# TARGET T0381 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0381.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175.891 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.002 0.001 0.022 0.050 0.063 0.144 0.010 0.001 0.053 0.638 2 T 0.122 0.003 0.001 0.018 0.011 0.012 0.113 0.002 0.001 0.048 0.670 3 A 0.020 0.001 0.001 0.020 0.021 0.033 0.143 0.003 0.001 0.053 0.706 4 T 0.007 0.004 0.001 0.012 0.008 0.018 0.139 0.001 0.001 0.018 0.792 5 E 0.121 0.025 0.003 0.012 0.040 0.044 0.138 0.010 0.002 0.043 0.560 6 P 0.086 0.034 0.004 0.012 0.011 0.016 0.136 0.017 0.002 0.058 0.624 7 T 0.384 0.043 0.002 0.005 0.008 0.016 0.064 0.012 0.001 0.046 0.420 8 E 0.196 0.013 0.001 0.016 0.008 0.023 0.092 0.006 0.001 0.064 0.580 9 K 0.012 0.004 0.001 0.018 0.016 0.051 0.122 0.001 0.001 0.022 0.753 10 I 0.017 0.003 0.001 0.022 0.026 0.029 0.081 0.001 0.001 0.024 0.795 11 L 0.009 0.002 0.001 0.010 0.070 0.036 0.152 0.002 0.001 0.034 0.684 12 P 0.038 0.019 0.001 0.004 0.007 0.008 0.146 0.006 0.001 0.026 0.744 13 S 0.285 0.221 0.001 0.005 0.004 0.005 0.082 0.024 0.001 0.048 0.324 14 P 0.132 0.284 0.001 0.006 0.002 0.004 0.076 0.005 0.001 0.059 0.430 15 D 0.040 0.251 0.002 0.019 0.008 0.019 0.087 0.003 0.001 0.214 0.355 16 Y 0.007 0.610 0.002 0.011 0.021 0.017 0.035 0.003 0.001 0.128 0.167 17 V 0.010 0.931 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.001 0.011 0.029 18 Q 0.006 0.945 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 0.024 19 S 0.008 0.866 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.079 0.029 20 L 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.007 21 A 0.006 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.030 0.021 22 R 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 0.024 23 G 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.027 0.012 24 L 0.004 0.887 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.088 0.009 25 A 0.005 0.949 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.026 0.008 26 V 0.012 0.931 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.014 0.025 27 I 0.034 0.722 0.010 0.018 0.009 0.009 0.022 0.008 0.002 0.104 0.062 28 R 0.078 0.506 0.011 0.020 0.008 0.012 0.051 0.010 0.005 0.130 0.169 29 C 0.116 0.160 0.040 0.026 0.010 0.014 0.097 0.014 0.026 0.168 0.328 30 F 0.180 0.074 0.015 0.025 0.011 0.019 0.127 0.009 0.011 0.092 0.437 31 D 0.077 0.070 0.008 0.017 0.009 0.019 0.109 0.005 0.008 0.048 0.631 32 H 0.115 0.023 0.008 0.008 0.005 0.010 0.094 0.004 0.005 0.034 0.695 33 R 0.115 0.033 0.002 0.011 0.006 0.015 0.103 0.014 0.001 0.066 0.635 34 N 0.135 0.043 0.002 0.011 0.003 0.008 0.102 0.004 0.001 0.084 0.606 35 Q 0.061 0.105 0.003 0.037 0.011 0.028 0.115 0.007 0.001 0.074 0.560 36 R 0.048 0.049 0.002 0.020 0.017 0.023 0.106 0.002 0.001 0.151 0.583 37 R 0.011 0.199 0.002 0.043 0.037 0.038 0.105 0.004 0.001 0.082 0.479 38 T 0.020 0.787 0.001 0.009 0.008 0.009 0.024 0.004 0.001 0.028 0.110 39 L 0.008 0.937 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.001 0.003 0.029 40 S 0.005 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.023 41 D 0.017 0.886 0.008 0.002 0.001 0.002 0.005 0.012 0.002 0.035 0.030 42 V 0.091 0.418 0.013 0.006 0.002 0.002 0.021 0.017 0.006 0.342 0.082 43 A 0.035 0.030 0.262 0.006 0.001 0.002 0.030 0.008 0.156 0.371 0.098 44 R 0.379 0.033 0.013 0.009 0.002 0.004 0.084 0.012 0.008 0.075 0.382 45 A 0.116 0.011 0.002 0.010 0.001 0.003 0.073 0.004 0.002 0.059 0.718 46 T 0.019 0.005 0.001 0.005 0.002 0.005 0.143 0.002 0.001 0.022 0.797 47 D 0.025 0.012 0.001 0.008 0.001 0.006 0.103 0.003 0.001 0.024 0.816 48 L 0.036 0.026 0.001 0.012 0.006 0.008 0.131 0.006 0.001 0.099 0.676 49 T 0.040 0.612 0.001 0.008 0.001 0.003 0.033 0.003 0.001 0.057 0.240 50 R 0.021 0.846 0.001 0.005 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.023 0.087 51 A 0.008 0.895 0.001 0.007 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.036 0.042 52 T 0.004 0.837 0.001 0.004 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.116 0.026 53 A 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 54 R 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 55 R 0.002 0.515 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.460 0.012 56 F 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 57 L 0.002 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 58 L 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.013 59 T 0.015 0.863 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.038 0.066 60 L 0.028 0.017 0.474 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.222 0.195 0.037 61 V 0.554 0.027 0.012 0.005 0.001 0.003 0.067 0.021 0.013 0.111 0.187 62 E 0.059 0.008 0.001 0.005 0.001 0.004 0.079 0.002 0.001 0.023 0.818 63 L 0.010 0.007 0.001 0.012 0.002 0.008 0.163 0.001 0.001 0.030 0.765 64 G 0.004 0.002 0.001 0.039 0.036 0.222 0.122 0.011 0.001 0.182 0.382 65 Y 0.018 0.004 0.001 0.050 0.041 0.120 0.091 0.001 0.001 0.106 0.569 66 V 0.005 0.001 0.002 0.176 0.118 0.290 0.062 0.001 0.001 0.083 0.263 67 A 0.025 0.002 0.004 0.077 0.086 0.246 0.066 0.001 0.003 0.118 0.372 68 T 0.249 0.001 0.003 0.030 0.028 0.055 0.076 0.007 0.004 0.064 0.484 69 D 0.215 0.001 0.001 0.007 0.008 0.012 0.078 0.008 0.001 0.053 0.617 70 G 0.008 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.097 0.001 0.001 0.016 0.859 71 S 0.004 0.001 0.001 0.032 0.083 0.156 0.130 0.003 0.001 0.046 0.543 72 A 0.007 0.002 0.001 0.051 0.208 0.230 0.067 0.002 0.001 0.078 0.355 73 F 0.007 0.003 0.001 0.090 0.184 0.172 0.058 0.001 0.001 0.051 0.434 74 W 0.006 0.008 0.001 0.095 0.202 0.237 0.073 0.001 0.001 0.077 0.301 75 L 0.016 0.069 0.001 0.052 0.067 0.093 0.093 0.005 0.001 0.079 0.523 76 T 0.064 0.651 0.002 0.013 0.018 0.017 0.030 0.012 0.001 0.076 0.116 77 P 0.033 0.803 0.003 0.008 0.004 0.007 0.016 0.004 0.001 0.024 0.096 78 R 0.032 0.759 0.002 0.007 0.010 0.016 0.019 0.004 0.001 0.049 0.100 79 V 0.028 0.572 0.005 0.009 0.012 0.011 0.020 0.006 0.001 0.244 0.092 80 L 0.030 0.792 0.003 0.005 0.003 0.004 0.014 0.004 0.001 0.089 0.055 81 E 0.023 0.264 0.005 0.013 0.005 0.007 0.022 0.002 0.001 0.577 0.082 82 L 0.003 0.858 0.004 0.005 0.003 0.003 0.015 0.002 0.001 0.034 0.071 83 G 0.022 0.918 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.001 0.004 0.028 84 Y 0.065 0.543 0.008 0.010 0.003 0.004 0.017 0.017 0.003 0.213 0.118 85 S 0.062 0.223 0.024 0.007 0.002 0.005 0.073 0.007 0.018 0.332 0.247 86 Y 0.240 0.125 0.041 0.018 0.003 0.006 0.090 0.032 0.017 0.159 0.270 87 L 0.225 0.027 0.037 0.039 0.005 0.007 0.109 0.014 0.027 0.095 0.415 88 S 0.053 0.006 0.001 0.019 0.004 0.009 0.164 0.002 0.001 0.029 0.712 89 S 0.037 0.009 0.001 0.019 0.003 0.009 0.127 0.003 0.001 0.034 0.756 90 L 0.064 0.006 0.003 0.012 0.006 0.011 0.214 0.017 0.001 0.068 0.598 91 S 0.098 0.013 0.002 0.019 0.005 0.012 0.128 0.006 0.001 0.041 0.675