# TARGET T0381 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.9116 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.279 0.275 0.100 0.050 0.036 0.017 0.004 0.026 0.002 0.001 2 T 0.168 0.386 0.231 0.105 0.052 0.027 0.007 0.002 0.021 0.002 0.001 3 A 0.191 0.262 0.289 0.099 0.095 0.028 0.011 0.006 0.011 0.008 0.001 4 T 0.172 0.344 0.241 0.146 0.049 0.021 0.004 0.002 0.018 0.002 0.001 5 E 0.027 0.292 0.464 0.002 0.035 0.014 0.008 0.001 0.155 0.002 0.001 6 P 0.170 0.004 0.743 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 7 T 0.318 0.180 0.266 0.094 0.064 0.020 0.017 0.017 0.018 0.004 0.001 8 E 0.327 0.196 0.301 0.058 0.054 0.023 0.015 0.007 0.013 0.006 0.001 9 K 0.308 0.246 0.250 0.086 0.051 0.017 0.015 0.005 0.019 0.002 0.001 10 I 0.185 0.185 0.358 0.134 0.017 0.075 0.018 0.002 0.024 0.001 0.002 11 L 0.017 0.314 0.461 0.001 0.023 0.027 0.006 0.001 0.150 0.001 0.001 12 P 0.250 0.003 0.584 0.051 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 13 S 0.015 0.161 0.578 0.003 0.105 0.037 0.001 0.001 0.095 0.004 0.001 14 P 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 D 0.916 0.001 0.004 0.073 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.973 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 S 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.902 0.001 0.001 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 G 0.912 0.001 0.005 0.019 0.001 0.002 0.026 0.031 0.001 0.002 0.001 24 L 0.933 0.016 0.026 0.014 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.974 0.010 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 V 0.960 0.021 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 27 I 0.932 0.028 0.011 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 28 R 0.841 0.060 0.041 0.028 0.009 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 29 C 0.645 0.090 0.049 0.163 0.018 0.014 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 30 F 0.298 0.156 0.133 0.275 0.061 0.035 0.014 0.002 0.023 0.003 0.001 31 D 0.186 0.137 0.302 0.103 0.082 0.103 0.027 0.004 0.046 0.009 0.001 32 H 0.701 0.029 0.047 0.176 0.011 0.011 0.013 0.004 0.006 0.002 0.001 33 R 0.612 0.021 0.051 0.250 0.008 0.009 0.032 0.007 0.007 0.004 0.001 34 N 0.191 0.030 0.107 0.286 0.017 0.060 0.254 0.018 0.035 0.002 0.001 35 Q 0.447 0.045 0.127 0.228 0.011 0.028 0.086 0.013 0.012 0.002 0.001 36 R 0.325 0.157 0.177 0.239 0.026 0.023 0.024 0.012 0.010 0.007 0.001 37 R 0.081 0.286 0.417 0.083 0.048 0.051 0.019 0.001 0.013 0.001 0.001 38 T 0.024 0.157 0.639 0.006 0.113 0.035 0.001 0.001 0.018 0.006 0.001 39 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.961 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 T 0.245 0.001 0.005 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.012 0.001 0.001 0.019 0.001 0.010 0.899 0.054 0.003 0.001 0.001 48 L 0.182 0.181 0.436 0.056 0.014 0.094 0.008 0.001 0.026 0.002 0.001 49 T 0.747 0.015 0.131 0.058 0.007 0.028 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 50 R 0.899 0.031 0.019 0.020 0.012 0.005 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 51 A 0.960 0.005 0.017 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 T 0.973 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 F 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 L 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 T 0.976 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.979 0.002 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 V 0.962 0.007 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.922 0.025 0.027 0.014 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.591 0.014 0.037 0.348 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 64 G 0.106 0.007 0.019 0.041 0.051 0.001 0.135 0.576 0.002 0.062 0.001 65 Y 0.248 0.223 0.245 0.118 0.082 0.043 0.021 0.002 0.011 0.004 0.001 66 V 0.067 0.600 0.196 0.055 0.031 0.029 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 67 A 0.136 0.344 0.297 0.064 0.094 0.041 0.003 0.002 0.012 0.005 0.001 68 T 0.260 0.468 0.076 0.076 0.052 0.025 0.005 0.002 0.034 0.002 0.001 69 D 0.040 0.050 0.055 0.260 0.019 0.038 0.369 0.005 0.160 0.004 0.001 70 G 0.023 0.002 0.044 0.011 0.028 0.001 0.070 0.641 0.001 0.179 0.001 71 S 0.282 0.215 0.229 0.173 0.054 0.016 0.009 0.007 0.005 0.009 0.001 72 A 0.139 0.408 0.234 0.083 0.067 0.024 0.014 0.004 0.022 0.004 0.001 73 F 0.050 0.536 0.183 0.053 0.104 0.030 0.017 0.003 0.021 0.003 0.001 74 W 0.040 0.485 0.250 0.015 0.030 0.087 0.013 0.001 0.078 0.001 0.001 75 L 0.104 0.321 0.413 0.033 0.058 0.045 0.005 0.002 0.009 0.003 0.006 76 T 0.111 0.265 0.394 0.003 0.037 0.025 0.004 0.001 0.155 0.006 0.001 77 P 0.911 0.001 0.063 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 78 R 0.940 0.007 0.006 0.031 0.002 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 79 V 0.858 0.073 0.017 0.038 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 80 L 0.814 0.087 0.048 0.020 0.005 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 81 E 0.829 0.047 0.032 0.021 0.008 0.036 0.011 0.002 0.011 0.001 0.001 82 L 0.820 0.032 0.018 0.113 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 83 G 0.847 0.016 0.028 0.040 0.014 0.010 0.015 0.018 0.004 0.009 0.001 84 Y 0.954 0.008 0.007 0.020 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 85 S 0.961 0.005 0.006 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.937 0.006 0.005 0.043 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 87 L 0.863 0.016 0.021 0.090 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 88 S 0.877 0.016 0.033 0.060 0.004 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 89 S 0.546 0.023 0.038 0.332 0.011 0.010 0.020 0.010 0.010 0.001 0.001 90 L 0.243 0.125 0.303 0.207 0.011 0.048 0.018 0.002 0.043 0.001 0.001 91 S 0.294 0.122 0.310 0.083 0.055 0.026 0.033 0.021 0.015 0.039 0.001