# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.438 0.022 0.012 0.010 0.013 0.051 0.007 0.005 0.063 0.295 2 I 0.021 0.664 0.001 0.003 0.006 0.006 0.034 0.005 0.001 0.028 0.231 3 D 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.030 4 E 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 5 K 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.011 6 F 0.008 0.392 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.566 0.023 7 L 0.002 0.276 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.698 0.014 8 I 0.007 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.063 0.019 9 E 0.002 0.961 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.021 10 S 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.014 11 N 0.028 0.774 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.003 0.094 0.080 12 E 0.053 0.192 0.094 0.001 0.001 0.001 0.041 0.008 0.065 0.382 0.163 13 L 0.317 0.077 0.036 0.002 0.001 0.001 0.077 0.016 0.023 0.163 0.289 14 V 0.192 0.034 0.014 0.007 0.001 0.001 0.109 0.008 0.009 0.094 0.532 15 E 0.056 0.011 0.001 0.010 0.001 0.002 0.160 0.001 0.001 0.034 0.723 16 S 0.011 0.013 0.001 0.018 0.002 0.008 0.136 0.004 0.001 0.035 0.771 17 S 0.027 0.005 0.003 0.025 0.015 0.028 0.200 0.005 0.001 0.092 0.600 18 K 0.010 0.011 0.002 0.252 0.041 0.136 0.096 0.002 0.001 0.100 0.350 19 I 0.006 0.004 0.001 0.252 0.047 0.166 0.066 0.001 0.001 0.134 0.322 20 V 0.001 0.002 0.001 0.469 0.133 0.171 0.031 0.001 0.001 0.068 0.124 21 M 0.001 0.001 0.001 0.388 0.160 0.259 0.018 0.001 0.001 0.090 0.082 22 V 0.002 0.001 0.001 0.238 0.213 0.305 0.027 0.001 0.001 0.042 0.170 23 G 0.002 0.001 0.001 0.142 0.234 0.454 0.022 0.001 0.001 0.032 0.112 24 T 0.006 0.003 0.001 0.037 0.316 0.456 0.032 0.001 0.001 0.046 0.101 25 N 0.008 0.002 0.006 0.072 0.125 0.235 0.091 0.004 0.007 0.022 0.429 26 G 0.774 0.028 0.001 0.005 0.014 0.016 0.019 0.027 0.002 0.035 0.080 27 E 0.444 0.010 0.001 0.006 0.004 0.007 0.048 0.002 0.001 0.042 0.435 28 N 0.002 0.003 0.001 0.009 0.009 0.031 0.078 0.001 0.001 0.005 0.861 29 G 0.030 0.028 0.005 0.016 0.063 0.063 0.082 0.003 0.001 0.031 0.678 30 Y 0.384 0.044 0.001 0.007 0.058 0.022 0.075 0.029 0.001 0.106 0.272 31 P 0.100 0.032 0.001 0.009 0.022 0.029 0.095 0.004 0.001 0.024 0.685 32 N 0.023 0.060 0.002 0.018 0.029 0.071 0.095 0.002 0.001 0.014 0.686 33 I 0.025 0.124 0.002 0.021 0.069 0.077 0.097 0.008 0.001 0.033 0.543 34 K 0.133 0.316 0.005 0.020 0.081 0.069 0.062 0.017 0.003 0.051 0.241 35 A 0.118 0.314 0.007 0.028 0.051 0.063 0.055 0.013 0.003 0.037 0.310 36 M 0.153 0.190 0.006 0.024 0.057 0.102 0.066 0.011 0.002 0.032 0.359 37 M 0.081 0.147 0.003 0.040 0.075 0.124 0.082 0.008 0.001 0.035 0.403 38 R 0.049 0.078 0.004 0.024 0.073 0.139 0.081 0.003 0.002 0.032 0.513 39 L 0.031 0.074 0.006 0.018 0.123 0.160 0.083 0.005 0.003 0.032 0.464 40 K 0.077 0.049 0.011 0.006 0.048 0.067 0.079 0.007 0.009 0.035 0.612 41 H 0.327 0.020 0.008 0.004 0.015 0.020 0.046 0.008 0.004 0.045 0.502 42 D 0.102 0.002 0.002 0.004 0.007 0.016 0.062 0.003 0.001 0.053 0.747 43 G 0.027 0.002 0.001 0.008 0.007 0.019 0.090 0.001 0.001 0.035 0.809 44 L 0.011 0.001 0.001 0.015 0.032 0.043 0.135 0.001 0.001 0.043 0.718 45 K 0.001 0.001 0.001 0.046 0.217 0.266 0.105 0.001 0.001 0.047 0.316 46 K 0.001 0.001 0.001 0.080 0.141 0.394 0.054 0.001 0.001 0.140 0.190 47 F 0.001 0.001 0.001 0.183 0.315 0.342 0.017 0.001 0.001 0.074 0.068 48 W 0.001 0.001 0.001 0.207 0.251 0.423 0.012 0.001 0.001 0.048 0.058 49 L 0.001 0.001 0.001 0.204 0.349 0.323 0.009 0.001 0.001 0.055 0.059 50 S 0.005 0.001 0.001 0.201 0.229 0.355 0.024 0.001 0.001 0.102 0.083 51 T 0.032 0.002 0.001 0.094 0.147 0.251 0.085 0.002 0.001 0.109 0.277 52 N 0.132 0.022 0.002 0.064 0.051 0.069 0.127 0.005 0.003 0.068 0.459 53 T 0.039 0.124 0.003 0.018 0.017 0.021 0.119 0.008 0.002 0.049 0.601 54 S 0.036 0.674 0.001 0.004 0.005 0.007 0.034 0.010 0.001 0.013 0.216 55 T 0.026 0.822 0.001 0.003 0.005 0.004 0.014 0.005 0.001 0.036 0.084 56 R 0.004 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.013 0.029 57 M 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 58 V 0.016 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.012 0.019 59 E 0.011 0.754 0.005 0.003 0.001 0.002 0.011 0.003 0.003 0.158 0.049 60 R 0.047 0.159 0.238 0.003 0.001 0.003 0.024 0.015 0.109 0.305 0.096 61 L 0.532 0.021 0.029 0.003 0.002 0.003 0.039 0.022 0.019 0.150 0.181 62 K 0.073 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.063 0.001 0.004 0.034 0.812 63 K 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.065 0.001 0.001 0.009 0.905 64 N 0.013 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.181 0.003 0.001 0.045 0.736 65 N 0.009 0.001 0.001 0.018 0.008 0.017 0.183 0.001 0.001 0.064 0.699 66 K 0.002 0.001 0.001 0.206 0.028 0.112 0.114 0.001 0.001 0.111 0.424 67 I 0.001 0.001 0.001 0.271 0.083 0.217 0.048 0.001 0.001 0.115 0.264 68 C 0.001 0.001 0.001 0.452 0.167 0.237 0.013 0.001 0.001 0.062 0.067 69 L 0.001 0.001 0.001 0.354 0.255 0.252 0.012 0.001 0.001 0.040 0.086 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.326 0.240 0.286 0.018 0.001 0.001 0.035 0.094 71 F 0.004 0.001 0.001 0.239 0.156 0.311 0.058 0.001 0.001 0.055 0.176 72 V 0.025 0.008 0.003 0.091 0.094 0.126 0.107 0.002 0.005 0.041 0.498 73 D 0.360 0.077 0.005 0.011 0.019 0.020 0.066 0.019 0.007 0.036 0.381 74 D 0.134 0.043 0.004 0.007 0.006 0.009 0.077 0.011 0.003 0.091 0.615 75 N 0.126 0.012 0.021 0.008 0.010 0.020 0.091 0.003 0.009 0.156 0.545 76 K 0.149 0.015 0.003 0.009 0.041 0.063 0.095 0.010 0.001 0.131 0.485 77 F 0.047 0.005 0.001 0.009 0.032 0.056 0.120 0.002 0.001 0.055 0.673 78 A 0.003 0.002 0.001 0.030 0.140 0.260 0.118 0.001 0.001 0.036 0.410 79 G 0.001 0.001 0.001 0.036 0.125 0.439 0.060 0.001 0.001 0.070 0.267 80 L 0.001 0.002 0.001 0.080 0.292 0.352 0.033 0.001 0.001 0.049 0.189 81 M 0.001 0.001 0.001 0.112 0.246 0.506 0.013 0.001 0.001 0.073 0.048 82 L 0.002 0.002 0.001 0.075 0.318 0.440 0.010 0.001 0.001 0.064 0.088 83 V 0.012 0.006 0.001 0.115 0.280 0.353 0.030 0.001 0.001 0.026 0.175 84 G 0.004 0.003 0.001 0.067 0.336 0.455 0.021 0.002 0.001 0.015 0.098 85 T 0.007 0.007 0.001 0.066 0.269 0.415 0.037 0.002 0.001 0.037 0.160 86 I 0.019 0.009 0.002 0.118 0.353 0.207 0.053 0.002 0.001 0.026 0.210 87 E 0.018 0.024 0.001 0.086 0.294 0.352 0.053 0.002 0.001 0.026 0.144 88 I 0.030 0.085 0.003 0.063 0.101 0.135 0.067 0.004 0.001 0.028 0.482 89 L 0.085 0.191 0.006 0.063 0.047 0.061 0.078 0.013 0.002 0.139 0.315 90 H 0.018 0.244 0.006 0.016 0.010 0.010 0.057 0.004 0.002 0.382 0.251 91 D 0.018 0.853 0.004 0.002 0.002 0.002 0.012 0.007 0.001 0.025 0.076 92 R 0.023 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.008 0.042 93 A 0.005 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.011 0.037 94 S 0.023 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.006 0.021 95 K 0.072 0.712 0.011 0.002 0.001 0.001 0.009 0.031 0.005 0.089 0.069 96 E 0.115 0.281 0.020 0.004 0.002 0.003 0.057 0.007 0.011 0.308 0.192 97 M 0.099 0.204 0.015 0.011 0.001 0.004 0.087 0.004 0.005 0.110 0.459 98 L 0.072 0.094 0.034 0.014 0.004 0.007 0.134 0.009 0.014 0.103 0.515 99 W 0.120 0.143 0.005 0.009 0.003 0.006 0.089 0.007 0.004 0.029 0.584 100 T 0.218 0.102 0.003 0.004 0.002 0.007 0.059 0.010 0.002 0.026 0.567 101 D 0.100 0.082 0.003 0.008 0.004 0.013 0.092 0.013 0.001 0.050 0.633 102 G 0.113 0.119 0.011 0.032 0.006 0.023 0.098 0.004 0.003 0.062 0.529 103 C 0.069 0.116 0.005 0.062 0.050 0.090 0.084 0.010 0.001 0.066 0.448 104 E 0.048 0.023 0.001 0.063 0.096 0.161 0.074 0.003 0.001 0.095 0.435 105 I 0.005 0.008 0.002 0.115 0.162 0.190 0.079 0.001 0.001 0.036 0.401 106 Y 0.009 0.009 0.009 0.152 0.077 0.160 0.107 0.003 0.004 0.046 0.426 107 Y 0.351 0.006 0.005 0.034 0.094 0.095 0.045 0.019 0.003 0.133 0.217 108 P 0.190 0.004 0.001 0.025 0.009 0.021 0.072 0.003 0.001 0.054 0.621 109 L 0.008 0.001 0.001 0.010 0.009 0.039 0.087 0.003 0.001 0.015 0.828 110 G 0.033 0.002 0.001 0.020 0.018 0.018 0.091 0.001 0.001 0.021 0.797 111 I 0.002 0.001 0.001 0.010 0.101 0.080 0.157 0.002 0.001 0.025 0.623 112 D 0.023 0.002 0.001 0.016 0.010 0.013 0.103 0.001 0.001 0.019 0.811 113 D 0.483 0.012 0.003 0.018 0.013 0.013 0.093 0.009 0.002 0.129 0.225 114 P 0.050 0.019 0.002 0.017 0.004 0.011 0.151 0.002 0.001 0.071 0.673 115 D 0.013 0.006 0.001 0.029 0.040 0.130 0.145 0.005 0.001 0.046 0.583 116 Y 0.007 0.008 0.001 0.096 0.165 0.249 0.087 0.001 0.001 0.081 0.305 117 T 0.005 0.003 0.001 0.092 0.189 0.421 0.041 0.001 0.001 0.096 0.150 118 A 0.004 0.002 0.001 0.088 0.242 0.374 0.032 0.001 0.001 0.048 0.210 119 L 0.004 0.001 0.001 0.113 0.232 0.285 0.048 0.001 0.001 0.029 0.287 120 C 0.003 0.001 0.001 0.058 0.303 0.310 0.060 0.001 0.001 0.044 0.218 121 F 0.004 0.001 0.002 0.051 0.118 0.162 0.094 0.002 0.002 0.026 0.539 122 T 0.515 0.034 0.003 0.018 0.048 0.052 0.053 0.018 0.004 0.060 0.195 123 A 0.252 0.021 0.006 0.018 0.006 0.012 0.087 0.004 0.003 0.075 0.517 124 E 0.019 0.051 0.002 0.030 0.030 0.089 0.097 0.004 0.001 0.029 0.648 125 W 0.035 0.061 0.002 0.034 0.124 0.203 0.082 0.004 0.001 0.051 0.403 126 G 0.016 0.043 0.002 0.034 0.270 0.192 0.064 0.003 0.001 0.037 0.339 127 N 0.018 0.058 0.001 0.036 0.228 0.390 0.043 0.005 0.001 0.046 0.173 128 Y 0.046 0.049 0.004 0.029 0.191 0.268 0.054 0.003 0.002 0.042 0.313 129 Y 0.035 0.036 0.006 0.045 0.232 0.353 0.056 0.003 0.003 0.040 0.191 130 R 0.056 0.012 0.008 0.024 0.111 0.218 0.077 0.004 0.007 0.043 0.439 131 H 0.177 0.060 0.004 0.020 0.048 0.064 0.066 0.011 0.003 0.045 0.503 132 L 0.177 0.032 0.004 0.013 0.024 0.033 0.088 0.004 0.002 0.080 0.543 133 K 0.009 0.081 0.002 0.025 0.039 0.082 0.091 0.003 0.001 0.041 0.626 134 N 0.027 0.159 0.002 0.019 0.076 0.096 0.076 0.005 0.001 0.064 0.476 135 I 0.014 0.294 0.002 0.031 0.154 0.087 0.052 0.005 0.001 0.055 0.305 136 T 0.025 0.329 0.002 0.026 0.048 0.086 0.047 0.004 0.001 0.196 0.235 137 F 0.011 0.471 0.005 0.034 0.073 0.052 0.030 0.004 0.001 0.129 0.189 138 K 0.027 0.766 0.007 0.011 0.019 0.033 0.017 0.013 0.002 0.022 0.083 139 I 0.062 0.689 0.007 0.012 0.025 0.025 0.015 0.012 0.003 0.048 0.102 140 D 0.070 0.203 0.032 0.028 0.040 0.055 0.064 0.012 0.019 0.194 0.282 141 E 0.247 0.186 0.020 0.022 0.028 0.051 0.069 0.029 0.008 0.111 0.230 142 I 0.120 0.032 0.021 0.041 0.022 0.048 0.107 0.014 0.014 0.059 0.524 143 Y 0.085 0.012 0.003 0.037 0.032 0.044 0.118 0.002 0.001 0.031 0.636 144 N 0.012 0.009 0.001 0.024 0.017 0.032 0.119 0.001 0.001 0.023 0.760 145 Y 0.013 0.002 0.001 0.012 0.026 0.030 0.153 0.013 0.001 0.026 0.725