# TARGET T0379 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 926 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.025 0.048 0.043 0.051 0.127 0.029 0.510 2 I 0.150 0.016 0.160 0.082 0.129 0.186 0.023 0.255 3 R 0.018 0.012 0.474 0.202 0.158 0.042 0.005 0.089 4 N 0.005 0.005 0.442 0.109 0.164 0.038 0.004 0.233 5 I 0.002 0.001 0.858 0.051 0.065 0.007 0.002 0.014 6 V 0.001 0.001 0.906 0.046 0.030 0.003 0.001 0.014 7 F 0.001 0.001 0.857 0.049 0.057 0.005 0.001 0.031 8 D 0.001 0.001 0.704 0.060 0.121 0.029 0.001 0.083 9 L 0.003 0.002 0.447 0.052 0.136 0.093 0.003 0.265 10 G 0.006 0.001 0.058 0.010 0.029 0.609 0.012 0.276 11 G 0.313 0.001 0.046 0.020 0.011 0.152 0.058 0.399 12 V 0.209 0.003 0.291 0.041 0.048 0.237 0.009 0.163 13 L 0.015 0.003 0.120 0.141 0.265 0.104 0.003 0.349 14 I 0.012 0.006 0.142 0.212 0.500 0.036 0.002 0.090 15 H 0.013 0.011 0.072 0.196 0.355 0.082 0.004 0.268 16 L 0.051 0.016 0.090 0.087 0.214 0.114 0.007 0.421 17 N 0.035 0.021 0.019 0.037 0.085 0.270 0.007 0.526 18 R 0.034 0.019 0.010 0.009 0.027 0.109 0.006 0.786 19 E 0.024 0.069 0.007 0.006 0.014 0.237 0.005 0.638 20 E 0.065 0.211 0.006 0.005 0.011 0.251 0.008 0.443 21 S 0.038 0.745 0.003 0.004 0.006 0.053 0.004 0.147 22 I 0.011 0.913 0.003 0.002 0.004 0.010 0.002 0.056 23 R 0.006 0.955 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.026 24 R 0.010 0.966 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.014 25 F 0.009 0.972 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 26 K 0.011 0.958 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.017 27 A 0.025 0.930 0.005 0.003 0.003 0.003 0.008 0.023 28 I 0.041 0.884 0.008 0.006 0.007 0.004 0.011 0.039 29 G 0.104 0.654 0.018 0.012 0.013 0.019 0.043 0.137 30 V 0.162 0.462 0.066 0.014 0.018 0.025 0.033 0.220 31 A 0.096 0.365 0.046 0.024 0.026 0.050 0.026 0.366 32 D 0.101 0.140 0.033 0.022 0.026 0.067 0.030 0.580 33 I 0.098 0.121 0.087 0.018 0.041 0.062 0.012 0.561 34 E 0.048 0.130 0.028 0.016 0.032 0.238 0.010 0.498 35 E 0.146 0.166 0.018 0.010 0.018 0.173 0.020 0.448 36 M 0.259 0.349 0.019 0.010 0.014 0.067 0.019 0.264 37 L 0.168 0.279 0.052 0.014 0.020 0.071 0.041 0.355 38 D 0.096 0.175 0.031 0.019 0.027 0.078 0.013 0.562 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 40 Y 0.030 0.163 0.010 0.016 0.045 0.296 0.007 0.434 41 L 0.236 0.433 0.016 0.009 0.014 0.092 0.017 0.183 42 Q 0.070 0.808 0.008 0.008 0.009 0.014 0.006 0.077 43 K 0.133 0.637 0.027 0.012 0.015 0.019 0.020 0.137 44 G 0.222 0.466 0.028 0.019 0.017 0.024 0.037 0.188 45 L 0.163 0.399 0.064 0.027 0.043 0.048 0.033 0.223 46 F 0.122 0.314 0.059 0.041 0.070 0.061 0.024 0.309 47 L 0.119 0.240 0.080 0.041 0.062 0.088 0.018 0.350 48 D 0.060 0.256 0.031 0.032 0.042 0.079 0.015 0.485 49 L 0.118 0.234 0.054 0.020 0.064 0.074 0.015 0.420 50 E 0.073 0.317 0.022 0.024 0.034 0.258 0.018 0.254 51 S 0.189 0.386 0.021 0.018 0.023 0.093 0.031 0.239 52 G 0.312 0.357 0.020 0.014 0.018 0.034 0.029 0.216 53 R 0.215 0.289 0.080 0.024 0.033 0.087 0.027 0.244 54 K 0.079 0.209 0.046 0.024 0.036 0.105 0.018 0.485 55 S 0.089 0.270 0.029 0.022 0.047 0.084 0.013 0.446 56 E 0.043 0.130 0.020 0.009 0.030 0.058 0.008 0.703 57 E 0.036 0.142 0.013 0.006 0.014 0.204 0.009 0.576 58 E 0.089 0.316 0.007 0.004 0.007 0.252 0.012 0.311 59 F 0.088 0.752 0.005 0.004 0.006 0.020 0.007 0.118 60 R 0.056 0.717 0.012 0.007 0.012 0.026 0.010 0.159 61 T 0.063 0.618 0.019 0.011 0.015 0.031 0.015 0.228 62 E 0.107 0.619 0.014 0.009 0.017 0.038 0.017 0.178 63 L 0.093 0.668 0.018 0.011 0.018 0.035 0.015 0.143 64 S 0.083 0.569 0.022 0.013 0.017 0.054 0.022 0.220 65 R 0.134 0.408 0.029 0.010 0.014 0.050 0.027 0.328 66 Y 0.201 0.363 0.030 0.011 0.016 0.101 0.027 0.251 67 I 0.106 0.302 0.030 0.011 0.015 0.076 0.019 0.442 68 G 0.060 0.248 0.019 0.010 0.017 0.046 0.012 0.587 69 K 0.081 0.147 0.022 0.007 0.016 0.107 0.012 0.608 70 E 0.080 0.238 0.012 0.006 0.011 0.145 0.011 0.497 71 L 0.099 0.462 0.011 0.006 0.010 0.083 0.009 0.321 72 T 0.055 0.601 0.006 0.006 0.007 0.075 0.008 0.242 73 Y 0.050 0.681 0.009 0.004 0.009 0.029 0.006 0.211 74 Q 0.022 0.823 0.004 0.003 0.006 0.031 0.004 0.107 75 Q 0.015 0.903 0.002 0.002 0.002 0.017 0.003 0.055 76 V 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 77 Y 0.006 0.966 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.019 78 D 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 79 A 0.008 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 80 L 0.021 0.954 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.011 81 L 0.044 0.896 0.008 0.003 0.004 0.004 0.013 0.028 82 G 0.098 0.745 0.012 0.006 0.005 0.012 0.027 0.094 83 F 0.172 0.568 0.039 0.008 0.009 0.023 0.039 0.142 84 L 0.122 0.520 0.036 0.012 0.018 0.031 0.024 0.238 85 E 0.115 0.336 0.064 0.022 0.028 0.071 0.032 0.333 86 E 0.130 0.214 0.058 0.030 0.024 0.081 0.029 0.433 87 I 0.104 0.226 0.090 0.017 0.023 0.076 0.013 0.452 88 S 0.058 0.246 0.057 0.019 0.046 0.154 0.012 0.409 89 A 0.019 0.084 0.013 0.003 0.010 0.033 0.004 0.835 90 E 0.034 0.100 0.005 0.002 0.004 0.316 0.006 0.534 91 K 0.252 0.220 0.005 0.001 0.003 0.200 0.017 0.302 92 F 0.017 0.889 0.007 0.001 0.002 0.007 0.002 0.075 93 D 0.006 0.799 0.005 0.002 0.004 0.025 0.003 0.156 94 Y 0.023 0.858 0.003 0.001 0.003 0.011 0.004 0.097 95 I 0.013 0.951 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.026 96 D 0.008 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 97 S 0.059 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.027 98 L 0.305 0.493 0.015 0.003 0.004 0.002 0.107 0.071 99 R 0.116 0.585 0.044 0.014 0.030 0.016 0.020 0.175 100 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 101 D 0.209 0.018 0.013 0.016 0.013 0.064 0.099 0.567 102 Y 0.788 0.001 0.078 0.005 0.001 0.007 0.054 0.066 103 R 0.002 0.001 0.956 0.014 0.006 0.008 0.001 0.014 104 L 0.001 0.001 0.681 0.041 0.076 0.020 0.001 0.180 105 F 0.001 0.001 0.969 0.014 0.014 0.001 0.001 0.002 106 L 0.001 0.001 0.973 0.009 0.008 0.002 0.001 0.008 107 L 0.001 0.001 0.988 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 108 S 0.001 0.001 0.808 0.038 0.060 0.027 0.001 0.067 109 N 0.003 0.001 0.365 0.027 0.094 0.076 0.003 0.431 110 T 0.014 0.001 0.051 0.004 0.014 0.564 0.004 0.348 111 N 0.042 0.001 0.009 0.004 0.006 0.414 0.005 0.519 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.995 113 Y 0.006 0.014 0.006 0.007 0.012 0.456 0.002 0.497 114 V 0.165 0.138 0.009 0.007 0.018 0.302 0.009 0.352 115 L 0.044 0.815 0.006 0.010 0.028 0.017 0.002 0.079 116 D 0.015 0.865 0.004 0.010 0.018 0.017 0.003 0.067 117 L 0.087 0.798 0.008 0.008 0.012 0.014 0.014 0.060 118 A 0.233 0.687 0.004 0.009 0.009 0.007 0.025 0.027 119 M 0.338 0.408 0.039 0.020 0.028 0.011 0.095 0.061 120 S 0.236 0.272 0.055 0.048 0.052 0.035 0.036 0.266 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 122 R 0.043 0.035 0.022 0.027 0.058 0.238 0.015 0.562 123 F 0.429 0.039 0.040 0.008 0.010 0.071 0.047 0.355 124 L 0.282 0.090 0.104 0.031 0.042 0.072 0.010 0.369 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 126 S 0.030 0.021 0.027 0.015 0.036 0.125 0.007 0.739 127 G 0.401 0.028 0.023 0.006 0.010 0.050 0.024 0.459 128 R 0.333 0.054 0.124 0.020 0.027 0.113 0.015 0.313 129 T 0.114 0.043 0.031 0.012 0.021 0.205 0.009 0.566 130 L 0.155 0.136 0.081 0.014 0.050 0.112 0.008 0.445 131 D 0.044 0.181 0.029 0.012 0.029 0.289 0.009 0.408 132 S 0.147 0.182 0.015 0.007 0.013 0.206 0.021 0.410 133 F 0.295 0.324 0.015 0.006 0.009 0.090 0.023 0.239 134 F 0.112 0.531 0.046 0.013 0.020 0.074 0.025 0.179 135 D 0.048 0.573 0.056 0.024 0.028 0.053 0.022 0.197 136 K 0.081 0.413 0.081 0.025 0.041 0.064 0.026 0.270 137 V 0.090 0.453 0.141 0.044 0.054 0.055 0.023 0.139 138 Y 0.040 0.404 0.251 0.081 0.067 0.036 0.019 0.103 139 A 0.030 0.254 0.215 0.088 0.108 0.047 0.016 0.241 140 S 0.035 0.180 0.160 0.088 0.140 0.046 0.014 0.336 141 C 0.059 0.131 0.083 0.079 0.125 0.100 0.027 0.397 142 Q 0.120 0.106 0.055 0.065 0.084 0.178 0.032 0.360 143 M 0.135 0.109 0.068 0.065 0.096 0.088 0.025 0.414 144 G 0.149 0.091 0.035 0.087 0.081 0.074 0.032 0.451 145 K 0.127 0.043 0.099 0.087 0.105 0.064 0.024 0.450 146 Y 0.086 0.041 0.035 0.043 0.098 0.067 0.029 0.602 147 K 0.190 0.020 0.100 0.130 0.129 0.084 0.011 0.335 148 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 149 N 0.009 0.009 0.029 0.026 0.129 0.190 0.002 0.607 150 E 0.026 0.003 0.003 0.001 0.003 0.022 0.001 0.941 151 D 0.033 0.018 0.001 0.001 0.002 0.316 0.001 0.626 152 I 0.102 0.105 0.002 0.001 0.002 0.476 0.003 0.310 153 F 0.019 0.849 0.003 0.001 0.003 0.023 0.002 0.101 154 L 0.001 0.968 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.023 155 E 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 156 M 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 157 I 0.006 0.978 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 158 A 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 159 D 0.062 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.015 160 S 0.318 0.481 0.008 0.002 0.001 0.001 0.173 0.016 161 G 0.768 0.009 0.013 0.001 0.001 0.002 0.155 0.052 162 M 0.016 0.005 0.932 0.006 0.005 0.005 0.006 0.025 163 K 0.003 0.002 0.030 0.014 0.018 0.071 0.001 0.862 164 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 165 E 0.004 0.001 0.094 0.020 0.041 0.449 0.002 0.390 166 E 0.593 0.002 0.081 0.009 0.008 0.150 0.014 0.142 167 T 0.446 0.017 0.179 0.064 0.083 0.047 0.006 0.158 168 L 0.019 0.008 0.599 0.149 0.130 0.021 0.002 0.071 169 F 0.013 0.008 0.288 0.139 0.209 0.043 0.003 0.298 170 I 0.009 0.007 0.430 0.156 0.282 0.022 0.003 0.091 171 D 0.006 0.008 0.089 0.057 0.150 0.123 0.006 0.561 172 D 0.039 0.006 0.072 0.021 0.053 0.109 0.017 0.684 173 G 0.056 0.003 0.010 0.005 0.006 0.329 0.006 0.585 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.991 175 A 0.009 0.010 0.011 0.007 0.015 0.340 0.002 0.606 176 N 0.084 0.065 0.014 0.006 0.012 0.272 0.007 0.541 177 V 0.053 0.577 0.019 0.010 0.023 0.038 0.003 0.278 178 A 0.036 0.469 0.012 0.006 0.019 0.189 0.004 0.265 179 T 0.044 0.747 0.003 0.004 0.009 0.060 0.003 0.130 180 A 0.026 0.917 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.043 181 E 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 182 R 0.018 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 183 L 0.088 0.847 0.005 0.003 0.002 0.001 0.044 0.010 184 G 0.803 0.023 0.006 0.004 0.002 0.002 0.139 0.022 185 F 0.019 0.017 0.875 0.012 0.009 0.009 0.007 0.051 186 H 0.016 0.030 0.347 0.164 0.148 0.061 0.012 0.221 187 T 0.009 0.005 0.287 0.028 0.050 0.033 0.003 0.585 188 Y 0.005 0.005 0.742 0.081 0.082 0.022 0.003 0.059 189 C 0.005 0.002 0.676 0.076 0.039 0.018 0.002 0.182 190 P 0.001 0.001 0.028 0.010 0.015 0.005 0.001 0.941 191 D 0.006 0.002 0.187 0.059 0.153 0.137 0.002 0.453 192 N 0.032 0.003 0.039 0.018 0.034 0.108 0.005 0.760 193 G 0.050 0.004 0.018 0.007 0.024 0.224 0.005 0.668 194 E 0.094 0.007 0.007 0.003 0.008 0.391 0.006 0.483 195 N 0.130 0.035 0.007 0.006 0.007 0.254 0.013 0.549 196 W 0.188 0.089 0.010 0.006 0.011 0.133 0.022 0.542 197 I 0.141 0.160 0.025 0.019 0.043 0.097 0.008 0.508 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 199 A 0.009 0.138 0.003 0.007 0.025 0.109 0.003 0.706 200 I 0.243 0.508 0.004 0.004 0.010 0.027 0.009 0.195 201 T 0.072 0.811 0.005 0.005 0.006 0.018 0.007 0.076 202 R 0.114 0.771 0.008 0.006 0.005 0.008 0.010 0.078 203 L 0.069 0.826 0.022 0.006 0.005 0.006 0.010 0.057 204 L 0.051 0.762 0.017 0.008 0.017 0.024 0.017 0.105 205 R 0.042 0.445 0.022 0.006 0.015 0.032 0.016 0.422 206 E 0.112 0.422 0.012 0.005 0.005 0.118 0.026 0.299 207 Q 0.382 0.290 0.011 0.003 0.004 0.117 0.044 0.150 208 K 0.087 0.711 0.036 0.014 0.011 0.020 0.013 0.106