.103 209 L 0.476 0.011 0.008 0.006 0.079 0.023 0.397 210 R 0.813 0.005 0.003 0.003 0.043 0.006 0.126 211 S 0.946 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.037 212 M 0.964 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.025 213 A 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 214 A 0.880 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.107 215 P 0.827 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.150 216 I 0.770 0.006 0.001 0.001 0.028 0.004 0.190 217 R 0.701 0.093 0.002 0.001 0.054 0.009 0.140 218 G 0.163 0.013 0.006 0.001 0.035 0.026 0.756 219 A 0.020 0.003 0.014 0.001 0.128 0.759 0.074 220 S 0.007 0.003 0.010 0.001 0.152 0.806 0.020 221 G 0.025 0.002 0.003 0.001 0.740 0.113 0.118 222 L 0.201 0.018 0.001 0.001 0.108 0.016 0.656 223 T 0.804 0.024 0.001 0.001 0.011 0.001 0.160 224 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.030 225 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 226 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 227 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 228 N 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 229 I 0.843 0.003 0.002 0.002 0.021 0.004 0.125 230 S 0.584 0.007 0.007 0.005 0.110 0.017 0.271 231 T 0.242 0.028 0.031 0.022 0.254 0.052 0.370 232 P 0.140 0.030 0.078 0.052 0.163 0.103 0.435 233 A 0.068 0.012 0.228 0.066 0.122 0.202 0.302 234 A 0.065 0.007 0.193 0.072 0.187 0.265 0.212 235 R 0.066 0.014 0.134 0.076 0.210 0.223 0.277 236 Y 0.042 0.040 0.017 0.031 0.337 0.036 0.498 237 S 0.011 0.009 0.003 0.013 0.096 0.012 0.855 238 L 0.001 0.001 0.117 0.717 0.041 0.090 0.033 239 E 0.001 0.001 0.129 0.752 0.027 0.073 0.017 240 D 0.001 0.001 0.197 0.695 0.020 0.062 0.024 241 L 0.001 0.002 0.085 0.813 0.017 0.053 0.029 242 H 0.001 0.001 0.070 0.795 0.020 0.090 0.022 243 S 0.002 0.001 0.057 0.709 0.019 0.186 0.026 244 D 0.001 0.003 0.036 0.691 0.033 0.154 0.082 245 L 0.001 0.004 0.009 0.764 0.057 0.047 0.118 246 I 0.001 0.001 0.005 0.916 0.018 0.027 0.033 247 P 0.001 0.001 0.002 0.976 0.005 0.009 0.008 248 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.003 249 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 251 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 252 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 253 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 254 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 255 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.005 256 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.004 0.004 257 E 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.017 0.004 258 Q 0.001 0.001 0.002 0.933 0.004 0.052 0.008 259 D 0.001 0.001 0.005 0.813 0.009 0.159 0.013 260 L 0.001 0.001 0.006 0.283 0.049 0.612 0.049 261 A 0.003 0.004 0.014 0.094 0.147 0.353 0.386 262 T 0.008 0.020 0.015 0.049 0.252 0.035 0.620 263 V 0.026 0.025 0.021 0.060 0.190 0.053 0.624 264 N 0.007 0.007 0.007 0.019 0.004 0.042 0.914 265 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998