# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.018 0.064 0.021 0.033 0.085 0.009 0.696 2 I 0.064 0.027 0.056 0.026 0.054 0.147 0.007 0.620 3 D 0.040 0.031 0.033 0.012 0.043 0.110 0.005 0.726 4 E 0.055 0.048 0.016 0.006 0.015 0.192 0.007 0.661 5 K 0.106 0.065 0.007 0.004 0.005 0.417 0.010 0.387 6 F 0.221 0.346 0.014 0.005 0.008 0.119 0.011 0.276 7 L 0.052 0.487 0.021 0.005 0.016 0.087 0.008 0.324 8 I 0.026 0.472 0.010 0.003 0.009 0.057 0.005 0.419 9 E 0.030 0.614 0.002 0.001 0.003 0.083 0.005 0.260 10 S 0.032 0.863 0.002 0.001 0.003 0.014 0.005 0.080 11 N 0.009 0.941 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.040 12 E 0.011 0.926 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.046 13 L 0.028 0.921 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.037 14 V 0.021 0.935 0.002 0.002 0.004 0.002 0.004 0.030 15 E 0.051 0.771 0.007 0.005 0.008 0.017 0.022 0.118 16 S 0.250 0.475 0.013 0.005 0.004 0.013 0.081 0.160 17 S 0.371 0.193 0.034 0.009 0.006 0.018 0.126 0.243 18 K 0.176 0.060 0.149 0.035 0.019 0.113 0.097 0.352 19 I 0.048 0.026 0.433 0.042 0.050 0.120 0.017 0.264 20 V 0.027 0.020 0.475 0.144 0.169 0.065 0.006 0.094 21 M 0.012 0.012 0.341 0.152 0.239 0.053 0.003 0.188 22 V 0.005 0.008 0.330 0.229 0.315 0.031 0.002 0.080 23 G 0.008 0.008 0.176 0.348 0.345 0.036 0.003 0.076 24 T 0.009 0.006 0.066 0.367 0.363 0.034 0.004 0.151 25 N 0.017 0.004 0.074 0.215 0.363 0.047 0.004 0.276 26 G 0.014 0.005 0.029 0.122 0.263 0.140 0.006 0.422 27 E 0.031 0.005 0.014 0.028 0.047 0.147 0.010 0.718 28 N 0.034 0.012 0.009 0.023 0.024 0.270 0.027 0.601 29 G 0.290 0.018 0.017 0.026 0.017 0.048 0.198 0.387 30 Y 0.278 0.002 0.073 0.023 0.042 0.351 0.008 0.222 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 N 0.014 0.001 0.038 0.123 0.507 0.114 0.003 0.200 33 I 0.095 0.001 0.052 0.063 0.112 0.055 0.004 0.619 34 K 0.017 0.002 0.129 0.375 0.301 0.039 0.002 0.135 35 A 0.005 0.001 0.034 0.066 0.118 0.035 0.001 0.740 36 M 0.012 0.003 0.266 0.169 0.388 0.045 0.002 0.114 37 M 0.011 0.005 0.140 0.292 0.322 0.061 0.003 0.166 38 R 0.014 0.006 0.084 0.212 0.443 0.050 0.004 0.188 39 L 0.021 0.007 0.145 0.259 0.345 0.053 0.004 0.165 40 K 0.021 0.009 0.055 0.272 0.298 0.068 0.005 0.272 41 H 0.027 0.010 0.059 0.195 0.345 0.051 0.006 0.306 42 D 0.017 0.009 0.023 0.103 0.208 0.095 0.008 0.537 43 G 0.064 0.008 0.015 0.043 0.074 0.133 0.029 0.634 44 L 0.179 0.007 0.018 0.027 0.030 0.320 0.049 0.371 45 K 0.173 0.011 0.062 0.089 0.042 0.177 0.083 0.363 46 K 0.134 0.003 0.169 0.080 0.136 0.222 0.013 0.244 47 F 0.020 0.001 0.190 0.247 0.381 0.066 0.002 0.092 48 W 0.005 0.001 0.161 0.287 0.478 0.017 0.001 0.051 49 L 0.002 0.001 0.241 0.286 0.407 0.010 0.001 0.053 50 S 0.002 0.001 0.282 0.241 0.382 0.020 0.001 0.071 51 T 0.004 0.002 0.148 0.202 0.367 0.050 0.002 0.224 52 N 0.010 0.003 0.097 0.056 0.211 0.170 0.004 0.449 53 T 0.021 0.003 0.021 0.015 0.040 0.279 0.004 0.618 54 S 0.041 0.007 0.008 0.005 0.010 0.487 0.008 0.434 55 T 0.170 0.038 0.009 0.006 0.010 0.375 0.013 0.379 56 R 0.093 0.179 0.016 0.010 0.014 0.236 0.008 0.444 57 M 0.046 0.207 0.007 0.007 0.016 0.296 0.008 0.414 58 V 0.056 0.624 0.014 0.008 0.031 0.068 0.005 0.194 59 E 0.009 0.879 0.003 0.005 0.010 0.018 0.002 0.075 60 R 0.017 0.874 0.002 0.003 0.006 0.012 0.004 0.082 61 L 0.032 0.915 0.002 0.002 0.006 0.003 0.005 0.034 62 K 0.022 0.925 0.002 0.003 0.006 0.006 0.006 0.030 63 K 0.123 0.722 0.005 0.005 0.006 0.012 0.050 0.077 64 N 0.336 0.412 0.016 0.007 0.005 0.012 0.109 0.103 65 N 0.189 0.172 0.075 0.022 0.012 0.029 0.108 0.393 66 K 0.072 0.035 0.174 0.033 0.038 0.309 0.037 0.301 67 I 0.120 0.046 0.255 0.094 0.122 0.192 0.018 0.153 68 C 0.042 0.031 0.399 0.183 0.252 0.054 0.005 0.033 69 L 0.009 0.011 0.300 0.300 0.281 0.022 0.003 0.075 70 Y 0.003 0.004 0.339 0.265 0.294 0.014 0.002 0.079 71 F 0.004 0.004 0.153 0.363 0.387 0.016 0.002 0.071 72 V 0.006 0.004 0.148 0.225 0.432 0.032 0.002 0.151 73 D 0.005 0.004 0.052 0.131 0.344 0.072 0.003 0.390 74 D 0.011 0.002 0.014 0.018 0.065 0.062 0.003 0.824 75 N 0.029 0.003 0.004 0.009 0.016 0.520 0.010 0.408 76 K 0.218 0.007 0.005 0.011 0.012 0.410 0.040 0.297 77 F 0.186 0.055 0.037 0.036 0.042 0.267 0.026 0.352 78 A 0.094 0.044 0.075 0.133 0.152 0.200 0.019 0.283 79 G 0.066 0.012 0.057 0.116 0.184 0.081 0.012 0.473 80 L 0.051 0.005 0.137 0.256 0.383 0.030 0.006 0.133 81 M 0.006 0.002 0.181 0.364 0.306 0.017 0.003 0.121 82 L 0.002 0.001 0.142 0.288 0.374 0.015 0.002 0.176 83 V 0.002 0.001 0.264 0.237 0.384 0.019 0.002 0.093 84 G 0.003 0.001 0.157 0.322 0.301 0.037 0.003 0.176 85 T 0.014 0.001 0.252 0.117 0.293 0.085 0.003 0.235 86 I 0.013 0.001 0.181 0.212 0.322 0.068 0.001 0.202 87 E 0.006 0.001 0.207 0.362 0.376 0.016 0.001 0.032 88 I 0.004 0.001 0.056 0.119 0.252 0.028 0.001 0.539 89 L 0.005 0.001 0.332 0.199 0.345 0.019 0.002 0.096 90 H 0.007 0.003 0.057 0.101 0.128 0.163 0.002 0.539 91 D 0.022 0.003 0.030 0.018 0.098 0.138 0.004 0.687 92 R 0.013 0.003 0.005 0.002 0.012 0.077 0.001 0.886 93 A 0.016 0.005 0.002 0.001 0.003 0.428 0.003 0.541 94 S 0.033 0.020 0.001 0.001 0.001 0.741 0.003 0.201 95 K 0.057 0.709 0.002 0.001 0.004 0.023 0.002 0.202 96 E 0.009 0.848 0.002 0.001 0.003 0.021 0.002 0.113 97 M 0.020 0.902 0.002 0.002 0.002 0.009 0.004 0.059 98 L 0.034 0.932 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.024 99 W 0.039 0.898 0.004 0.003 0.009 0.004 0.006 0.037 100 T 0.090 0.775 0.006 0.004 0.004 0.009 0.021 0.091 101 D 0.095 0.641 0.023 0.005 0.004 0.011 0.036 0.186 102 G 0.133 0.494 0.018 0.007 0.010 0.031 0.036 0.271 103 C 0.085 0.277 0.067 0.012 0.020 0.092 0.023 0.425 104 E 0.055 0.282 0.035 0.015 0.018 0.144 0.017 0.433 105 I 0.173 0.310 0.045 0.011 0.016 0.085 0.027 0.335 106 Y 0.194 0.407 0.051 0.016 0.020 0.052 0.043 0.219 107 Y 0.163 0.206 0.133 0.052 0.062 0.054 0.030 0.301 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 109 L 0.036 0.030 0.030 0.045 0.083 0.097 0.013 0.668 110 G 0.338 0.026 0.024 0.018 0.019 0.052 0.026 0.498 111 I 0.123 0.024 0.085 0.042 0.053 0.074 0.010 0.590 112 D 0.032 0.009 0.020 0.021 0.037 0.101 0.007 0.773 113 D 0.109 0.014 0.024 0.029 0.051 0.132 0.010 0.631 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 115 D 0.022 0.003 0.018 0.037 0.052 0.529 0.014 0.326 116 Y 0.479 0.006 0.058 0.051 0.057 0.136 0.024 0.189 117 T 0.079 0.009 0.237 0.232 0.236 0.102 0.006 0.100 118 A 0.011 0.002 0.209 0.221 0.302 0.053 0.002 0.200 119 L 0.004 0.001 0.291 0.296 0.382 0.009 0.001 0.017 120 C 0.003 0.001 0.206 0.288 0.412 0.010 0.001 0.080 121 F 0.001 0.001 0.322 0.258 0.308 0.010 0.001 0.098 122 T 0.002 0.001 0.167 0.274 0.332 0.032 0.001 0.192 123 A 0.001 0.001 0.019 0.021 0.068 0.019 0.001 0.872 124 E 0.004 0.002 0.080 0.129 0.291 0.194 0.002 0.299 125 W 0.072 0.003 0.031 0.043 0.088 0.205 0.008 0.550 126 G 0.134 0.037 0.108 0.265 0.211 0.060 0.013 0.172 127 N 0.064 0.026 0.153 0.238 0.273 0.058 0.007 0.182 128 Y 0.014 0.029 0.063 0.238 0.330 0.027 0.004 0.295 129 Y 0.019 0.039 0.083 0.178 0.476 0.034 0.005 0.167 130 R 0.025 0.060 0.048 0.203 0.270 0.083 0.011 0.300 131 H 0.065 0.067 0.040 0.064 0.138 0.088 0.020 0.519 132 L 0.178 0.079 0.033 0.046 0.108 0.115 0.021 0.420 133 K 0.080 0.071 0.021 0.022 0.029 0.109 0.031 0.638 134 N 0.167 0.067 0.016 0.016 0.019 0.089 0.041 0.585 135 I 0.259 0.061 0.036 0.017 0.025 0.091 0.022 0.489 136 T 0.085 0.067 0.029 0.031 0.046 0.179 0.014 0.548 137 F 0.106 0.077 0.058 0.053 0.088 0.163 0.012 0.443 138 K 0.062 0.166 0.028 0.055 0.069 0.136 0.008 0.476 139 I 0.048 0.166 0.051 0.050 0.121 0.090 0.007 0.466 140 D 0.027 0.321 0.026 0.072 0.098 0.072 0.006 0.378 141 E 0.066 0.372 0.024 0.046 0.091 0.087 0.014 0.301 142 I 0.081 0.612 0.020 0.038 0.069 0.045 0.011 0.123 143 Y 0.071 0.674 0.021 0.038 0.056 0.023 0.014 0.102 144 N 0.102 0.452 0.020 0.040 0.048 0.031 0.036 0.272 145 Y 0.140 0.221 0.044 0.027 0.045 0.038 0.036 0.448