# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.035 0.018 0.021 0.015 0.019 0.046 0.007 0.001 0.005 0.656 2 I 0.061 0.016 0.016 0.019 0.017 0.022 0.161 0.003 0.001 0.005 0.679 3 D 0.029 0.007 0.005 0.011 0.004 0.008 0.139 0.001 0.001 0.004 0.792 4 E 0.028 0.015 0.001 0.009 0.002 0.003 0.168 0.001 0.001 0.004 0.769 5 K 0.078 0.027 0.002 0.004 0.001 0.002 0.500 0.001 0.001 0.016 0.369 6 F 0.147 0.171 0.005 0.010 0.004 0.010 0.377 0.003 0.001 0.013 0.261 7 L 0.073 0.609 0.002 0.010 0.002 0.007 0.072 0.004 0.001 0.004 0.219 8 I 0.018 0.661 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.303 9 E 0.026 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.132 10 S 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.021 11 N 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 12 E 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 13 L 0.034 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.013 14 V 0.068 0.890 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.012 15 E 0.039 0.885 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.037 16 S 0.111 0.582 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.125 0.001 0.001 0.171 17 S 0.406 0.235 0.023 0.005 0.005 0.002 0.005 0.083 0.001 0.001 0.235 18 K 0.215 0.088 0.116 0.061 0.036 0.031 0.113 0.042 0.001 0.013 0.286 19 I 0.057 0.035 0.191 0.159 0.073 0.144 0.090 0.006 0.001 0.004 0.241 20 V 0.005 0.008 0.002 0.606 0.149 0.199 0.013 0.001 0.001 0.001 0.016 21 M 0.003 0.012 0.001 0.358 0.177 0.245 0.035 0.001 0.001 0.001 0.167 22 V 0.001 0.003 0.001 0.534 0.216 0.211 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 23 G 0.001 0.003 0.001 0.424 0.157 0.290 0.032 0.001 0.001 0.001 0.090 24 T 0.008 0.002 0.001 0.139 0.318 0.383 0.037 0.001 0.001 0.004 0.107 25 N 0.005 0.002 0.003 0.132 0.117 0.271 0.065 0.001 0.001 0.004 0.400 26 G 0.008 0.002 0.001 0.102 0.138 0.203 0.229 0.001 0.001 0.008 0.309 27 E 0.038 0.002 0.003 0.021 0.016 0.020 0.115 0.001 0.001 0.011 0.772 28 N 0.033 0.005 0.001 0.015 0.012 0.022 0.256 0.001 0.001 0.008 0.648 29 G 0.588 0.006 0.003 0.011 0.009 0.010 0.086 0.002 0.001 0.044 0.241 30 Y 0.341 0.027 0.021 0.017 0.016 0.024 0.213 0.001 0.001 0.013 0.328 31 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.971 32 N 0.026 0.003 0.001 0.053 0.098 0.211 0.098 0.001 0.001 0.004 0.507 33 I 0.129 0.009 0.003 0.026 0.056 0.129 0.055 0.001 0.001 0.009 0.583 34 K 0.024 0.015 0.001 0.075 0.254 0.353 0.070 0.001 0.001 0.002 0.205 35 A 0.012 0.005 0.002 0.043 0.034 0.080 0.034 0.001 0.001 0.002 0.788 36 M 0.022 0.011 0.001 0.213 0.158 0.327 0.055 0.001 0.001 0.005 0.207 37 M 0.036 0.019 0.003 0.126 0.153 0.269 0.080 0.002 0.001 0.008 0.304 38 R 0.037 0.029 0.003 0.086 0.194 0.233 0.045 0.002 0.001 0.004 0.367 39 L 0.028 0.015 0.003 0.075 0.286 0.373 0.028 0.002 0.001 0.003 0.188 40 K 0.022 0.010 0.003 0.051 0.233 0.296 0.046 0.003 0.001 0.003 0.333 41 H 0.023 0.007 0.003 0.038 0.297 0.365 0.056 0.002 0.001 0.004 0.204 42 D 0.009 0.004 0.001 0.019 0.097 0.120 0.128 0.001 0.001 0.004 0.617 43 G 0.018 0.002 0.001 0.007 0.020 0.028 0.172 0.001 0.001 0.014 0.737 44 L 0.349 0.003 0.005 0.008 0.013 0.013 0.212 0.001 0.001 0.096 0.301 45 K 0.316 0.003 0.016 0.024 0.027 0.017 0.241 0.001 0.001 0.051 0.303 46 K 0.058 0.001 0.041 0.102 0.138 0.167 0.177 0.001 0.001 0.015 0.300 47 F 0.001 0.001 0.002 0.227 0.333 0.394 0.018 0.001 0.001 0.001 0.024 48 W 0.001 0.001 0.001 0.215 0.286 0.448 0.013 0.001 0.001 0.001 0.037 49 L 0.001 0.001 0.001 0.187 0.315 0.477 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 50 S 0.001 0.001 0.001 0.282 0.230 0.420 0.014 0.001 0.001 0.001 0.053 51 T 0.001 0.001 0.001 0.285 0.187 0.365 0.045 0.001 0.001 0.003 0.112 52 N 0.005 0.001 0.001 0.201 0.079 0.156 0.167 0.001 0.001 0.009 0.380 53 T 0.007 0.001 0.001 0.050 0.033 0.052 0.234 0.001 0.001 0.013 0.609 54 S 0.047 0.004 0.002 0.017 0.014 0.020 0.492 0.001 0.001 0.032 0.372 55 T 0.163 0.033 0.002 0.010 0.006 0.007 0.325 0.002 0.001 0.031 0.420 56 R 0.079 0.101 0.004 0.004 0.005 0.005 0.272 0.001 0.001 0.011 0.518 57 M 0.052 0.133 0.003 0.003 0.006 0.014 0.411 0.001 0.001 0.009 0.366 58 V 0.069 0.454 0.004 0.009 0.013 0.043 0.075 0.003 0.001 0.006 0.324 59 E 0.022 0.656 0.001 0.002 0.008 0.028 0.040 0.002 0.001 0.002 0.238 60 R 0.051 0.664 0.001 0.001 0.007 0.007 0.010 0.008 0.001 0.001 0.251 61 L 0.086 0.843 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.051 62 K 0.067 0.825 0.004 0.001 0.004 0.009 0.012 0.026 0.001 0.002 0.049 63 K 0.101 0.736 0.009 0.001 0.004 0.008 0.011 0.034 0.001 0.001 0.093 64 N 0.260 0.511 0.004 0.005 0.006 0.005 0.007 0.100 0.001 0.001 0.102 65 N 0.252 0.108 0.075 0.008 0.008 0.005 0.023 0.028 0.001 0.006 0.486 66 K 0.055 0.014 0.141 0.055 0.042 0.055 0.168 0.010 0.001 0.010 0.451 67 I 0.090 0.005 0.066 0.278 0.144 0.200 0.100 0.002 0.001 0.009 0.107 68 C 0.005 0.004 0.004 0.504 0.176 0.221 0.025 0.001 0.001 0.001 0.059 69 L 0.001 0.001 0.001 0.407 0.246 0.280 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.458 0.190 0.259 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 71 F 0.003 0.001 0.001 0.206 0.238 0.354 0.021 0.001 0.001 0.001 0.175 72 V 0.002 0.001 0.001 0.118 0.245 0.450 0.040 0.001 0.001 0.003 0.141 73 D 0.006 0.001 0.001 0.057 0.203 0.290 0.155 0.001 0.001 0.006 0.282 74 D 0.009 0.001 0.001 0.021 0.039 0.040 0.081 0.001 0.001 0.008 0.800 75 N 0.025 0.001 0.001 0.008 0.022 0.024 0.487 0.001 0.001 0.026 0.407 76 K 0.366 0.005 0.002 0.006 0.010 0.010 0.263 0.001 0.001 0.076 0.260 77 F 0.277 0.029 0.006 0.012 0.022 0.025 0.243 0.002 0.001 0.040 0.345 78 A 0.088 0.012 0.010 0.031 0.105 0.112 0.255 0.001 0.001 0.020 0.365 79 G 0.040 0.004 0.008 0.044 0.147 0.239 0.095 0.001 0.001 0.007 0.416 80 L 0.007 0.001 0.003 0.069 0.367 0.441 0.024 0.001 0.001 0.001 0.086 81 M 0.001 0.001 0.001 0.065 0.337 0.492 0.025 0.001 0.001 0.001 0.078 82 L 0.001 0.001 0.001 0.139 0.275 0.502 0.016 0.001 0.001 0.001 0.066 83 V 0.001 0.002 0.001 0.311 0.164 0.411 0.025 0.001 0.001 0.001 0.084 84 G 0.004 0.003 0.001 0.238 0.175 0.307 0.055 0.001 0.001 0.005 0.211 85 T 0.013 0.004 0.001 0.186 0.136 0.248 0.077 0.001 0.001 0.010 0.325 86 I 0.016 0.007 0.002 0.121 0.196 0.287 0.068 0.001 0.001 0.007 0.295 87 E 0.016 0.013 0.001 0.124 0.244 0.347 0.071 0.001 0.001 0.006 0.177 88 I 0.037 0.034 0.004 0.056 0.100 0.190 0.075 0.002 0.001 0.005 0.495 89 L 0.083 0.054 0.007 0.092 0.135 0.268 0.083 0.005 0.001 0.007 0.264 90 H 0.048 0.025 0.010 0.034 0.041 0.104 0.165 0.004 0.001 0.007 0.562 91 D 0.046 0.014 0.006 0.014 0.011 0.023 0.195 0.003 0.001 0.005 0.683 92 R 0.019 0.010 0.004 0.005 0.002 0.003 0.092 0.001 0.001 0.004 0.861 93 A 0.012 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.001 0.001 0.005 0.505 94 S 0.076 0.135 0.001 0.003 0.003 0.005 0.415 0.003 0.001 0.012 0.346 95 K 0.054 0.783 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.002 0.001 0.002 0.126 96 E 0.018 0.892 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.002 0.001 0.001 0.069 97 M 0.033 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.048 98 L 0.034 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.017 99 W 0.029 0.936 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.013 100 T 0.042 0.859 0.008 0.001 0.001 0.003 0.005 0.035 0.001 0.001 0.045 101 D 0.173 0.602 0.009 0.004 0.002 0.002 0.006 0.095 0.001 0.001 0.106 102 G 0.326 0.347 0.035 0.004 0.003 0.002 0.031 0.033 0.001 0.003 0.216 103 C 0.046 0.213 0.116 0.015 0.006 0.009 0.059 0.006 0.001 0.002 0.527 104 E 0.041 0.148 0.007 0.033 0.022 0.041 0.114 0.009 0.001 0.004 0.582 105 I 0.321 0.184 0.004 0.023 0.016 0.033 0.075 0.011 0.001 0.007 0.325 106 Y 0.268 0.284 0.007 0.041 0.024 0.031 0.021 0.023 0.001 0.002 0.298 107 Y 0.219 0.144 0.030 0.057 0.040 0.064 0.036 0.011 0.001 0.003 0.396 108 P 0.003 0.002 0.002 0.006 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.970 109 L 0.026 0.004 0.002 0.041 0.020 0.044 0.059 0.003 0.001 0.001 0.799 110 G 0.345 0.005 0.003 0.021 0.009 0.011 0.054 0.004 0.001 0.006 0.542 111 I 0.126 0.007 0.006 0.031 0.019 0.027 0.075 0.001 0.001 0.004 0.703 112 D 0.021 0.002 0.001 0.022 0.014 0.021 0.147 0.001 0.001 0.002 0.770 113 D 0.188 0.003 0.001 0.035 0.021 0.024 0.161 0.001 0.001 0.011 0.555 114 P 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.044 0.001 0.001 0.003 0.930 115 D 0.057 0.001 0.001 0.023 0.023 0.030 0.503 0.001 0.001 0.032 0.331 116 Y 0.600 0.002 0.009 0.064 0.023 0.034 0.078 0.001 0.001 0.046 0.144 117 T 0.016 0.003 0.004 0.350 0.308 0.167 0.079 0.001 0.001 0.003 0.070 118 A 0.002 0.001 0.002 0.297 0.151 0.251 0.038 0.001 0.001 0.001 0.257 119 L 0.001 0.001 0.001 0.470 0.211 0.303 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 120 C 0.001 0.001 0.001 0.367 0.177 0.265 0.027 0.001 0.001 0.001 0.161 121 F 0.001 0.001 0.001 0.299 0.236 0.400 0.015 0.001 0.001 0.001 0.049 122 T 0.001 0.001 0.001 0.370 0.182 0.287 0.057 0.001 0.001 0.002 0.099 123 A 0.001 0.001 0.001 0.059 0.029 0.055 0.023 0.001 0.001 0.002 0.831 124 E 0.004 0.001 0.001 0.137 0.138 0.264 0.188 0.001 0.001 0.010 0.258 125 W 0.114 0.006 0.001 0.040 0.043 0.078 0.179 0.001 0.001 0.030 0.508 126 G 0.091 0.052 0.003 0.088 0.123 0.151 0.092 0.002 0.001 0.010 0.387 127 N 0.047 0.045 0.004 0.062 0.118 0.201 0.124 0.001 0.001 0.008 0.390 128 Y 0.065 0.067 0.004 0.039 0.095 0.160 0.067 0.002 0.001 0.005 0.495 129 Y 0.055 0.087 0.004 0.047 0.170 0.266 0.060 0.003 0.001 0.004 0.303 130 R 0.039 0.060 0.005 0.027 0.099 0.204 0.074 0.004 0.001 0.005 0.484 131 H 0.065 0.063 0.008 0.028 0.084 0.153 0.084 0.005 0.001 0.006 0.505 132 L 0.080 0.049 0.007 0.024 0.049 0.082 0.100 0.005 0.001 0.006 0.599 133 K 0.048 0.032 0.006 0.015 0.018 0.033 0.081 0.002 0.001 0.005 0.761 134 N 0.092 0.035 0.005 0.017 0.030 0.039 0.124 0.004 0.001 0.009 0.644 135 I 0.233 0.073 0.011 0.015 0.023 0.030 0.122 0.002 0.001 0.011 0.478 136 T 0.083 0.113 0.006 0.023 0.035 0.057 0.141 0.003 0.001 0.006 0.533 137 F 0.081 0.115 0.009 0.039 0.047 0.088 0.095 0.003 0.001 0.008 0.514 138 K 0.090 0.120 0.007 0.022 0.043 0.067 0.125 0.004 0.001 0.008 0.515 139 I 0.092 0.162 0.014 0.036 0.053 0.108 0.084 0.004 0.001 0.008 0.439 140 D 0.030 0.156 0.004 0.048 0.085 0.125 0.077 0.005 0.001 0.003 0.468 141 E 0.073 0.183 0.004 0.028 0.054 0.073 0.088 0.006 0.001 0.007 0.483 142 I 0.127 0.367 0.009 0.029 0.050 0.096 0.071 0.008 0.001 0.007 0.235 143 Y 0.087 0.384 0.010 0.039 0.061 0.108 0.068 0.012 0.001 0.006 0.225 144 N 0.093 0.291 0.009 0.023 0.047 0.069 0.056 0.013 0.001 0.005 0.394 145 Y 0.139 0.220 0.020 0.022 0.035 0.055 0.043 0.013 0.001 0.006 0.446