# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0380/T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.075 0.173 0.162 0.010 0.070 0.017 0.005 0.023 0.021 0.035 0.060 0.127 0.006 0.004 0.102 2 I 0.067 0.066 0.169 0.170 0.005 0.166 0.009 0.018 0.002 0.005 0.052 0.095 0.159 0.003 0.009 0.007 3 D 0.001 0.007 0.008 0.009 0.001 0.698 0.001 0.005 0.001 0.003 0.067 0.052 0.144 0.001 0.002 0.001 4 E 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.804 0.052 0.130 0.001 0.001 0.001 5 K 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.776 0.203 0.001 0.001 0.001 6 F 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.964 0.001 0.002 0.004 7 L 0.001 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.964 0.001 0.002 0.003 8 I 0.002 0.002 0.004 0.008 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.942 0.002 0.002 0.007 9 E 0.002 0.003 0.004 0.004 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.912 0.011 0.004 0.006 10 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.945 0.002 0.005 0.002 11 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.934 0.002 0.002 0.003 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.964 0.003 0.003 0.005 13 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.900 0.022 0.005 0.032 14 V 0.002 0.003 0.043 0.003 0.001 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.869 0.005 0.015 0.010 15 E 0.005 0.024 0.054 0.016 0.001 0.015 0.017 0.006 0.001 0.001 0.011 0.010 0.740 0.012 0.016 0.071 16 S 0.033 0.037 0.054 0.042 0.003 0.032 0.024 0.004 0.006 0.003 0.041 0.022 0.558 0.026 0.022 0.093 17 S 0.021 0.033 0.143 0.024 0.001 0.088 0.009 0.005 0.002 0.001 0.055 0.034 0.542 0.002 0.019 0.021 18 K 0.011 0.537 0.114 0.091 0.001 0.014 0.003 0.001 0.004 0.001 0.013 0.049 0.136 0.001 0.002 0.025 19 I 0.032 0.021 0.199 0.629 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.079 0.001 0.001 0.006 20 V 0.002 0.007 0.708 0.247 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 21 M 0.001 0.003 0.016 0.942 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 22 V 0.001 0.016 0.007 0.929 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 23 G 0.001 0.009 0.006 0.956 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 24 T 0.009 0.036 0.026 0.649 0.125 0.115 0.011 0.003 0.002 0.002 0.005 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 25 N 0.003 0.124 0.043 0.652 0.012 0.060 0.001 0.072 0.002 0.002 0.013 0.003 0.005 0.001 0.004 0.003 26 G 0.002 0.016 0.005 0.028 0.123 0.699 0.007 0.006 0.012 0.041 0.028 0.014 0.014 0.002 0.001 0.003 27 E 0.005 0.024 0.003 0.004 0.114 0.005 0.054 0.016 0.001 0.001 0.626 0.010 0.006 0.130 0.002 0.001 28 N 0.001 0.017 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.145 0.009 0.002 0.002 0.086 0.003 0.001 0.719 0.002 29 G 0.008 0.003 0.013 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.164 0.032 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.761 30 Y 0.923 0.005 0.034 0.015 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 31 P 0.024 0.021 0.627 0.137 0.004 0.120 0.010 0.012 0.002 0.004 0.009 0.006 0.015 0.001 0.003 0.005 32 N 0.006 0.233 0.045 0.653 0.002 0.020 0.001 0.003 0.012 0.002 0.005 0.007 0.005 0.001 0.001 0.006 33 I 0.015 0.007 0.054 0.896 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 34 K 0.008 0.021 0.352 0.561 0.007 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 35 A 0.002 0.011 0.021 0.831 0.012 0.088 0.001 0.005 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 36 M 0.002 0.106 0.022 0.757 0.016 0.055 0.001 0.006 0.002 0.001 0.011 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 37 M 0.005 0.040 0.027 0.814 0.007 0.049 0.001 0.011 0.005 0.003 0.012 0.006 0.013 0.001 0.001 0.003 38 R 0.012 0.049 0.128 0.606 0.034 0.079 0.008 0.007 0.008 0.004 0.025 0.009 0.018 0.003 0.002 0.008 39 L 0.013 0.071 0.087 0.692 0.018 0.033 0.005 0.022 0.003 0.002 0.019 0.009 0.015 0.002 0.004 0.006 40 K 0.014 0.054 0.082 0.457 0.076 0.188 0.010 0.013 0.016 0.016 0.016 0.015 0.022 0.004 0.002 0.016 41 H 0.013 0.027 0.030 0.088 0.570 0.060 0.076 0.020 0.002 0.004 0.057 0.008 0.011 0.031 0.002 0.003 42 D 0.003 0.036 0.008 0.019 0.015 0.080 0.002 0.692 0.005 0.005 0.036 0.021 0.010 0.001 0.066 0.002 43 G 0.008 0.045 0.013 0.020 0.016 0.013 0.019 0.017 0.330 0.142 0.155 0.021 0.016 0.033 0.006 0.146 44 L 0.512 0.052 0.048 0.050 0.001 0.022 0.006 0.032 0.016 0.003 0.012 0.067 0.017 0.001 0.153 0.008 45 K 0.033 0.131 0.487 0.037 0.001 0.003 0.002 0.001 0.047 0.004 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.246 46 K 0.228 0.006 0.247 0.510 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 47 F 0.003 0.004 0.741 0.247 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 W 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.001 0.002 0.005 0.964 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 S 0.001 0.024 0.005 0.784 0.070 0.104 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 T 0.003 0.163 0.007 0.633 0.015 0.116 0.001 0.028 0.005 0.006 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 52 N 0.004 0.036 0.010 0.066 0.029 0.725 0.003 0.008 0.007 0.025 0.051 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 53 T 0.004 0.060 0.008 0.019 0.004 0.083 0.001 0.028 0.002 0.002 0.719 0.056 0.011 0.001 0.002 0.001 54 S 0.003 0.060 0.010 0.015 0.002 0.023 0.002 0.007 0.015 0.005 0.131 0.672 0.040 0.003 0.004 0.007 55 T 0.020 0.015 0.034 0.014 0.001 0.044 0.011 0.002 0.004 0.002 0.069 0.214 0.539 0.002 0.016 0.012 56 R 0.007 0.026 0.063 0.015 0.001 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.074 0.092 0.676 0.001 0.004 0.020 57 M 0.005 0.008 0.007 0.010 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.121 0.781 0.001 0.001 0.005 58 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.018 0.874 0.001 0.001 0.001 59 E 0.001 0.007 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.081 0.890 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.983 0.001 0.001 0.002 61 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.978 0.002 0.002 0.001 62 K 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.009 0.006 0.014 63 K 0.006 0.003 0.014 0.006 0.002 0.001 0.043 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.240 0.550 0.023 0.107 64 N 0.007 0.008 0.070 0.005 0.001 0.019 0.063 0.007 0.001 0.001 0.003 0.003 0.251 0.010 0.524 0.027 65 N 0.022 0.065 0.072 0.010 0.001 0.008 0.006 0.003 0.011 0.003 0.022 0.002 0.073 0.004 0.012 0.687 66 K 0.518 0.181 0.094 0.133 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.034 67 I 0.024 0.006 0.863 0.094 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 68 C 0.001 0.015 0.354 0.624 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.009 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.001 0.018 0.975 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 F 0.001 0.004 0.005 0.876 0.038 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.088 0.004 0.768 0.027 0.088 0.001 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 D 0.001 0.035 0.001 0.061 0.025 0.817 0.001 0.017 0.004 0.010 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.002 0.069 0.005 0.014 0.007 0.029 0.002 0.025 0.005 0.003 0.813 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 75 N 0.009 0.074 0.020 0.025 0.006 0.033 0.009 0.022 0.027 0.006 0.075 0.625 0.020 0.007 0.034 0.008 76 K 0.053 0.067 0.188 0.037 0.006 0.018 0.015 0.016 0.031 0.007 0.069 0.051 0.123 0.009 0.081 0.228 77 F 0.150 0.035 0.213 0.033 0.028 0.046 0.157 0.005 0.025 0.007 0.014 0.027 0.054 0.075 0.008 0.122 78 A 0.077 0.213 0.378 0.106 0.001 0.018 0.013 0.066 0.005 0.002 0.009 0.009 0.034 0.001 0.056 0.013 79 G 0.021 0.036 0.244 0.493 0.001 0.005 0.001 0.002 0.082 0.006 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.099 80 L 0.160 0.003 0.239 0.591 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.001 0.005 0.145 0.841 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.001 0.002 0.004 0.954 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.076 0.010 0.901 0.002 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.001 0.004 0.004 0.976 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.005 0.026 0.069 0.895 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.012 0.977 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.001 0.009 0.017 0.956 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 I 0.001 0.009 0.002 0.779 0.040 0.161 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.215 0.015 0.580 0.043 0.090 0.002 0.022 0.003 0.002 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 90 H 0.005 0.185 0.020 0.429 0.013 0.204 0.003 0.037 0.012 0.022 0.027 0.027 0.008 0.001 0.002 0.004 91 D 0.008 0.026 0.018 0.031 0.002 0.698 0.001 0.015 0.004 0.013 0.123 0.035 0.022 0.001 0.002 0.002 92 R 0.004 0.022 0.005 0.006 0.001 0.039 0.001 0.002 0.002 0.001 0.792 0.084 0.039 0.001 0.001 0.002 93 A 0.004 0.024 0.007 0.010 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 0.813 0.083 0.001 0.002 0.001 94 S 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.052 0.877 0.001 0.002 0.004 95 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.019 0.887 0.001 0.001 0.002 96 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.093 0.885 0.001 0.002 0.002 97 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.005 0.002 0.008 98 L 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.952 0.002 0.004 0.009 99 W 0.001 0.003 0.013 0.003 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.941 0.004 0.003 0.013 100 T 0.006 0.003 0.013 0.006 0.007 0.008 0.066 0.002 0.001 0.001 0.010 0.005 0.422 0.422 0.007 0.022 101 D 0.003 0.017 0.027 0.006 0.001 0.013 0.008 0.031 0.001 0.001 0.025 0.012 0.431 0.006 0.404 0.013 102 G 0.005 0.015 0.026 0.008 0.001 0.018 0.013 0.002 0.013 0.009 0.058 0.032 0.509 0.017 0.007 0.266 103 C 0.131 0.019 0.024 0.016 0.001 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.035 0.134 0.578 0.004 0.015 0.008 104 E 0.007 0.040 0.118 0.030 0.002 0.024 0.020 0.003 0.003 0.002 0.037 0.047 0.591 0.022 0.011 0.045 105 I 0.020 0.034 0.102 0.144 0.004 0.028 0.027 0.008 0.004 0.001 0.028 0.040 0.470 0.020 0.038 0.031 106 Y 0.013 0.039 0.324 0.150 0.008 0.020 0.054 0.004 0.007 0.002 0.010 0.014 0.221 0.025 0.017 0.091 107 Y 0.036 0.025 0.286 0.261 0.013 0.063 0.033 0.008 0.004 0.004 0.013 0.016 0.186 0.005 0.015 0.031 108 P 0.022 0.043 0.087 0.098 0.189 0.099 0.153 0.009 0.005 0.008 0.042 0.013 0.072 0.126 0.003 0.033 109 L 0.022 0.219 0.071 0.304 0.004 0.023 0.005 0.140 0.009 0.002 0.025 0.023 0.030 0.003 0.109 0.011 110 G 0.020 0.026 0.102 0.149 0.017 0.136 0.039 0.004 0.113 0.158 0.029 0.042 0.058 0.006 0.004 0.098 111 I 0.326 0.106 0.092 0.169 0.008 0.047 0.010 0.017 0.003 0.002 0.137 0.029 0.039 0.002 0.006 0.010 112 D 0.014 0.136 0.167 0.390 0.007 0.040 0.006 0.019 0.015 0.011 0.028 0.117 0.024 0.004 0.005 0.017 113 D 0.014 0.016 0.042 0.060 0.025 0.658 0.014 0.007 0.004 0.007 0.029 0.029 0.086 0.001 0.005 0.004 114 P 0.006 0.087 0.030 0.037 0.006 0.041 0.008 0.020 0.003 0.002 0.664 0.023 0.058 0.005 0.003 0.007 115 D 0.018 0.273 0.046 0.141 0.002 0.026 0.006 0.008 0.029 0.002 0.010 0.356 0.027 0.004 0.036 0.017 116 Y 0.056 0.031 0.467 0.134 0.001 0.021 0.009 0.002 0.018 0.002 0.008 0.004 0.058 0.003 0.009 0.176 117 T 0.050 0.109 0.611 0.176 0.001 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.013 0.001 0.001 0.008 118 A 0.017 0.034 0.266 0.643 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 119 L 0.002 0.010 0.153 0.827 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 C 0.001 0.001 0.033 0.961 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.001 0.004 0.015 0.977 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 T 0.001 0.003 0.002 0.314 0.012 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 A 0.001 0.013 0.001 0.053 0.012 0.564 0.001 0.006 0.001 0.001 0.349 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 E 0.001 0.696 0.001 0.040 0.002 0.008 0.001 0.004 0.004 0.001 0.012 0.231 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.008 0.053 0.090 0.564 0.003 0.020 0.004 0.030 0.022 0.002 0.026 0.036 0.086 0.001 0.037 0.018 126 G 0.009 0.005 0.789 0.085 0.003 0.011 0.006 0.002 0.003 0.004 0.010 0.004 0.049 0.001 0.001 0.020 127 N 0.054 0.039 0.084 0.543 0.028 0.066 0.007 0.012 0.002 0.003 0.025 0.020 0.105 0.005 0.002 0.005 128 Y 0.005 0.031 0.032 0.396 0.197 0.136 0.031 0.011 0.005 0.003 0.028 0.014 0.073 0.027 0.003 0.009 129 Y 0.006 0.087 0.052 0.372 0.087 0.057 0.019 0.127 0.011 0.006 0.026 0.023 0.078 0.007 0.031 0.012 130 R 0.018 0.043 0.036 0.118 0.131 0.149 0.039 0.075 0.055 0.084 0.057 0.033 0.088 0.020 0.011 0.045 131 H 0.084 0.094 0.053 0.075 0.030 0.056 0.029 0.127 0.024 0.018 0.198 0.049 0.070 0.026 0.043 0.024 132 L 0.043 0.101 0.123 0.097 0.007 0.079 0.022 0.056 0.061 0.025 0.052 0.128 0.079 0.008 0.073 0.046 133 K 0.123 0.180 0.208 0.178 0.001 0.024 0.006 0.009 0.043 0.007 0.019 0.040 0.052 0.002 0.017 0.092 134 N 0.121 0.051 0.363 0.382 0.001 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.010 0.017 0.001 0.002 0.023 135 I 0.024 0.011 0.574 0.331 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.013 0.001 0.001 0.002 136 T 0.003 0.034 0.105 0.831 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 137 F 0.002 0.007 0.022 0.945 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 138 K 0.002 0.029 0.050 0.614 0.042 0.238 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 139 I 0.004 0.096 0.013 0.397 0.038 0.303 0.003 0.028 0.002 0.003 0.094 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 140 D 0.005 0.258 0.026 0.240 0.017 0.190 0.005 0.036 0.019 0.009 0.084 0.088 0.014 0.002 0.005 0.003 141 E 0.022 0.145 0.089 0.247 0.011 0.080 0.009 0.022 0.030 0.010 0.135 0.092 0.068 0.003 0.012 0.024 142 I 0.046 0.071 0.202 0.137 0.074 0.066 0.077 0.009 0.017 0.007 0.061 0.078 0.068 0.040 0.006 0.040 143 Y 0.027 0.111 0.253 0.235 0.015 0.039 0.022 0.074 0.005 0.003 0.027 0.037 0.074 0.006 0.057 0.014 144 N 0.012 0.033 0.069 0.112 0.088 0.265 0.060 0.016 0.042 0.061 0.036 0.034 0.093 0.018 0.007 0.053 145 Y 0.076 0.106 0.062 0.121 0.029 0.048 0.024 0.084 0.010 0.006 0.258 0.046 0.080 0.012 0.024 0.014