# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.319 0.099 0.076 0.115 0.093 0.089 0.090 0.055 0.035 0.021 0.009 2 I 0.050 0.053 0.017 0.031 0.043 0.069 0.131 0.132 0.154 0.179 0.141 3 D 0.055 0.474 0.132 0.177 0.086 0.036 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 4 E 0.868 0.053 0.028 0.032 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.701 0.103 0.119 0.053 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 F 0.004 0.007 0.020 0.035 0.047 0.147 0.332 0.194 0.131 0.063 0.019 7 L 0.006 0.016 0.078 0.093 0.127 0.222 0.242 0.122 0.061 0.026 0.008 8 I 0.010 0.025 0.889 0.044 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.045 0.094 0.388 0.251 0.132 0.057 0.023 0.005 0.003 0.002 0.001 10 S 0.009 0.008 0.016 0.010 0.012 0.029 0.124 0.133 0.229 0.246 0.186 11 N 0.020 0.016 0.097 0.166 0.208 0.246 0.172 0.045 0.021 0.007 0.002 12 E 0.031 0.050 0.835 0.055 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.003 0.007 0.023 0.042 0.068 0.169 0.318 0.158 0.112 0.065 0.035 14 V 0.006 0.003 0.005 0.006 0.010 0.024 0.090 0.136 0.231 0.260 0.229 15 E 0.062 0.118 0.437 0.186 0.103 0.055 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 16 S 0.115 0.136 0.274 0.229 0.116 0.070 0.038 0.011 0.006 0.003 0.002 17 S 0.021 0.018 0.012 0.040 0.055 0.075 0.161 0.159 0.174 0.161 0.125 18 K 0.053 0.081 0.061 0.181 0.184 0.184 0.158 0.055 0.027 0.010 0.005 19 I 0.001 0.002 0.004 0.010 0.020 0.040 0.127 0.175 0.229 0.208 0.183 20 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.022 0.106 0.186 0.240 0.241 0.188 21 M 0.001 0.001 0.002 0.009 0.017 0.044 0.140 0.187 0.229 0.195 0.176 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.073 0.178 0.327 0.391 23 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.021 0.092 0.171 0.252 0.241 0.207 24 T 0.001 0.002 0.003 0.010 0.015 0.027 0.095 0.151 0.233 0.254 0.209 25 N 0.005 0.017 0.012 0.085 0.144 0.170 0.222 0.153 0.102 0.057 0.032 26 G 0.062 0.086 0.056 0.173 0.158 0.142 0.144 0.088 0.051 0.027 0.013 27 E 0.621 0.130 0.051 0.098 0.050 0.024 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 28 N 0.299 0.188 0.054 0.150 0.092 0.070 0.070 0.033 0.023 0.013 0.008 29 G 0.158 0.124 0.027 0.115 0.116 0.109 0.109 0.076 0.069 0.055 0.042 30 Y 0.018 0.092 0.032 0.178 0.203 0.193 0.150 0.064 0.038 0.020 0.013 31 P 0.005 0.005 0.003 0.014 0.025 0.044 0.113 0.159 0.226 0.227 0.178 32 N 0.026 0.042 0.024 0.157 0.200 0.166 0.181 0.094 0.058 0.033 0.020 33 I 0.002 0.002 0.001 0.006 0.008 0.015 0.059 0.127 0.237 0.301 0.241 34 K 0.015 0.032 0.026 0.145 0.165 0.171 0.174 0.108 0.087 0.049 0.029 35 A 0.004 0.005 0.004 0.013 0.013 0.025 0.099 0.153 0.242 0.265 0.178 36 M 0.003 0.006 0.007 0.033 0.044 0.076 0.163 0.175 0.203 0.167 0.123 37 M 0.005 0.009 0.012 0.036 0.039 0.062 0.158 0.185 0.217 0.172 0.103 38 R 0.008 0.019 0.033 0.112 0.136 0.140 0.195 0.148 0.113 0.067 0.028 39 L 0.006 0.012 0.022 0.055 0.063 0.087 0.164 0.170 0.197 0.147 0.077 40 K 0.023 0.039 0.029 0.152 0.170 0.167 0.181 0.109 0.079 0.037 0.013 41 H 0.032 0.038 0.033 0.081 0.076 0.118 0.181 0.159 0.139 0.088 0.055 42 D 0.251 0.213 0.079 0.157 0.090 0.069 0.064 0.034 0.024 0.014 0.006 43 G 0.539 0.214 0.043 0.089 0.041 0.029 0.023 0.010 0.007 0.004 0.002 44 L 0.198 0.134 0.043 0.149 0.116 0.072 0.083 0.064 0.060 0.046 0.035 45 K 0.038 0.095 0.053 0.209 0.205 0.156 0.140 0.059 0.030 0.011 0.004 46 K 0.002 0.019 0.024 0.175 0.270 0.238 0.165 0.069 0.027 0.009 0.004 47 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.065 0.201 0.277 0.272 0.169 48 W 0.001 0.001 0.002 0.016 0.048 0.105 0.234 0.248 0.186 0.101 0.059 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.085 0.218 0.341 0.326 50 S 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.039 0.147 0.207 0.245 0.196 0.133 51 T 0.001 0.003 0.002 0.009 0.011 0.021 0.087 0.165 0.250 0.258 0.194 52 N 0.037 0.055 0.027 0.139 0.163 0.145 0.162 0.117 0.077 0.051 0.027 53 T 0.093 0.138 0.059 0.163 0.158 0.131 0.125 0.068 0.038 0.020 0.007 54 S 0.194 0.134 0.048 0.131 0.124 0.096 0.107 0.064 0.051 0.034 0.017 55 T 0.179 0.123 0.070 0.165 0.120 0.101 0.107 0.055 0.045 0.023 0.012 56 R 0.168 0.154 0.100 0.168 0.123 0.111 0.090 0.039 0.025 0.014 0.008 57 M 0.007 0.025 0.023 0.066 0.080 0.130 0.209 0.166 0.143 0.097 0.054 58 V 0.008 0.006 0.015 0.029 0.056 0.108 0.236 0.180 0.174 0.118 0.071 59 E 0.062 0.069 0.408 0.259 0.114 0.046 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 60 R 0.007 0.032 0.112 0.182 0.183 0.183 0.172 0.067 0.036 0.018 0.008 61 L 0.002 0.002 0.007 0.006 0.008 0.016 0.061 0.101 0.192 0.267 0.338 62 K 0.018 0.038 0.142 0.194 0.208 0.170 0.154 0.045 0.021 0.008 0.003 63 K 0.051 0.102 0.531 0.184 0.072 0.037 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 64 N 0.032 0.061 0.041 0.117 0.136 0.143 0.209 0.114 0.068 0.048 0.031 65 N 0.174 0.091 0.029 0.095 0.096 0.104 0.165 0.108 0.074 0.041 0.024 66 K 0.022 0.081 0.065 0.225 0.245 0.194 0.111 0.031 0.015 0.007 0.004 67 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.091 0.229 0.335 0.313 68 C 0.001 0.003 0.003 0.030 0.056 0.114 0.257 0.204 0.164 0.095 0.074 69 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.046 0.117 0.242 0.316 0.262 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.052 0.146 0.217 0.239 0.188 0.124 71 F 0.001 0.002 0.002 0.008 0.012 0.022 0.082 0.160 0.241 0.272 0.200 72 V 0.002 0.006 0.005 0.053 0.090 0.108 0.193 0.201 0.185 0.106 0.052 73 D 0.024 0.056 0.030 0.150 0.154 0.170 0.186 0.118 0.071 0.030 0.011 74 D 0.255 0.186 0.077 0.225 0.117 0.064 0.041 0.019 0.010 0.005 0.002 75 N 0.451 0.177 0.062 0.123 0.065 0.043 0.037 0.018 0.012 0.007 0.004 76 K 0.216 0.198 0.063 0.202 0.121 0.085 0.063 0.026 0.015 0.007 0.003 77 F 0.046 0.081 0.037 0.125 0.151 0.160 0.155 0.097 0.077 0.045 0.025 78 A 0.034 0.059 0.045 0.158 0.152 0.158 0.185 0.099 0.061 0.034 0.016 79 G 0.027 0.047 0.051 0.193 0.229 0.199 0.139 0.060 0.033 0.016 0.006 80 L 0.002 0.002 0.004 0.011 0.014 0.021 0.087 0.159 0.236 0.251 0.213 81 M 0.005 0.022 0.042 0.232 0.263 0.194 0.126 0.062 0.033 0.016 0.006 82 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.012 0.057 0.118 0.238 0.275 0.280 83 V 0.025 0.087 0.101 0.406 0.236 0.084 0.042 0.012 0.004 0.001 0.001 84 G 0.006 0.009 0.006 0.017 0.027 0.054 0.196 0.196 0.229 0.165 0.095 85 T 0.049 0.192 0.156 0.403 0.148 0.039 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.048 0.097 0.252 0.287 0.301 87 E 0.029 0.102 0.101 0.388 0.248 0.084 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 88 I 0.016 0.069 0.026 0.089 0.115 0.143 0.237 0.131 0.102 0.052 0.020 89 L 0.006 0.011 0.017 0.053 0.077 0.109 0.180 0.164 0.151 0.131 0.100 90 H 0.190 0.318 0.110 0.167 0.108 0.051 0.035 0.011 0.006 0.003 0.002 91 D 0.115 0.275 0.102 0.217 0.132 0.072 0.052 0.020 0.010 0.004 0.001 92 R 0.752 0.126 0.042 0.051 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.570 0.131 0.081 0.087 0.048 0.032 0.027 0.010 0.007 0.004 0.003 94 S 0.037 0.066 0.055 0.086 0.085 0.144 0.239 0.131 0.093 0.046 0.019 95 K 0.030 0.032 0.069 0.157 0.153 0.216 0.188 0.080 0.047 0.021 0.008 96 E 0.065 0.081 0.612 0.127 0.054 0.031 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 97 M 0.016 0.039 0.159 0.200 0.162 0.151 0.143 0.063 0.040 0.019 0.008 98 L 0.009 0.005 0.014 0.012 0.016 0.031 0.112 0.159 0.228 0.251 0.163 99 W 0.004 0.014 0.071 0.107 0.152 0.200 0.231 0.106 0.071 0.031 0.013 100 T 0.021 0.063 0.495 0.168 0.104 0.064 0.043 0.018 0.014 0.007 0.003 101 D 0.102 0.088 0.069 0.172 0.155 0.144 0.147 0.060 0.037 0.019 0.007 102 G 0.187 0.098 0.043 0.067 0.058 0.079 0.132 0.112 0.116 0.071 0.037 103 C 0.030 0.043 0.039 0.092 0.108 0.147 0.196 0.136 0.109 0.067 0.034 104 E 0.143 0.150 0.179 0.211 0.126 0.076 0.058 0.027 0.017 0.009 0.004 105 I 0.055 0.073 0.089 0.131 0.126 0.122 0.161 0.105 0.076 0.040 0.020 106 Y 0.046 0.046 0.030 0.086 0.101 0.130 0.185 0.142 0.116 0.076 0.043 107 Y 0.020 0.030 0.021 0.053 0.074 0.100 0.174 0.161 0.162 0.125 0.080 108 P 0.290 0.173 0.093 0.138 0.092 0.065 0.065 0.035 0.026 0.015 0.008 109 L 0.284 0.110 0.044 0.118 0.108 0.087 0.107 0.060 0.042 0.027 0.013 110 G 0.190 0.106 0.030 0.094 0.071 0.074 0.116 0.091 0.091 0.077 0.060 111 I 0.082 0.062 0.032 0.104 0.100 0.117 0.143 0.112 0.108 0.083 0.058 112 D 0.342 0.222 0.072 0.121 0.067 0.058 0.050 0.027 0.020 0.012 0.009 113 D 0.139 0.104 0.050 0.124 0.103 0.107 0.128 0.094 0.070 0.048 0.032 114 P 0.399 0.147 0.053 0.118 0.085 0.066 0.059 0.029 0.021 0.014 0.008 115 D 0.093 0.182 0.103 0.305 0.175 0.078 0.042 0.012 0.006 0.003 0.002 116 Y 0.002 0.006 0.007 0.032 0.056 0.082 0.161 0.205 0.211 0.163 0.076 117 T 0.001 0.008 0.011 0.091 0.178 0.234 0.271 0.112 0.055 0.025 0.013 118 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.024 0.045 0.123 0.216 0.227 0.212 0.135 119 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.027 0.136 0.233 0.245 0.213 0.127 120 C 0.003 0.013 0.016 0.089 0.105 0.110 0.189 0.171 0.147 0.093 0.063 121 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.061 0.193 0.341 0.380 122 T 0.013 0.108 0.040 0.348 0.272 0.107 0.077 0.023 0.010 0.003 0.001 123 A 0.003 0.006 0.003 0.018 0.024 0.037 0.122 0.176 0.252 0.216 0.144 124 E 0.263 0.219 0.089 0.249 0.108 0.044 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 125 W 0.032 0.099 0.028 0.187 0.180 0.171 0.165 0.076 0.041 0.017 0.006 126 G 0.018 0.011 0.006 0.022 0.025 0.037 0.083 0.134 0.227 0.239 0.197 127 N 0.064 0.122 0.055 0.228 0.191 0.145 0.112 0.044 0.027 0.009 0.004 128 Y 0.020 0.034 0.029 0.072 0.072 0.089 0.170 0.173 0.165 0.119 0.058 129 Y 0.030 0.047 0.023 0.118 0.127 0.137 0.158 0.127 0.113 0.075 0.045 130 R 0.166 0.107 0.050 0.134 0.126 0.116 0.126 0.076 0.057 0.030 0.012 131 H 0.102 0.091 0.042 0.138 0.127 0.107 0.136 0.100 0.085 0.050 0.022 132 L 0.045 0.049 0.030 0.097 0.105 0.124 0.176 0.146 0.122 0.074 0.032 133 K 0.247 0.154 0.083 0.205 0.118 0.075 0.060 0.029 0.017 0.009 0.004 134 N 0.041 0.079 0.074 0.215 0.187 0.157 0.124 0.065 0.035 0.017 0.007 135 I 0.020 0.012 0.012 0.025 0.033 0.060 0.152 0.190 0.221 0.179 0.097 136 T 0.037 0.099 0.094 0.332 0.224 0.110 0.067 0.022 0.010 0.004 0.001 137 F 0.003 0.007 0.011 0.017 0.027 0.041 0.117 0.162 0.244 0.223 0.147 138 K 0.040 0.166 0.126 0.326 0.199 0.082 0.041 0.012 0.005 0.002 0.001 139 I 0.029 0.035 0.022 0.060 0.077 0.102 0.209 0.170 0.152 0.098 0.047 140 D 0.229 0.219 0.110 0.206 0.119 0.058 0.034 0.014 0.007 0.003 0.001 141 E 0.463 0.257 0.079 0.117 0.047 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 142 I 0.329 0.112 0.046 0.111 0.084 0.074 0.091 0.058 0.046 0.032 0.018 143 Y 0.186 0.167 0.061 0.132 0.105 0.095 0.100 0.060 0.048 0.030 0.016 144 N 0.261 0.210 0.083 0.143 0.092 0.062 0.060 0.035 0.028 0.017 0.009 145 Y 0.332 0.132 0.045 0.103 0.088 0.071 0.077 0.056 0.046 0.032 0.018