# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 926 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.027 0.057 0.043 0.070 0.139 0.249 0.395 2 I 0.031 0.030 0.049 0.066 0.059 0.169 0.210 0.386 3 R 0.006 0.011 0.209 0.060 0.151 0.128 0.130 0.305 4 N 0.004 0.005 0.454 0.061 0.154 0.046 0.129 0.149 5 I 0.005 0.004 0.614 0.111 0.088 0.028 0.050 0.101 6 V 0.002 0.001 0.744 0.064 0.071 0.021 0.043 0.054 7 F 0.006 0.001 0.696 0.038 0.052 0.069 0.048 0.089 8 D 0.335 0.004 0.267 0.017 0.021 0.125 0.109 0.122 9 L 0.051 0.004 0.044 0.005 0.009 0.224 0.049 0.613 10 G 0.007 0.002 0.060 0.004 0.024 0.226 0.026 0.652 11 G 0.012 0.004 0.214 0.046 0.136 0.128 0.169 0.292 12 V 0.010 0.008 0.323 0.146 0.136 0.070 0.103 0.205 13 L 0.007 0.008 0.371 0.100 0.146 0.045 0.060 0.262 14 I 0.021 0.014 0.297 0.163 0.142 0.077 0.051 0.234 15 H 0.127 0.089 0.156 0.048 0.066 0.110 0.090 0.314 16 L 0.114 0.148 0.037 0.013 0.020 0.115 0.054 0.498 17 N 0.066 0.157 0.018 0.008 0.010 0.077 0.274 0.391 18 R 0.052 0.574 0.006 0.004 0.005 0.041 0.169 0.150 19 E 0.025 0.842 0.002 0.002 0.003 0.015 0.040 0.071 20 E 0.010 0.854 0.002 0.004 0.005 0.011 0.053 0.061 21 S 0.009 0.909 0.002 0.002 0.003 0.007 0.043 0.024 22 I 0.011 0.936 0.002 0.003 0.002 0.005 0.024 0.016 23 R 0.011 0.929 0.005 0.003 0.003 0.005 0.026 0.018 24 R 0.025 0.870 0.005 0.002 0.003 0.007 0.060 0.027 25 F 0.048 0.596 0.028 0.006 0.006 0.018 0.233 0.064 26 K 0.066 0.638 0.022 0.008 0.007 0.025 0.088 0.146 27 A 0.183 0.308 0.026 0.005 0.007 0.053 0.079 0.339 28 I 0.060 0.132 0.043 0.012 0.011 0.096 0.109 0.537 29 G 0.110 0.181 0.016 0.005 0.007 0.069 0.042 0.570 30 V 0.118 0.166 0.016 0.005 0.006 0.087 0.043 0.559 31 A 0.033 0.151 0.035 0.011 0.011 0.122 0.045 0.593 32 D 0.122 0.240 0.025 0.007 0.009 0.065 0.097 0.435 33 I 0.227 0.252 0.028 0.010 0.007 0.064 0.089 0.323 34 E 0.175 0.198 0.029 0.009 0.013 0.065 0.082 0.428 35 E 0.082 0.124 0.012 0.006 0.008 0.095 0.053 0.620 36 M 0.019 0.166 0.017 0.009 0.012 0.117 0.048 0.613 37 L 0.039 0.494 0.006 0.003 0.004 0.055 0.029 0.369 38 D 0.072 0.815 0.004 0.002 0.002 0.013 0.043 0.048 39 P 0.035 0.841 0.005 0.002 0.003 0.015 0.034 0.065 40 Y 0.074 0.647 0.021 0.006 0.008 0.025 0.107 0.111 41 L 0.099 0.626 0.012 0.010 0.010 0.038 0.070 0.136 42 Q 0.092 0.393 0.023 0.009 0.017 0.047 0.115 0.304 43 K 0.056 0.393 0.016 0.012 0.021 0.077 0.055 0.372 44 G 0.054 0.289 0.033 0.024 0.030 0.080 0.078 0.413 45 L 0.049 0.441 0.019 0.021 0.025 0.077 0.036 0.332 46 F 0.089 0.462 0.026 0.014 0.022 0.055 0.058 0.273 47 L 0.050 0.186 0.033 0.024 0.021 0.079 0.258 0.350 48 D 0.052 0.304 0.027 0.013 0.015 0.055 0.341 0.194 49 L 0.165 0.436 0.014 0.009 0.011 0.049 0.092 0.225 50 E 0.161 0.243 0.016 0.015 0.023 0.073 0.057 0.412 51 S 0.038 0.086 0.013 0.010 0.021 0.087 0.164 0.580 52 G 0.047 0.209 0.016 0.015 0.023 0.122 0.158 0.409 53 R 0.067 0.315 0.017 0.020 0.024 0.105 0.056 0.396 54 K 0.035 0.292 0.013 0.012 0.013 0.089 0.033 0.512 55 S 0.052 0.673 0.011 0.006 0.009 0.029 0.075 0.144 56 E 0.097 0.707 0.007 0.004 0.005 0.022 0.063 0.095 57 E 0.052 0.280 0.017 0.011 0.011 0.045 0.385 0.200 58 E 0.024 0.528 0.012 0.009 0.012 0.052 0.164 0.199 59 F 0.068 0.657 0.008 0.005 0.010 0.038 0.043 0.173 60 R 0.068 0.334 0.025 0.019 0.024 0.070 0.172 0.289 61 T 0.052 0.360 0.015 0.011 0.017 0.064 0.190 0.292 62 E 0.097 0.419 0.017 0.011 0.014 0.065 0.089 0.290 63 L 0.109 0.269 0.022 0.015 0.017 0.086 0.075 0.407 64 S 0.082 0.244 0.026 0.011 0.014 0.080 0.113 0.430 65 R 0.081 0.301 0.015 0.007 0.008 0.081 0.040 0.466 66 Y 0.113 0.333 0.029 0.010 0.010 0.070 0.060 0.376 67 I 0.110 0.330 0.010 0.004 0.006 0.075 0.044 0.420 68 G 0.064 0.140 0.016 0.004 0.005 0.056 0.421 0.294 69 K 0.035 0.554 0.008 0.004 0.004 0.043 0.160 0.193 70 E 0.042 0.720 0.006 0.002 0.003 0.028 0.042 0.159 71 L 0.022 0.687 0.008 0.005 0.006 0.035 0.067 0.170 72 T 0.018 0.842 0.003 0.002 0.003 0.013 0.068 0.051 73 Y 0.015 0.914 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.023 74 Q 0.006 0.913 0.003 0.002 0.002 0.007 0.044 0.024 75 Q 0.006 0.938 0.003 0.001 0.002 0.006 0.026 0.019 76 V 0.007 0.954 0.004 0.001 0.001 0.003 0.021 0.009 77 Y 0.020 0.917 0.008 0.001 0.001 0.003 0.036 0.014 78 D 0.053 0.683 0.019 0.004 0.003 0.014 0.160 0.065 79 A 0.066 0.605 0.023 0.004 0.003 0.030 0.112 0.157 80 L 0.110 0.451 0.029 0.004 0.005 0.044 0.089 0.268 81 L 0.109 0.309 0.017 0.004 0.005 0.060 0.059 0.436 82 G 0.095 0.161 0.019 0.007 0.009 0.067 0.091 0.552 83 F 0.165 0.115 0.013 0.007 0.007 0.086 0.042 0.565 84 L 0.096 0.057 0.024 0.011 0.015 0.089 0.164 0.544 85 E 0.061 0.093 0.016 0.006 0.008 0.104 0.052 0.661 86 E 0.024 0.068 0.030 0.012 0.013 0.134 0.042 0.678 87 I 0.030 0.128 0.012 0.004 0.002 0.077 0.032 0.716 88 S 0.219 0.638 0.003 0.001 0.001 0.008 0.096 0.034 89 A 0.052 0.698 0.006 0.001 0.001 0.029 0.049 0.163 90 E 0.010 0.848 0.004 0.001 0.002 0.013 0.029 0.092 91 K 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.011 92 F 0.018 0.929 0.004 0.001 0.001 0.004 0.034 0.011 93 D 0.027 0.479 0.029 0.003 0.003 0.017 0.379 0.063 94 Y 0.020 0.151 0.017 0.001 0.001 0.011 0.774 0.025 95 I 0.200 0.525 0.022 0.002 0.002 0.015 0.165 0.069 96 D 0.228 0.122 0.012 0.004 0.005 0.045 0.054 0.529 97 S 0.004 0.008 0.021 0.003 0.003 0.059 0.187 0.713 98 L 0.189 0.018 0.034 0.008 0.010 0.129 0.150 0.462 99 R 0.792 0.001 0.005 0.001 0.001 0.030 0.026 0.143 100 P 0.012 0.001 0.011 0.001 0.002 0.108 0.006 0.859 101 D 0.003 0.001 0.069 0.001 0.010 0.116 0.015 0.785 102 Y 0.004 0.001 0.267 0.036 0.027 0.225 0.071 0.368 103 R 0.001 0.001 0.821 0.018 0.016 0.025 0.035 0.084 104 L 0.001 0.001 0.843 0.019 0.028 0.010 0.059 0.040 105 F 0.001 0.001 0.909 0.019 0.023 0.003 0.038 0.009 106 L 0.002 0.001 0.873 0.036 0.040 0.006 0.021 0.022 107 L 0.006 0.001 0.706 0.073 0.097 0.024 0.044 0.049 108 S 0.024 0.009 0.295 0.029 0.071 0.156 0.115 0.301 109 N 0.035 0.020 0.076 0.016 0.038 0.269 0.069 0.477 110 T 0.032 0.050 0.019 0.005 0.009 0.164 0.036 0.685 111 N 0.181 0.545 0.006 0.004 0.006 0.052 0.069 0.137 112 P 0.077 0.633 0.011 0.005 0.006 0.047 0.062 0.159 113 Y 0.028 0.763 0.009 0.008 0.010 0.025 0.032 0.124 114 V 0.069 0.666 0.025 0.013 0.019 0.027 0.064 0.117 115 L 0.171 0.423 0.035 0.030 0.040 0.047 0.095 0.159 116 D 0.251 0.147 0.036 0.031 0.050 0.054 0.136 0.295 117 L 0.077 0.066 0.027 0.017 0.024 0.097 0.111 0.582 118 A 0.017 0.049 0.031 0.036 0.061 0.138 0.064 0.604 119 M 0.032 0.022 0.021 0.019 0.024 0.092 0.021 0.769 120 S 0.464 0.110 0.013 0.025 0.025 0.056 0.062 0.245 121 P 0.292 0.055 0.010 0.004 0.007 0.075 0.030 0.527 122 R 0.018 0.016 0.020 0.010 0.011 0.151 0.040 0.735 123 F 0.018 0.025 0.018 0.004 0.005 0.084 0.046 0.800 124 L 0.685 0.086 0.010 0.003 0.002 0.043 0.042 0.131 125 P 0.180 0.044 0.024 0.004 0.004 0.086 0.160 0.498 126 S 0.054 0.103 0.009 0.002 0.005 0.067 0.068 0.693 127 G 0.088 0.088 0.019 0.003 0.007 0.116 0.086 0.592 128 R 0.029 0.071 0.036 0.021 0.016 0.173 0.159 0.495 129 T 0.055 0.254 0.038 0.004 0.010 0.092 0.162 0.385 130 L 0.154 0.395 0.020 0.005 0.006 0.061 0.149 0.211 131 D 0.121 0.339 0.046 0.009 0.011 0.063 0.161 0.250 132 S 0.037 0.306 0.033 0.006 0.011 0.092 0.130 0.385 133 F 0.046 0.396 0.067 0.008 0.014 0.092 0.117 0.260 134 F 0.070 0.349 0.069 0.020 0.026 0.090 0.142 0.235 135 D 0.024 0.281 0.055 0.015 0.035 0.084 0.109 0.397 136 K 0.016 0.245 0.238 0.034 0.082 0.063 0.156 0.166 137 V 0.017 0.200 0.218 0.070 0.103 0.077 0.147 0.169 138 Y 0.027 0.145 0.377 0.100 0.098 0.047 0.070 0.138 139 A 0.070 0.299 0.129 0.058 0.097 0.060 0.094 0.192 140 S 0.067 0.199 0.152 0.048 0.068 0.077 0.135 0.254 141 C 0.134 0.137 0.048 0.049 0.057 0.093 0.048 0.433 142 Q 0.186 0.051 0.044 0.038 0.047 0.078 0.096 0.460 143 M 0.137 0.021 0.016 0.031 0.061 0.100 0.061 0.574 144 G 0.139 0.005 0.011 0.035 0.049 0.069 0.023 0.669 145 K 0.013 0.001 0.007 0.037 0.057 0.093 0.012 0.780 146 Y 0.019 0.003 0.007 0.012 0.027 0.112 0.018 0.803 147 K 0.013 0.006 0.008 0.032 0.028 0.212 0.009 0.694 148 P 0.011 0.017 0.002 0.002 0.002 0.049 0.016 0.902 149 N 0.119 0.858 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.009 150 E 0.024 0.933 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.020 151 D 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.013 152 I 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 153 F 0.008 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 154 L 0.004 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 155 E 0.009 0.935 0.008 0.001 0.001 0.003 0.021 0.022 156 M 0.146 0.313 0.143 0.004 0.003 0.022 0.323 0.046 157 I 0.117 0.026 0.197 0.006 0.002 0.020 0.563 0.068 158 A 0.753 0.004 0.004 0.001 0.001 0.010 0.007 0.222 159 D 0.096 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.004 0.873 160 S 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.094 0.002 0.895 161 G 0.003 0.001 0.005 0.002 0.006 0.113 0.004 0.868 162 M 0.003 0.001 0.008 0.004 0.002 0.104 0.006 0.873 163 K 0.227 0.007 0.059 0.007 0.003 0.109 0.110 0.477 164 P 0.317 0.016 0.021 0.003 0.003 0.098 0.094 0.448 165 E 0.014 0.007 0.078 0.005 0.010 0.115 0.042 0.731 166 E 0.006 0.004 0.462 0.028 0.107 0.083 0.076 0.233 167 T 0.006 0.004 0.241 0.059 0.139 0.076 0.132 0.342 168 L 0.003 0.001 0.600 0.112 0.126 0.033 0.032 0.093 169 F 0.012 0.002 0.424 0.081 0.151 0.063 0.045 0.222 170 I 0.087 0.006 0.225 0.091 0.080 0.119 0.120 0.271 171 D 0.038 0.007 0.052 0.010 0.022 0.186 0.031 0.655 172 D 0.025 0.012 0.018 0.005 0.007 0.131 0.055 0.746 173 G 0.182 0.306 0.014 0.007 0.006 0.076 0.078 0.331 174 P 0.200 0.439 0.008 0.003 0.004 0.061 0.046 0.240 175 A 0.025 0.213 0.012 0.013 0.017 0.062 0.294 0.363 176 N 0.020 0.793 0.004 0.002 0.007 0.021 0.101 0.052 177 V 0.017 0.916 0.003 0.002 0.002 0.011 0.020 0.029 178 A 0.008 0.854 0.042 0.019 0.016 0.008 0.020 0.033 179 T 0.049 0.826 0.019 0.004 0.010 0.010 0.049 0.033 180 A 0.212 0.102 0.283 0.010 0.006 0.020 0.323 0.043 181 E 0.645 0.081 0.022 0.015 0.009 0.027 0.044 0.157 182 R 0.057 0.005 0.008 0.001 0.001 0.035 0.017 0.877 183 L 0.006 0.003 0.062 0.007 0.013 0.221 0.041 0.648 184 G 0.040 0.007 0.068 0.014 0.031 0.132 0.136 0.572 185 F 0.032 0.004 0.025 0.015 0.014 0.123 0.046 0.742 186 H 0.020 0.004 0.309 0.067 0.140 0.110 0.079 0.270 187 T 0.013 0.002 0.167 0.040 0.097 0.074 0.108 0.499 188 Y 0.006 0.001 0.428 0.081 0.077 0.068 0.041 0.298 189 C 0.015 0.002 0.320 0.070 0.088 0.101 0.046 0.358 190 P 0.039 0.004 0.073 0.027 0.031 0.140 0.041 0.644 191 D 0.101 0.008 0.048 0.016 0.019 0.130 0.070 0.609 192 N 0.171 0.021 0.013 0.008 0.010 0.113 0.054 0.610 193 G 0.148 0.064 0.013 0.008 0.014 0.089 0.053 0.612 194 E 0.089 0.085 0.011 0.010 0.013 0.100 0.025 0.668 195 N 0.024 0.192 0.021 0.026 0.029 0.107 0.040 0.561 196 W 0.067 0.523 0.006 0.003 0.006 0.044 0.020 0.330 197 I 0.120 0.131 0.013 0.004 0.003 0.016 0.669 0.044 198 P 0.036 0.464 0.013 0.007 0.005 0.029 0.299 0.147 199 A 0.197 0.569 0.010 0.002 0.004 0.020 0.031 0.169 200 I 0.136 0.463 0.020 0.013 0.011 0.044 0.063 0.250 201 T 0.136 0.301 0.010 0.004 0.009 0.049 0.048 0.444 202 R 0.034 0.114 0.016 0.007 0.007 0.103 0.060 0.659 203 L 0.043 0.067 0.039 0.007 0.005 0.130 0.075 0.633 204 L 0.758 0.075 0.006 0.001 0.001 0.019 0.057 0.083 205 R 0.198 0.044 0.011 0.001 0.002 0.061 0.047 0.635 206 E 0.029 0.032 0.029 0.004 0.011 0.078 0.055 0.763 207 Q 0.020 0.016 0.025 0.014 0.024 0.114 0.061 0.726 208 K 0.030 0.014 0.040 0.049 0.048 0.129 0.058 0.632