# TARGET T0380 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.186 0.030 0.016 0.020 0.009 0.015 0.043 0.006 0.001 0.004 0.672 2 I 0.113 0.022 0.012 0.018 0.011 0.016 0.146 0.003 0.001 0.005 0.654 3 D 0.028 0.014 0.003 0.009 0.003 0.005 0.149 0.001 0.001 0.002 0.784 4 E 0.008 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 0.001 0.874 5 K 0.014 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.688 0.001 0.001 0.011 0.236 6 F 0.088 0.431 0.001 0.004 0.005 0.010 0.329 0.005 0.001 0.011 0.116 7 L 0.041 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.023 8 I 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 9 E 0.046 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.064 10 S 0.037 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.013 11 N 0.007 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.039 12 E 0.025 0.856 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.013 0.001 0.001 0.079 13 L 0.087 0.846 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.039 14 V 0.088 0.836 0.006 0.002 0.002 0.002 0.005 0.030 0.001 0.001 0.028 15 E 0.052 0.826 0.014 0.001 0.002 0.003 0.007 0.014 0.001 0.001 0.081 16 S 0.122 0.579 0.004 0.003 0.003 0.005 0.004 0.079 0.001 0.001 0.199 17 S 0.419 0.232 0.022 0.006 0.008 0.004 0.008 0.074 0.001 0.002 0.224 18 K 0.233 0.091 0.101 0.060 0.046 0.039 0.122 0.036 0.001 0.015 0.256 19 I 0.052 0.037 0.162 0.138 0.097 0.190 0.088 0.006 0.001 0.005 0.224 20 V 0.005 0.009 0.002 0.538 0.180 0.238 0.013 0.001 0.001 0.001 0.015 21 M 0.003 0.013 0.002 0.314 0.190 0.274 0.035 0.001 0.001 0.001 0.169 22 V 0.001 0.004 0.001 0.485 0.239 0.237 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 23 G 0.001 0.004 0.001 0.407 0.161 0.300 0.033 0.001 0.001 0.001 0.092 24 T 0.009 0.002 0.001 0.139 0.317 0.383 0.039 0.001 0.001 0.004 0.105 25 N 0.005 0.002 0.003 0.131 0.113 0.261 0.067 0.001 0.001 0.004 0.413 26 G 0.009 0.002 0.001 0.101 0.130 0.193 0.238 0.001 0.001 0.008 0.318 27 E 0.047 0.002 0.003 0.021 0.016 0.020 0.125 0.001 0.001 0.013 0.752 28 N 0.035 0.005 0.001 0.015 0.012 0.021 0.248 0.001 0.001 0.008 0.654 29 G 0.567 0.006 0.003 0.012 0.010 0.011 0.090 0.002 0.001 0.043 0.257 30 Y 0.339 0.027 0.021 0.017 0.016 0.026 0.209 0.001 0.001 0.013 0.331 31 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.972 32 N 0.027 0.003 0.001 0.052 0.095 0.200 0.096 0.001 0.001 0.004 0.522 33 I 0.135 0.010 0.003 0.027 0.054 0.125 0.055 0.001 0.001 0.009 0.582 34 K 0.025 0.016 0.001 0.079 0.245 0.341 0.073 0.001 0.001 0.002 0.217 35 A 0.012 0.005 0.002 0.044 0.032 0.075 0.035 0.001 0.001 0.002 0.793 36 M 0.023 0.012 0.001 0.213 0.155 0.320 0.057 0.001 0.001 0.005 0.213 37 M 0.037 0.022 0.003 0.125 0.151 0.265 0.083 0.002 0.001 0.008 0.305 38 R 0.038 0.033 0.003 0.086 0.192 0.232 0.045 0.002 0.001 0.004 0.365 39 L 0.029 0.016 0.003 0.074 0.289 0.375 0.027 0.002 0.001 0.003 0.182 40 K 0.023 0.012 0.003 0.054 0.234 0.297 0.046 0.003 0.001 0.003 0.323 41 H 0.025 0.009 0.003 0.043 0.289 0.360 0.059 0.003 0.001 0.004 0.204 42 D 0.010 0.006 0.001 0.020 0.097 0.119 0.132 0.001 0.001 0.004 0.611 43 G 0.022 0.002 0.001 0.008 0.019 0.027 0.167 0.001 0.001 0.015 0.738 44 L 0.380 0.002 0.006 0.010 0.013 0.013 0.195 0.002 0.001 0.094 0.284 45 K 0.263 0.002 0.022 0.030 0.032 0.019 0.235 0.001 0.001 0.042 0.354 46 K 0.032 0.001 0.037 0.116 0.133 0.164 0.154 0.001 0.001 0.010 0.353 47 F 0.001 0.001 0.001 0.268 0.307 0.387 0.016 0.001 0.001 0.001 0.020 48 W 0.001 0.001 0.001 0.284 0.268 0.394 0.014 0.001 0.001 0.001 0.040 49 L 0.001 0.001 0.001 0.251 0.285 0.440 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 50 S 0.001 0.001 0.001 0.366 0.201 0.372 0.014 0.001 0.001 0.001 0.046 51 T 0.002 0.001 0.001 0.328 0.169 0.321 0.051 0.001 0.001 0.003 0.126 52 N 0.005 0.001 0.001 0.206 0.084 0.159 0.168 0.001 0.001 0.009 0.366 53 T 0.007 0.001 0.001 0.047 0.032 0.049 0.227 0.001 0.001 0.013 0.622 54 S 0.046 0.004 0.002 0.016 0.013 0.020 0.485 0.001 0.001 0.033 0.380 55 T 0.176 0.029 0.003 0.009 0.006 0.007 0.328 0.002 0.001 0.034 0.406 56 R 0.080 0.091 0.004 0.004 0.004 0.005 0.276 0.001 0.001 0.012 0.524 57 M 0.049 0.118 0.003 0.003 0.006 0.014 0.430 0.001 0.001 0.009 0.365 58 V 0.070 0.434 0.004 0.010 0.013 0.046 0.086 0.003 0.001 0.007 0.328 59 E 0.021 0.659 0.001 0.003 0.009 0.031 0.041 0.002 0.001 0.002 0.231 60 R 0.049 0.666 0.001 0.001 0.008 0.007 0.010 0.008 0.001 0.001 0.250 61 L 0.086 0.844 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.010 0.001 0.001 0.050 62 K 0.071 0.821 0.004 0.001 0.004 0.010 0.012 0.025 0.001 0.002 0.049 63 K 0.100 0.731 0.010 0.002 0.005 0.008 0.012 0.036 0.001 0.001 0.096 64 N 0.268 0.494 0.004 0.005 0.006 0.005 0.007 0.104 0.001 0.001 0.105 65 N 0.255 0.103 0.076 0.008 0.009 0.005 0.024 0.028 0.001 0.006 0.487 66 K 0.053 0.013 0.139 0.055 0.040 0.054 0.161 0.009 0.001 0.009 0.466 67 I 0.087 0.004 0.064 0.282 0.144 0.198 0.099 0.002 0.001 0.009 0.109 68 C 0.005 0.003 0.004 0.501 0.176 0.219 0.027 0.001 0.001 0.001 0.063 69 L 0.001 0.001 0.001 0.400 0.246 0.284 0.011 0.001 0.001 0.001 0.057 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.465 0.187 0.257 0.011 0.001 0.001 0.001 0.075 71 F 0.002 0.001 0.001 0.210 0.231 0.348 0.022 0.001 0.001 0.001 0.184 72 V 0.002 0.001 0.001 0.118 0.244 0.447 0.038 0.001 0.001 0.003 0.147 73 D 0.005 0.001 0.001 0.057 0.202 0.303 0.138 0.001 0.001 0.006 0.287 74 D 0.010 0.001 0.001 0.023 0.048 0.051 0.090 0.001 0.001 0.008 0.768 75 N 0.031 0.002 0.001 0.010 0.029 0.032 0.428 0.001 0.001 0.027 0.440 76 K 0.334 0.006 0.002 0.007 0.014 0.014 0.278 0.001 0.001 0.068 0.276 77 F 0.271 0.028 0.007 0.013 0.026 0.030 0.238 0.002 0.001 0.037 0.349 78 A 0.083 0.013 0.010 0.029 0.099 0.109 0.225 0.001 0.001 0.018 0.412 79 G 0.039 0.004 0.007 0.038 0.140 0.220 0.099 0.001 0.001 0.007 0.446 80 L 0.009 0.001 0.004 0.069 0.343 0.422 0.030 0.001 0.001 0.002 0.120 81 M 0.001 0.001 0.001 0.071 0.337 0.480 0.028 0.001 0.001 0.001 0.080 82 L 0.001 0.001 0.001 0.138 0.270 0.497 0.019 0.001 0.001 0.001 0.074 83 V 0.001 0.002 0.001 0.308 0.169 0.417 0.023 0.001 0.001 0.001 0.078 84 G 0.004 0.003 0.001 0.241 0.172 0.307 0.056 0.001 0.001 0.005 0.210 85 T 0.013 0.004 0.001 0.186 0.138 0.251 0.075 0.001 0.001 0.010 0.322 86 I 0.015 0.007 0.002 0.124 0.197 0.293 0.067 0.001 0.001 0.007 0.287 87 E 0.016 0.013 0.001 0.123 0.238 0.347 0.073 0.001 0.001 0.006 0.182 88 I 0.040 0.035 0.004 0.056 0.101 0.191 0.073 0.003 0.001 0.005 0.492 89 L 0.076 0.050 0.007 0.086 0.153 0.289 0.076 0.004 0.001 0.007 0.251 90 H 0.043 0.022 0.008 0.029 0.047 0.112 0.152 0.003 0.001 0.005 0.578 91 D 0.039 0.013 0.006 0.015 0.012 0.026 0.153 0.002 0.001 0.005 0.730 92 R 0.024 0.012 0.003 0.007 0.003 0.004 0.112 0.001 0.001 0.005 0.829 93 A 0.026 0.020 0.001 0.002 0.001 0.002 0.461 0.001 0.001 0.007 0.480 94 S 0.101 0.166 0.002 0.004 0.004 0.007 0.332 0.003 0.001 0.012 0.369 95 K 0.056 0.701 0.001 0.002 0.002 0.003 0.037 0.002 0.001 0.003 0.193 96 E 0.024 0.804 0.001 0.001 0.002 0.003 0.033 0.002 0.001 0.002 0.129 97 M 0.039 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.066 98 L 0.032 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.019 99 W 0.031 0.932 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 0.016 100 T 0.056 0.838 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.032 0.001 0.001 0.057 101 D 0.148 0.640 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.058 0.001 0.001 0.135 102 G 0.176 0.404 0.028 0.003 0.002 0.001 0.032 0.021 0.001 0.003 0.331 103 C 0.045 0.422 0.070 0.010 0.006 0.010 0.089 0.006 0.001 0.002 0.340 104 E 0.062 0.367 0.003 0.019 0.015 0.028 0.083 0.012 0.001 0.003 0.408 105 I 0.252 0.438 0.003 0.011 0.009 0.018 0.039 0.010 0.001 0.003 0.215 106 Y 0.237 0.423 0.007 0.018 0.014 0.016 0.011 0.028 0.001 0.001 0.245 107 Y 0.267 0.242 0.049 0.032 0.023 0.045 0.024 0.015 0.001 0.003 0.299 108 P 0.004 0.004 0.003 0.005 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.971 109 L 0.040 0.006 0.002 0.041 0.014 0.028 0.045 0.005 0.001 0.001 0.818 110 G 0.414 0.005 0.004 0.018 0.006 0.007 0.041 0.005 0.001 0.004 0.496 111 I 0.120 0.006 0.009 0.032 0.013 0.019 0.064 0.001 0.001 0.003 0.733 112 D 0.017 0.001 0.001 0.020 0.010 0.015 0.140 0.001 0.001 0.002 0.794 113 D 0.172 0.002 0.001 0.038 0.016 0.019 0.155 0.001 0.001 0.009 0.588 114 P 0.011 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.041 0.001 0.001 0.003 0.936 115 D 0.051 0.001 0.001 0.024 0.021 0.027 0.532 0.001 0.001 0.031 0.312 116 Y 0.616 0.002 0.007 0.066 0.019 0.030 0.075 0.001 0.001 0.044 0.140 117 T 0.020 0.004 0.004 0.368 0.292 0.160 0.078 0.001 0.001 0.003 0.071 118 A 0.002 0.001 0.002 0.294 0.146 0.240 0.042 0.001 0.001 0.001 0.271 119 L 0.001 0.001 0.001 0.464 0.216 0.303 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 120 C 0.001 0.001 0.001 0.359 0.186 0.275 0.027 0.001 0.001 0.001 0.150 121 F 0.001 0.001 0.001 0.281 0.244 0.411 0.014 0.001 0.001 0.001 0.046 122 T 0.001 0.001 0.001 0.353 0.202 0.306 0.052 0.001 0.001 0.002 0.083 123 A 0.001 0.001 0.001 0.059 0.033 0.059 0.021 0.001 0.001 0.002 0.825 124 E 0.003 0.001 0.001 0.151 0.167 0.301 0.163 0.001 0.001 0.009 0.205 125 W 0.118 0.004 0.001 0.048 0.051 0.084 0.164 0.001 0.001 0.030 0.498 126 G 0.078 0.028 0.002 0.114 0.151 0.170 0.092 0.001 0.001 0.010 0.352 127 N 0.044 0.018 0.003 0.076 0.140 0.217 0.137 0.001 0.001 0.008 0.354 128 Y 0.063 0.023 0.005 0.046 0.083 0.151 0.065 0.002 0.001 0.006 0.555 129 Y 0.041 0.018 0.004 0.052 0.206 0.312 0.070 0.002 0.001 0.005 0.290 130 R 0.021 0.007 0.003 0.016 0.073 0.115 0.072 0.001 0.001 0.003 0.689 131 H 0.022 0.008 0.003 0.025 0.073 0.126 0.069 0.001 0.001 0.005 0.668 132 L 0.051 0.010 0.002 0.033 0.070 0.135 0.153 0.001 0.001 0.013 0.533 133 K 0.121 0.020 0.003 0.029 0.059 0.086 0.122 0.002 0.001 0.014 0.545 134 N 0.146 0.028 0.006 0.047 0.074 0.133 0.081 0.003 0.001 0.014 0.467 135 I 0.125 0.019 0.009 0.083 0.217 0.192 0.083 0.002 0.001 0.009 0.261 136 T 0.033 0.011 0.007 0.069 0.168 0.230 0.094 0.001 0.001 0.004 0.383 137 F 0.010 0.004 0.005 0.080 0.276 0.405 0.036 0.001 0.001 0.002 0.182 138 K 0.007 0.004 0.001 0.100 0.225 0.357 0.076 0.001 0.001 0.002 0.225 139 I 0.011 0.003 0.002 0.057 0.146 0.234 0.072 0.001 0.001 0.004 0.472 140 D 0.009 0.003 0.001 0.063 0.078 0.158 0.142 0.001 0.001 0.006 0.538 141 E 0.051 0.003 0.001 0.028 0.031 0.051 0.193 0.001 0.001 0.021 0.617 142 I 0.217 0.012 0.004 0.031 0.030 0.039 0.211 0.002 0.001 0.033 0.421 143 Y 0.088 0.020 0.007 0.031 0.046 0.061 0.181 0.001 0.001 0.012 0.552 144 N 0.050 0.019 0.004 0.027 0.060 0.091 0.134 0.001 0.001 0.006 0.608 145 Y 0.035 0.016 0.004 0.017 0.043 0.084 0.057 0.001 0.001 0.004 0.738