# TARGET T0379 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2240 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.372 0.234 0.144 0.123 0.073 0.044 0.009 2 I 0.046 0.079 0.162 0.276 0.298 0.128 0.011 3 R 0.148 0.216 0.220 0.186 0.122 0.089 0.019 4 N 0.031 0.045 0.075 0.150 0.270 0.343 0.085 5 I 0.008 0.010 0.027 0.062 0.180 0.448 0.264 6 V 0.008 0.013 0.016 0.041 0.114 0.363 0.446 7 F 0.006 0.013 0.023 0.055 0.128 0.314 0.462 8 D 0.004 0.011 0.028 0.079 0.204 0.392 0.283 9 L 0.005 0.009 0.018 0.054 0.167 0.403 0.344 10 G 0.019 0.070 0.106 0.163 0.174 0.275 0.193 11 G 0.008 0.020 0.060 0.152 0.269 0.296 0.196 12 V 0.006 0.012 0.025 0.066 0.167 0.467 0.257 13 L 0.005 0.009 0.016 0.053 0.186 0.485 0.246 14 I 0.003 0.008 0.017 0.055 0.173 0.480 0.264 15 H 0.004 0.022 0.062 0.167 0.297 0.346 0.101 16 L 0.006 0.029 0.077 0.193 0.332 0.310 0.052 17 N 0.102 0.255 0.257 0.207 0.114 0.054 0.011 18 R 0.291 0.309 0.184 0.118 0.060 0.030 0.008 19 E 0.262 0.270 0.208 0.140 0.074 0.036 0.010 20 E 0.146 0.145 0.162 0.195 0.182 0.133 0.038 21 S 0.101 0.183 0.198 0.207 0.162 0.120 0.030 22 I 0.095 0.231 0.259 0.209 0.132 0.063 0.012 23 R 0.036 0.065 0.108 0.194 0.285 0.258 0.054 24 R 0.014 0.024 0.039 0.086 0.203 0.442 0.192 25 F 0.019 0.063 0.153 0.284 0.272 0.185 0.025 26 K 0.029 0.115 0.263 0.331 0.194 0.061 0.007 27 A 0.033 0.041 0.066 0.160 0.298 0.344 0.058 28 I 0.023 0.037 0.075 0.207 0.384 0.244 0.029 29 G 0.155 0.305 0.291 0.170 0.062 0.015 0.002 30 V 0.194 0.317 0.258 0.152 0.062 0.015 0.002 31 A 0.077 0.147 0.247 0.284 0.185 0.055 0.004 32 D 0.350 0.314 0.170 0.099 0.048 0.017 0.002 33 I 0.118 0.141 0.223 0.283 0.191 0.043 0.002 34 E 0.552 0.284 0.101 0.042 0.016 0.006 0.001 35 E 0.310 0.276 0.186 0.138 0.064 0.024 0.003 36 M 0.246 0.232 0.198 0.173 0.106 0.040 0.004 37 L 0.136 0.191 0.245 0.257 0.132 0.035 0.003 38 D 0.403 0.314 0.164 0.078 0.029 0.009 0.002 39 P 0.290 0.313 0.204 0.120 0.051 0.019 0.003 40 Y 0.082 0.095 0.148 0.248 0.261 0.150 0.017 41 L 0.112 0.188 0.225 0.237 0.152 0.075 0.010 42 Q 0.225 0.257 0.210 0.161 0.092 0.046 0.009 43 K 0.151 0.169 0.186 0.206 0.161 0.103 0.025 44 G 0.089 0.102 0.148 0.204 0.218 0.192 0.048 45 L 0.084 0.120 0.150 0.184 0.195 0.200 0.068 46 F 0.101 0.125 0.142 0.185 0.213 0.180 0.055 47 L 0.113 0.156 0.164 0.179 0.170 0.159 0.058 48 D 0.088 0.110 0.139 0.187 0.204 0.204 0.069 49 L 0.103 0.165 0.217 0.222 0.168 0.102 0.022 50 E 0.222 0.278 0.207 0.146 0.092 0.044 0.011 51 S 0.076 0.095 0.135 0.209 0.251 0.195 0.039 52 G 0.072 0.076 0.110 0.210 0.271 0.232 0.029 53 R 0.178 0.309 0.265 0.165 0.063 0.018 0.002 54 K 0.077 0.226 0.303 0.251 0.107 0.032 0.003 55 S 0.054 0.051 0.085 0.206 0.351 0.236 0.019 56 E 0.153 0.223 0.275 0.233 0.098 0.018 0.001 57 E 0.490 0.334 0.127 0.038 0.009 0.001 0.001 58 E 0.211 0.328 0.256 0.140 0.051 0.013 0.001 59 F 0.096 0.135 0.216 0.291 0.198 0.063 0.002 60 R 0.326 0.290 0.197 0.128 0.049 0.010 0.001 61 T 0.670 0.193 0.078 0.038 0.016 0.004 0.001 62 E 0.419 0.275 0.164 0.093 0.038 0.011 0.001 63 L 0.231 0.217 0.216 0.200 0.101 0.033 0.002 64 S 0.309 0.250 0.193 0.148 0.077 0.021 0.001 65 R 0.487 0.272 0.142 0.069 0.025 0.006 0.001 66 Y 0.226 0.235 0.225 0.199 0.090 0.023 0.001 67 I 0.306 0.240 0.189 0.159 0.079 0.025 0.002 68 G 0.432 0.281 0.149 0.086 0.039 0.012 0.001 69 K 0.282 0.244 0.219 0.164 0.072 0.017 0.001 70 E 0.280 0.316 0.201 0.124 0.056 0.020 0.002 71 L 0.276 0.273 0.213 0.145 0.066 0.023 0.003 72 T 0.203 0.295 0.220 0.159 0.084 0.035 0.005 73 Y 0.057 0.080 0.136 0.264 0.288 0.157 0.018 74 Q 0.105 0.227 0.258 0.230 0.122 0.051 0.006 75 Q 0.257 0.369 0.223 0.103 0.035 0.011 0.002 76 V 0.060 0.113 0.189 0.263 0.234 0.126 0.016 77 Y 0.034 0.035 0.062 0.163 0.308 0.348 0.050 78 D 0.087 0.197 0.266 0.255 0.138 0.049 0.006 79 A 0.131 0.249 0.250 0.210 0.107 0.045 0.007 80 L 0.044 0.066 0.108 0.204 0.293 0.244 0.040 81 L 0.072 0.097 0.157 0.238 0.240 0.164 0.031 82 G 0.284 0.271 0.183 0.138 0.080 0.036 0.008 83 F 0.226 0.230 0.210 0.173 0.110 0.044 0.007 84 L 0.178 0.183 0.192 0.202 0.156 0.078 0.010 85 E 0.253 0.244 0.215 0.162 0.088 0.032 0.005 86 E 0.338 0.309 0.175 0.101 0.052 0.021 0.005 87 I 0.082 0.124 0.175 0.276 0.239 0.095 0.009 88 S 0.120 0.244 0.249 0.221 0.121 0.042 0.004 89 A 0.372 0.302 0.180 0.090 0.040 0.014 0.003 90 E 0.201 0.327 0.236 0.149 0.064 0.020 0.003 91 K 0.019 0.053 0.113 0.247 0.343 0.205 0.020 92 F 0.014 0.077 0.240 0.343 0.233 0.088 0.005 93 D 0.093 0.456 0.320 0.103 0.024 0.004 0.001 94 Y 0.001 0.009 0.045 0.207 0.440 0.285 0.013 95 I 0.001 0.008 0.032 0.188 0.483 0.277 0.010 96 D 0.038 0.447 0.372 0.118 0.021 0.003 0.001 97 S 0.022 0.249 0.433 0.256 0.037 0.003 0.001 98 L 0.001 0.005 0.035 0.216 0.528 0.213 0.003 99 R 0.035 0.223 0.418 0.268 0.055 0.002 0.001 100 P 0.374 0.487 0.115 0.021 0.003 0.001 0.001 101 D 0.143 0.550 0.249 0.053 0.005 0.001 0.001 102 Y 0.001 0.004 0.049 0.341 0.499 0.105 0.001 103 R 0.001 0.018 0.093 0.291 0.407 0.174 0.016 104 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.069 0.586 0.338 105 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.260 0.726 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.116 0.876 107 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.111 0.883 108 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.332 0.626 109 N 0.001 0.002 0.010 0.065 0.245 0.447 0.231 110 T 0.006 0.057 0.138 0.236 0.265 0.219 0.080 111 N 0.029 0.099 0.157 0.234 0.237 0.188 0.056 112 P 0.052 0.145 0.210 0.236 0.195 0.131 0.030 113 Y 0.137 0.205 0.233 0.199 0.139 0.071 0.016 114 V 0.068 0.135 0.181 0.217 0.208 0.155 0.036 115 L 0.028 0.030 0.053 0.142 0.278 0.371 0.097 116 D 0.054 0.155 0.214 0.247 0.169 0.127 0.033 117 L 0.057 0.200 0.237 0.229 0.157 0.096 0.025 118 A 0.013 0.070 0.154 0.251 0.284 0.190 0.038 119 M 0.010 0.018 0.056 0.186 0.362 0.317 0.051 120 S 0.134 0.335 0.288 0.160 0.061 0.020 0.003 121 P 0.144 0.291 0.269 0.177 0.084 0.031 0.004 122 R 0.110 0.164 0.215 0.246 0.188 0.070 0.007 123 F 0.239 0.246 0.225 0.171 0.083 0.032 0.004 124 L 0.566 0.199 0.101 0.079 0.042 0.013 0.001 125 P 0.666 0.194 0.075 0.042 0.018 0.004 0.001 126 S 0.563 0.256 0.114 0.052 0.013 0.002 0.001 127 G 0.381 0.310 0.173 0.093 0.034 0.008 0.001 128 R 0.548 0.295 0.107 0.038 0.010 0.002 0.001 129 T 0.120 0.344 0.321 0.162 0.045 0.008 0.001 130 L 0.013 0.017 0.049 0.222 0.423 0.258 0.017 131 D 0.063 0.249 0.355 0.239 0.078 0.015 0.001 132 S 0.143 0.454 0.264 0.097 0.031 0.010 0.001 133 F 0.006 0.023 0.080 0.264 0.403 0.206 0.018 134 F 0.004 0.013 0.050 0.159 0.328 0.387 0.059 135 D 0.076 0.249 0.279 0.229 0.111 0.047 0.008 136 K 0.027 0.063 0.161 0.291 0.279 0.156 0.022 137 V 0.012 0.015 0.021 0.043 0.139 0.515 0.254 138 Y 0.028 0.031 0.040 0.098 0.208 0.398 0.197 139 A 0.039 0.055 0.084 0.148 0.209 0.288 0.177 140 S 0.041 0.060 0.078 0.161 0.256 0.279 0.125 141 C 0.088 0.157 0.192 0.231 0.176 0.118 0.037 142 Q 0.195 0.246 0.194 0.165 0.119 0.063 0.018 143 M 0.120 0.117 0.155 0.205 0.212 0.151 0.040 144 G 0.162 0.190 0.191 0.181 0.142 0.100 0.034 145 K 0.133 0.200 0.203 0.193 0.144 0.097 0.031 146 Y 0.064 0.132 0.155 0.211 0.213 0.181 0.044 147 K 0.012 0.042 0.090 0.181 0.284 0.312 0.078 148 P 0.012 0.051 0.121 0.245 0.296 0.230 0.045 149 N 0.052 0.177 0.247 0.248 0.177 0.080 0.018 150 E 0.159 0.321 0.248 0.165 0.077 0.026 0.004 151 D 0.140 0.347 0.312 0.142 0.047 0.011 0.001 152 I 0.003 0.017 0.058 0.169 0.358 0.362 0.033 153 F 0.001 0.006 0.017 0.095 0.341 0.453 0.086 154 L 0.012 0.134 0.308 0.332 0.155 0.056 0.005 155 E 0.010 0.119 0.313 0.364 0.159 0.032 0.002 156 M 0.002 0.004 0.013 0.090 0.369 0.489 0.033 157 I 0.004 0.024 0.118 0.359 0.404 0.089 0.003 158 A 0.142 0.527 0.245 0.069 0.015 0.003 0.001 159 D 0.099 0.326 0.348 0.182 0.039 0.006 0.001 160 S 0.010 0.051 0.186 0.365 0.298 0.086 0.003 161 G 0.293 0.437 0.175 0.066 0.023 0.006 0.001 162 M 0.022 0.055 0.163 0.354 0.335 0.069 0.002 163 K 0.207 0.488 0.213 0.070 0.018 0.003 0.001 164 P 0.021 0.083 0.190 0.371 0.264 0.069 0.004 165 E 0.028 0.169 0.245 0.272 0.206 0.074 0.006 166 E 0.002 0.019 0.104 0.338 0.381 0.142 0.014 167 T 0.001 0.001 0.004 0.022 0.121 0.592 0.260 168 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.457 0.497 169 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.046 0.278 0.666 170 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.246 0.724 171 D 0.001 0.004 0.016 0.065 0.194 0.414 0.307 172 D 0.001 0.006 0.024 0.094 0.274 0.451 0.150 173 G 0.003 0.027 0.087 0.205 0.333 0.295 0.051 174 P 0.062 0.196 0.253 0.238 0.164 0.075 0.013 175 A 0.034 0.129 0.212 0.247 0.200 0.135 0.043 176 N 0.032 0.071 0.108 0.189 0.269 0.249 0.082 177 V 0.016 0.038 0.094 0.213 0.293 0.280 0.067 178 A 0.104 0.262 0.255 0.191 0.112 0.060 0.017 179 T 0.022 0.035 0.066 0.136 0.226 0.352 0.164 180 A 0.007 0.010 0.019 0.082 0.257 0.415 0.210 181 E 0.028 0.179 0.261 0.249 0.146 0.100 0.037 182 R 0.028 0.121 0.159 0.240 0.237 0.167 0.049 183 L 0.003 0.019 0.055 0.132 0.261 0.341 0.190 184 G 0.007 0.074 0.172 0.250 0.194 0.189 0.114 185 F 0.001 0.002 0.009 0.043 0.186 0.484 0.275 186 H 0.001 0.006 0.033 0.137 0.328 0.355 0.140 187 T 0.001 0.002 0.008 0.021 0.081 0.444 0.443 188 Y 0.001 0.002 0.003 0.009 0.053 0.341 0.593 189 C 0.001 0.002 0.007 0.032 0.142 0.411 0.406 190 P 0.002 0.006 0.017 0.069 0.244 0.476 0.186 191 D 0.023 0.101 0.193 0.294 0.242 0.126 0.022 192 N 0.062 0.209 0.269 0.267 0.142 0.046 0.005 193 G 0.212 0.279 0.225 0.167 0.086 0.027 0.003 194 E 0.394 0.259 0.174 0.110 0.050 0.013 0.001 195 N 0.369 0.284 0.182 0.102 0.046 0.015 0.002 196 W 0.160 0.201 0.228 0.227 0.132 0.047 0.004 197 I 0.124 0.213 0.251 0.232 0.131 0.044 0.004 198 P 0.253 0.286 0.220 0.140 0.071 0.026 0.004 199 A 0.097 0.184 0.239 0.247 0.158 0.067 0.008 200 I 0.029 0.035 0.076 0.217 0.355 0.262 0.028 201 T 0.132 0.261 0.286 0.202 0.088 0.028 0.003 202 R 0.208 0.296 0.235 0.160 0.073 0.026 0.003 203 L 0.068 0.071 0.130 0.272 0.306 0.143 0.010 204 L 0.187 0.236 0.267 0.195 0.090 0.023 0.002 205 R 0.487 0.323 0.126 0.048 0.013 0.003 0.001 206 E 0.440 0.301 0.161 0.072 0.021 0.004 0.001 207 Q 0.615 0.190 0.099 0.062 0.027 0.006 0.001 208 K 0.756 0.165 0.052 0.020 0.006 0.001 0.001