# TARGET T0380 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0380.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1009 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.123 0.062 0.157 0.071 0.124 0.009 0.105 0.194 0.007 0.147 0.001 2 I 0.132 0.255 0.455 0.056 0.045 0.033 0.006 0.001 0.013 0.003 0.001 3 D 0.082 0.085 0.697 0.011 0.030 0.060 0.003 0.001 0.024 0.006 0.001 4 E 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 F 0.936 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.951 0.005 0.016 0.017 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.938 0.007 0.018 0.027 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.895 0.014 0.022 0.052 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 10 S 0.949 0.002 0.007 0.035 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 N 0.934 0.003 0.010 0.041 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 12 E 0.927 0.006 0.019 0.037 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 13 L 0.911 0.002 0.012 0.067 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.796 0.027 0.071 0.069 0.003 0.023 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 15 E 0.840 0.013 0.041 0.086 0.005 0.006 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 16 S 0.318 0.023 0.032 0.566 0.014 0.008 0.015 0.011 0.011 0.002 0.001 17 S 0.040 0.107 0.709 0.030 0.037 0.041 0.013 0.008 0.013 0.001 0.001 18 K 0.375 0.049 0.056 0.467 0.014 0.019 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 19 I 0.003 0.735 0.043 0.008 0.203 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 V 0.002 0.919 0.026 0.002 0.027 0.004 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 21 M 0.002 0.791 0.136 0.001 0.013 0.027 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 22 V 0.011 0.642 0.218 0.007 0.017 0.075 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 23 G 0.021 0.486 0.220 0.016 0.126 0.074 0.006 0.002 0.047 0.002 0.001 24 T 0.022 0.601 0.097 0.059 0.171 0.022 0.004 0.001 0.021 0.002 0.001 25 N 0.014 0.288 0.318 0.129 0.102 0.075 0.028 0.002 0.041 0.003 0.001 26 G 0.004 0.056 0.585 0.004 0.204 0.009 0.003 0.020 0.005 0.110 0.001 27 E 0.875 0.021 0.023 0.060 0.004 0.006 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 28 N 0.071 0.004 0.021 0.755 0.001 0.005 0.131 0.003 0.008 0.001 0.001 29 G 0.008 0.001 0.013 0.015 0.006 0.001 0.069 0.832 0.001 0.055 0.001 30 Y 0.021 0.274 0.585 0.003 0.015 0.010 0.006 0.001 0.084 0.001 0.001 31 P 0.104 0.003 0.819 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 32 N 0.070 0.235 0.221 0.149 0.085 0.132 0.055 0.013 0.036 0.002 0.001 33 I 0.025 0.620 0.240 0.026 0.043 0.024 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 34 K 0.023 0.736 0.113 0.009 0.060 0.013 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 35 A 0.029 0.160 0.742 0.004 0.010 0.046 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 36 M 0.058 0.715 0.089 0.024 0.054 0.021 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 37 M 0.065 0.472 0.256 0.021 0.098 0.054 0.007 0.001 0.022 0.003 0.001 38 R 0.060 0.574 0.168 0.046 0.076 0.031 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 39 L 0.073 0.555 0.212 0.024 0.084 0.022 0.006 0.002 0.019 0.002 0.001 40 K 0.090 0.452 0.275 0.031 0.054 0.049 0.013 0.004 0.029 0.003 0.001 41 H 0.132 0.460 0.152 0.061 0.049 0.066 0.010 0.002 0.064 0.004 0.001 42 D 0.162 0.092 0.172 0.251 0.035 0.046 0.150 0.004 0.075 0.010 0.002 43 G 0.116 0.006 0.026 0.067 0.031 0.003 0.140 0.441 0.002 0.166 0.002 44 L 0.122 0.066 0.184 0.390 0.028 0.016 0.144 0.030 0.010 0.007 0.001 45 K 0.047 0.105 0.213 0.140 0.109 0.018 0.236 0.101 0.008 0.021 0.001 46 K 0.004 0.799 0.139 0.003 0.041 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 47 F 0.002 0.797 0.149 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 48 W 0.003 0.808 0.143 0.001 0.008 0.023 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 49 L 0.008 0.699 0.145 0.005 0.033 0.069 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 50 S 0.018 0.588 0.176 0.023 0.083 0.059 0.004 0.001 0.046 0.001 0.001 51 T 0.103 0.350 0.167 0.125 0.196 0.031 0.005 0.002 0.016 0.005 0.001 52 N 0.102 0.145 0.310 0.090 0.132 0.114 0.018 0.005 0.067 0.016 0.001 53 T 0.742 0.016 0.049 0.166 0.005 0.007 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 54 S 0.584 0.015 0.040 0.241 0.013 0.008 0.043 0.037 0.007 0.013 0.001 55 T 0.587 0.047 0.167 0.112 0.019 0.023 0.018 0.012 0.011 0.004 0.001 56 R 0.812 0.022 0.055 0.051 0.006 0.016 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 57 M 0.902 0.028 0.031 0.021 0.005 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 58 V 0.967 0.006 0.005 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.975 0.005 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.952 0.003 0.004 0.029 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 61 L 0.941 0.002 0.003 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.968 0.004 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 K 0.669 0.004 0.007 0.311 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 64 N 0.085 0.075 0.280 0.261 0.011 0.100 0.071 0.003 0.115 0.001 0.001 65 N 0.189 0.126 0.196 0.307 0.032 0.039 0.074 0.013 0.020 0.003 0.001 66 K 0.051 0.310 0.219 0.200 0.084 0.046 0.060 0.008 0.019 0.003 0.001 67 I 0.003 0.699 0.222 0.004 0.047 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 68 C 0.002 0.860 0.072 0.002 0.034 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 69 L 0.001 0.809 0.140 0.001 0.018 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 70 Y 0.003 0.818 0.085 0.001 0.014 0.037 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 71 F 0.008 0.701 0.167 0.004 0.028 0.051 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 72 V 0.043 0.552 0.207 0.040 0.039 0.075 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 73 D 0.038 0.250 0.256 0.049 0.140 0.140 0.018 0.002 0.094 0.012 0.001 74 D 0.428 0.045 0.079 0.312 0.020 0.041 0.037 0.006 0.026 0.005 0.003 75 N 0.341 0.045 0.082 0.367 0.028 0.026 0.066 0.023 0.014 0.006 0.002 76 K 0.304 0.107 0.076 0.379 0.035 0.013 0.050 0.016 0.016 0.004 0.001 77 F 0.091 0.198 0.326 0.124 0.066 0.052 0.086 0.019 0.029 0.007 0.002 78 A 0.110 0.385 0.180 0.189 0.090 0.012 0.014 0.004 0.014 0.002 0.001 79 G 0.014 0.159 0.115 0.042 0.557 0.007 0.028 0.022 0.007 0.048 0.001 80 L 0.001 0.720 0.165 0.002 0.102 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 81 M 0.001 0.889 0.078 0.001 0.014 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 82 L 0.002 0.743 0.187 0.001 0.013 0.041 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 V 0.004 0.852 0.046 0.010 0.033 0.014 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 84 G 0.002 0.183 0.091 0.002 0.690 0.004 0.010 0.004 0.004 0.010 0.001 85 T 0.004 0.704 0.216 0.007 0.043 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 86 I 0.004 0.734 0.115 0.004 0.111 0.010 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 87 E 0.003 0.769 0.138 0.001 0.023 0.023 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 88 I 0.008 0.172 0.706 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 89 L 0.117 0.431 0.213 0.085 0.041 0.069 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 90 H 0.029 0.307 0.237 0.028 0.334 0.032 0.008 0.002 0.013 0.010 0.001 91 D 0.120 0.168 0.301 0.062 0.121 0.094 0.011 0.002 0.114 0.008 0.001 92 R 0.959 0.002 0.008 0.025 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 93 A 0.982 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 S 0.953 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 K 0.985 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.985 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.979 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.970 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 W 0.931 0.007 0.009 0.042 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 T 0.891 0.015 0.020 0.062 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 101 D 0.577 0.008 0.048 0.323 0.003 0.008 0.023 0.002 0.007 0.001 0.001 102 G 0.323 0.005 0.061 0.059 0.018 0.004 0.064 0.402 0.003 0.059 0.001 103 C 0.593 0.058 0.195 0.101 0.014 0.018 0.010 0.003 0.004 0.004 0.001 104 E 0.577 0.091 0.158 0.087 0.036 0.014 0.015 0.009 0.008 0.006 0.001 105 I 0.479 0.178 0.159 0.129 0.023 0.016 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 106 Y 0.283 0.229 0.164 0.196 0.023 0.047 0.020 0.002 0.034 0.001 0.001 107 Y 0.076 0.199 0.448 0.007 0.043 0.026 0.018 0.001 0.175 0.006 0.001 108 P 0.430 0.009 0.415 0.029 0.002 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.079 109 L 0.231 0.080 0.266 0.310 0.023 0.026 0.033 0.008 0.019 0.002 0.002 110 G 0.051 0.035 0.178 0.026 0.162 0.006 0.035 0.246 0.006 0.255 0.001 111 I 0.332 0.184 0.348 0.071 0.035 0.015 0.002 0.003 0.005 0.003 0.002 112 D 0.128 0.177 0.221 0.287 0.039 0.077 0.025 0.013 0.028 0.005 0.001 113 D 0.007 0.171 0.288 0.002 0.039 0.039 0.010 0.001 0.441 0.001 0.001 114 P 0.792 0.002 0.088 0.032 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 115 D 0.109 0.037 0.035 0.715 0.016 0.027 0.028 0.010 0.022 0.001 0.001 116 Y 0.014 0.392 0.344 0.065 0.133 0.019 0.013 0.004 0.014 0.001 0.001 117 T 0.012 0.712 0.109 0.022 0.121 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 118 A 0.001 0.825 0.057 0.002 0.107 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 L 0.001 0.901 0.043 0.001 0.042 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 120 C 0.001 0.843 0.092 0.001 0.016 0.028 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 121 F 0.002 0.800 0.111 0.001 0.047 0.019 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 122 T 0.002 0.658 0.227 0.001 0.017 0.035 0.002 0.001 0.058 0.001 0.001 123 A 0.055 0.065 0.775 0.001 0.004 0.088 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 124 E 0.778 0.018 0.006 0.191 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 W 0.029 0.523 0.022 0.058 0.349 0.002 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 126 G 0.045 0.527 0.091 0.021 0.250 0.009 0.007 0.008 0.026 0.017 0.001 127 N 0.038 0.621 0.083 0.017 0.115 0.047 0.010 0.001 0.065 0.001 0.001 128 Y 0.098 0.425 0.162 0.115 0.052 0.087 0.010 0.002 0.044 0.004 0.002 129 Y 0.109 0.355 0.230 0.102 0.069 0.055 0.015 0.005 0.052 0.006 0.001 130 R 0.157 0.116 0.155 0.039 0.116 0.039 0.286 0.023 0.022 0.046 0.002 131 H 0.276 0.095 0.154 0.235 0.025 0.078 0.073 0.008 0.047 0.004 0.006 132 L 0.281 0.121 0.209 0.154 0.048 0.032 0.098 0.028 0.014 0.014 0.001 133 K 0.433 0.144 0.143 0.158 0.033 0.017 0.051 0.009 0.007 0.004 0.001 134 N 0.139 0.326 0.176 0.190 0.080 0.028 0.026 0.005 0.028 0.001 0.001 135 I 0.024 0.595 0.275 0.021 0.044 0.021 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 136 T 0.022 0.795 0.091 0.017 0.037 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 137 F 0.011 0.666 0.198 0.008 0.080 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 138 K 0.015 0.738 0.149 0.008 0.030 0.024 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 139 I 0.060 0.405 0.407 0.014 0.025 0.053 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 140 D 0.226 0.197 0.221 0.114 0.055 0.076 0.052 0.008 0.042 0.007 0.003 141 E 0.291 0.258 0.124 0.164 0.103 0.014 0.019 0.008 0.013 0.005 0.001 142 I 0.207 0.217 0.270 0.099 0.082 0.023 0.036 0.021 0.031 0.013 0.001 143 Y 0.256 0.331 0.216 0.106 0.030 0.027 0.006 0.001 0.024 0.002 0.001 144 N 0.091 0.100 0.206 0.144 0.027 0.198 0.135 0.006 0.087 0.005 0.001 145 Y 0.288 0.131 0.191 0.224 0.053 0.026 0.032 0.022 0.017 0.014 0.001