# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1165 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.013 0.088 0.032 0.055 0.096 0.010 0.597 2 T 0.049 0.012 0.040 0.035 0.049 0.142 0.008 0.665 3 A 0.022 0.005 0.020 0.008 0.023 0.038 0.003 0.882 4 T 0.056 0.015 0.024 0.012 0.029 0.325 0.012 0.529 5 E 0.165 0.013 0.016 0.010 0.013 0.266 0.011 0.507 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 7 T 0.030 0.022 0.016 0.016 0.051 0.217 0.005 0.644 8 E 0.152 0.043 0.017 0.011 0.021 0.144 0.012 0.600 9 K 0.204 0.083 0.007 0.011 0.024 0.137 0.014 0.519 10 I 0.486 0.079 0.016 0.010 0.020 0.100 0.023 0.266 11 L 0.185 0.118 0.028 0.026 0.032 0.080 0.014 0.518 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 13 S 0.034 0.012 0.010 0.018 0.040 0.100 0.005 0.782 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 D 0.025 0.009 0.008 0.011 0.019 0.298 0.003 0.627 16 Y 0.409 0.017 0.014 0.004 0.006 0.112 0.006 0.432 17 V 0.159 0.241 0.053 0.016 0.027 0.096 0.003 0.405 18 Q 0.034 0.240 0.037 0.017 0.028 0.169 0.004 0.471 19 S 0.038 0.373 0.011 0.006 0.012 0.082 0.004 0.474 20 L 0.047 0.724 0.006 0.004 0.013 0.033 0.005 0.168 21 A 0.016 0.846 0.003 0.002 0.003 0.040 0.004 0.086 22 R 0.017 0.903 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.051 23 G 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 24 L 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 26 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 27 I 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 28 R 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 C 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 F 0.038 0.920 0.004 0.001 0.002 0.001 0.016 0.017 31 D 0.078 0.844 0.006 0.003 0.004 0.003 0.017 0.045 32 H 0.078 0.642 0.031 0.007 0.010 0.010 0.042 0.180 33 R 0.195 0.353 0.026 0.006 0.008 0.064 0.085 0.263 34 N 0.217 0.215 0.034 0.006 0.005 0.051 0.071 0.401 35 Q 0.200 0.110 0.128 0.011 0.009 0.106 0.043 0.393 36 R 0.090 0.032 0.061 0.005 0.007 0.107 0.014 0.683 37 R 0.185 0.033 0.115 0.017 0.025 0.179 0.012 0.435 38 T 0.044 0.028 0.027 0.010 0.016 0.362 0.005 0.508 39 L 0.051 0.076 0.068 0.013 0.063 0.083 0.005 0.641 40 S 0.012 0.045 0.011 0.004 0.018 0.298 0.003 0.609 41 D 0.032 0.072 0.002 0.002 0.005 0.455 0.003 0.429 42 V 0.020 0.872 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.093 43 A 0.004 0.954 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.032 44 R 0.012 0.960 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.020 45 A 0.127 0.826 0.003 0.001 0.002 0.001 0.022 0.019 46 T 0.250 0.613 0.012 0.006 0.003 0.002 0.083 0.031 47 D 0.405 0.145 0.069 0.009 0.005 0.010 0.134 0.222 48 L 0.092 0.051 0.505 0.011 0.014 0.063 0.012 0.253 49 T 0.018 0.042 0.042 0.007 0.012 0.264 0.005 0.611 50 R 0.026 0.069 0.051 0.004 0.010 0.070 0.004 0.767 51 A 0.017 0.110 0.023 0.003 0.003 0.369 0.003 0.473 52 T 0.051 0.108 0.006 0.002 0.002 0.552 0.007 0.271 53 A 0.022 0.896 0.003 0.001 0.002 0.014 0.001 0.061 54 R 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 55 R 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.024 56 F 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 57 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 58 L 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 60 L 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 61 V 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 62 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 63 L 0.015 0.941 0.004 0.003 0.002 0.001 0.021 0.012 64 G 0.424 0.302 0.009 0.030 0.011 0.006 0.146 0.072 65 Y 0.082 0.159 0.246 0.111 0.098 0.047 0.015 0.242 66 V 0.034 0.085 0.042 0.305 0.334 0.053 0.011 0.137 67 A 0.086 0.052 0.083 0.247 0.279 0.045 0.008 0.199 68 T 0.020 0.041 0.052 0.328 0.273 0.055 0.009 0.222 69 D 0.021 0.020 0.072 0.080 0.130 0.074 0.013 0.589 70 G 0.033 0.014 0.017 0.041 0.056 0.094 0.025 0.719 71 S 0.077 0.008 0.017 0.023 0.027 0.363 0.027 0.458 72 A 0.089 0.006 0.020 0.025 0.030 0.172 0.012 0.645 73 F 0.132 0.019 0.050 0.077 0.140 0.201 0.007 0.374 74 W 0.053 0.010 0.038 0.080 0.150 0.139 0.006 0.524 75 L 0.047 0.027 0.036 0.097 0.168 0.087 0.006 0.531 76 T 0.042 0.024 0.020 0.071 0.161 0.119 0.004 0.559 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 78 R 0.008 0.045 0.006 0.020 0.050 0.291 0.002 0.578 79 V 0.156 0.319 0.011 0.011 0.024 0.111 0.009 0.359 80 L 0.019 0.908 0.005 0.006 0.008 0.009 0.002 0.044 81 E 0.017 0.937 0.005 0.004 0.005 0.006 0.002 0.024 82 L 0.028 0.925 0.006 0.003 0.004 0.003 0.006 0.025 83 G 0.088 0.827 0.007 0.004 0.008 0.006 0.020 0.039 84 Y 0.046 0.837 0.024 0.006 0.009 0.009 0.013 0.055 85 S 0.030 0.856 0.010 0.005 0.007 0.012 0.011 0.069 86 Y 0.079 0.762 0.018 0.004 0.011 0.013 0.020 0.094 87 L 0.054 0.810 0.015 0.006 0.010 0.012 0.012 0.080 88 S 0.122 0.612 0.023 0.007 0.009 0.025 0.038 0.163 89 S 0.377 0.276 0.021 0.006 0.006 0.019 0.083 0.212 90 L 0.469 0.170 0.044 0.008 0.007 0.028 0.069 0.205 91 S 0.099 0.080 0.076 0.011 0.011 0.157 0.061 0.504 92 L 0.117 0.046 0.069 0.014 0.018 0.063 0.009 0.663 93 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.994 94 E 0.006 0.018 0.016 0.007 0.018 0.148 0.002 0.786 95 V 0.105 0.232 0.026 0.008 0.012 0.082 0.006 0.529 96 A 0.107 0.575 0.017 0.009 0.017 0.047 0.011 0.217 97 Q 0.183 0.475 0.017 0.011 0.015 0.034 0.007 0.259 98 P 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 99 H 0.030 0.493 0.003 0.006 0.014 0.086 0.007 0.360 100 L 0.044 0.813 0.006 0.002 0.005 0.008 0.007 0.114 101 E 0.011 0.884 0.003 0.002 0.004 0.009 0.003 0.084 102 K 0.018 0.913 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.059 103 L 0.035 0.872 0.002 0.001 0.002 0.004 0.006 0.079 104 S 0.015 0.934 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.040 105 H 0.050 0.831 0.003 0.002 0.002 0.004 0.018 0.089 106 K 0.181 0.626 0.013 0.003 0.002 0.012 0.055 0.107 107 V 0.063 0.753 0.023 0.007 0.006 0.010 0.030 0.108 108 H 0.039 0.511 0.070 0.035 0.025 0.034 0.038 0.249 109 E 0.090 0.128 0.100 0.038 0.039 0.117 0.033 0.455 110 S 0.064 0.126 0.113 0.066 0.064 0.092 0.022 0.453 111 S 0.090 0.085 0.149 0.154 0.167 0.095 0.020 0.241 112 S 0.036 0.035 0.130 0.221 0.214 0.111 0.010 0.243 113 V 0.036 0.014 0.074 0.305 0.454 0.041 0.004 0.073 114 S 0.022 0.017 0.046 0.377 0.427 0.029 0.003 0.078 115 I 0.012 0.009 0.058 0.360 0.430 0.021 0.005 0.106 116 L 0.016 0.011 0.055 0.340 0.412 0.049 0.005 0.113 117 D 0.014 0.007 0.026 0.173 0.313 0.079 0.012 0.376 118 G 0.052 0.007 0.027 0.083 0.154 0.095 0.047 0.535 119 A 0.225 0.002 0.017 0.029 0.046 0.425 0.025 0.232 120 D 0.071 0.002 0.039 0.144 0.080 0.228 0.023 0.413 121 I 0.089 0.002 0.065 0.188 0.407 0.107 0.006 0.137 122 V 0.007 0.001 0.131 0.434 0.391 0.014 0.001 0.022 123 Y 0.001 0.001 0.074 0.355 0.459 0.012 0.001 0.097 124 V 0.001 0.001 0.087 0.280 0.604 0.006 0.001 0.022 125 A 0.001 0.001 0.102 0.391 0.485 0.006 0.001 0.015 126 R 0.004 0.001 0.071 0.159 0.500 0.020 0.003 0.241 127 V 0.009 0.001 0.226 0.266 0.370 0.024 0.002 0.101 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 129 V 0.002 0.001 0.025 0.043 0.226 0.052 0.002 0.649 130 S 0.046 0.002 0.019 0.023 0.036 0.103 0.007 0.765 131 R 0.242 0.007 0.024 0.035 0.044 0.143 0.016 0.489 132 I 0.164 0.012 0.050 0.033 0.041 0.109 0.007 0.584 133 M 0.089 0.032 0.191 0.161 0.171 0.104 0.013 0.238 134 T 0.042 0.024 0.120 0.131 0.169 0.087 0.009 0.419 135 V 0.028 0.021 0.183 0.175 0.293 0.043 0.007 0.251 136 G 0.026 0.019 0.110 0.143 0.205 0.066 0.008 0.423 137 I 0.029 0.016 0.209 0.136 0.186 0.051 0.011 0.362 138 T 0.019 0.018 0.110 0.113 0.147 0.123 0.007 0.463 139 I 0.027 0.012 0.070 0.051 0.100 0.084 0.007 0.648 140 G 0.046 0.044 0.116 0.117 0.129 0.131 0.015 0.403 141 T 0.154 0.022 0.095 0.065 0.098 0.124 0.030 0.411 142 R 0.036 0.028 0.080 0.046 0.061 0.059 0.017 0.673 143 L 0.095 0.017 0.107 0.119 0.170 0.104 0.010 0.377 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 145 A 0.011 0.012 0.065 0.060 0.204 0.112 0.004 0.533 146 Y 0.142 0.070 0.062 0.076 0.093 0.080 0.008 0.470 147 A 0.162 0.118 0.055 0.076 0.142 0.079 0.011 0.357 148 T 0.137 0.149 0.042 0.054 0.072 0.093 0.011 0.442 149 S 0.144 0.251 0.045 0.030 0.046 0.104 0.018 0.363 150 M 0.079 0.326 0.024 0.020 0.031 0.150 0.020 0.350 151 G 0.153 0.316 0.022 0.017 0.026 0.090 0.038 0.337 152 R 0.060 0.641 0.052 0.017 0.018 0.042 0.009 0.160 153 V 0.012 0.792 0.030 0.018 0.032 0.019 0.006 0.090 154 L 0.022 0.789 0.025 0.019 0.058 0.019 0.007 0.061 155 L 0.027 0.890 0.010 0.010 0.023 0.007 0.005 0.028 156 A 0.169 0.685 0.017 0.013 0.012 0.007 0.054 0.042 157 G 0.664 0.060 0.013 0.007 0.003 0.005 0.198 0.049 158 L 0.463 0.054 0.216 0.027 0.025 0.032 0.033 0.149 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 160 D 0.001 0.002 0.004 0.001 0.011 0.019 0.001 0.962 161 D 0.020 0.006 0.005 0.001 0.001 0.085 0.002 0.880 162 E 0.047 0.023 0.001 0.001 0.001 0.671 0.002 0.255 163 L 0.109 0.580 0.007 0.002 0.004 0.028 0.002 0.267 164 D 0.005 0.875 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.107 165 A 0.017 0.873 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.093 166 Y 0.031 0.938 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.023 167 L 0.015 0.943 0.004 0.002 0.006 0.002 0.003 0.026 168 E 0.046 0.846 0.004 0.002 0.003 0.011 0.017 0.070 169 K 0.302 0.540 0.012 0.002 0.001 0.006 0.064 0.073 170 L 0.254 0.546 0.054 0.005 0.004 0.007 0.048 0.082 171 D 0.078 0.193 0.083 0.012 0.012 0.057 0.045 0.520 172 I 0.082 0.103 0.127 0.016 0.028 0.061 0.015 0.568 173 Q 0.099 0.123 0.097 0.022 0.030 0.219 0.019 0.390 174 R 0.142 0.099 0.093 0.014 0.016 0.124 0.024 0.489 175 L 0.137 0.170 0.207 0.022 0.026 0.083 0.016 0.338 176 T 0.065 0.118 0.095 0.024 0.039 0.181 0.016 0.463 177 E 0.037 0.077 0.066 0.013 0.024 0.060 0.009 0.714 178 R 0.083 0.116 0.062 0.017 0.028 0.328 0.016 0.349 179 T 0.369 0.048 0.027 0.008 0.014 0.231 0.027 0.276 180 I 0.124 0.267 0.099 0.027 0.028 0.062 0.010 0.383 181 T 0.031 0.128 0.055 0.025 0.032 0.322 0.011 0.396 182 A 0.133 0.078 0.022 0.009 0.023 0.353 0.012 0.370 183 R 0.086 0.150 0.014 0.004 0.026 0.132 0.006 0.583 184 D 0.017 0.091 0.004 0.001 0.004 0.185 0.003 0.693 185 E 0.022 0.284 0.001 0.001 0.001 0.322 0.003 0.365 186 L 0.018 0.903 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.064 187 K 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 188 A 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 189 A 0.011 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 190 I 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 191 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 192 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 193 V 0.015 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 194 R 0.007 0.968 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.014 195 A 0.016 0.900 0.006 0.004 0.004 0.005 0.019 0.047 196 D 0.087 0.679 0.020 0.009 0.004 0.007 0.120 0.073 197 G 0.538 0.125 0.036 0.018 0.005 0.005 0.196 0.077 198 I 0.080 0.020 0.581 0.045 0.048 0.054 0.012 0.160 199 C 0.018 0.009 0.151 0.178 0.241 0.064 0.004 0.334 200 V 0.035 0.010 0.223 0.222 0.297 0.050 0.003 0.159 201 L 0.011 0.016 0.124 0.212 0.238 0.068 0.003 0.326 202 D 0.010 0.014 0.084 0.074 0.194 0.050 0.004 0.571 203 Q 0.032 0.011 0.018 0.039 0.102 0.214 0.007 0.576 204 E 0.118 0.014 0.006 0.017 0.033 0.503 0.013 0.296 205 L 0.198 0.138 0.021 0.040 0.064 0.146 0.020 0.373 206 E 0.053 0.301 0.035 0.055 0.094 0.105 0.011 0.347 207 A 0.012 0.110 0.014 0.025 0.032 0.039 0.007 0.761 208 G 0.150 0.173 0.031 0.063 0.085 0.068 0.047 0.383 209 L 0.339 0.116 0.084 0.073 0.089 0.061 0.029 0.209 210 R 0.045 0.086 0.268 0.224 0.169 0.051 0.020 0.136 211 S 0.042 0.032 0.129 0.150 0.192 0.070 0.011 0.375 212 M 0.025 0.024 0.360 0.203 0.271 0.031 0.008 0.077 213 A 0.019 0.034 0.225 0.177 0.330 0.050 0.012 0.153 214 A 0.021 0.005 0.281 0.265 0.231 0.029 0.009 0.159 215 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.993 216 I 0.010 0.003 0.107 0.168 0.439 0.075 0.003 0.196 217 R 0.045 0.011 0.070 0.157 0.162 0.065 0.005 0.486 218 G 0.033 0.009 0.031 0.104 0.279 0.057 0.011 0.475 219 A 0.104 0.006 0.028 0.032 0.055 0.122 0.008 0.645 220 S 0.027 0.006 0.011 0.019 0.016 0.157 0.019 0.745 221 G 0.238 0.011 0.023 0.050 0.028 0.095 0.118 0.438 222 L 0.345 0.003 0.098 0.044 0.064 0.281 0.014 0.151 223 T 0.016 0.002 0.073 0.166 0.208 0.132 0.003 0.398 224 V 0.008 0.002 0.104 0.283 0.500 0.042 0.001 0.058 225 A 0.004 0.002 0.190 0.368 0.369 0.020 0.001 0.046 226 A 0.003 0.002 0.139 0.300 0.499 0.015 0.001 0.042 227 V 0.003 0.002 0.191 0.311 0.465 0.009 0.001 0.017 228 N 0.003 0.004 0.134 0.349 0.414 0.022 0.002 0.072 229 I 0.005 0.005 0.170 0.256 0.456 0.017 0.003 0.087 230 S 0.013 0.008 0.120 0.125 0.351 0.082 0.010 0.290 231 T 0.073 0.007 0.080 0.170 0.243 0.111 0.014 0.304 232 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 233 A 0.011 0.009 0.037 0.049 0.149 0.142 0.005 0.598 234 A 0.237 0.053 0.033 0.028 0.046 0.143 0.017 0.443 235 R 0.387 0.077 0.029 0.032 0.045 0.066 0.025 0.339 236 Y 0.447 0.052 0.080 0.034 0.034 0.075 0.011 0.267 237 S 0.096 0.052 0.046 0.027 0.045 0.211 0.012 0.513 238 L 0.022 0.025 0.015 0.005 0.041 0.024 0.003 0.865 239 E 0.014 0.026 0.005 0.002 0.011 0.292 0.003 0.645 240 D 0.034 0.027 0.001 0.001 0.001 0.712 0.004 0.219 241 L 0.080 0.780 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.123 242 H 0.012 0.861 0.004 0.002 0.005 0.011 0.002 0.102 243 S 0.033 0.743 0.005 0.002 0.004 0.012 0.009 0.192 244 D 0.171 0.609 0.003 0.002 0.002 0.010 0.026 0.178 245 L 0.240 0.561 0.008 0.002 0.003 0.016 0.043 0.128 246 I 0.068 0.638 0.045 0.005 0.007 0.030 0.011 0.196 247 P 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 248 S 0.011 0.299 0.005 0.003 0.004 0.098 0.003 0.577 249 L 0.065 0.752 0.006 0.001 0.001 0.016 0.007 0.151 250 R 0.006 0.950 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 251 V 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 252 T 0.018 0.922 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.048 253 A 0.016 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 254 T 0.009 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 255 D 0.014 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 256 I 0.027 0.897 0.004 0.001 0.002 0.002 0.009 0.059 257 E 0.022 0.835 0.010 0.003 0.007 0.010 0.008 0.106 258 Q 0.048 0.736 0.008 0.003 0.004 0.013 0.015 0.174 259 D 0.145 0.611 0.017 0.003 0.003 0.018 0.037 0.167 260 L 0.127 0.633 0.028 0.007 0.006 0.012 0.033 0.154 261 A 0.130 0.347 0.066 0.020 0.016 0.064 0.047 0.310 262 T 0.095 0.142 0.081 0.020 0.022 0.064 0.025 0.551 263 V 0.101 0.146 0.075 0.024 0.035 0.075 0.014 0.529 264 N 0.041 0.073 0.048 0.021 0.026 0.173 0.016 0.602 265 R 0.092 0.069 0.050 0.020 0.026 0.101 0.016 0.625