# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.444 0.120 0.158 0.140 0.040 0.027 0.030 0.013 0.021 0.007 0.001 2 I 0.405 0.148 0.217 0.113 0.031 0.037 0.015 0.005 0.018 0.010 0.001 3 D 0.419 0.073 0.240 0.089 0.028 0.066 0.034 0.004 0.034 0.011 0.001 4 E 0.895 0.012 0.028 0.044 0.003 0.006 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 5 K 0.864 0.012 0.031 0.078 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 6 F 0.710 0.040 0.085 0.108 0.008 0.018 0.010 0.004 0.015 0.002 0.001 7 L 0.817 0.034 0.101 0.018 0.004 0.011 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 8 I 0.912 0.015 0.037 0.021 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 9 E 0.888 0.018 0.037 0.034 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 10 S 0.964 0.002 0.004 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 N 0.966 0.002 0.004 0.022 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.956 0.005 0.005 0.028 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.923 0.003 0.007 0.062 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.855 0.021 0.039 0.057 0.004 0.012 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 15 E 0.876 0.005 0.018 0.091 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.310 0.034 0.051 0.529 0.023 0.009 0.016 0.011 0.014 0.003 0.001 17 S 0.048 0.141 0.644 0.038 0.049 0.032 0.021 0.009 0.014 0.003 0.001 18 K 0.333 0.101 0.112 0.370 0.022 0.031 0.019 0.002 0.009 0.001 0.001 19 I 0.004 0.791 0.052 0.007 0.139 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 V 0.001 0.890 0.048 0.001 0.029 0.008 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 21 M 0.001 0.843 0.105 0.001 0.016 0.016 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 22 V 0.010 0.714 0.164 0.005 0.022 0.054 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 23 G 0.008 0.575 0.193 0.004 0.135 0.049 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 24 T 0.010 0.692 0.053 0.047 0.170 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 25 N 0.008 0.448 0.261 0.086 0.127 0.039 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 26 G 0.001 0.088 0.618 0.002 0.212 0.012 0.003 0.004 0.011 0.049 0.001 27 E 0.920 0.008 0.015 0.042 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 28 N 0.129 0.003 0.019 0.705 0.001 0.004 0.125 0.005 0.007 0.001 0.001 29 G 0.009 0.001 0.007 0.011 0.008 0.001 0.050 0.881 0.001 0.032 0.001 30 Y 0.019 0.204 0.652 0.002 0.008 0.011 0.012 0.001 0.091 0.001 0.001 31 P 0.077 0.002 0.829 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 32 N 0.064 0.309 0.288 0.076 0.103 0.098 0.021 0.009 0.027 0.004 0.001 33 I 0.019 0.689 0.175 0.021 0.058 0.018 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 34 K 0.018 0.757 0.096 0.007 0.073 0.012 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 35 A 0.019 0.170 0.722 0.004 0.008 0.067 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 36 M 0.036 0.729 0.089 0.017 0.052 0.025 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 37 M 0.043 0.411 0.380 0.009 0.068 0.057 0.006 0.001 0.021 0.003 0.001 38 R 0.046 0.608 0.210 0.032 0.040 0.033 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 39 L 0.064 0.634 0.170 0.017 0.072 0.020 0.003 0.001 0.016 0.002 0.001 40 K 0.063 0.368 0.387 0.024 0.032 0.071 0.013 0.003 0.034 0.004 0.001 41 H 0.157 0.471 0.127 0.049 0.052 0.050 0.007 0.002 0.082 0.003 0.001 42 D 0.232 0.053 0.169 0.298 0.021 0.032 0.135 0.004 0.047 0.008 0.002 43 G 0.061 0.003 0.017 0.034 0.017 0.002 0.130 0.620 0.002 0.113 0.001 44 L 0.140 0.070 0.252 0.348 0.026 0.024 0.099 0.016 0.011 0.013 0.002 45 K 0.074 0.073 0.147 0.170 0.070 0.016 0.313 0.112 0.008 0.018 0.001 46 K 0.005 0.803 0.112 0.005 0.057 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 47 F 0.002 0.691 0.252 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 48 W 0.003 0.911 0.041 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 49 L 0.007 0.682 0.178 0.003 0.035 0.062 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 50 S 0.010 0.555 0.193 0.015 0.079 0.074 0.006 0.001 0.066 0.001 0.001 51 T 0.056 0.397 0.148 0.093 0.250 0.027 0.005 0.002 0.014 0.006 0.001 52 N 0.064 0.184 0.359 0.046 0.169 0.087 0.018 0.004 0.053 0.015 0.001 53 T 0.761 0.010 0.043 0.161 0.002 0.008 0.008 0.002 0.002 0.002 0.001 54 S 0.561 0.014 0.033 0.283 0.013 0.014 0.034 0.031 0.011 0.006 0.001 55 T 0.550 0.052 0.166 0.122 0.016 0.019 0.037 0.019 0.011 0.006 0.001 56 R 0.858 0.013 0.041 0.032 0.003 0.017 0.024 0.005 0.005 0.001 0.001 57 M 0.928 0.017 0.022 0.023 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 V 0.988 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.983 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.980 0.001 0.002 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.962 0.002 0.003 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.966 0.004 0.007 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 K 0.697 0.005 0.009 0.278 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 64 N 0.083 0.046 0.174 0.476 0.007 0.064 0.042 0.003 0.104 0.001 0.001 65 N 0.182 0.054 0.161 0.215 0.021 0.048 0.263 0.032 0.020 0.002 0.001 66 K 0.052 0.367 0.284 0.135 0.069 0.046 0.024 0.003 0.018 0.002 0.001 67 I 0.004 0.625 0.293 0.004 0.026 0.027 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 68 C 0.003 0.813 0.111 0.003 0.026 0.022 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 69 L 0.002 0.810 0.134 0.001 0.014 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 70 Y 0.003 0.788 0.116 0.001 0.012 0.042 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 71 F 0.007 0.741 0.145 0.005 0.024 0.047 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 72 V 0.038 0.567 0.198 0.053 0.042 0.073 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 73 D 0.020 0.313 0.250 0.030 0.115 0.129 0.016 0.001 0.120 0.007 0.001 74 D 0.481 0.030 0.065 0.310 0.011 0.032 0.040 0.006 0.018 0.004 0.002 75 N 0.371 0.036 0.064 0.330 0.025 0.021 0.100 0.033 0.013 0.004 0.002 76 K 0.364 0.105 0.084 0.326 0.030 0.017 0.038 0.013 0.019 0.004 0.001 77 F 0.125 0.169 0.332 0.108 0.041 0.050 0.109 0.022 0.030 0.012 0.001 78 A 0.106 0.401 0.165 0.210 0.074 0.016 0.009 0.002 0.014 0.002 0.001 79 G 0.016 0.297 0.191 0.024 0.390 0.009 0.016 0.017 0.012 0.027 0.001 80 L 0.001 0.803 0.113 0.002 0.069 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 81 M 0.001 0.881 0.081 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 82 L 0.001 0.760 0.171 0.001 0.019 0.033 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 83 V 0.006 0.854 0.050 0.012 0.024 0.018 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 84 G 0.002 0.256 0.095 0.001 0.615 0.004 0.011 0.002 0.009 0.006 0.001 85 T 0.003 0.682 0.252 0.003 0.028 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 86 I 0.002 0.818 0.081 0.003 0.069 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 87 E 0.002 0.821 0.095 0.001 0.020 0.022 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 88 I 0.011 0.194 0.645 0.002 0.001 0.132 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 89 L 0.093 0.423 0.250 0.050 0.038 0.094 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 90 H 0.124 0.274 0.204 0.126 0.188 0.039 0.011 0.003 0.019 0.012 0.001 91 D 0.066 0.208 0.243 0.069 0.173 0.087 0.021 0.002 0.125 0.007 0.001 92 R 0.919 0.006 0.017 0.040 0.002 0.004 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 93 A 0.953 0.002 0.009 0.025 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 94 S 0.903 0.004 0.010 0.067 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 95 K 0.959 0.002 0.008 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.975 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.976 0.004 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.972 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 W 0.916 0.009 0.010 0.048 0.002 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 100 T 0.900 0.018 0.022 0.043 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 101 D 0.717 0.010 0.047 0.206 0.003 0.006 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 102 G 0.600 0.007 0.032 0.068 0.017 0.005 0.062 0.142 0.006 0.061 0.001 103 C 0.702 0.037 0.135 0.070 0.014 0.020 0.009 0.003 0.005 0.005 0.001 104 E 0.743 0.052 0.063 0.090 0.013 0.017 0.013 0.003 0.005 0.002 0.001 105 I 0.628 0.113 0.090 0.119 0.026 0.009 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 106 Y 0.432 0.129 0.108 0.249 0.020 0.024 0.012 0.004 0.020 0.002 0.001 107 Y 0.094 0.198 0.284 0.004 0.045 0.026 0.056 0.001 0.285 0.006 0.001 108 P 0.440 0.004 0.396 0.031 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 109 L 0.236 0.054 0.243 0.372 0.014 0.030 0.029 0.010 0.010 0.002 0.001 110 G 0.065 0.057 0.132 0.046 0.140 0.007 0.064 0.308 0.008 0.171 0.001 111 I 0.186 0.295 0.375 0.056 0.040 0.027 0.005 0.002 0.011 0.003 0.001 112 D 0.124 0.190 0.285 0.167 0.031 0.119 0.029 0.009 0.040 0.005 0.001 113 D 0.018 0.200 0.299 0.005 0.070 0.039 0.031 0.001 0.334 0.002 0.001 114 P 0.754 0.001 0.123 0.036 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 115 D 0.173 0.018 0.022 0.733 0.005 0.017 0.015 0.006 0.009 0.001 0.001 116 Y 0.018 0.467 0.303 0.056 0.105 0.016 0.012 0.002 0.018 0.001 0.001 117 T 0.012 0.749 0.095 0.017 0.100 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 118 A 0.001 0.851 0.051 0.002 0.083 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 119 L 0.001 0.880 0.078 0.001 0.018 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 120 C 0.001 0.747 0.161 0.001 0.011 0.045 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 121 F 0.005 0.769 0.109 0.003 0.059 0.024 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 122 T 0.003 0.648 0.234 0.002 0.017 0.042 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 123 A 0.022 0.037 0.810 0.001 0.002 0.122 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 124 E 0.854 0.002 0.001 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.018 0.435 0.009 0.044 0.480 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 126 G 0.017 0.563 0.093 0.007 0.274 0.005 0.005 0.006 0.017 0.011 0.001 127 N 0.038 0.663 0.051 0.014 0.132 0.032 0.008 0.001 0.060 0.001 0.001 128 Y 0.108 0.430 0.191 0.034 0.113 0.069 0.009 0.004 0.029 0.011 0.002 129 Y 0.190 0.387 0.155 0.136 0.036 0.048 0.004 0.002 0.038 0.003 0.002 130 R 0.151 0.224 0.152 0.098 0.110 0.045 0.173 0.005 0.030 0.011 0.001 131 H 0.177 0.144 0.170 0.132 0.092 0.052 0.144 0.026 0.048 0.011 0.004 132 L 0.319 0.149 0.251 0.120 0.047 0.027 0.034 0.007 0.029 0.015 0.002 133 K 0.448 0.039 0.186 0.155 0.026 0.023 0.056 0.031 0.006 0.025 0.003 134 N 0.207 0.097 0.177 0.195 0.059 0.054 0.138 0.023 0.044 0.006 0.001 135 I 0.514 0.104 0.194 0.121 0.011 0.024 0.013 0.003 0.013 0.002 0.001 136 T 0.571 0.119 0.116 0.118 0.028 0.020 0.010 0.004 0.010 0.004 0.001 137 F 0.448 0.158 0.155 0.117 0.049 0.023 0.025 0.007 0.014 0.004 0.001 138 K 0.344 0.265 0.249 0.042 0.021 0.040 0.006 0.002 0.030 0.001 0.001 139 I 0.681 0.126 0.114 0.033 0.010 0.018 0.005 0.001 0.010 0.002 0.001 140 D 0.771 0.061 0.051 0.050 0.016 0.020 0.016 0.003 0.009 0.002 0.001 141 E 0.790 0.102 0.036 0.039 0.015 0.008 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 142 I 0.682 0.124 0.065 0.086 0.008 0.017 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 143 Y 0.584 0.161 0.104 0.086 0.022 0.016 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 144 N 0.301 0.046 0.095 0.253 0.020 0.061 0.161 0.020 0.041 0.002 0.001 145 Y 0.278 0.160 0.312 0.110 0.036 0.034 0.032 0.008 0.023 0.007 0.001