# TARGET T0380 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 2 I 0.011 0.027 0.004 0.132 0.005 0.014 0.807 3 D 0.010 0.006 0.013 0.278 0.058 0.030 0.605 4 E 0.002 0.001 0.065 0.801 0.017 0.093 0.023 5 K 0.002 0.001 0.074 0.833 0.012 0.057 0.021 6 F 0.002 0.002 0.056 0.843 0.008 0.043 0.046 7 L 0.002 0.003 0.019 0.887 0.010 0.041 0.038 8 I 0.003 0.002 0.015 0.872 0.015 0.053 0.039 9 E 0.005 0.002 0.033 0.766 0.020 0.090 0.084 10 S 0.003 0.002 0.020 0.860 0.014 0.057 0.045 11 N 0.003 0.001 0.041 0.838 0.016 0.062 0.038 12 E 0.003 0.001 0.110 0.705 0.026 0.120 0.034 13 L 0.004 0.002 0.115 0.738 0.014 0.104 0.024 14 V 0.005 0.007 0.144 0.671 0.034 0.096 0.043 15 E 0.006 0.002 0.117 0.596 0.027 0.222 0.029 16 S 0.014 0.003 0.096 0.176 0.196 0.363 0.154 17 S 0.023 0.003 0.014 0.008 0.327 0.087 0.539 18 K 0.061 0.002 0.004 0.001 0.513 0.091 0.328 19 I 0.885 0.003 0.001 0.001 0.027 0.005 0.079 20 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 23 G 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.040 24 T 0.859 0.002 0.001 0.002 0.016 0.003 0.117 25 N 0.543 0.066 0.002 0.004 0.132 0.009 0.244 26 G 0.088 0.007 0.001 0.001 0.158 0.006 0.739 27 E 0.008 0.003 0.020 0.002 0.175 0.719 0.073 28 N 0.003 0.002 0.016 0.001 0.106 0.845 0.026 29 G 0.023 0.009 0.027 0.002 0.470 0.205 0.264 30 Y 0.081 0.031 0.004 0.002 0.104 0.015 0.764 31 P 0.267 0.076 0.010 0.006 0.146 0.061 0.435 32 N 0.572 0.024 0.007 0.003 0.076 0.049 0.270 33 I 0.685 0.009 0.003 0.005 0.033 0.006 0.260 34 K 0.896 0.003 0.001 0.003 0.019 0.003 0.075 35 A 0.949 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.036 36 M 0.956 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.031 37 M 0.952 0.001 0.002 0.005 0.007 0.003 0.030 38 R 0.939 0.002 0.002 0.005 0.008 0.005 0.039 39 L 0.919 0.003 0.004 0.006 0.015 0.011 0.043 40 K 0.890 0.011 0.004 0.005 0.016 0.015 0.059 41 H 0.693 0.023 0.010 0.006 0.049 0.027 0.191 42 D 0.275 0.005 0.042 0.009 0.135 0.363 0.172 43 G 0.054 0.005 0.036 0.001 0.163 0.685 0.054 44 L 0.066 0.003 0.024 0.001 0.291 0.425 0.190 45 K 0.146 0.002 0.005 0.001 0.493 0.079 0.275 46 K 0.922 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.063 47 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 48 W 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 49 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 50 S 0.910 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.075 51 T 0.618 0.012 0.001 0.002 0.059 0.012 0.297 52 N 0.150 0.014 0.003 0.004 0.240 0.046 0.544 53 T 0.020 0.003 0.020 0.042 0.209 0.611 0.094 54 S 0.011 0.004 0.023 0.124 0.185 0.539 0.114 55 T 0.022 0.010 0.023 0.445 0.213 0.106 0.181 56 R 0.043 0.015 0.009 0.712 0.064 0.046 0.111 57 M 0.026 0.005 0.005 0.873 0.012 0.017 0.061 58 V 0.003 0.001 0.003 0.969 0.003 0.004 0.017 59 E 0.001 0.001 0.005 0.981 0.003 0.005 0.005 60 R 0.002 0.001 0.012 0.973 0.002 0.008 0.002 61 L 0.004 0.001 0.025 0.949 0.003 0.016 0.002 62 K 0.005 0.002 0.042 0.842 0.004 0.102 0.004 63 K 0.002 0.001 0.025 0.395 0.012 0.562 0.004 64 N 0.012 0.003 0.011 0.021 0.295 0.286 0.372 65 N 0.012 0.003 0.028 0.003 0.243 0.459 0.252 66 K 0.205 0.006 0.034 0.001 0.254 0.159 0.341 67 I 0.855 0.005 0.004 0.001 0.019 0.004 0.112 68 C 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 69 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 70 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 71 F 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 72 V 0.860 0.009 0.001 0.001 0.036 0.004 0.089 73 D 0.416 0.010 0.001 0.001 0.080 0.006 0.486 74 D 0.040 0.003 0.092 0.006 0.190 0.558 0.110 75 N 0.016 0.002 0.120 0.003 0.105 0.717 0.037 76 K 0.060 0.008 0.160 0.002 0.262 0.398 0.111 77 F 0.282 0.024 0.034 0.001 0.163 0.097 0.399 78 A 0.520 0.010 0.006 0.001 0.171 0.034 0.259 79 G 0.887 0.003 0.002 0.001 0.024 0.008 0.077 80 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 81 M 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 82 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 83 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 84 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.014 85 T 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 86 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 87 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 88 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 89 L 0.630 0.005 0.001 0.002 0.082 0.013 0.268 90 H 0.203 0.028 0.001 0.002 0.197 0.024 0.544 91 D 0.027 0.006 0.009 0.035 0.240 0.022 0.661 92 R 0.001 0.001 0.065 0.804 0.027 0.083 0.020 93 A 0.001 0.001 0.054 0.866 0.009 0.060 0.010 94 S 0.001 0.001 0.046 0.905 0.003 0.028 0.016 95 K 0.001 0.001 0.013 0.963 0.002 0.013 0.007 96 E 0.001 0.001 0.015 0.952 0.003 0.025 0.004 97 M 0.001 0.001 0.014 0.943 0.002 0.035 0.005 98 L 0.001 0.002 0.014 0.922 0.003 0.048 0.011 99 W 0.002 0.002 0.014 0.887 0.009 0.065 0.021 100 T 0.001 0.001 0.011 0.853 0.021 0.096 0.017 101 D 0.002 0.001 0.010 0.753 0.055 0.118 0.061 102 G 0.004 0.003 0.030 0.701 0.032 0.153 0.076 103 C 0.012 0.004 0.075 0.695 0.033 0.084 0.097 104 E 0.026 0.005 0.193 0.589 0.031 0.080 0.076 105 I 0.031 0.006 0.152 0.572 0.040 0.122 0.078 106 Y 0.051 0.023 0.077 0.404 0.072 0.222 0.151 107 Y 0.061 0.026 0.029 0.087 0.203 0.083 0.510 108 P 0.044 0.013 0.056 0.063 0.118 0.250 0.456 109 L 0.035 0.014 0.042 0.039 0.182 0.325 0.363 110 G 0.040 0.032 0.032 0.018 0.250 0.147 0.480 111 I 0.051 0.034 0.023 0.010 0.209 0.116 0.558 112 D 0.054 0.048 0.017 0.006 0.233 0.110 0.533 113 D 0.029 0.009 0.010 0.001 0.173 0.021 0.757 114 P 0.017 0.003 0.068 0.004 0.243 0.529 0.136 115 D 0.055 0.004 0.040 0.001 0.249 0.561 0.091 116 Y 0.515 0.013 0.007 0.001 0.064 0.010 0.390 117 T 0.828 0.003 0.001 0.001 0.014 0.002 0.152 118 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 119 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 120 C 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 121 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 122 T 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 123 A 0.740 0.001 0.006 0.002 0.040 0.030 0.181 124 E 0.623 0.003 0.014 0.005 0.201 0.050 0.105 125 W 0.855 0.003 0.025 0.008 0.023 0.024 0.063 126 G 0.892 0.003 0.006 0.008 0.016 0.017 0.059 127 N 0.937 0.003 0.004 0.011 0.010 0.008 0.026 128 Y 0.939 0.005 0.002 0.010 0.008 0.006 0.030 129 Y 0.793 0.008 0.007 0.016 0.044 0.026 0.106 130 R 0.512 0.004 0.031 0.018 0.128 0.118 0.187 131 H 0.331 0.015 0.097 0.023 0.136 0.233 0.164 132 L 0.257 0.009 0.130 0.010 0.154 0.282 0.159 133 K 0.328 0.006 0.046 0.003 0.244 0.208 0.165 134 N 0.696 0.008 0.014 0.004 0.070 0.050 0.158 135 I 0.882 0.006 0.003 0.005 0.015 0.007 0.083 136 T 0.939 0.003 0.001 0.006 0.006 0.004 0.040 137 F 0.948 0.004 0.001 0.008 0.005 0.003 0.031 138 K 0.904 0.009 0.001 0.012 0.006 0.005 0.065 139 I 0.675 0.011 0.004 0.030 0.029 0.029 0.223 140 D 0.236 0.004 0.027 0.033 0.158 0.267 0.275 141 E 0.128 0.005 0.065 0.037 0.253 0.335 0.176 142 I 0.170 0.013 0.105 0.039 0.237 0.171 0.264 143 Y 0.159 0.030 0.065 0.029 0.174 0.161 0.382 144 N 0.071 0.020 0.011 0.008 0.023 0.042 0.825 145 Y 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.989