# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1132 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 T 0.016 0.022 0.003 0.013 0.003 0.015 0.926 3 A 0.018 0.013 0.018 0.035 0.125 0.071 0.720 4 T 0.020 0.009 0.025 0.053 0.146 0.109 0.639 5 E 0.017 0.009 0.015 0.048 0.222 0.031 0.657 6 P 0.012 0.009 0.022 0.076 0.066 0.050 0.766 7 T 0.014 0.015 0.101 0.145 0.088 0.094 0.543 8 E 0.009 0.020 0.222 0.220 0.116 0.114 0.299 9 K 0.014 0.011 0.202 0.193 0.113 0.212 0.256 10 I 0.017 0.020 0.086 0.111 0.190 0.187 0.390 11 L 0.013 0.021 0.018 0.016 0.223 0.069 0.641 12 P 0.011 0.021 0.015 0.015 0.256 0.130 0.552 13 S 0.006 0.008 0.006 0.007 0.172 0.021 0.779 14 P 0.002 0.003 0.185 0.232 0.095 0.373 0.111 15 D 0.002 0.003 0.204 0.263 0.061 0.408 0.059 16 Y 0.006 0.006 0.179 0.527 0.054 0.123 0.105 17 V 0.007 0.007 0.027 0.797 0.027 0.032 0.104 18 Q 0.011 0.005 0.025 0.834 0.028 0.038 0.059 19 S 0.006 0.002 0.017 0.927 0.009 0.021 0.017 20 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.004 0.004 21 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 23 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 29 C 0.001 0.001 0.002 0.956 0.001 0.039 0.002 30 F 0.001 0.002 0.013 0.925 0.006 0.045 0.009 31 D 0.002 0.002 0.043 0.762 0.013 0.153 0.026 32 H 0.002 0.001 0.060 0.589 0.036 0.282 0.031 33 R 0.003 0.003 0.055 0.328 0.138 0.343 0.129 34 N 0.006 0.004 0.064 0.075 0.227 0.388 0.236 35 Q 0.022 0.006 0.057 0.049 0.362 0.205 0.299 36 R 0.070 0.032 0.041 0.028 0.190 0.127 0.512 37 R 0.115 0.068 0.005 0.012 0.180 0.012 0.608 38 T 0.070 0.051 0.002 0.012 0.030 0.004 0.830 39 L 0.001 0.001 0.025 0.967 0.001 0.003 0.003 40 S 0.001 0.001 0.016 0.981 0.001 0.002 0.001 41 D 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 44 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.015 0.001 45 A 0.001 0.001 0.004 0.917 0.004 0.070 0.005 46 T 0.001 0.002 0.007 0.473 0.030 0.465 0.022 47 D 0.001 0.001 0.005 0.042 0.054 0.793 0.104 48 L 0.002 0.006 0.003 0.009 0.160 0.013 0.807 49 T 0.006 0.007 0.007 0.024 0.048 0.011 0.897 50 R 0.003 0.002 0.041 0.784 0.067 0.060 0.044 51 A 0.001 0.001 0.017 0.935 0.013 0.018 0.015 52 T 0.001 0.001 0.007 0.970 0.003 0.008 0.009 53 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 54 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 56 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 59 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 61 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 62 E 0.001 0.001 0.003 0.939 0.002 0.054 0.001 63 L 0.001 0.001 0.005 0.272 0.006 0.712 0.004 64 G 0.002 0.001 0.002 0.015 0.022 0.937 0.022 65 Y 0.142 0.011 0.018 0.023 0.161 0.059 0.585 66 V 0.743 0.018 0.015 0.019 0.046 0.007 0.152 67 A 0.789 0.009 0.007 0.013 0.030 0.008 0.144 68 T 0.829 0.035 0.004 0.009 0.029 0.007 0.088 69 D 0.400 0.009 0.005 0.003 0.077 0.037 0.469 70 G 0.023 0.001 0.025 0.004 0.172 0.665 0.111 71 S 0.037 0.002 0.035 0.005 0.176 0.622 0.123 72 A 0.268 0.024 0.045 0.008 0.200 0.168 0.287 73 F 0.703 0.034 0.007 0.005 0.048 0.028 0.174 74 W 0.721 0.026 0.007 0.007 0.041 0.018 0.180 75 L 0.520 0.052 0.003 0.010 0.064 0.008 0.343 76 T 0.104 0.010 0.002 0.022 0.049 0.008 0.805 77 P 0.003 0.001 0.026 0.913 0.012 0.026 0.019 78 R 0.001 0.001 0.018 0.961 0.003 0.013 0.004 79 V 0.001 0.001 0.020 0.971 0.001 0.005 0.002 80 L 0.003 0.001 0.007 0.979 0.001 0.007 0.002 81 E 0.003 0.001 0.006 0.964 0.002 0.023 0.001 82 L 0.003 0.001 0.008 0.895 0.002 0.087 0.005 83 G 0.005 0.001 0.013 0.878 0.007 0.074 0.022 84 Y 0.007 0.001 0.044 0.854 0.016 0.042 0.034 85 S 0.006 0.002 0.082 0.810 0.014 0.063 0.022 86 Y 0.005 0.002 0.076 0.784 0.012 0.098 0.022 87 L 0.007 0.008 0.140 0.654 0.032 0.122 0.037 88 S 0.004 0.002 0.138 0.428 0.026 0.362 0.040 89 S 0.002 0.001 0.090 0.248 0.060 0.553 0.045 90 L 0.005 0.006 0.010 0.068 0.540 0.115 0.256 91 S 0.007 0.021 0.006 0.025 0.138 0.082 0.721 92 L 0.005 0.006 0.088 0.583 0.037 0.035 0.247 93 P 0.004 0.001 0.225 0.659 0.010 0.025 0.075 94 E 0.003 0.001 0.245 0.709 0.006 0.024 0.012 95 V 0.004 0.003 0.212 0.707 0.006 0.054 0.014 96 A 0.002 0.002 0.037 0.850 0.015 0.072 0.021 97 Q 0.001 0.001 0.007 0.935 0.021 0.016 0.019 98 P 0.001 0.001 0.006 0.964 0.006 0.011 0.012 99 H 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.009 0.006 100 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.013 0.002 104 S 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.012 0.001 105 H 0.001 0.001 0.011 0.898 0.004 0.081 0.005 106 K 0.001 0.001 0.022 0.722 0.016 0.218 0.020 107 V 0.011 0.010 0.029 0.342 0.128 0.353 0.128 108 H 0.018 0.003 0.024 0.044 0.215 0.488 0.207 109 E 0.131 0.007 0.017 0.011 0.333 0.090 0.411 110 S 0.459 0.014 0.010 0.007 0.113 0.031 0.365 111 S 0.777 0.005 0.005 0.002 0.056 0.014 0.141 112 S 0.911 0.002 0.002 0.002 0.017 0.004 0.063 113 V 0.969 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.023 114 S 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 115 I 0.955 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.033 116 L 0.870 0.005 0.002 0.003 0.016 0.023 0.080 117 D 0.262 0.004 0.011 0.004 0.153 0.470 0.096 118 G 0.043 0.001 0.013 0.001 0.203 0.691 0.048 119 A 0.169 0.006 0.008 0.001 0.273 0.118 0.425 120 D 0.589 0.005 0.003 0.001 0.151 0.032 0.220 121 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 122 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 123 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 124 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 125 A 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.048 126 R 0.833 0.004 0.002 0.001 0.043 0.006 0.110 127 V 0.596 0.013 0.001 0.002 0.161 0.003 0.223 128 P 0.332 0.015 0.003 0.002 0.049 0.015 0.585 129 V 0.101 0.013 0.022 0.007 0.115 0.067 0.675 130 S 0.083 0.004 0.050 0.014 0.369 0.159 0.322 131 R 0.155 0.007 0.064 0.019 0.380 0.120 0.257 132 I 0.414 0.017 0.020 0.025 0.112 0.036 0.376 133 M 0.614 0.016 0.012 0.017 0.039 0.019 0.283 134 T 0.799 0.014 0.007 0.013 0.025 0.018 0.124 135 V 0.738 0.011 0.009 0.014 0.040 0.040 0.148 136 G 0.626 0.015 0.006 0.008 0.088 0.065 0.193 137 I 0.433 0.019 0.004 0.005 0.083 0.019 0.437 138 T 0.383 0.029 0.005 0.005 0.063 0.030 0.485 139 I 0.173 0.017 0.062 0.040 0.156 0.299 0.252 140 G 0.103 0.006 0.073 0.021 0.207 0.443 0.146 141 T 0.217 0.024 0.057 0.029 0.199 0.119 0.355 142 R 0.378 0.078 0.021 0.021 0.154 0.053 0.295 143 L 0.255 0.030 0.017 0.046 0.205 0.013 0.433 144 P 0.177 0.018 0.036 0.059 0.088 0.045 0.577 145 A 0.075 0.013 0.217 0.325 0.075 0.170 0.127 146 Y 0.066 0.012 0.242 0.376 0.065 0.168 0.071 147 A 0.061 0.014 0.209 0.439 0.056 0.114 0.106 148 T 0.039 0.009 0.098 0.523 0.074 0.131 0.126 149 S 0.022 0.007 0.068 0.621 0.059 0.153 0.070 150 M 0.008 0.002 0.033 0.852 0.014 0.062 0.029 151 G 0.006 0.001 0.016 0.931 0.009 0.016 0.020 152 R 0.012 0.001 0.011 0.956 0.005 0.006 0.009 153 V 0.007 0.001 0.012 0.969 0.001 0.008 0.001 154 L 0.005 0.001 0.010 0.959 0.001 0.023 0.001 155 L 0.005 0.001 0.037 0.838 0.003 0.112 0.004 156 A 0.006 0.001 0.045 0.466 0.013 0.452 0.016 157 G 0.005 0.003 0.064 0.194 0.047 0.628 0.060 158 L 0.003 0.006 0.001 0.004 0.693 0.005 0.289 159 P 0.002 0.006 0.001 0.002 0.056 0.003 0.930 160 D 0.001 0.001 0.183 0.657 0.014 0.122 0.022 161 D 0.001 0.001 0.091 0.861 0.006 0.038 0.003 162 E 0.001 0.001 0.104 0.874 0.001 0.017 0.004 163 L 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.002 164 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 166 Y 0.001 0.001 0.003 0.975 0.001 0.018 0.003 167 L 0.001 0.002 0.015 0.955 0.006 0.017 0.005 168 E 0.001 0.001 0.034 0.810 0.004 0.147 0.004 169 K 0.001 0.001 0.030 0.431 0.022 0.505 0.012 170 L 0.003 0.007 0.016 0.163 0.276 0.271 0.264 171 D 0.007 0.021 0.012 0.017 0.082 0.129 0.731 172 I 0.024 0.011 0.120 0.059 0.074 0.040 0.673 173 Q 0.076 0.017 0.270 0.103 0.077 0.043 0.413 174 R 0.099 0.024 0.311 0.147 0.079 0.061 0.278 175 L 0.072 0.026 0.106 0.124 0.144 0.068 0.461 176 T 0.040 0.024 0.020 0.026 0.141 0.026 0.722 177 E 0.011 0.005 0.130 0.150 0.100 0.481 0.124 178 R 0.018 0.007 0.122 0.093 0.200 0.456 0.104 179 T 0.071 0.026 0.091 0.049 0.270 0.109 0.384 180 I 0.065 0.051 0.044 0.047 0.125 0.152 0.517 181 T 0.062 0.095 0.021 0.046 0.314 0.129 0.332 182 A 0.024 0.039 0.005 0.034 0.278 0.014 0.607 183 R 0.001 0.001 0.021 0.959 0.002 0.009 0.009 184 D 0.001 0.001 0.016 0.976 0.001 0.006 0.001 185 E 0.001 0.001 0.014 0.980 0.001 0.004 0.001 186 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 189 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 190 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 191 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 192 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 193 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 194 R 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.002 195 A 0.001 0.001 0.005 0.717 0.005 0.270 0.002 196 D 0.001 0.001 0.003 0.098 0.011 0.880 0.009 197 G 0.012 0.001 0.010 0.044 0.180 0.615 0.138 198 I 0.259 0.022 0.026 0.073 0.110 0.061 0.449 199 C 0.700 0.031 0.013 0.035 0.066 0.030 0.124 200 V 0.710 0.024 0.011 0.048 0.046 0.018 0.145 201 L 0.572 0.016 0.006 0.030 0.077 0.021 0.278 202 D 0.077 0.003 0.083 0.302 0.123 0.263 0.149 203 Q 0.040 0.005 0.105 0.378 0.118 0.280 0.073 204 E 0.119 0.015 0.139 0.438 0.068 0.109 0.112 205 L 0.178 0.042 0.090 0.400 0.063 0.084 0.144 206 E 0.164 0.012 0.098 0.343 0.089 0.087 0.207 207 A 0.043 0.003 0.067 0.181 0.114 0.555 0.037 208 G 0.034 0.002 0.017 0.014 0.055 0.808 0.070 209 L 0.284 0.013 0.004 0.002 0.046 0.016 0.635 210 R 0.720 0.008 0.003 0.001 0.035 0.005 0.229 211 S 0.962 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 212 M 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 213 A 0.967 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 214 A 0.874 0.002 0.001 0.002 0.014 0.001 0.107 215 P 0.791 0.004 0.002 0.003 0.027 0.005 0.169 216 I 0.656 0.013 0.006 0.007 0.042 0.014 0.261 217 R 0.477 0.057 0.012 0.012 0.149 0.058 0.236 218 G 0.107 0.007 0.026 0.007 0.210 0.116 0.527 219 A 0.036 0.007 0.060 0.012 0.256 0.489 0.141 220 S 0.009 0.003 0.029 0.003 0.165 0.744 0.048 221 G 0.035 0.002 0.013 0.003 0.393 0.320 0.234 222 L 0.186 0.016 0.001 0.001 0.152 0.013 0.631 223 T 0.806 0.023 0.001 0.001 0.021 0.002 0.147 224 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.026 225 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 226 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 227 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 228 N 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 229 I 0.932 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.053 230 S 0.752 0.014 0.003 0.007 0.087 0.013 0.125 231 T 0.331 0.011 0.007 0.010 0.311 0.015 0.316 232 P 0.117 0.012 0.064 0.020 0.200 0.130 0.457 233 A 0.043 0.010 0.409 0.051 0.118 0.179 0.190 234 A 0.046 0.003 0.372 0.042 0.158 0.270 0.109 235 R 0.103 0.015 0.201 0.037 0.159 0.248 0.238 236 Y 0.134 0.062 0.008 0.016 0.324 0.016 0.440 237 S 0.054 0.035 0.003 0.008 0.030 0.008 0.862 238 L 0.002 0.001 0.123 0.798 0.004 0.058 0.014 239 E 0.001 0.001 0.127 0.825 0.004 0.037 0.006 240 D 0.001 0.001 0.166 0.788 0.003 0.028 0.013 241 L 0.001 0.002 0.056 0.901 0.003 0.027 0.011 242 H 0.001 0.001 0.024 0.926 0.004 0.034 0.010 243 S 0.001 0.001 0.028 0.875 0.009 0.083 0.004 244 D 0.001 0.001 0.017 0.879 0.009 0.087 0.007 245 L 0.001 0.001 0.006 0.959 0.002 0.027 0.005 246 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.003 247 P 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 248 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 249 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 250 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 251 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 252 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 253 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 254 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 255 D 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 256 I 0.001 0.001 0.003 0.968 0.001 0.022 0.006 257 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.010 0.002 258 Q 0.001 0.001 0.016 0.931 0.003 0.045 0.004 259 D 0.001 0.001 0.018 0.881 0.004 0.087 0.010 260 L 0.003 0.002 0.025 0.792 0.017 0.126 0.034 261 A 0.010 0.003 0.041 0.532 0.056 0.196 0.163 262 T 0.022 0.005 0.086 0.390 0.114 0.153 0.231 263 V 0.027 0.011 0.068 0.276 0.108 0.239 0.272 264 N 0.016 0.014 0.012 0.042 0.023 0.076 0.816 265 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995