# TARGET T0380 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 104 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.110 0.070 0.035 0.098 0.025 0.028 0.304 0.106 0.100 0.055 2 I 0.036 0.192 0.077 0.017 0.080 0.013 0.017 0.391 0.090 0.066 0.022 3 D 0.048 0.055 0.021 0.008 0.059 0.008 0.012 0.593 0.114 0.059 0.023 4 E 0.007 0.027 0.013 0.009 0.013 0.009 0.013 0.764 0.118 0.022 0.006 5 K 0.006 0.023 0.008 0.003 0.012 0.003 0.009 0.845 0.065 0.020 0.006 6 F 0.004 0.009 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 0.882 0.070 0.019 0.002 7 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.928 0.054 0.006 0.001 8 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.938 0.041 0.004 0.001 9 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.944 0.038 0.004 0.001 10 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.072 0.009 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.876 0.115 0.004 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.891 0.087 0.002 0.001 13 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 0.609 0.271 0.084 0.002 14 V 0.043 0.030 0.002 0.001 0.055 0.002 0.010 0.382 0.337 0.118 0.021 15 E 0.003 0.013 0.008 0.010 0.008 0.036 0.078 0.433 0.376 0.032 0.002 16 S 0.039 0.007 0.005 0.003 0.016 0.002 0.006 0.027 0.067 0.736 0.093 17 S 0.284 0.182 0.007 0.001 0.425 0.001 0.001 0.005 0.012 0.023 0.060 18 K 0.017 0.010 0.004 0.044 0.031 0.201 0.324 0.210 0.098 0.050 0.010 19 I 0.325 0.048 0.006 0.007 0.452 0.002 0.003 0.018 0.012 0.071 0.056 20 V 0.206 0.057 0.006 0.011 0.677 0.007 0.006 0.005 0.002 0.006 0.019 21 M 0.239 0.056 0.012 0.001 0.666 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 22 V 0.364 0.047 0.004 0.002 0.345 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 0.209 23 G 0.189 0.220 0.076 0.027 0.379 0.024 0.016 0.006 0.004 0.022 0.037 24 T 0.086 0.457 0.126 0.003 0.285 0.002 0.002 0.003 0.002 0.011 0.023 25 N 0.075 0.278 0.028 0.024 0.421 0.030 0.017 0.043 0.020 0.030 0.034 26 G 0.011 0.120 0.714 0.100 0.010 0.010 0.004 0.015 0.009 0.004 0.004 27 E 0.001 0.002 0.024 0.036 0.001 0.042 0.101 0.493 0.288 0.011 0.002 28 N 0.001 0.672 0.255 0.047 0.011 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 29 G 0.006 0.011 0.010 0.011 0.008 0.004 0.004 0.006 0.014 0.619 0.308 30 Y 0.031 0.552 0.171 0.007 0.177 0.016 0.016 0.012 0.006 0.007 0.006 31 P 0.328 0.111 0.016 0.007 0.344 0.008 0.015 0.011 0.013 0.017 0.130 32 N 0.132 0.078 0.054 0.077 0.189 0.058 0.117 0.046 0.061 0.126 0.061 33 I 0.197 0.219 0.078 0.013 0.386 0.003 0.010 0.015 0.017 0.027 0.034 34 K 0.074 0.330 0.192 0.020 0.327 0.006 0.006 0.008 0.006 0.010 0.022 35 A 0.218 0.189 0.037 0.004 0.421 0.006 0.018 0.027 0.019 0.025 0.036 36 M 0.229 0.153 0.040 0.013 0.287 0.020 0.027 0.046 0.047 0.061 0.077 37 M 0.115 0.294 0.116 0.018 0.321 0.014 0.017 0.032 0.021 0.022 0.030 38 R 0.284 0.108 0.033 0.013 0.259 0.015 0.016 0.057 0.052 0.068 0.095 39 L 0.093 0.298 0.093 0.030 0.276 0.019 0.020 0.051 0.046 0.043 0.030 40 K 0.158 0.246 0.067 0.009 0.273 0.011 0.016 0.059 0.044 0.057 0.060 41 H 0.152 0.237 0.043 0.006 0.318 0.010 0.017 0.077 0.057 0.042 0.042 42 D 0.132 0.055 0.043 0.046 0.073 0.048 0.050 0.176 0.212 0.086 0.080 43 G 0.037 0.077 0.148 0.189 0.064 0.088 0.054 0.125 0.113 0.081 0.023 44 L 0.026 0.195 0.059 0.138 0.059 0.074 0.099 0.114 0.109 0.099 0.027 45 K 0.019 0.027 0.025 0.077 0.025 0.043 0.052 0.057 0.081 0.503 0.093 46 K 0.092 0.284 0.044 0.010 0.523 0.003 0.004 0.006 0.006 0.013 0.014 47 F 0.224 0.057 0.003 0.001 0.693 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 48 W 0.279 0.054 0.006 0.002 0.605 0.003 0.007 0.003 0.001 0.003 0.039 49 L 0.236 0.115 0.015 0.004 0.545 0.003 0.004 0.005 0.003 0.008 0.063 50 S 0.335 0.080 0.016 0.006 0.339 0.010 0.016 0.015 0.013 0.051 0.119 51 T 0.073 0.246 0.114 0.085 0.169 0.037 0.035 0.036 0.039 0.113 0.052 52 N 0.086 0.195 0.124 0.051 0.196 0.023 0.025 0.083 0.076 0.083 0.057 53 T 0.017 0.037 0.015 0.016 0.028 0.038 0.096 0.367 0.283 0.090 0.013 54 S 0.044 0.056 0.053 0.042 0.050 0.042 0.054 0.122 0.100 0.364 0.072 55 T 0.046 0.220 0.084 0.020 0.128 0.013 0.017 0.235 0.139 0.078 0.020 56 R 0.036 0.048 0.021 0.005 0.051 0.005 0.025 0.598 0.137 0.049 0.024 57 M 0.014 0.076 0.021 0.002 0.022 0.003 0.009 0.700 0.115 0.032 0.005 58 V 0.009 0.003 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.805 0.146 0.013 0.004 59 E 0.012 0.013 0.006 0.006 0.011 0.004 0.012 0.821 0.105 0.004 0.004 60 R 0.009 0.005 0.005 0.002 0.013 0.004 0.014 0.678 0.156 0.107 0.006 61 L 0.019 0.031 0.003 0.003 0.042 0.004 0.013 0.615 0.212 0.050 0.007 62 K 0.007 0.020 0.008 0.012 0.014 0.013 0.051 0.651 0.192 0.028 0.003 63 K 0.012 0.016 0.014 0.017 0.017 0.050 0.126 0.347 0.202 0.181 0.017 64 N 0.200 0.169 0.046 0.015 0.260 0.004 0.006 0.041 0.057 0.099 0.103 65 N 0.034 0.062 0.022 0.019 0.071 0.037 0.084 0.230 0.272 0.140 0.029 66 K 0.104 0.048 0.017 0.008 0.128 0.013 0.040 0.116 0.194 0.273 0.058 67 I 0.290 0.128 0.012 0.002 0.514 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.042 68 C 0.153 0.111 0.016 0.010 0.630 0.015 0.024 0.011 0.005 0.009 0.018 69 L 0.334 0.048 0.003 0.001 0.586 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.022 70 Y 0.319 0.036 0.004 0.004 0.551 0.007 0.005 0.003 0.001 0.008 0.062 71 F 0.248 0.151 0.029 0.003 0.499 0.002 0.003 0.005 0.002 0.012 0.047 72 V 0.151 0.205 0.040 0.016 0.285 0.018 0.039 0.047 0.030 0.077 0.092 73 D 0.170 0.179 0.111 0.057 0.302 0.025 0.013 0.020 0.021 0.041 0.062 74 D 0.025 0.040 0.023 0.040 0.040 0.039 0.051 0.276 0.401 0.051 0.014 75 N 0.014 0.032 0.029 0.038 0.020 0.038 0.104 0.257 0.324 0.129 0.014 76 K 0.068 0.105 0.024 0.010 0.108 0.016 0.049 0.120 0.214 0.230 0.056 77 F 0.211 0.065 0.014 0.013 0.186 0.015 0.021 0.045 0.075 0.176 0.180 78 A 0.137 0.143 0.038 0.042 0.267 0.050 0.066 0.083 0.060 0.075 0.038 79 G 0.336 0.061 0.008 0.004 0.506 0.002 0.003 0.005 0.005 0.020 0.050 80 L 0.319 0.070 0.003 0.001 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 81 M 0.191 0.108 0.016 0.002 0.653 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.022 82 L 0.481 0.042 0.005 0.003 0.377 0.002 0.002 0.003 0.002 0.004 0.080 83 V 0.148 0.022 0.006 0.052 0.127 0.142 0.116 0.025 0.026 0.210 0.126 84 G 0.035 0.261 0.227 0.223 0.175 0.019 0.005 0.007 0.005 0.029 0.013 85 T 0.351 0.055 0.013 0.008 0.347 0.004 0.008 0.018 0.014 0.056 0.126 86 I 0.176 0.223 0.056 0.027 0.390 0.013 0.012 0.011 0.009 0.022 0.061 87 E 0.065 0.357 0.056 0.001 0.500 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.007 88 I 0.435 0.050 0.008 0.001 0.390 0.002 0.003 0.011 0.005 0.010 0.085 89 L 0.101 0.219 0.054 0.041 0.277 0.077 0.082 0.071 0.027 0.019 0.030 90 H 0.048 0.363 0.157 0.024 0.162 0.024 0.023 0.058 0.026 0.075 0.041 91 D 0.241 0.164 0.069 0.005 0.357 0.002 0.003 0.050 0.024 0.024 0.061 92 R 0.003 0.005 0.002 0.003 0.006 0.004 0.005 0.562 0.364 0.040 0.006 93 A 0.003 0.017 0.006 0.002 0.009 0.003 0.025 0.815 0.102 0.015 0.002 94 S 0.003 0.011 0.003 0.001 0.005 0.002 0.016 0.771 0.117 0.069 0.003 95 K 0.005 0.006 0.002 0.001 0.007 0.003 0.010 0.763 0.161 0.036 0.006 96 E 0.009 0.019 0.005 0.004 0.016 0.003 0.017 0.744 0.155 0.018 0.008 97 M 0.004 0.007 0.004 0.004 0.010 0.014 0.080 0.681 0.139 0.052 0.004 98 L 0.024 0.017 0.005 0.004 0.035 0.007 0.065 0.601 0.137 0.090 0.015 99 W 0.024 0.037 0.013 0.011 0.039 0.025 0.055 0.415 0.184 0.177 0.019 100 T 0.043 0.209 0.148 0.034 0.113 0.011 0.018 0.235 0.068 0.093 0.028 101 D 0.017 0.082 0.063 0.014 0.037 0.009 0.024 0.547 0.144 0.050 0.012 102 G 0.017 0.041 0.012 0.003 0.032 0.005 0.027 0.654 0.169 0.031 0.009 103 C 0.011 0.021 0.009 0.005 0.028 0.006 0.018 0.599 0.248 0.047 0.006 104 E 0.030 0.023 0.009 0.008 0.043 0.011 0.041 0.517 0.229 0.076 0.014 105 I 0.030 0.055 0.013 0.005 0.086 0.008 0.055 0.515 0.160 0.060 0.014 106 Y 0.055 0.074 0.024 0.011 0.146 0.016 0.057 0.274 0.124 0.184 0.035 107 Y 0.118 0.209 0.188 0.041 0.161 0.011 0.017 0.096 0.051 0.052 0.056 108 P 0.015 0.055 0.041 0.031 0.031 0.058 0.176 0.405 0.150 0.030 0.008 109 L 0.024 0.189 0.122 0.064 0.060 0.036 0.090 0.117 0.093 0.174 0.029 110 G 0.049 0.072 0.076 0.066 0.060 0.017 0.011 0.038 0.050 0.410 0.152 111 I 0.037 0.143 0.066 0.028 0.113 0.042 0.088 0.246 0.177 0.048 0.013 112 D 0.058 0.095 0.045 0.017 0.095 0.025 0.071 0.109 0.132 0.294 0.061 113 D 0.165 0.148 0.033 0.004 0.523 0.003 0.006 0.026 0.028 0.035 0.028 114 P 0.038 0.073 0.029 0.015 0.077 0.020 0.078 0.255 0.314 0.083 0.019 115 D 0.062 0.052 0.029 0.017 0.077 0.019 0.079 0.125 0.122 0.359 0.059 116 Y 0.308 0.131 0.007 0.001 0.471 0.001 0.002 0.006 0.004 0.018 0.050 117 T 0.131 0.121 0.015 0.005 0.694 0.005 0.006 0.006 0.002 0.005 0.009 118 A 0.384 0.032 0.003 0.001 0.559 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 119 L 0.180 0.136 0.012 0.005 0.619 0.009 0.004 0.003 0.001 0.003 0.029 120 C 0.327 0.095 0.009 0.001 0.485 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.066 121 F 0.169 0.265 0.065 0.010 0.404 0.007 0.010 0.012 0.007 0.014 0.038 122 T 0.085 0.409 0.223 0.024 0.225 0.006 0.003 0.002 0.002 0.004 0.017 123 A 0.065 0.034 0.011 0.014 0.087 0.018 0.027 0.256 0.427 0.038 0.022 124 E 0.004 0.010 0.014 0.041 0.006 0.069 0.193 0.360 0.240 0.058 0.004 125 W 0.076 0.074 0.023 0.020 0.113 0.013 0.025 0.058 0.072 0.424 0.103 126 G 0.229 0.181 0.022 0.009 0.425 0.006 0.004 0.014 0.012 0.030 0.069 127 N 0.192 0.125 0.038 0.011 0.482 0.011 0.024 0.029 0.017 0.022 0.050 128 Y 0.339 0.109 0.022 0.006 0.395 0.005 0.007 0.023 0.010 0.020 0.064 129 Y 0.185 0.167 0.028 0.016 0.354 0.027 0.052 0.069 0.024 0.030 0.047 130 R 0.185 0.105 0.047 0.040 0.205 0.037 0.037 0.047 0.038 0.134 0.124 131 H 0.061 0.227 0.275 0.123 0.125 0.029 0.025 0.049 0.026 0.035 0.026 132 L 0.016 0.082 0.072 0.081 0.025 0.103 0.119 0.253 0.129 0.101 0.017 133 K 0.037 0.141 0.094 0.047 0.067 0.029 0.038 0.204 0.149 0.144 0.050 134 N 0.040 0.106 0.057 0.019 0.081 0.013 0.018 0.302 0.145 0.152 0.067 135 I 0.082 0.063 0.014 0.004 0.101 0.005 0.014 0.519 0.127 0.053 0.018 136 T 0.053 0.032 0.008 0.003 0.061 0.005 0.018 0.670 0.117 0.022 0.011 137 F 0.027 0.024 0.010 0.009 0.038 0.009 0.021 0.760 0.079 0.012 0.012 138 K 0.019 0.032 0.012 0.003 0.030 0.003 0.014 0.802 0.063 0.016 0.005 139 I 0.010 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.846 0.109 0.011 0.003 140 D 0.004 0.006 0.002 0.003 0.008 0.007 0.014 0.809 0.140 0.005 0.001 141 E 0.010 0.010 0.005 0.002 0.015 0.003 0.031 0.810 0.102 0.008 0.004 142 I 0.008 0.004 0.002 0.004 0.008 0.015 0.062 0.694 0.151 0.048 0.005 143 Y 0.025 0.130 0.026 0.013 0.093 0.012 0.030 0.402 0.192 0.063 0.013 144 N 0.039 0.036 0.021 0.024 0.047 0.038 0.066 0.343 0.171 0.183 0.032 145 Y 0.056 0.118 0.080 0.027 0.121 0.031 0.064 0.199 0.098 0.159 0.047