# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0380/T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.059 0.164 0.180 0.015 0.066 0.027 0.005 0.017 0.015 0.039 0.063 0.165 0.009 0.004 0.077 2 I 0.044 0.068 0.155 0.160 0.007 0.162 0.012 0.022 0.002 0.003 0.044 0.096 0.200 0.004 0.013 0.008 3 D 0.003 0.015 0.023 0.026 0.003 0.460 0.003 0.008 0.004 0.008 0.104 0.064 0.267 0.002 0.004 0.006 4 E 0.003 0.012 0.004 0.011 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.630 0.093 0.227 0.001 0.001 0.002 5 K 0.007 0.019 0.016 0.018 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.015 0.576 0.322 0.003 0.002 0.010 6 F 0.002 0.002 0.050 0.013 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.873 0.001 0.004 0.005 7 L 0.001 0.005 0.009 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.923 0.001 0.001 0.002 8 I 0.001 0.006 0.001 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.040 0.887 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.090 0.864 0.003 0.001 0.003 10 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.975 0.001 0.002 0.001 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.984 0.002 0.002 0.002 13 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.916 0.026 0.004 0.034 14 V 0.001 0.002 0.021 0.002 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.906 0.007 0.016 0.009 15 E 0.004 0.017 0.046 0.009 0.001 0.009 0.018 0.004 0.001 0.001 0.007 0.006 0.749 0.016 0.022 0.088 16 S 0.034 0.032 0.050 0.030 0.003 0.023 0.027 0.004 0.005 0.003 0.031 0.016 0.559 0.031 0.029 0.124 17 S 0.025 0.027 0.157 0.018 0.001 0.083 0.010 0.005 0.002 0.001 0.052 0.029 0.543 0.002 0.020 0.024 18 K 0.012 0.579 0.101 0.077 0.001 0.013 0.002 0.001 0.004 0.001 0.014 0.048 0.123 0.001 0.002 0.023 19 I 0.036 0.022 0.204 0.619 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.078 0.001 0.001 0.006 20 V 0.002 0.006 0.738 0.222 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 21 M 0.001 0.003 0.017 0.942 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.015 0.007 0.932 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 23 G 0.001 0.009 0.006 0.956 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 24 T 0.009 0.036 0.025 0.653 0.122 0.116 0.011 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 25 N 0.003 0.123 0.043 0.663 0.011 0.056 0.001 0.070 0.002 0.002 0.013 0.003 0.005 0.001 0.004 0.002 26 G 0.002 0.015 0.005 0.026 0.115 0.721 0.006 0.005 0.011 0.038 0.025 0.013 0.014 0.002 0.001 0.003 27 E 0.004 0.022 0.003 0.003 0.109 0.004 0.052 0.014 0.001 0.001 0.642 0.009 0.006 0.128 0.001 0.001 28 N 0.001 0.016 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.138 0.008 0.001 0.002 0.084 0.003 0.001 0.733 0.002 29 G 0.007 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.157 0.028 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.776 30 Y 0.931 0.005 0.031 0.014 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 31 P 0.024 0.020 0.650 0.128 0.003 0.113 0.010 0.011 0.001 0.004 0.008 0.005 0.013 0.001 0.003 0.004 32 N 0.006 0.228 0.044 0.661 0.002 0.021 0.001 0.003 0.012 0.002 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.006 33 I 0.014 0.007 0.052 0.901 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 34 K 0.008 0.020 0.347 0.567 0.007 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 35 A 0.002 0.011 0.021 0.833 0.013 0.086 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 36 M 0.002 0.105 0.022 0.759 0.016 0.055 0.001 0.007 0.002 0.001 0.010 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 37 M 0.005 0.041 0.028 0.815 0.007 0.048 0.001 0.011 0.005 0.003 0.012 0.006 0.012 0.001 0.001 0.003 38 R 0.012 0.048 0.127 0.623 0.031 0.074 0.007 0.007 0.007 0.004 0.023 0.008 0.016 0.003 0.001 0.007 39 L 0.012 0.066 0.089 0.708 0.017 0.032 0.004 0.019 0.003 0.002 0.017 0.008 0.014 0.001 0.003 0.005 40 K 0.013 0.052 0.078 0.465 0.080 0.192 0.010 0.012 0.015 0.015 0.016 0.014 0.020 0.003 0.002 0.014 41 H 0.013 0.031 0.030 0.103 0.544 0.064 0.070 0.023 0.002 0.004 0.061 0.008 0.010 0.030 0.002 0.003 42 D 0.003 0.035 0.008 0.019 0.017 0.098 0.002 0.667 0.005 0.006 0.039 0.024 0.011 0.001 0.062 0.002 43 G 0.008 0.046 0.012 0.017 0.025 0.011 0.026 0.016 0.276 0.127 0.193 0.022 0.016 0.056 0.006 0.142 44 L 0.409 0.037 0.038 0.039 0.001 0.024 0.006 0.051 0.014 0.003 0.013 0.072 0.017 0.001 0.270 0.007 45 K 0.026 0.136 0.360 0.024 0.001 0.002 0.002 0.001 0.070 0.006 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.363 46 K 0.373 0.006 0.185 0.426 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 47 F 0.003 0.003 0.842 0.149 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 W 0.001 0.001 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.004 0.969 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 S 0.001 0.024 0.005 0.785 0.075 0.098 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 T 0.003 0.156 0.007 0.643 0.016 0.112 0.001 0.029 0.005 0.006 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 52 N 0.004 0.036 0.009 0.066 0.031 0.723 0.003 0.009 0.007 0.027 0.051 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 53 T 0.004 0.056 0.007 0.018 0.004 0.089 0.001 0.029 0.002 0.002 0.717 0.057 0.011 0.001 0.002 0.001 54 S 0.003 0.055 0.009 0.014 0.002 0.022 0.002 0.007 0.015 0.005 0.135 0.680 0.040 0.003 0.004 0.006 55 T 0.018 0.013 0.031 0.013 0.001 0.037 0.010 0.002 0.004 0.002 0.071 0.222 0.547 0.002 0.015 0.012 56 R 0.006 0.022 0.056 0.013 0.001 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.066 0.090 0.705 0.001 0.004 0.018 57 M 0.005 0.007 0.007 0.009 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.108 0.802 0.001 0.001 0.006 58 V 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.019 0.887 0.001 0.001 0.001 59 E 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.067 0.905 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.981 0.001 0.001 0.002 61 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.978 0.002 0.002 0.001 62 K 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.008 0.006 0.013 63 K 0.006 0.003 0.014 0.007 0.002 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.255 0.528 0.023 0.112 64 N 0.007 0.008 0.075 0.005 0.001 0.020 0.063 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.257 0.010 0.514 0.027 65 N 0.022 0.066 0.074 0.010 0.001 0.009 0.006 0.003 0.011 0.002 0.023 0.002 0.077 0.004 0.011 0.678 66 K 0.501 0.185 0.096 0.143 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.015 0.008 0.001 0.001 0.033 67 I 0.024 0.007 0.857 0.099 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 68 C 0.001 0.016 0.348 0.628 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.001 0.019 0.974 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 F 0.001 0.004 0.005 0.850 0.045 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.102 0.005 0.766 0.024 0.075 0.001 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.035 0.001 0.063 0.028 0.812 0.001 0.015 0.005 0.011 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.002 0.076 0.006 0.017 0.007 0.027 0.002 0.032 0.005 0.003 0.800 0.015 0.005 0.001 0.002 0.001 75 N 0.010 0.075 0.023 0.029 0.008 0.038 0.010 0.019 0.033 0.008 0.068 0.619 0.019 0.008 0.024 0.009 76 K 0.062 0.074 0.185 0.044 0.006 0.025 0.014 0.021 0.024 0.007 0.084 0.054 0.140 0.007 0.098 0.155 77 F 0.114 0.040 0.206 0.035 0.028 0.055 0.136 0.005 0.034 0.008 0.020 0.033 0.058 0.080 0.006 0.144 78 A 0.083 0.260 0.325 0.117 0.001 0.017 0.011 0.058 0.004 0.001 0.008 0.013 0.035 0.001 0.056 0.010 79 G 0.015 0.032 0.279 0.483 0.001 0.005 0.001 0.002 0.069 0.004 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.100 80 L 0.144 0.002 0.256 0.591 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.001 0.004 0.142 0.845 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.002 0.003 0.947 0.016 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.086 0.009 0.891 0.002 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.001 0.004 0.004 0.975 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.006 0.028 0.079 0.882 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.013 0.978 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.001 0.009 0.018 0.951 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 I 0.001 0.009 0.002 0.722 0.049 0.207 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.245 0.013 0.495 0.053 0.111 0.002 0.030 0.003 0.002 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 90 H 0.006 0.230 0.023 0.443 0.010 0.116 0.003 0.046 0.016 0.026 0.029 0.036 0.008 0.001 0.003 0.005 91 D 0.007 0.014 0.013 0.020 0.002 0.807 0.001 0.008 0.003 0.011 0.059 0.031 0.021 0.001 0.002 0.002 92 R 0.002 0.011 0.003 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.890 0.035 0.030 0.001 0.001 0.001 93 A 0.002 0.013 0.003 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.899 0.048 0.001 0.001 0.001 94 S 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.912 0.001 0.002 0.004 95 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.018 0.920 0.001 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.063 0.920 0.001 0.001 0.002 97 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.974 0.006 0.002 0.006 98 L 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.939 0.004 0.006 0.015 99 W 0.001 0.002 0.017 0.004 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.929 0.006 0.005 0.016 100 T 0.006 0.004 0.014 0.005 0.008 0.009 0.075 0.002 0.001 0.001 0.010 0.005 0.397 0.436 0.007 0.023 101 D 0.004 0.029 0.031 0.009 0.001 0.009 0.010 0.041 0.001 0.001 0.024 0.013 0.337 0.008 0.462 0.021 102 G 0.007 0.020 0.058 0.014 0.001 0.019 0.016 0.002 0.018 0.011 0.033 0.028 0.399 0.012 0.011 0.351 103 C 0.209 0.018 0.049 0.022 0.001 0.047 0.013 0.003 0.001 0.001 0.041 0.087 0.483 0.004 0.011 0.009 104 E 0.009 0.092 0.118 0.042 0.003 0.054 0.018 0.006 0.003 0.002 0.089 0.072 0.434 0.019 0.009 0.029 105 I 0.018 0.066 0.094 0.193 0.006 0.031 0.027 0.011 0.008 0.001 0.041 0.071 0.340 0.024 0.037 0.032 106 Y 0.013 0.042 0.383 0.170 0.005 0.020 0.039 0.005 0.008 0.002 0.008 0.018 0.186 0.010 0.021 0.070 107 Y 0.037 0.024 0.310 0.241 0.015 0.073 0.031 0.006 0.004 0.006 0.016 0.013 0.171 0.005 0.009 0.039 108 P 0.027 0.038 0.089 0.108 0.221 0.095 0.136 0.011 0.003 0.005 0.055 0.015 0.060 0.116 0.003 0.018 109 L 0.014 0.217 0.067 0.281 0.004 0.026 0.005 0.168 0.010 0.003 0.022 0.027 0.030 0.003 0.110 0.011 110 G 0.021 0.027 0.083 0.178 0.014 0.101 0.029 0.005 0.138 0.147 0.031 0.035 0.061 0.005 0.004 0.120 111 I 0.382 0.080 0.098 0.159 0.009 0.048 0.012 0.013 0.003 0.002 0.108 0.029 0.039 0.003 0.005 0.010 112 D 0.016 0.131 0.186 0.392 0.007 0.042 0.005 0.026 0.012 0.010 0.030 0.095 0.025 0.003 0.006 0.015 113 D 0.013 0.020 0.037 0.070 0.028 0.638 0.014 0.007 0.005 0.009 0.031 0.032 0.086 0.002 0.004 0.004 114 P 0.008 0.077 0.032 0.039 0.007 0.051 0.009 0.021 0.003 0.002 0.646 0.025 0.066 0.005 0.003 0.007 115 D 0.015 0.308 0.051 0.142 0.002 0.023 0.005 0.009 0.027 0.002 0.011 0.320 0.026 0.003 0.038 0.017 116 Y 0.062 0.033 0.416 0.155 0.001 0.020 0.009 0.002 0.022 0.002 0.007 0.004 0.056 0.003 0.009 0.199 117 T 0.051 0.091 0.654 0.159 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.001 0.001 0.007 118 A 0.016 0.032 0.275 0.641 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 119 L 0.002 0.010 0.137 0.845 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 C 0.001 0.001 0.029 0.966 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.001 0.005 0.015 0.977 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.001 0.003 0.002 0.283 0.012 0.698 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.001 0.011 0.001 0.039 0.009 0.577 0.001 0.005 0.001 0.001 0.356 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 E 0.001 0.677 0.001 0.031 0.002 0.007 0.001 0.003 0.003 0.001 0.012 0.262 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.009 0.059 0.090 0.527 0.002 0.020 0.003 0.031 0.020 0.002 0.029 0.044 0.106 0.001 0.039 0.020 126 G 0.008 0.004 0.805 0.064 0.002 0.012 0.004 0.002 0.003 0.003 0.012 0.004 0.059 0.001 0.001 0.017 127 N 0.046 0.038 0.073 0.485 0.011 0.084 0.004 0.008 0.001 0.002 0.034 0.028 0.178 0.002 0.001 0.004 128 Y 0.004 0.031 0.024 0.409 0.060 0.199 0.015 0.005 0.003 0.001 0.032 0.025 0.166 0.015 0.002 0.008 129 Y 0.004 0.065 0.039 0.278 0.105 0.072 0.046 0.040 0.005 0.002 0.041 0.039 0.208 0.025 0.020 0.010 130 R 0.009 0.071 0.050 0.177 0.023 0.066 0.021 0.116 0.029 0.021 0.053 0.038 0.211 0.015 0.044 0.054 131 H 0.052 0.052 0.066 0.082 0.026 0.076 0.045 0.024 0.040 0.043 0.076 0.066 0.212 0.035 0.023 0.082 132 L 0.051 0.048 0.096 0.032 0.033 0.089 0.089 0.026 0.006 0.006 0.116 0.070 0.224 0.040 0.046 0.029 133 K 0.026 0.142 0.152 0.088 0.003 0.023 0.009 0.067 0.018 0.008 0.069 0.094 0.139 0.008 0.097 0.058 134 N 0.075 0.033 0.074 0.080 0.008 0.150 0.020 0.005 0.050 0.036 0.025 0.121 0.219 0.009 0.009 0.087 135 I 0.081 0.050 0.141 0.044 0.005 0.066 0.019 0.011 0.003 0.002 0.253 0.046 0.250 0.007 0.008 0.015 136 T 0.010 0.109 0.129 0.110 0.004 0.056 0.013 0.010 0.007 0.002 0.047 0.268 0.200 0.004 0.011 0.018 137 F 0.020 0.045 0.137 0.206 0.003 0.047 0.008 0.007 0.006 0.004 0.035 0.057 0.382 0.002 0.009 0.032 138 K 0.021 0.035 0.142 0.149 0.010 0.145 0.015 0.006 0.004 0.004 0.051 0.049 0.337 0.007 0.003 0.021 139 I 0.010 0.061 0.073 0.119 0.002 0.153 0.005 0.015 0.002 0.001 0.101 0.070 0.369 0.003 0.011 0.005 140 D 0.004 0.045 0.042 0.148 0.002 0.065 0.004 0.004 0.005 0.002 0.093 0.102 0.461 0.002 0.005 0.015 141 E 0.014 0.023 0.033 0.111 0.003 0.031 0.005 0.002 0.002 0.001 0.048 0.071 0.635 0.004 0.004 0.013 142 I 0.008 0.027 0.108 0.098 0.020 0.037 0.054 0.004 0.002 0.001 0.022 0.035 0.481 0.069 0.008 0.026 143 Y 0.005 0.053 0.139 0.144 0.012 0.033 0.041 0.021 0.002 0.001 0.014 0.020 0.412 0.012 0.071 0.021 144 N 0.010 0.026 0.070 0.087 0.062 0.094 0.086 0.017 0.015 0.018 0.031 0.015 0.266 0.074 0.014 0.117 145 Y 0.071 0.080 0.088 0.090 0.026 0.042 0.047 0.078 0.009 0.007 0.118 0.036 0.165 0.035 0.077 0.031