# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.533 0.040 0.100 0.127 0.036 0.018 0.073 0.036 0.016 0.018 0.001 2 I 0.761 0.039 0.102 0.065 0.007 0.012 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 3 D 0.707 0.030 0.107 0.092 0.005 0.029 0.014 0.003 0.011 0.002 0.001 4 E 0.930 0.009 0.017 0.034 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.930 0.006 0.015 0.033 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 6 F 0.890 0.012 0.022 0.050 0.002 0.009 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 7 L 0.938 0.015 0.022 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.936 0.016 0.021 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.879 0.022 0.057 0.022 0.006 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 10 S 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 N 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.971 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.928 0.001 0.005 0.064 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.718 0.030 0.097 0.107 0.002 0.031 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 15 E 0.854 0.012 0.061 0.056 0.004 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.102 0.005 0.008 0.834 0.005 0.004 0.015 0.021 0.006 0.001 0.001 17 S 0.006 0.075 0.841 0.005 0.015 0.042 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 18 K 0.402 0.033 0.033 0.510 0.006 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 I 0.001 0.727 0.022 0.004 0.242 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 V 0.001 0.937 0.015 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 21 M 0.001 0.713 0.198 0.001 0.011 0.043 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 22 V 0.006 0.700 0.167 0.006 0.025 0.069 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 23 G 0.015 0.565 0.174 0.013 0.140 0.050 0.004 0.001 0.035 0.002 0.001 24 T 0.021 0.658 0.109 0.033 0.139 0.019 0.003 0.001 0.016 0.002 0.001 25 N 0.023 0.313 0.334 0.100 0.074 0.059 0.037 0.001 0.054 0.003 0.001 26 G 0.018 0.027 0.279 0.013 0.138 0.007 0.021 0.183 0.003 0.311 0.001 27 E 0.628 0.110 0.070 0.128 0.014 0.018 0.007 0.007 0.013 0.005 0.001 28 N 0.078 0.017 0.068 0.542 0.005 0.011 0.257 0.006 0.014 0.002 0.001 29 G 0.012 0.001 0.017 0.013 0.010 0.001 0.066 0.783 0.001 0.097 0.001 30 Y 0.035 0.269 0.562 0.003 0.021 0.012 0.004 0.001 0.091 0.002 0.001 31 P 0.178 0.003 0.725 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 32 N 0.140 0.173 0.192 0.181 0.068 0.122 0.064 0.018 0.040 0.002 0.001 33 I 0.076 0.500 0.286 0.049 0.032 0.031 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 34 K 0.131 0.492 0.236 0.011 0.054 0.018 0.012 0.002 0.041 0.002 0.001 35 A 0.232 0.103 0.587 0.013 0.012 0.042 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 36 M 0.343 0.383 0.099 0.076 0.044 0.024 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 37 M 0.295 0.358 0.176 0.019 0.093 0.018 0.008 0.002 0.023 0.007 0.001 38 R 0.380 0.144 0.331 0.057 0.013 0.045 0.006 0.001 0.017 0.001 0.006 39 L 0.190 0.288 0.276 0.087 0.032 0.046 0.028 0.003 0.049 0.001 0.001 40 K 0.188 0.232 0.400 0.040 0.022 0.065 0.023 0.004 0.022 0.003 0.002 41 H 0.232 0.345 0.148 0.092 0.052 0.061 0.014 0.005 0.042 0.009 0.001 42 D 0.153 0.100 0.173 0.276 0.047 0.036 0.137 0.005 0.062 0.008 0.001 43 G 0.135 0.007 0.036 0.043 0.052 0.003 0.066 0.415 0.002 0.240 0.001 44 L 0.241 0.073 0.220 0.364 0.024 0.019 0.037 0.008 0.008 0.004 0.002 45 K 0.086 0.085 0.132 0.249 0.119 0.014 0.173 0.110 0.007 0.023 0.001 46 K 0.006 0.750 0.140 0.007 0.076 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 47 F 0.001 0.817 0.135 0.001 0.012 0.013 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 48 W 0.003 0.823 0.133 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 49 L 0.007 0.714 0.141 0.004 0.029 0.070 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 50 S 0.012 0.658 0.101 0.021 0.113 0.042 0.004 0.001 0.048 0.001 0.001 51 T 0.073 0.349 0.197 0.092 0.235 0.031 0.004 0.001 0.014 0.005 0.001 52 N 0.124 0.123 0.287 0.116 0.116 0.132 0.020 0.006 0.062 0.013 0.001 53 T 0.728 0.021 0.041 0.187 0.005 0.006 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 54 S 0.494 0.022 0.052 0.317 0.016 0.010 0.045 0.025 0.009 0.010 0.001 55 T 0.518 0.050 0.249 0.084 0.028 0.022 0.015 0.013 0.013 0.006 0.001 56 R 0.903 0.008 0.030 0.031 0.002 0.009 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 57 M 0.952 0.011 0.018 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 V 0.984 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.990 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.983 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.939 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.969 0.004 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 K 0.688 0.003 0.007 0.294 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.075 0.055 0.243 0.369 0.011 0.083 0.075 0.004 0.083 0.001 0.001 65 N 0.125 0.118 0.150 0.335 0.034 0.043 0.146 0.020 0.022 0.003 0.001 66 K 0.024 0.389 0.185 0.136 0.104 0.046 0.080 0.006 0.027 0.003 0.001 67 I 0.002 0.691 0.238 0.003 0.043 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 68 C 0.002 0.862 0.068 0.002 0.034 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 69 L 0.002 0.816 0.118 0.001 0.028 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 70 Y 0.004 0.823 0.069 0.002 0.023 0.038 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 71 F 0.006 0.692 0.156 0.005 0.062 0.043 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 72 V 0.040 0.524 0.259 0.057 0.042 0.053 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 73 D 0.011 0.232 0.293 0.015 0.169 0.129 0.008 0.001 0.131 0.010 0.001 74 D 0.709 0.006 0.016 0.206 0.004 0.009 0.036 0.005 0.004 0.003 0.001 75 N 0.374 0.018 0.034 0.450 0.010 0.013 0.068 0.022 0.008 0.002 0.001 76 K 0.357 0.138 0.070 0.358 0.025 0.008 0.024 0.006 0.013 0.001 0.001 77 F 0.103 0.187 0.395 0.079 0.042 0.071 0.079 0.010 0.027 0.005 0.002 78 A 0.119 0.483 0.128 0.166 0.071 0.009 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 79 G 0.017 0.153 0.093 0.037 0.589 0.005 0.028 0.015 0.006 0.055 0.001 80 L 0.001 0.756 0.140 0.002 0.093 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 M 0.001 0.879 0.074 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 82 L 0.003 0.638 0.263 0.001 0.010 0.068 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 83 V 0.007 0.811 0.066 0.018 0.035 0.018 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 84 G 0.003 0.104 0.073 0.003 0.736 0.004 0.029 0.014 0.003 0.031 0.001 85 T 0.009 0.675 0.207 0.014 0.070 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 86 I 0.005 0.750 0.109 0.004 0.096 0.009 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 87 E 0.006 0.619 0.271 0.001 0.012 0.043 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 88 I 0.014 0.188 0.653 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 89 L 0.238 0.321 0.179 0.141 0.032 0.060 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 90 H 0.032 0.303 0.136 0.037 0.446 0.021 0.009 0.002 0.010 0.005 0.001 91 D 0.050 0.187 0.261 0.047 0.122 0.132 0.011 0.001 0.182 0.005 0.001 92 R 0.943 0.003 0.007 0.038 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 93 A 0.946 0.002 0.007 0.037 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 94 S 0.891 0.003 0.008 0.088 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 95 K 0.933 0.006 0.013 0.035 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.935 0.013 0.023 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.899 0.020 0.036 0.033 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 98 L 0.848 0.012 0.028 0.097 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 99 W 0.535 0.058 0.106 0.215 0.014 0.041 0.012 0.004 0.011 0.003 0.001 100 T 0.248 0.266 0.254 0.064 0.060 0.031 0.009 0.002 0.059 0.008 0.001 101 D 0.736 0.008 0.121 0.094 0.004 0.009 0.020 0.003 0.002 0.002 0.002 102 G 0.475 0.005 0.038 0.073 0.016 0.003 0.031 0.308 0.002 0.049 0.001 103 C 0.653 0.070 0.162 0.077 0.011 0.014 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 104 E 0.659 0.117 0.117 0.057 0.015 0.014 0.009 0.002 0.008 0.001 0.001 105 I 0.453 0.299 0.111 0.077 0.038 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 106 Y 0.346 0.255 0.159 0.147 0.022 0.035 0.010 0.001 0.024 0.002 0.001 107 Y 0.057 0.289 0.321 0.002 0.047 0.017 0.007 0.001 0.256 0.003 0.001 108 P 0.457 0.004 0.401 0.015 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 109 L 0.233 0.050 0.278 0.324 0.027 0.018 0.044 0.012 0.012 0.002 0.001 110 G 0.028 0.020 0.184 0.028 0.165 0.011 0.073 0.275 0.006 0.210 0.001 111 I 0.486 0.085 0.331 0.060 0.015 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 112 D 0.183 0.038 0.080 0.624 0.013 0.032 0.009 0.011 0.007 0.002 0.001 113 D 0.003 0.117 0.251 0.004 0.017 0.060 0.006 0.001 0.542 0.001 0.001 114 P 0.814 0.005 0.118 0.036 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 115 D 0.283 0.023 0.051 0.590 0.006 0.025 0.008 0.004 0.010 0.001 0.001 116 Y 0.033 0.459 0.294 0.086 0.093 0.014 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 117 T 0.019 0.699 0.169 0.013 0.048 0.020 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 118 A 0.007 0.505 0.427 0.002 0.018 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 119 L 0.018 0.716 0.162 0.015 0.045 0.028 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 120 C 0.004 0.757 0.128 0.002 0.054 0.031 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 121 F 0.015 0.706 0.153 0.011 0.072 0.025 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 122 T 0.005 0.534 0.257 0.003 0.103 0.040 0.004 0.001 0.051 0.002 0.001 123 A 0.560 0.066 0.260 0.018 0.026 0.052 0.003 0.002 0.007 0.002 0.003 124 E 0.814 0.007 0.004 0.172 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.133 0.309 0.030 0.233 0.259 0.003 0.016 0.003 0.013 0.001 0.001 126 G 0.102 0.450 0.158 0.031 0.190 0.009 0.011 0.013 0.019 0.016 0.001 127 N 0.061 0.643 0.114 0.013 0.095 0.034 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 128 Y 0.098 0.597 0.137 0.040 0.049 0.046 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 129 Y 0.108 0.522 0.144 0.058 0.073 0.049 0.005 0.001 0.037 0.002 0.001 130 R 0.173 0.278 0.248 0.061 0.059 0.088 0.057 0.003 0.029 0.003 0.001 131 H 0.140 0.259 0.237 0.106 0.082 0.052 0.029 0.004 0.086 0.004 0.001 132 L 0.530 0.061 0.179 0.113 0.021 0.019 0.042 0.010 0.009 0.014 0.002 133 K 0.508 0.054 0.087 0.169 0.033 0.010 0.077 0.039 0.005 0.019 0.001 134 N 0.391 0.088 0.099 0.229 0.046 0.019 0.084 0.025 0.013 0.005 0.001 135 I 0.391 0.287 0.182 0.056 0.025 0.031 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 136 T 0.387 0.362 0.150 0.042 0.012 0.032 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 137 F 0.401 0.291 0.110 0.053 0.113 0.011 0.009 0.003 0.007 0.002 0.001 138 K 0.235 0.444 0.155 0.017 0.106 0.022 0.004 0.002 0.013 0.003 0.001 139 I 0.773 0.135 0.044 0.015 0.009 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 140 D 0.965 0.007 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 E 0.785 0.105 0.023 0.019 0.057 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 142 I 0.838 0.064 0.020 0.062 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 143 Y 0.585 0.168 0.078 0.114 0.028 0.009 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 144 N 0.281 0.064 0.079 0.310 0.027 0.055 0.116 0.019 0.044 0.005 0.001 145 Y 0.297 0.166 0.228 0.193 0.032 0.027 0.021 0.008 0.021 0.006 0.001