# TARGET T0381 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 227.395 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.010 0.100 0.730 2 T 0.024 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.006 0.063 0.848 3 A 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.024 0.940 4 T 0.020 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.008 0.306 0.582 5 E 0.088 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.013 0.139 0.711 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 7 T 0.019 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.007 0.142 0.749 8 E 0.133 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.013 0.085 0.649 9 K 0.105 0.145 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.016 0.117 0.586 10 I 0.253 0.157 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 0.023 0.085 0.438 11 L 0.143 0.199 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.046 0.015 0.075 0.502 12 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 13 S 0.031 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.013 0.100 0.761 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 D 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.376 0.591 16 Y 0.333 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.020 0.179 0.408 17 V 0.154 0.315 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.005 0.073 0.383 18 Q 0.028 0.479 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.103 0.349 19 S 0.035 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.043 0.190 20 L 0.022 0.883 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.008 0.076 21 A 0.015 0.895 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.066 22 R 0.023 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.104 23 G 0.040 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.067 24 L 0.012 0.897 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.057 25 A 0.009 0.887 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.087 26 V 0.010 0.894 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.083 27 I 0.009 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 28 R 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 29 C 0.031 0.904 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.027 30 F 0.095 0.803 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.040 31 D 0.083 0.725 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.004 0.115 32 H 0.074 0.432 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.046 0.378 33 R 0.136 0.277 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.065 0.193 0.310 34 N 0.202 0.177 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.078 0.191 0.319 35 Q 0.113 0.174 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.123 0.515 36 R 0.175 0.049 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.034 0.097 0.595 37 R 0.286 0.053 0.017 0.009 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.034 0.143 0.357 38 T 0.035 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.537 0.378 39 L 0.027 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.013 0.044 0.654 40 S 0.008 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.040 0.128 0.721 41 D 0.023 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.749 0.201 42 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 43 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.013 45 A 0.033 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.012 46 T 0.033 0.797 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.001 0.018 47 D 0.439 0.163 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.271 0.013 0.110 48 L 0.005 0.003 0.693 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.218 0.068 49 T 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.425 0.561 50 R 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.077 0.893 51 A 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.252 0.712 52 T 0.046 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.656 0.279 53 A 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.049 54 R 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 55 R 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 56 F 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 57 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 58 L 0.003 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 59 T 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 60 L 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 61 V 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 62 E 0.010 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.017 63 L 0.046 0.810 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.001 0.030 64 G 0.414 0.311 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.170 0.002 0.079 65 Y 0.007 0.024 0.806 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.003 0.018 0.119 66 V 0.027 0.017 0.011 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.050 0.216 0.007 0.001 0.168 0.004 0.038 0.377 67 A 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.005 0.637 0.066 0.007 0.001 0.053 0.002 0.025 0.165 68 T 0.021 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.093 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.179 0.005 0.046 0.553 69 D 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.682 0.067 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.017 0.148 70 G 0.019 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.080 0.831 71 S 0.094 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.015 0.267 0.565 72 A 0.284 0.006 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.124 0.488 73 F 0.012 0.013 0.011 0.037 0.143 0.020 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.001 0.308 0.003 0.101 0.322 74 W 0.002 0.002 0.002 0.001 0.698 0.072 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.021 0.119 75 L 0.010 0.011 0.002 0.001 0.006 0.069 0.011 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.291 0.004 0.072 0.512 76 T 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.004 0.111 0.586 77 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 78 R 0.011 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.004 0.299 0.609 79 V 0.187 0.221 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.150 0.407 80 L 0.028 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.108 81 E 0.019 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.074 82 L 0.015 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.041 83 G 0.029 0.883 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.004 0.056 84 Y 0.014 0.880 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.005 0.071 85 S 0.014 0.865 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.009 0.094 86 Y 0.037 0.854 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.007 0.083 87 L 0.048 0.876 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.051 88 S 0.151 0.678 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.011 0.104 89 S 0.382 0.351 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.101 0.008 0.148 90 L 0.368 0.225 0.056 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.023 0.277 91 S 0.058 0.109 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.023 0.152 0.611