# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.086 0.008 0.011 0.014 0.092 0.018 0.757 2 I 0.050 0.647 0.005 0.006 0.005 0.034 0.039 0.212 3 D 0.039 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 4 E 0.027 0.915 0.003 0.001 0.001 0.005 0.017 0.032 5 K 0.021 0.904 0.004 0.001 0.001 0.009 0.019 0.041 6 F 0.096 0.504 0.007 0.001 0.001 0.018 0.309 0.063 7 L 0.012 0.117 0.006 0.001 0.001 0.011 0.820 0.034 8 I 0.021 0.743 0.004 0.001 0.001 0.017 0.083 0.130 9 E 0.025 0.808 0.004 0.001 0.001 0.015 0.023 0.123 10 S 0.032 0.888 0.003 0.001 0.001 0.009 0.018 0.048 11 N 0.105 0.720 0.006 0.001 0.001 0.014 0.061 0.092 12 E 0.058 0.316 0.022 0.004 0.002 0.041 0.315 0.241 13 L 0.080 0.085 0.052 0.003 0.003 0.058 0.562 0.158 14 V 0.193 0.066 0.050 0.004 0.003 0.095 0.214 0.376 15 E 0.157 0.043 0.021 0.002 0.003 0.053 0.028 0.693 16 S 0.038 0.024 0.012 0.001 0.002 0.078 0.021 0.824 17 S 0.017 0.037 0.057 0.006 0.016 0.242 0.050 0.575 18 K 0.013 0.039 0.216 0.028 0.072 0.123 0.130 0.379 19 I 0.009 0.020 0.366 0.053 0.074 0.096 0.098 0.283 20 V 0.005 0.005 0.601 0.089 0.094 0.031 0.110 0.066 21 M 0.006 0.005 0.396 0.090 0.166 0.039 0.201 0.098 22 V 0.008 0.006 0.426 0.116 0.207 0.051 0.066 0.120 23 G 0.028 0.005 0.181 0.163 0.260 0.090 0.044 0.229 24 T 0.027 0.006 0.100 0.113 0.207 0.103 0.179 0.266 25 N 0.027 0.004 0.067 0.044 0.098 0.159 0.077 0.523 26 G 0.500 0.002 0.015 0.018 0.029 0.088 0.046 0.301 27 E 0.188 0.002 0.005 0.010 0.010 0.101 0.037 0.648 28 N 0.004 0.001 0.010 0.005 0.024 0.158 0.011 0.787 29 G 0.021 0.001 0.014 0.015 0.049 0.097 0.032 0.772 30 Y 0.084 0.005 0.029 0.182 0.086 0.109 0.078 0.426 31 P 0.013 0.004 0.050 0.052 0.094 0.077 0.022 0.689 32 N 0.017 0.008 0.075 0.137 0.356 0.065 0.033 0.308 33 I 0.010 0.006 0.112 0.103 0.159 0.065 0.033 0.510 34 K 0.021 0.018 0.131 0.300 0.240 0.052 0.047 0.192 35 A 0.029 0.028 0.089 0.141 0.237 0.062 0.051 0.363 36 M 0.039 0.024 0.103 0.161 0.273 0.059 0.047 0.292 37 M 0.028 0.012 0.067 0.252 0.383 0.036 0.039 0.183 38 R 0.017 0.006 0.033 0.216 0.296 0.052 0.043 0.338 39 L 0.005 0.001 0.038 0.360 0.332 0.038 0.033 0.192 40 K 0.049 0.001 0.030 0.127 0.184 0.076 0.065 0.468 41 H 0.466 0.001 0.011 0.029 0.035 0.048 0.050 0.360 42 D 0.152 0.001 0.006 0.007 0.014 0.070 0.012 0.739 43 G 0.019 0.001 0.008 0.005 0.022 0.094 0.010 0.841 44 L 0.003 0.001 0.052 0.030 0.111 0.183 0.024 0.596 45 K 0.001 0.001 0.198 0.147 0.296 0.055 0.050 0.253 46 K 0.001 0.001 0.284 0.304 0.261 0.013 0.061 0.076 47 F 0.001 0.001 0.498 0.217 0.192 0.007 0.046 0.040 48 W 0.001 0.001 0.509 0.199 0.234 0.006 0.023 0.027 49 L 0.003 0.001 0.483 0.191 0.221 0.015 0.031 0.055 50 S 0.014 0.005 0.322 0.121 0.189 0.063 0.114 0.171 51 T 0.037 0.014 0.084 0.043 0.082 0.118 0.258 0.363 52 N 0.087 0.078 0.033 0.018 0.031 0.175 0.151 0.427 53 T 0.057 0.202 0.012 0.010 0.017 0.130 0.048 0.524 54 S 0.027 0.754 0.003 0.004 0.008 0.025 0.032 0.146 55 T 0.022 0.905 0.001 0.002 0.003 0.009 0.017 0.040 56 R 0.011 0.804 0.017 0.019 0.013 0.017 0.054 0.064 57 M 0.010 0.947 0.003 0.003 0.003 0.004 0.012 0.017 58 V 0.115 0.768 0.025 0.003 0.004 0.006 0.058 0.020 59 E 0.069 0.626 0.038 0.025 0.017 0.021 0.076 0.129 60 R 0.109 0.089 0.036 0.012 0.015 0.029 0.290 0.420 61 L 0.162 0.045 0.023 0.014 0.012 0.093 0.298 0.353 62 K 0.047 0.015 0.013 0.014 0.015 0.091 0.051 0.755 63 K 0.023 0.004 0.002 0.001 0.002 0.043 0.007 0.917 64 N 0.117 0.030 0.015 0.007 0.009 0.154 0.084 0.585 65 N 0.061 0.031 0.053 0.016 0.035 0.211 0.051 0.542 66 K 0.015 0.009 0.135 0.021 0.068 0.118 0.073 0.561 67 I 0.005 0.006 0.344 0.114 0.154 0.080 0.091 0.207 68 C 0.004 0.003 0.400 0.117 0.241 0.036 0.069 0.129 69 L 0.003 0.002 0.286 0.267 0.288 0.023 0.032 0.099 70 Y 0.005 0.002 0.305 0.227 0.305 0.028 0.027 0.101 71 F 0.005 0.002 0.141 0.261 0.362 0.043 0.042 0.143 72 V 0.035 0.006 0.093 0.124 0.161 0.111 0.074 0.396 73 D 0.399 0.013 0.022 0.050 0.048 0.070 0.064 0.335 74 D 0.124 0.009 0.007 0.012 0.026 0.091 0.032 0.699 75 N 0.036 0.005 0.012 0.013 0.030 0.100 0.052 0.753 76 K 0.085 0.006 0.017 0.047 0.087 0.139 0.078 0.541 77 F 0.030 0.003 0.015 0.051 0.068 0.091 0.053 0.689 78 A 0.006 0.002 0.063 0.118 0.355 0.082 0.026 0.348 79 G 0.002 0.001 0.071 0.135 0.540 0.026 0.031 0.194 80 L 0.001 0.001 0.096 0.385 0.430 0.013 0.013 0.062 81 M 0.001 0.001 0.240 0.291 0.373 0.013 0.022 0.060 82 L 0.005 0.002 0.102 0.379 0.358 0.023 0.021 0.110 83 V 0.012 0.005 0.219 0.149 0.267 0.042 0.029 0.278 84 G 0.017 0.007 0.117 0.250 0.382 0.039 0.026 0.163 85 T 0.017 0.010 0.103 0.209 0.422 0.031 0.043 0.166 86 I 0.014 0.008 0.068 0.246 0.304 0.035 0.029 0.295 87 E 0.004 0.005 0.063 0.409 0.381 0.024 0.017 0.095 88 I 0.016 0.016 0.045 0.121 0.194 0.070 0.027 0.512 89 L 0.072 0.049 0.077 0.196 0.167 0.078 0.057 0.304 90 H 0.057 0.044 0.024 0.034 0.032 0.071 0.147 0.592 91 D 0.166 0.398 0.007 0.007 0.007 0.038 0.151 0.226 92 R 0.080 0.639 0.005 0.004 0.004 0.037 0.021 0.211 93 A 0.029 0.790 0.002 0.002 0.002 0.017 0.009 0.150 94 S 0.026 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.016 0.037 95 K 0.054 0.864 0.001 0.001 0.001 0.009 0.037 0.033 96 E 0.011 0.054 0.005 0.002 0.002 0.009 0.884 0.031 97 M 0.018 0.225 0.008 0.004 0.006 0.040 0.592 0.106 98 L 0.094 0.411 0.029 0.007 0.015 0.074 0.119 0.251 99 W 0.090 0.285 0.019 0.011 0.012 0.077 0.061 0.446 100 T 0.114 0.264 0.013 0.004 0.008 0.060 0.089 0.448 101 D 0.092 0.268 0.010 0.005 0.006 0.110 0.044 0.466 102 G 0.124 0.150 0.060 0.010 0.012 0.107 0.144 0.395 103 C 0.184 0.172 0.031 0.012 0.013 0.097 0.081 0.410 104 E 0.132 0.061 0.060 0.009 0.015 0.073 0.067 0.583 105 I 0.020 0.027 0.117 0.022 0.026 0.126 0.056 0.606 106 Y 0.028 0.012 0.084 0.019 0.028 0.109 0.056 0.665 107 Y 0.323 0.013 0.033 0.021 0.021 0.101 0.076 0.413 108 P 0.107 0.006 0.023 0.014 0.016 0.090 0.028 0.717 109 L 0.029 0.002 0.015 0.013 0.028 0.090 0.016 0.807 110 G 0.038 0.002 0.011 0.018 0.025 0.120 0.028 0.759 111 I 0.009 0.001 0.015 0.036 0.030 0.152 0.021 0.736 112 D 0.058 0.001 0.004 0.005 0.007 0.053 0.018 0.854 113 D 0.696 0.004 0.004 0.004 0.004 0.039 0.096 0.155 114 P 0.054 0.003 0.015 0.005 0.013 0.137 0.019 0.754 115 D 0.017 0.002 0.040 0.017 0.125 0.135 0.030 0.633 116 Y 0.001 0.001 0.071 0.087 0.302 0.091 0.040 0.408 117 T 0.001 0.001 0.162 0.253 0.515 0.013 0.022 0.033 118 A 0.001 0.001 0.105 0.282 0.452 0.007 0.026 0.127 119 L 0.001 0.001 0.238 0.448 0.269 0.006 0.004 0.034 120 C 0.001 0.001 0.189 0.271 0.465 0.012 0.008 0.054 121 F 0.002 0.001 0.176 0.260 0.220 0.040 0.022 0.279 122 T 0.156 0.029 0.104 0.204 0.157 0.046 0.103 0.201 123 A 0.105 0.032 0.057 0.057 0.072 0.099 0.132 0.446 124 E 0.019 0.053 0.098 0.100 0.227 0.071 0.059 0.373 125 W 0.029 0.055 0.076 0.085 0.224 0.064 0.088 0.379 126 G 0.023 0.038 0.069 0.232 0.227 0.064 0.062 0.286 127 N 0.026 0.037 0.089 0.216 0.291 0.051 0.068 0.221 128 Y 0.035 0.035 0.069 0.127 0.167 0.078 0.084 0.405 129 Y 0.089 0.047 0.063 0.118 0.139 0.092 0.049 0.403 130 R 0.091 0.026 0.028 0.051 0.075 0.085 0.056 0.588 131 H 0.097 0.046 0.017 0.031 0.062 0.095 0.074 0.577 132 L 0.066 0.037 0.022 0.050 0.085 0.078 0.133 0.528 133 K 0.028 0.029 0.024 0.077 0.178 0.097 0.065 0.503 134 N 0.019 0.020 0.032 0.113 0.228 0.064 0.047 0.477 135 I 0.015 0.015 0.042 0.217 0.306 0.070 0.022 0.312 136 T 0.007 0.010 0.063 0.192 0.391 0.043 0.036 0.257 137 F 0.007 0.008 0.063 0.271 0.269 0.057 0.045 0.280 138 K 0.048 0.018 0.079 0.220 0.209 0.060 0.092 0.273 139 I 0.210 0.024 0.020 0.077 0.072 0.067 0.067 0.464 140 D 0.055 0.014 0.025 0.045 0.069 0.078 0.070 0.644 141 E 0.041 0.011 0.019 0.039 0.080 0.105 0.041 0.664 142 I 0.054 0.007 0.019 0.046 0.068 0.108 0.049 0.649 143 Y 0.037 0.005 0.018 0.052 0.058 0.113 0.032 0.686 144 N 0.055 0.012 0.016 0.033 0.062 0.099 0.061 0.661 145 Y 0.035 0.010 0.019 0.037 0.054 0.106 0.039 0.700