# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.003 0.002 0.014 0.053 0.922 2 T 0.029 0.012 0.008 0.027 0.151 0.773 3 A 0.014 0.008 0.078 0.077 0.288 0.534 4 T 0.022 0.014 0.084 0.069 0.340 0.470 5 E 0.020 0.010 0.071 0.058 0.391 0.449 6 P 0.009 0.012 0.064 0.081 0.267 0.568 7 T 0.009 0.022 0.138 0.113 0.351 0.366 8 E 0.006 0.005 0.429 0.143 0.289 0.128 9 K 0.010 0.006 0.327 0.151 0.339 0.166 10 I 0.019 0.028 0.184 0.109 0.382 0.278 11 L 0.012 0.017 0.025 0.040 0.340 0.566 12 P 0.008 0.020 0.013 0.024 0.269 0.666 13 S 0.004 0.007 0.006 0.008 0.278 0.696 14 P 0.005 0.007 0.079 0.144 0.380 0.384 15 D 0.009 0.008 0.109 0.333 0.273 0.268 16 Y 0.006 0.004 0.086 0.734 0.095 0.075 17 V 0.008 0.002 0.014 0.863 0.041 0.072 18 Q 0.007 0.004 0.011 0.905 0.028 0.045 19 S 0.007 0.002 0.011 0.937 0.018 0.024 20 L 0.001 0.001 0.010 0.977 0.007 0.005 21 A 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.002 22 R 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 23 G 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 24 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 25 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 26 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 27 I 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 28 R 0.001 0.001 0.009 0.984 0.005 0.001 29 C 0.002 0.001 0.010 0.971 0.007 0.010 30 F 0.006 0.003 0.021 0.767 0.046 0.156 31 D 0.011 0.009 0.050 0.478 0.168 0.285 32 H 0.015 0.006 0.080 0.338 0.356 0.205 33 R 0.008 0.006 0.100 0.338 0.354 0.194 34 N 0.008 0.003 0.087 0.084 0.573 0.244 35 Q 0.014 0.002 0.046 0.026 0.549 0.364 36 R 0.102 0.024 0.020 0.022 0.251 0.581 37 R 0.165 0.069 0.004 0.015 0.146 0.601 38 T 0.065 0.032 0.001 0.015 0.048 0.838 39 L 0.001 0.001 0.011 0.979 0.004 0.005 40 S 0.001 0.001 0.008 0.986 0.003 0.002 41 D 0.001 0.001 0.009 0.982 0.007 0.002 42 V 0.001 0.001 0.007 0.986 0.004 0.002 43 A 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 44 R 0.001 0.001 0.008 0.983 0.006 0.003 45 A 0.001 0.001 0.009 0.957 0.018 0.016 46 T 0.001 0.002 0.013 0.829 0.051 0.104 47 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.080 0.912 48 L 0.004 0.012 0.003 0.007 0.123 0.851 49 T 0.005 0.006 0.001 0.009 0.092 0.887 50 R 0.001 0.001 0.015 0.881 0.042 0.059 51 A 0.001 0.001 0.009 0.956 0.020 0.014 52 T 0.001 0.001 0.007 0.976 0.010 0.006 53 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 54 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 55 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 59 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 61 V 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.001 62 E 0.001 0.001 0.007 0.984 0.007 0.001 63 L 0.001 0.001 0.007 0.951 0.015 0.025 64 G 0.011 0.001 0.009 0.065 0.099 0.815 65 Y 0.234 0.019 0.028 0.056 0.133 0.529 66 V 0.823 0.008 0.017 0.022 0.055 0.076 67 A 0.896 0.008 0.006 0.011 0.029 0.050 68 T 0.835 0.012 0.007 0.008 0.098 0.040 69 D 0.246 0.010 0.008 0.005 0.676 0.055 70 G 0.020 0.002 0.018 0.004 0.911 0.046 71 S 0.056 0.009 0.015 0.002 0.869 0.049 72 A 0.395 0.041 0.019 0.005 0.371 0.169 73 F 0.636 0.046 0.011 0.009 0.094 0.203 74 W 0.625 0.046 0.008 0.012 0.095 0.215 75 L 0.297 0.037 0.005 0.038 0.124 0.500 76 T 0.067 0.009 0.002 0.061 0.105 0.756 77 P 0.004 0.001 0.006 0.946 0.022 0.021 78 R 0.004 0.001 0.008 0.967 0.013 0.007 79 V 0.005 0.001 0.012 0.972 0.008 0.003 80 L 0.014 0.001 0.011 0.962 0.008 0.004 81 E 0.009 0.001 0.011 0.966 0.009 0.005 82 L 0.006 0.001 0.007 0.971 0.009 0.007 83 G 0.005 0.001 0.007 0.959 0.013 0.016 84 Y 0.003 0.001 0.024 0.949 0.016 0.008 85 S 0.003 0.001 0.041 0.912 0.032 0.012 86 Y 0.003 0.002 0.046 0.879 0.043 0.026 87 L 0.004 0.005 0.071 0.790 0.094 0.037 88 S 0.004 0.002 0.085 0.655 0.177 0.077 89 S 0.004 0.003 0.072 0.537 0.225 0.159 90 L 0.007 0.007 0.038 0.327 0.284 0.338 91 S 0.008 0.015 0.020 0.157 0.215 0.587 92 L 0.004 0.004 0.090 0.592 0.128 0.182 93 P 0.006 0.003 0.237 0.574 0.095 0.086 94 E 0.005 0.003 0.408 0.459 0.091 0.034 95 V 0.005 0.004 0.342 0.517 0.085 0.047 96 A 0.007 0.005 0.058 0.768 0.081 0.080 97 Q 0.005 0.004 0.030 0.752 0.097 0.113 98 P 0.001 0.001 0.026 0.877 0.061 0.035 99 H 0.001 0.001 0.028 0.940 0.025 0.006 100 L 0.001 0.001 0.014 0.971 0.012 0.003 101 E 0.001 0.001 0.010 0.980 0.007 0.002 102 K 0.001 0.001 0.008 0.975 0.013 0.003 103 L 0.001 0.001 0.009 0.973 0.013 0.004 104 S 0.001 0.001 0.017 0.964 0.014 0.004 105 H 0.001 0.001 0.031 0.930 0.030 0.008 106 K 0.005 0.002 0.031 0.783 0.093 0.086 107 V 0.019 0.006 0.019 0.498 0.208 0.250 108 H 0.043 0.003 0.011 0.035 0.352 0.556 109 E 0.228 0.009 0.023 0.053 0.305 0.383 110 S 0.619 0.007 0.011 0.025 0.145 0.192 111 S 0.810 0.003 0.006 0.023 0.053 0.105 112 S 0.918 0.002 0.002 0.014 0.015 0.050 113 V 0.954 0.001 0.002 0.011 0.008 0.025 114 S 0.972 0.001 0.001 0.007 0.005 0.015 115 I 0.977 0.001 0.001 0.003 0.005 0.014 116 L 0.941 0.004 0.001 0.003 0.036 0.016 117 D 0.488 0.006 0.007 0.005 0.464 0.029 118 G 0.068 0.003 0.008 0.001 0.883 0.039 119 A 0.062 0.001 0.006 0.001 0.895 0.035 120 D 0.684 0.007 0.001 0.001 0.215 0.093 121 I 0.975 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 122 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 123 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 124 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 125 A 0.964 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 126 R 0.850 0.001 0.001 0.002 0.025 0.122 127 V 0.604 0.011 0.002 0.002 0.062 0.318 128 P 0.420 0.014 0.009 0.006 0.187 0.364 129 V 0.189 0.011 0.077 0.018 0.389 0.317 130 S 0.141 0.007 0.097 0.018 0.483 0.255 131 R 0.205 0.010 0.120 0.024 0.467 0.175 132 I 0.380 0.010 0.037 0.021 0.250 0.301 133 M 0.677 0.013 0.019 0.018 0.101 0.172 134 T 0.732 0.018 0.010 0.014 0.080 0.145 135 V 0.747 0.014 0.007 0.015 0.062 0.154 136 G 0.637 0.017 0.006 0.011 0.090 0.237 137 I 0.461 0.029 0.007 0.010 0.115 0.378 138 T 0.265 0.028 0.012 0.011 0.492 0.192 139 I 0.132 0.015 0.018 0.028 0.643 0.163 140 G 0.051 0.009 0.024 0.031 0.734 0.151 141 T 0.265 0.047 0.022 0.039 0.469 0.157 142 R 0.246 0.069 0.021 0.071 0.189 0.403 143 L 0.216 0.047 0.017 0.081 0.226 0.412 144 P 0.110 0.011 0.032 0.122 0.266 0.460 145 A 0.088 0.013 0.119 0.283 0.284 0.212 146 Y 0.077 0.008 0.186 0.352 0.254 0.123 147 A 0.057 0.006 0.153 0.527 0.172 0.084 148 T 0.026 0.013 0.056 0.682 0.105 0.118 149 S 0.008 0.003 0.023 0.911 0.034 0.021 150 M 0.005 0.001 0.008 0.947 0.023 0.016 151 G 0.006 0.001 0.005 0.950 0.024 0.013 152 R 0.006 0.002 0.005 0.969 0.012 0.006 153 V 0.005 0.001 0.011 0.970 0.011 0.002 154 L 0.004 0.001 0.015 0.971 0.008 0.001 155 L 0.003 0.001 0.040 0.934 0.021 0.001 156 A 0.005 0.001 0.030 0.914 0.042 0.008 157 G 0.004 0.002 0.032 0.415 0.178 0.369 158 L 0.003 0.015 0.002 0.018 0.173 0.789 159 P 0.002 0.003 0.001 0.015 0.052 0.928 160 D 0.001 0.001 0.028 0.942 0.018 0.011 161 D 0.001 0.001 0.026 0.965 0.008 0.001 162 E 0.001 0.001 0.020 0.976 0.004 0.001 163 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 164 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 165 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 166 Y 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 167 L 0.001 0.001 0.012 0.973 0.012 0.002 168 E 0.001 0.001 0.022 0.943 0.024 0.010 169 K 0.002 0.001 0.025 0.834 0.048 0.091 170 L 0.005 0.004 0.027 0.573 0.111 0.281 171 D 0.016 0.004 0.021 0.175 0.167 0.617 172 I 0.073 0.010 0.112 0.278 0.201 0.326 173 Q 0.102 0.008 0.159 0.312 0.211 0.207 174 R 0.139 0.013 0.141 0.313 0.192 0.203 175 L 0.174 0.026 0.056 0.192 0.205 0.349 176 T 0.150 0.021 0.035 0.125 0.405 0.264 177 E 0.059 0.006 0.056 0.199 0.470 0.211 178 R 0.066 0.012 0.062 0.115 0.529 0.216 179 T 0.122 0.023 0.041 0.095 0.481 0.239 180 I 0.114 0.031 0.042 0.132 0.252 0.430 181 T 0.100 0.048 0.015 0.077 0.225 0.534 182 A 0.036 0.013 0.006 0.127 0.147 0.671 183 R 0.001 0.001 0.007 0.963 0.012 0.017 184 D 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 185 E 0.001 0.001 0.006 0.991 0.003 0.001 186 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 189 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 190 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 191 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.008 0.002 192 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.016 0.005 193 V 0.001 0.001 0.006 0.956 0.023 0.012 194 R 0.002 0.001 0.009 0.953 0.030 0.005 195 A 0.002 0.001 0.007 0.941 0.040 0.008 196 D 0.003 0.001 0.008 0.782 0.106 0.101 197 G 0.023 0.002 0.020 0.187 0.299 0.468 198 I 0.233 0.018 0.023 0.056 0.180 0.491 199 C 0.614 0.020 0.035 0.059 0.107 0.164 200 V 0.593 0.020 0.024 0.065 0.091 0.207 201 L 0.441 0.013 0.020 0.082 0.123 0.322 202 D 0.163 0.006 0.091 0.307 0.205 0.229 203 Q 0.059 0.002 0.179 0.590 0.125 0.044 204 E 0.120 0.011 0.197 0.540 0.100 0.032 205 L 0.122 0.014 0.102 0.612 0.095 0.055 206 E 0.139 0.009 0.075 0.541 0.168 0.068 207 A 0.076 0.002 0.081 0.518 0.226 0.097 208 G 0.210 0.010 0.046 0.135 0.353 0.246 209 L 0.474 0.006 0.013 0.042 0.274 0.191 210 R 0.701 0.003 0.011 0.017 0.089 0.179 211 S 0.969 0.002 0.001 0.003 0.007 0.019 212 M 0.984 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 213 A 0.981 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 214 A 0.944 0.001 0.001 0.002 0.011 0.040 215 P 0.834 0.002 0.003 0.001 0.040 0.119 216 I 0.703 0.011 0.007 0.002 0.096 0.182 217 R 0.341 0.074 0.011 0.002 0.220 0.352 218 G 0.069 0.019 0.016 0.004 0.811 0.082 219 A 0.013 0.005 0.050 0.007 0.885 0.040 220 S 0.006 0.001 0.045 0.011 0.889 0.049 221 G 0.037 0.010 0.011 0.002 0.822 0.118 222 L 0.256 0.012 0.002 0.002 0.155 0.573 223 T 0.804 0.012 0.001 0.001 0.034 0.148 224 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 225 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 226 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 227 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 228 N 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 229 I 0.934 0.002 0.001 0.004 0.013 0.046 230 S 0.538 0.012 0.005 0.015 0.111 0.319 231 T 0.220 0.012 0.009 0.012 0.230 0.517 232 P 0.094 0.012 0.045 0.035 0.360 0.453 233 A 0.039 0.007 0.354 0.069 0.389 0.142 234 A 0.051 0.007 0.403 0.074 0.343 0.121 235 R 0.074 0.019 0.298 0.105 0.304 0.201 236 Y 0.073 0.042 0.031 0.065 0.276 0.513 237 S 0.049 0.024 0.008 0.043 0.173 0.704 238 L 0.002 0.001 0.088 0.847 0.039 0.024 239 E 0.002 0.001 0.110 0.841 0.036 0.011 240 D 0.001 0.001 0.148 0.809 0.036 0.005 241 L 0.001 0.001 0.046 0.926 0.020 0.008 242 H 0.001 0.001 0.023 0.953 0.013 0.010 243 S 0.001 0.001 0.045 0.924 0.020 0.010 244 D 0.001 0.001 0.053 0.881 0.034 0.031 245 L 0.001 0.001 0.037 0.939 0.014 0.009 246 I 0.001 0.001 0.033 0.900 0.040 0.026 247 P 0.001 0.001 0.015 0.972 0.009 0.003 248 S 0.001 0.001 0.010 0.983 0.005 0.001 249 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 250 R 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 251 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 252 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 253 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 254 T 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 255 D 0.001 0.001 0.009 0.964 0.019 0.007 256 I 0.001 0.001 0.025 0.927 0.030 0.017 257 E 0.001 0.001 0.093 0.861 0.035 0.009 258 Q 0.002 0.001 0.131 0.797 0.051 0.019 259 D 0.003 0.002 0.079 0.757 0.062 0.097 260 L 0.006 0.011 0.057 0.644 0.086 0.195 261 A 0.016 0.003 0.041 0.183 0.205 0.552 262 T 0.036 0.010 0.047 0.139 0.192 0.576 263 V 0.048 0.018 0.030 0.116 0.159 0.630 264 N 0.013 0.008 0.003 0.038 0.068 0.870 265 R 0.002 0.001 0.001 0.007 0.021 0.970