# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1013 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.599 0.216 0.106 0.055 0.020 0.005 0.001 2 I 0.479 0.230 0.159 0.096 0.030 0.005 0.001 3 D 0.668 0.240 0.071 0.018 0.003 0.001 0.001 4 E 0.789 0.153 0.039 0.014 0.004 0.001 0.001 5 K 0.480 0.324 0.144 0.043 0.008 0.001 0.001 6 F 0.081 0.102 0.215 0.366 0.204 0.033 0.001 7 L 0.197 0.414 0.276 0.092 0.018 0.003 0.001 8 I 0.698 0.232 0.049 0.015 0.005 0.001 0.001 9 E 0.251 0.284 0.235 0.167 0.054 0.009 0.001 10 S 0.043 0.067 0.150 0.348 0.306 0.083 0.003 11 N 0.162 0.364 0.317 0.131 0.023 0.003 0.001 12 E 0.443 0.441 0.095 0.018 0.002 0.001 0.001 13 L 0.019 0.067 0.187 0.355 0.278 0.092 0.002 14 V 0.011 0.031 0.095 0.285 0.403 0.171 0.004 15 E 0.325 0.421 0.179 0.061 0.012 0.002 0.001 16 S 0.281 0.418 0.194 0.083 0.019 0.004 0.001 17 S 0.015 0.097 0.196 0.286 0.272 0.126 0.007 18 K 0.014 0.100 0.210 0.319 0.242 0.099 0.016 19 I 0.001 0.007 0.034 0.129 0.299 0.413 0.117 20 V 0.001 0.001 0.002 0.015 0.089 0.513 0.381 21 M 0.001 0.001 0.003 0.013 0.067 0.356 0.560 22 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.197 0.783 23 G 0.001 0.001 0.005 0.020 0.082 0.318 0.575 24 T 0.001 0.002 0.005 0.023 0.116 0.440 0.413 25 N 0.004 0.020 0.060 0.197 0.376 0.295 0.049 26 G 0.030 0.183 0.275 0.307 0.155 0.047 0.004 27 E 0.213 0.364 0.247 0.127 0.039 0.009 0.002 28 N 0.505 0.307 0.113 0.052 0.017 0.005 0.001 29 G 0.137 0.200 0.236 0.236 0.138 0.048 0.004 30 Y 0.122 0.217 0.239 0.205 0.139 0.068 0.010 31 P 0.032 0.059 0.089 0.167 0.271 0.298 0.084 32 N 0.019 0.074 0.150 0.221 0.224 0.224 0.088 33 I 0.006 0.014 0.027 0.071 0.187 0.420 0.274 34 K 0.006 0.024 0.061 0.129 0.198 0.331 0.253 35 A 0.007 0.018 0.031 0.060 0.134 0.375 0.375 36 M 0.004 0.014 0.036 0.089 0.175 0.351 0.330 37 M 0.004 0.013 0.026 0.074 0.190 0.413 0.280 38 R 0.016 0.041 0.083 0.168 0.278 0.325 0.089 39 L 0.027 0.065 0.126 0.244 0.300 0.209 0.030 40 K 0.094 0.237 0.285 0.224 0.114 0.041 0.004 41 H 0.122 0.217 0.241 0.256 0.131 0.032 0.002 42 D 0.505 0.323 0.111 0.044 0.014 0.004 0.001 43 G 0.670 0.228 0.065 0.028 0.008 0.001 0.001 44 L 0.312 0.341 0.206 0.104 0.032 0.005 0.001 45 K 0.163 0.390 0.277 0.136 0.031 0.004 0.001 46 K 0.015 0.064 0.206 0.354 0.275 0.081 0.005 47 F 0.001 0.003 0.010 0.037 0.179 0.640 0.130 48 W 0.002 0.006 0.023 0.068 0.183 0.465 0.253 49 L 0.001 0.003 0.005 0.011 0.048 0.311 0.622 50 S 0.001 0.005 0.014 0.053 0.155 0.381 0.390 51 T 0.002 0.012 0.034 0.104 0.240 0.423 0.185 52 N 0.014 0.065 0.149 0.263 0.278 0.184 0.047 53 T 0.066 0.187 0.232 0.244 0.164 0.085 0.021 54 S 0.186 0.264 0.215 0.157 0.097 0.063 0.018 55 T 0.224 0.249 0.197 0.173 0.104 0.047 0.006 56 R 0.184 0.301 0.227 0.158 0.086 0.037 0.006 57 M 0.046 0.113 0.164 0.249 0.250 0.161 0.017 58 V 0.030 0.079 0.171 0.298 0.290 0.123 0.010 59 E 0.203 0.418 0.245 0.103 0.025 0.005 0.001 60 R 0.050 0.217 0.313 0.263 0.117 0.038 0.002 61 L 0.011 0.024 0.064 0.238 0.426 0.227 0.010 62 K 0.200 0.355 0.252 0.141 0.042 0.009 0.001 63 K 0.360 0.411 0.159 0.056 0.012 0.002 0.001 64 N 0.054 0.220 0.301 0.263 0.127 0.034 0.002 65 N 0.027 0.135 0.234 0.315 0.211 0.070 0.007 66 K 0.007 0.062 0.164 0.285 0.286 0.166 0.028 67 I 0.001 0.002 0.008 0.048 0.210 0.564 0.168 68 C 0.001 0.002 0.011 0.042 0.144 0.467 0.333 69 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.025 0.278 0.691 70 Y 0.001 0.002 0.008 0.039 0.123 0.354 0.473 71 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.093 0.461 0.425 72 V 0.004 0.016 0.045 0.134 0.292 0.398 0.111 73 D 0.015 0.089 0.203 0.329 0.258 0.099 0.006 74 D 0.115 0.321 0.317 0.178 0.058 0.009 0.001 75 N 0.561 0.295 0.090 0.038 0.012 0.003 0.001 76 K 0.443 0.315 0.147 0.069 0.021 0.005 0.001 77 F 0.125 0.200 0.239 0.239 0.147 0.048 0.003 78 A 0.110 0.226 0.236 0.221 0.146 0.056 0.006 79 G 0.020 0.103 0.229 0.296 0.226 0.111 0.014 80 L 0.005 0.015 0.027 0.075 0.231 0.508 0.140 81 M 0.006 0.049 0.169 0.309 0.259 0.165 0.042 82 L 0.002 0.008 0.020 0.063 0.210 0.498 0.200 83 V 0.011 0.095 0.216 0.327 0.212 0.112 0.027 84 G 0.004 0.023 0.061 0.158 0.307 0.380 0.067 85 T 0.013 0.119 0.312 0.348 0.159 0.046 0.004 86 I 0.008 0.021 0.051 0.169 0.392 0.331 0.029 87 E 0.096 0.313 0.347 0.183 0.050 0.011 0.001 88 I 0.071 0.164 0.248 0.292 0.181 0.043 0.001 89 L 0.137 0.196 0.259 0.251 0.125 0.030 0.001 90 H 0.625 0.259 0.082 0.027 0.005 0.001 0.001 91 D 0.724 0.201 0.058 0.015 0.002 0.001 0.001 92 R 0.805 0.154 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 93 A 0.782 0.155 0.042 0.015 0.005 0.001 0.001 94 S 0.353 0.327 0.200 0.093 0.023 0.003 0.001 95 K 0.127 0.188 0.291 0.280 0.102 0.012 0.001 96 E 0.316 0.403 0.205 0.063 0.012 0.002 0.001 97 M 0.242 0.376 0.247 0.103 0.028 0.005 0.001 98 L 0.045 0.064 0.124 0.281 0.337 0.142 0.007 99 W 0.035 0.086 0.168 0.288 0.279 0.135 0.009 100 T 0.254 0.358 0.222 0.115 0.038 0.011 0.002 101 D 0.138 0.321 0.293 0.178 0.055 0.013 0.001 102 G 0.045 0.082 0.136 0.244 0.294 0.183 0.016 103 C 0.079 0.140 0.194 0.255 0.216 0.104 0.012 104 E 0.258 0.338 0.208 0.124 0.050 0.018 0.004 105 I 0.095 0.211 0.282 0.241 0.121 0.044 0.006 106 Y 0.053 0.111 0.174 0.258 0.256 0.136 0.013 107 Y 0.090 0.153 0.207 0.239 0.191 0.104 0.015 108 P 0.344 0.250 0.168 0.129 0.072 0.030 0.005 109 L 0.278 0.273 0.197 0.143 0.074 0.031 0.005 110 G 0.160 0.176 0.185 0.218 0.165 0.086 0.010 111 I 0.209 0.204 0.202 0.199 0.128 0.051 0.006 112 D 0.343 0.312 0.184 0.108 0.041 0.011 0.001 113 D 0.145 0.185 0.214 0.238 0.157 0.056 0.004 114 P 0.255 0.317 0.212 0.138 0.057 0.017 0.004 115 D 0.090 0.251 0.265 0.214 0.122 0.051 0.007 116 Y 0.004 0.019 0.060 0.201 0.369 0.310 0.036 117 T 0.001 0.006 0.026 0.095 0.248 0.474 0.150 118 A 0.001 0.005 0.013 0.027 0.078 0.428 0.448 119 L 0.001 0.003 0.007 0.026 0.114 0.422 0.428 120 C 0.001 0.003 0.018 0.081 0.235 0.390 0.273 121 F 0.001 0.001 0.003 0.017 0.108 0.479 0.393 122 T 0.004 0.048 0.161 0.286 0.256 0.205 0.040 123 A 0.008 0.049 0.116 0.227 0.331 0.229 0.040 124 E 0.091 0.325 0.307 0.173 0.068 0.029 0.007 125 W 0.031 0.111 0.229 0.297 0.215 0.101 0.016 126 G 0.021 0.033 0.047 0.132 0.319 0.376 0.072 127 N 0.055 0.164 0.241 0.279 0.186 0.069 0.006 128 Y 0.073 0.119 0.168 0.225 0.208 0.172 0.034 129 Y 0.040 0.100 0.164 0.262 0.252 0.160 0.021 130 R 0.106 0.205 0.263 0.235 0.125 0.054 0.012 131 H 0.202 0.225 0.183 0.174 0.133 0.070 0.013 132 L 0.212 0.237 0.211 0.180 0.103 0.050 0.008 133 K 0.419 0.270 0.155 0.094 0.042 0.017 0.004 134 N 0.289 0.266 0.183 0.134 0.080 0.040 0.007 135 I 0.134 0.163 0.190 0.215 0.176 0.104 0.016 136 T 0.221 0.207 0.187 0.185 0.129 0.064 0.008 137 F 0.230 0.210 0.194 0.184 0.119 0.054 0.009 138 K 0.294 0.244 0.187 0.148 0.083 0.039 0.005 139 I 0.195 0.161 0.169 0.192 0.169 0.102 0.013 140 D 0.370 0.240 0.172 0.128 0.062 0.024 0.003 141 E 0.331 0.295 0.184 0.116 0.052 0.020 0.002 142 I 0.209 0.150 0.173 0.228 0.161 0.074 0.005 143 Y 0.332 0.242 0.200 0.147 0.061 0.017 0.001 144 N 0.651 0.233 0.077 0.029 0.008 0.002 0.001 145 Y 0.644 0.184 0.091 0.054 0.020 0.006 0.001