# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4630 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.416 0.347 0.150 0.064 0.019 0.004 0.001 2 I 0.013 0.065 0.194 0.355 0.285 0.085 0.003 3 R 0.063 0.209 0.280 0.283 0.132 0.029 0.004 4 N 0.002 0.005 0.019 0.074 0.222 0.523 0.155 5 I 0.001 0.001 0.004 0.012 0.055 0.449 0.479 6 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.042 0.237 0.709 7 F 0.001 0.002 0.003 0.009 0.037 0.220 0.728 8 D 0.001 0.003 0.010 0.033 0.105 0.307 0.540 9 L 0.001 0.004 0.009 0.034 0.123 0.403 0.426 10 G 0.009 0.040 0.087 0.164 0.241 0.311 0.149 11 G 0.014 0.039 0.073 0.150 0.229 0.334 0.160 12 V 0.009 0.026 0.059 0.129 0.220 0.374 0.183 13 L 0.014 0.018 0.031 0.082 0.208 0.452 0.194 14 I 0.028 0.052 0.094 0.177 0.278 0.305 0.066 15 H 0.051 0.135 0.208 0.264 0.226 0.104 0.011 16 L 0.109 0.188 0.240 0.243 0.152 0.056 0.012 17 N 0.405 0.324 0.152 0.079 0.028 0.009 0.002 18 R 0.230 0.265 0.236 0.167 0.071 0.027 0.003 19 E 0.604 0.218 0.090 0.050 0.026 0.011 0.001 20 E 0.336 0.394 0.172 0.068 0.023 0.007 0.001 21 S 0.039 0.075 0.154 0.299 0.298 0.126 0.009 22 I 0.061 0.176 0.303 0.297 0.136 0.027 0.001 23 R 0.254 0.519 0.177 0.041 0.008 0.001 0.001 24 R 0.027 0.130 0.332 0.351 0.136 0.023 0.001 25 F 0.009 0.017 0.041 0.188 0.475 0.262 0.008 26 K 0.127 0.349 0.320 0.162 0.037 0.005 0.001 27 A 0.523 0.365 0.086 0.022 0.004 0.001 0.001 28 I 0.049 0.162 0.327 0.310 0.125 0.026 0.001 29 G 0.217 0.311 0.240 0.155 0.062 0.015 0.001 30 V 0.093 0.133 0.185 0.275 0.228 0.081 0.005 31 A 0.346 0.301 0.172 0.104 0.052 0.021 0.003 32 D 0.163 0.212 0.225 0.205 0.132 0.057 0.006 33 I 0.172 0.171 0.186 0.206 0.167 0.087 0.010 34 E 0.329 0.257 0.177 0.129 0.073 0.029 0.006 35 E 0.319 0.243 0.193 0.139 0.070 0.030 0.005 36 M 0.283 0.214 0.180 0.156 0.105 0.052 0.009 37 L 0.222 0.166 0.157 0.179 0.152 0.101 0.023 38 D 0.332 0.254 0.180 0.122 0.067 0.037 0.008 39 P 0.463 0.208 0.121 0.099 0.064 0.036 0.009 40 Y 0.274 0.210 0.163 0.157 0.114 0.069 0.013 41 L 0.206 0.186 0.194 0.191 0.134 0.073 0.015 42 Q 0.415 0.252 0.158 0.104 0.049 0.018 0.004 43 K 0.328 0.271 0.191 0.125 0.057 0.023 0.005 44 G 0.315 0.235 0.155 0.127 0.090 0.061 0.017 45 L 0.074 0.133 0.186 0.243 0.208 0.131 0.024 46 F 0.046 0.084 0.127 0.210 0.250 0.228 0.053 47 L 0.049 0.087 0.135 0.221 0.253 0.206 0.049 48 D 0.153 0.255 0.223 0.179 0.111 0.063 0.016 49 L 0.114 0.148 0.206 0.251 0.186 0.085 0.010 50 E 0.244 0.211 0.179 0.163 0.121 0.071 0.011 51 S 0.361 0.243 0.173 0.123 0.066 0.030 0.005 52 G 0.389 0.243 0.154 0.118 0.065 0.028 0.003 53 R 0.467 0.273 0.137 0.078 0.032 0.011 0.002 54 K 0.507 0.250 0.122 0.072 0.033 0.013 0.002 55 S 0.296 0.234 0.197 0.162 0.081 0.027 0.002 56 E 0.252 0.263 0.240 0.156 0.065 0.021 0.003 57 E 0.487 0.294 0.130 0.058 0.023 0.007 0.001 58 E 0.157 0.278 0.271 0.188 0.080 0.024 0.002 59 F 0.033 0.057 0.099 0.236 0.337 0.218 0.020 60 R 0.048 0.144 0.218 0.274 0.205 0.098 0.013 61 T 0.185 0.320 0.232 0.151 0.072 0.033 0.006 62 E 0.051 0.123 0.234 0.292 0.201 0.089 0.011 63 L 0.027 0.046 0.076 0.170 0.306 0.323 0.053 64 S 0.074 0.153 0.225 0.269 0.196 0.078 0.006 65 R 0.209 0.318 0.218 0.157 0.070 0.024 0.003 66 Y 0.068 0.136 0.230 0.283 0.193 0.082 0.007 67 I 0.073 0.117 0.180 0.264 0.237 0.120 0.009 68 G 0.323 0.304 0.200 0.114 0.044 0.013 0.002 69 K 0.526 0.250 0.123 0.068 0.026 0.007 0.001 70 E 0.573 0.303 0.082 0.030 0.009 0.003 0.001 71 L 0.094 0.158 0.262 0.294 0.149 0.041 0.003 72 T 0.160 0.374 0.270 0.138 0.048 0.010 0.001 73 Y 0.040 0.128 0.279 0.331 0.180 0.041 0.002 74 Q 0.492 0.347 0.109 0.036 0.012 0.003 0.001 75 Q 0.068 0.271 0.352 0.230 0.068 0.011 0.001 76 V 0.010 0.014 0.036 0.192 0.448 0.287 0.013 77 Y 0.033 0.183 0.337 0.313 0.115 0.018 0.001 78 D 0.227 0.510 0.194 0.054 0.011 0.003 0.001 79 A 0.023 0.084 0.223 0.362 0.238 0.067 0.003 80 L 0.014 0.031 0.087 0.253 0.372 0.228 0.014 81 L 0.116 0.306 0.296 0.186 0.075 0.019 0.001 82 G 0.353 0.381 0.170 0.070 0.019 0.005 0.001 83 F 0.070 0.141 0.224 0.287 0.197 0.077 0.005 84 L 0.100 0.146 0.189 0.247 0.210 0.100 0.008 85 E 0.313 0.308 0.191 0.121 0.049 0.014 0.002 86 E 0.406 0.335 0.156 0.070 0.024 0.008 0.001 87 I 0.082 0.121 0.198 0.288 0.221 0.085 0.005 88 S 0.140 0.239 0.267 0.212 0.105 0.034 0.003 89 A 0.528 0.280 0.110 0.053 0.022 0.007 0.001 90 E 0.323 0.382 0.189 0.082 0.020 0.004 0.001 91 K 0.027 0.067 0.149 0.299 0.315 0.135 0.008 92 F 0.048 0.171 0.316 0.306 0.125 0.031 0.002 93 D 0.163 0.525 0.230 0.066 0.014 0.002 0.001 94 Y 0.005 0.027 0.114 0.323 0.371 0.155 0.006 95 I 0.004 0.010 0.031 0.142 0.458 0.345 0.009 96 D 0.060 0.364 0.365 0.171 0.035 0.004 0.001 97 S 0.062 0.348 0.369 0.186 0.031 0.003 0.001 98 L 0.003 0.020 0.074 0.304 0.445 0.151 0.002 99 R 0.070 0.306 0.362 0.209 0.048 0.005 0.001 100 P 0.454 0.369 0.117 0.046 0.012 0.002 0.001 101 D 0.183 0.555 0.208 0.047 0.007 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.023 0.164 0.452 0.306 0.053 0.001 103 R 0.001 0.025 0.127 0.339 0.393 0.106 0.010 104 L 0.001 0.001 0.001 0.011 0.109 0.649 0.229 105 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.407 0.559 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.149 0.842 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.124 0.869 108 S 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.327 0.611 109 N 0.001 0.004 0.019 0.087 0.270 0.445 0.175 110 T 0.008 0.073 0.178 0.281 0.269 0.156 0.035 111 N 0.040 0.140 0.214 0.255 0.202 0.123 0.026 112 P 0.104 0.191 0.200 0.212 0.168 0.104 0.022 113 Y 0.153 0.221 0.219 0.199 0.131 0.066 0.012 114 V 0.059 0.115 0.168 0.221 0.234 0.176 0.026 115 L 0.033 0.048 0.083 0.181 0.295 0.302 0.057 116 D 0.064 0.195 0.234 0.221 0.155 0.105 0.027 117 L 0.040 0.120 0.179 0.230 0.223 0.168 0.040 118 A 0.011 0.039 0.077 0.166 0.285 0.335 0.086 119 M 0.009 0.021 0.057 0.160 0.307 0.358 0.088 120 S 0.098 0.271 0.274 0.187 0.097 0.056 0.018 121 P 0.092 0.181 0.219 0.215 0.165 0.103 0.026 122 R 0.105 0.128 0.163 0.222 0.224 0.136 0.023 123 F 0.157 0.197 0.189 0.195 0.149 0.094 0.020 124 L 0.260 0.182 0.161 0.176 0.137 0.074 0.009 125 P 0.470 0.242 0.135 0.090 0.044 0.016 0.003 126 S 0.507 0.226 0.127 0.080 0.040 0.017 0.003 127 G 0.450 0.244 0.135 0.088 0.051 0.027 0.005 128 R 0.335 0.270 0.198 0.127 0.052 0.016 0.003 129 T 0.269 0.262 0.216 0.146 0.075 0.028 0.004 130 L 0.079 0.077 0.113 0.207 0.272 0.214 0.039 131 D 0.156 0.264 0.257 0.179 0.093 0.042 0.008 132 S 0.143 0.278 0.260 0.188 0.089 0.034 0.007 133 F 0.027 0.050 0.076 0.184 0.307 0.298 0.058 134 F 0.011 0.033 0.072 0.169 0.288 0.343 0.084 135 D 0.087 0.186 0.218 0.217 0.148 0.107 0.038 136 K 0.039 0.097 0.180 0.251 0.226 0.164 0.042 137 V 0.016 0.022 0.040 0.100 0.225 0.418 0.180 138 Y 0.023 0.042 0.068 0.120 0.206 0.364 0.178 139 A 0.052 0.071 0.090 0.141 0.195 0.277 0.174 140 S 0.071 0.093 0.110 0.181 0.225 0.222 0.098 141 C 0.124 0.168 0.188 0.205 0.160 0.112 0.042 142 Q 0.230 0.227 0.187 0.160 0.106 0.069 0.020 143 M 0.152 0.159 0.169 0.199 0.174 0.120 0.028 144 G 0.272 0.224 0.168 0.142 0.102 0.071 0.022 145 K 0.173 0.202 0.191 0.192 0.145 0.082 0.015 146 Y 0.133 0.191 0.182 0.197 0.162 0.109 0.025 147 K 0.059 0.099 0.137 0.201 0.224 0.210 0.070 148 P 0.083 0.137 0.179 0.223 0.196 0.141 0.042 149 N 0.105 0.223 0.258 0.232 0.121 0.052 0.009 150 E 0.153 0.227 0.211 0.197 0.132 0.065 0.014 151 D 0.139 0.369 0.274 0.141 0.057 0.017 0.003 152 I 0.004 0.016 0.049 0.186 0.388 0.321 0.035 153 F 0.003 0.011 0.024 0.067 0.253 0.510 0.132 154 L 0.016 0.110 0.291 0.349 0.174 0.057 0.004 155 E 0.007 0.106 0.364 0.363 0.133 0.027 0.001 156 M 0.001 0.002 0.006 0.059 0.372 0.532 0.028 157 I 0.002 0.018 0.096 0.326 0.427 0.128 0.002 158 A 0.214 0.537 0.194 0.048 0.006 0.001 0.001 159 D 0.154 0.403 0.309 0.117 0.016 0.001 0.001 160 S 0.024 0.103 0.266 0.369 0.192 0.044 0.001 161 G 0.381 0.419 0.137 0.045 0.014 0.003 0.001 162 M 0.037 0.072 0.181 0.375 0.275 0.059 0.001 163 K 0.332 0.464 0.151 0.042 0.010 0.002 0.001 164 P 0.051 0.183 0.283 0.309 0.147 0.026 0.001 165 E 0.108 0.320 0.261 0.194 0.089 0.024 0.003 166 E 0.004 0.047 0.180 0.389 0.295 0.078 0.006 167 T 0.001 0.002 0.014 0.059 0.224 0.576 0.126 168 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.055 0.463 0.470 169 F 0.001 0.001 0.003 0.012 0.051 0.273 0.662 170 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.225 0.748 171 D 0.001 0.003 0.011 0.044 0.138 0.362 0.441 172 D 0.001 0.004 0.017 0.070 0.203 0.471 0.234 173 G 0.004 0.030 0.082 0.193 0.309 0.302 0.080 174 P 0.020 0.119 0.230 0.289 0.213 0.108 0.021 175 A 0.023 0.109 0.185 0.236 0.236 0.167 0.044 176 N 0.015 0.057 0.097 0.152 0.238 0.336 0.106 177 V 0.011 0.025 0.066 0.172 0.335 0.334 0.057 178 A 0.038 0.215 0.283 0.222 0.144 0.081 0.017 179 T 0.015 0.029 0.066 0.163 0.281 0.325 0.122 180 A 0.004 0.006 0.010 0.038 0.169 0.522 0.251 181 E 0.011 0.068 0.177 0.288 0.263 0.148 0.045 182 R 0.021 0.094 0.180 0.239 0.231 0.188 0.046 183 L 0.005 0.022 0.042 0.105 0.243 0.387 0.196 184 G 0.007 0.044 0.129 0.237 0.238 0.227 0.118 185 F 0.001 0.004 0.013 0.055 0.201 0.504 0.222 186 H 0.001 0.003 0.019 0.096 0.244 0.406 0.232 187 T 0.001 0.002 0.005 0.013 0.057 0.373 0.550 188 Y 0.001 0.001 0.003 0.007 0.028 0.235 0.725 189 C 0.001 0.002 0.006 0.025 0.097 0.320 0.550 190 P 0.001 0.005 0.012 0.045 0.179 0.435 0.324 191 D 0.013 0.062 0.136 0.270 0.298 0.189 0.032 192 N 0.040 0.143 0.224 0.268 0.200 0.106 0.018 193 G 0.121 0.182 0.201 0.225 0.170 0.087 0.013 194 E 0.277 0.292 0.202 0.137 0.064 0.024 0.004 195 N 0.310 0.269 0.182 0.130 0.074 0.030 0.005 196 W 0.139 0.209 0.219 0.207 0.145 0.074 0.008 197 I 0.067 0.110 0.184 0.271 0.235 0.120 0.013 198 P 0.282 0.298 0.207 0.131 0.058 0.020 0.003 199 A 0.282 0.293 0.201 0.133 0.063 0.024 0.004 200 I 0.081 0.119 0.173 0.261 0.231 0.124 0.010 201 T 0.072 0.108 0.154 0.231 0.240 0.170 0.025 202 R 0.252 0.252 0.207 0.163 0.084 0.036 0.006 203 L 0.171 0.204 0.219 0.212 0.131 0.057 0.006 204 L 0.163 0.131 0.166 0.239 0.199 0.095 0.008 205 R 0.371 0.314 0.190 0.093 0.026 0.006 0.001 206 E 0.601 0.257 0.094 0.037 0.009 0.002 0.001 207 Q 0.663 0.195 0.081 0.043 0.014 0.003 0.001 208 K 0.674 0.192 0.082 0.038 0.012 0.003 0.001