# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.098 0.046 0.040 0.019 0.032 0.105 0.010 0.649 2 I 0.109 0.078 0.032 0.025 0.048 0.178 0.009 0.520 3 D 0.052 0.089 0.020 0.010 0.035 0.146 0.007 0.641 4 E 0.051 0.168 0.009 0.005 0.012 0.161 0.006 0.590 5 K 0.046 0.386 0.003 0.003 0.004 0.264 0.005 0.289 6 F 0.037 0.836 0.002 0.002 0.002 0.020 0.003 0.097 7 L 0.011 0.924 0.003 0.001 0.003 0.009 0.002 0.046 8 I 0.002 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 9 E 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 10 S 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 11 N 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 12 E 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 13 L 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 14 V 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 15 E 0.034 0.875 0.004 0.003 0.003 0.008 0.016 0.057 16 S 0.295 0.464 0.009 0.004 0.003 0.007 0.099 0.119 17 S 0.500 0.160 0.051 0.008 0.006 0.013 0.119 0.143 18 K 0.087 0.085 0.290 0.052 0.029 0.110 0.066 0.281 19 I 0.023 0.027 0.385 0.039 0.054 0.104 0.016 0.351 20 V 0.022 0.019 0.595 0.118 0.122 0.049 0.006 0.070 21 M 0.010 0.013 0.435 0.147 0.179 0.042 0.003 0.172 22 V 0.005 0.006 0.408 0.178 0.246 0.030 0.003 0.125 23 G 0.009 0.006 0.247 0.295 0.292 0.040 0.003 0.108 24 T 0.010 0.006 0.068 0.309 0.342 0.052 0.004 0.210 25 N 0.014 0.004 0.072 0.165 0.313 0.053 0.004 0.376 26 G 0.014 0.005 0.027 0.095 0.194 0.155 0.007 0.503 27 E 0.066 0.006 0.016 0.031 0.043 0.191 0.014 0.632 28 N 0.037 0.015 0.012 0.025 0.024 0.227 0.028 0.633 29 G 0.264 0.021 0.021 0.029 0.022 0.054 0.176 0.413 30 Y 0.257 0.003 0.071 0.020 0.037 0.331 0.008 0.274 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 N 0.019 0.002 0.045 0.096 0.375 0.142 0.003 0.318 33 I 0.131 0.004 0.064 0.052 0.091 0.064 0.005 0.590 34 K 0.040 0.011 0.109 0.212 0.243 0.078 0.003 0.304 35 A 0.008 0.006 0.031 0.051 0.100 0.043 0.001 0.760 36 M 0.025 0.035 0.108 0.108 0.320 0.099 0.005 0.300 37 M 0.061 0.067 0.067 0.118 0.194 0.157 0.012 0.324 38 R 0.090 0.103 0.035 0.083 0.143 0.107 0.017 0.422 39 L 0.230 0.113 0.055 0.088 0.144 0.080 0.020 0.271 40 K 0.145 0.112 0.036 0.102 0.115 0.087 0.029 0.373 41 H 0.110 0.086 0.051 0.079 0.120 0.059 0.023 0.473 42 D 0.053 0.063 0.025 0.060 0.094 0.090 0.018 0.598 43 G 0.135 0.032 0.020 0.039 0.055 0.118 0.051 0.550 44 L 0.237 0.016 0.041 0.025 0.035 0.243 0.043 0.359 45 K 0.098 0.018 0.070 0.058 0.039 0.198 0.038 0.481 46 K 0.152 0.008 0.124 0.074 0.105 0.224 0.018 0.295 47 F 0.060 0.004 0.211 0.193 0.342 0.101 0.005 0.084 48 W 0.008 0.002 0.181 0.299 0.443 0.024 0.001 0.043 49 L 0.002 0.002 0.185 0.335 0.417 0.011 0.001 0.047 50 S 0.003 0.002 0.232 0.253 0.425 0.019 0.001 0.063 51 T 0.004 0.005 0.130 0.256 0.376 0.042 0.002 0.184 52 N 0.011 0.004 0.091 0.067 0.239 0.128 0.005 0.454 53 T 0.025 0.003 0.021 0.017 0.042 0.326 0.005 0.562 54 S 0.049 0.006 0.008 0.005 0.009 0.535 0.010 0.379 55 T 0.190 0.034 0.010 0.007 0.010 0.311 0.015 0.424 56 R 0.069 0.093 0.019 0.010 0.014 0.301 0.007 0.486 57 M 0.034 0.098 0.006 0.007 0.018 0.366 0.006 0.464 58 V 0.065 0.457 0.013 0.012 0.062 0.095 0.005 0.291 59 E 0.010 0.777 0.004 0.010 0.021 0.044 0.003 0.132 60 R 0.017 0.841 0.002 0.005 0.010 0.014 0.004 0.106 61 L 0.030 0.910 0.002 0.004 0.009 0.003 0.004 0.038 62 K 0.022 0.915 0.002 0.006 0.011 0.005 0.006 0.033 63 K 0.120 0.680 0.007 0.009 0.011 0.011 0.056 0.106 64 N 0.397 0.269 0.014 0.009 0.007 0.014 0.165 0.125 65 N 0.387 0.073 0.063 0.025 0.008 0.021 0.194 0.229 66 K 0.068 0.012 0.347 0.036 0.037 0.226 0.041 0.232 67 I 0.056 0.008 0.343 0.111 0.151 0.157 0.009 0.165 68 C 0.017 0.003 0.459 0.187 0.260 0.044 0.002 0.026 69 L 0.005 0.002 0.367 0.250 0.273 0.019 0.001 0.084 70 Y 0.001 0.001 0.506 0.225 0.226 0.007 0.001 0.033 71 F 0.003 0.001 0.159 0.324 0.389 0.020 0.001 0.105 72 V 0.003 0.001 0.178 0.190 0.458 0.030 0.001 0.139 73 D 0.003 0.001 0.045 0.116 0.322 0.093 0.001 0.418 74 D 0.008 0.001 0.013 0.016 0.068 0.060 0.003 0.831 75 N 0.024 0.002 0.003 0.008 0.016 0.543 0.007 0.398 76 K 0.236 0.005 0.004 0.010 0.013 0.484 0.035 0.214 77 F 0.219 0.079 0.035 0.046 0.054 0.298 0.021 0.246 78 A 0.090 0.071 0.066 0.179 0.205 0.162 0.019 0.209 79 G 0.098 0.020 0.063 0.187 0.286 0.073 0.013 0.261 80 L 0.045 0.008 0.110 0.292 0.449 0.022 0.005 0.069 81 M 0.005 0.003 0.113 0.407 0.373 0.013 0.003 0.084 82 L 0.003 0.002 0.101 0.343 0.437 0.012 0.002 0.099 83 V 0.002 0.001 0.146 0.255 0.420 0.025 0.002 0.149 84 G 0.003 0.001 0.103 0.367 0.342 0.036 0.004 0.144 85 T 0.026 0.001 0.101 0.099 0.283 0.129 0.004 0.358 86 I 0.020 0.001 0.108 0.296 0.361 0.065 0.002 0.148 87 E 0.016 0.001 0.091 0.362 0.447 0.031 0.001 0.051 88 I 0.007 0.002 0.041 0.196 0.387 0.031 0.001 0.336 89 L 0.006 0.004 0.205 0.269 0.414 0.020 0.002 0.080 90 H 0.008 0.012 0.050 0.203 0.224 0.111 0.003 0.390 91 D 0.020 0.012 0.035 0.034 0.201 0.085 0.005 0.607 92 R 0.015 0.011 0.006 0.005 0.030 0.099 0.002 0.831 93 A 0.023 0.012 0.002 0.002 0.003 0.539 0.005 0.414 94 S 0.070 0.093 0.001 0.001 0.002 0.645 0.006 0.180 95 K 0.043 0.831 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.107 96 E 0.011 0.862 0.003 0.003 0.004 0.026 0.003 0.086 97 M 0.034 0.890 0.004 0.004 0.005 0.011 0.006 0.046 98 L 0.054 0.898 0.002 0.004 0.008 0.003 0.006 0.024 99 W 0.069 0.775 0.018 0.015 0.025 0.011 0.015 0.072 100 T 0.079 0.647 0.024 0.021 0.020 0.023 0.028 0.158 101 D 0.045 0.252 0.024 0.009 0.012 0.026 0.021 0.610 102 G 0.053 0.223 0.018 0.015 0.022 0.131 0.022 0.515 103 C 0.162 0.226 0.051 0.024 0.033 0.213 0.028 0.263 104 E 0.093 0.440 0.057 0.044 0.039 0.119 0.016 0.192 105 I 0.099 0.408 0.081 0.054 0.069 0.041 0.019 0.229 106 Y 0.106 0.334 0.118 0.070 0.102 0.033 0.026 0.211 107 Y 0.073 0.171 0.114 0.139 0.204 0.041 0.020 0.237 108 P 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.983 109 L 0.037 0.043 0.029 0.055 0.106 0.134 0.016 0.579 110 G 0.451 0.020 0.012 0.011 0.011 0.069 0.047 0.378 111 I 0.336 0.037 0.108 0.035 0.042 0.079 0.015 0.348 112 D 0.025 0.015 0.021 0.017 0.029 0.132 0.008 0.752 113 D 0.152 0.022 0.021 0.026 0.049 0.147 0.013 0.569 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.992 115 D 0.011 0.003 0.013 0.018 0.029 0.708 0.009 0.209 116 Y 0.476 0.018 0.047 0.035 0.041 0.178 0.020 0.185 117 T 0.089 0.091 0.209 0.154 0.181 0.142 0.008 0.126 118 A 0.033 0.024 0.221 0.170 0.292 0.098 0.004 0.157 119 L 0.015 0.016 0.286 0.281 0.357 0.016 0.003 0.026 120 C 0.013 0.017 0.155 0.265 0.371 0.018 0.007 0.154 121 F 0.006 0.006 0.423 0.203 0.223 0.020 0.006 0.113 122 T 0.008 0.010 0.068 0.164 0.238 0.094 0.004 0.413 123 A 0.004 0.004 0.037 0.028 0.140 0.033 0.002 0.754 124 E 0.006 0.009 0.015 0.024 0.060 0.351 0.004 0.530 125 W 0.152 0.023 0.012 0.015 0.026 0.340 0.022 0.411 126 G 0.383 0.277 0.025 0.067 0.051 0.046 0.017 0.135 127 N 0.076 0.246 0.119 0.159 0.191 0.057 0.013 0.139 128 Y 0.038 0.156 0.042 0.196 0.253 0.029 0.009 0.278 129 Y 0.054 0.154 0.067 0.160 0.372 0.028 0.009 0.157 130 R 0.037 0.169 0.034 0.198 0.224 0.058 0.016 0.264 131 H 0.060 0.136 0.049 0.056 0.120 0.075 0.024 0.479 132 L 0.113 0.091 0.017 0.029 0.061 0.115 0.022 0.552 133 K 0.118 0.084 0.016 0.016 0.018 0.133 0.034 0.581 134 N 0.173 0.084 0.017 0.015 0.015 0.142 0.033 0.521 135 I 0.222 0.157 0.048 0.029 0.035 0.110 0.019 0.380 136 T 0.063 0.206 0.052 0.044 0.083 0.117 0.008 0.427 137 F 0.040 0.226 0.055 0.087 0.121 0.107 0.007 0.357 138 K 0.023 0.496 0.026 0.062 0.064 0.053 0.005 0.271 139 I 0.023 0.541 0.047 0.049 0.131 0.036 0.007 0.166 140 D 0.013 0.715 0.014 0.028 0.052 0.029 0.004 0.145 141 E 0.023 0.800 0.007 0.013 0.024 0.025 0.008 0.099 142 I 0.042 0.850 0.005 0.007 0.012 0.013 0.010 0.061 143 Y 0.037 0.886 0.006 0.008 0.009 0.005 0.010 0.039 144 N 0.110 0.664 0.011 0.014 0.014 0.010 0.042 0.135 145 Y 0.146 0.428 0.068 0.021 0.027 0.021 0.053 0.237