# TARGET T0379 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0379.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.003 0.015 0.675 0.003 0.022 0.116 0.001 0.001 0.004 0.057 0.051 0.008 0.044 2 L 0.003 0.028 0.542 0.003 0.027 0.171 0.001 0.001 0.005 0.078 0.086 0.029 0.024 3 N 0.002 0.012 0.557 0.002 0.018 0.154 0.001 0.001 0.002 0.112 0.104 0.012 0.023 4 R 0.003 0.006 0.311 0.001 0.040 0.367 0.001 0.001 0.002 0.126 0.114 0.010 0.020 5 E 0.002 0.003 0.127 0.002 0.044 0.669 0.001 0.001 0.001 0.050 0.090 0.005 0.008 6 E 0.003 0.003 0.110 0.001 0.048 0.670 0.001 0.001 0.002 0.066 0.071 0.014 0.010 7 S 0.007 0.007 0.124 0.002 0.040 0.696 0.002 0.001 0.005 0.026 0.044 0.010 0.037 8 I 0.012 0.010 0.109 0.010 0.036 0.687 0.003 0.001 0.010 0.029 0.031 0.021 0.042 9 R 0.026 0.005 0.097 0.015 0.029 0.634 0.004 0.002 0.013 0.031 0.044 0.053 0.046 10 R 0.016 0.006 0.119 0.008 0.038 0.570 0.007 0.002 0.027 0.048 0.056 0.031 0.073 11 F 0.016 0.008 0.138 0.005 0.052 0.562 0.005 0.004 0.028 0.041 0.046 0.029 0.067 12 K 0.023 0.010 0.108 0.022 0.039 0.511 0.007 0.006 0.032 0.087 0.067 0.051 0.036 13 A 0.028 0.013 0.114 0.003 0.038 0.502 0.011 0.007 0.046 0.034 0.078 0.028 0.098 14 I 0.017 0.007 0.169 0.035 0.026 0.279 0.006 0.008 0.025 0.090 0.280 0.027 0.031 15 G 0.021 0.015 0.355 0.006 0.014 0.073 0.004 0.003 0.025 0.100 0.280 0.061 0.044 16 V 0.014 0.017 0.366 0.004 0.053 0.159 0.006 0.005 0.038 0.093 0.093 0.015 0.136 17 A 0.013 0.017 0.211 0.010 0.036 0.135 0.006 0.005 0.042 0.192 0.100 0.213 0.022 18 D 0.006 0.030 0.389 0.004 0.040 0.144 0.002 0.001 0.028 0.115 0.044 0.009 0.187 19 I 0.001 0.003 0.058 0.001 0.104 0.774 0.001 0.001 0.004 0.009 0.034 0.004 0.008 20 E 0.001 0.001 0.018 0.002 0.192 0.724 0.001 0.001 0.001 0.011 0.043 0.003 0.003 21 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.267 0.605 0.001 0.001 0.003 0.020 0.073 0.002 0.006 22 M 0.001 0.006 0.056 0.001 0.151 0.618 0.001 0.001 0.004 0.026 0.130 0.002 0.005 23 L 0.001 0.010 0.124 0.001 0.038 0.539 0.001 0.001 0.006 0.105 0.167 0.002 0.007 24 D 0.001 0.006 0.299 0.001 0.036 0.429 0.001 0.001 0.001 0.156 0.063 0.004 0.005 25 P 0.001 0.002 0.047 0.001 0.070 0.707 0.001 0.001 0.001 0.028 0.142 0.001 0.002 26 Y 0.001 0.003 0.036 0.001 0.099 0.660 0.001 0.001 0.001 0.039 0.158 0.002 0.002 27 L 0.001 0.007 0.071 0.002 0.065 0.681 0.001 0.001 0.005 0.046 0.110 0.002 0.010 28 Q 0.002 0.005 0.076 0.004 0.047 0.574 0.001 0.002 0.005 0.048 0.221 0.010 0.006 29 K 0.001 0.002 0.047 0.002 0.037 0.265 0.001 0.001 0.002 0.082 0.554 0.002 0.004 30 G 0.004 0.004 0.158 0.006 0.038 0.117 0.001 0.001 0.007 0.119 0.528 0.007 0.012 31 L 0.023 0.034 0.384 0.004 0.028 0.153 0.009 0.005 0.037 0.090 0.098 0.055 0.080 32 F 0.088 0.033 0.213 0.010 0.021 0.124 0.033 0.014 0.080 0.049 0.041 0.084 0.209 33 L 0.130 0.012 0.177 0.022 0.018 0.087 0.028 0.009 0.054 0.069 0.033 0.255 0.105 34 D 0.078 0.024 0.263 0.007 0.020 0.077 0.014 0.005 0.045 0.051 0.030 0.069 0.316 35 L 0.027 0.012 0.253 0.008 0.127 0.225 0.006 0.003 0.020 0.056 0.139 0.034 0.090 36 E 0.013 0.011 0.160 0.008 0.123 0.199 0.003 0.002 0.008 0.099 0.308 0.035 0.032 37 S 0.003 0.005 0.131 0.008 0.109 0.125 0.001 0.001 0.002 0.113 0.479 0.008 0.016 38 G 0.002 0.005 0.301 0.005 0.038 0.049 0.001 0.001 0.001 0.264 0.309 0.010 0.015 39 R 0.003 0.017 0.559 0.002 0.012 0.043 0.001 0.001 0.004 0.198 0.099 0.027 0.034 40 K 0.006 0.058 0.518 0.001 0.011 0.078 0.001 0.001 0.006 0.172 0.063 0.025 0.060 41 S 0.002 0.017 0.706 0.001 0.012 0.114 0.001 0.001 0.003 0.072 0.028 0.013 0.031 42 E 0.001 0.003 0.106 0.001 0.068 0.736 0.001 0.001 0.001 0.031 0.041 0.002 0.009 43 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.049 0.884 0.001 0.001 0.001 0.014 0.026 0.003 0.002 44 E 0.001 0.001 0.016 0.001 0.037 0.914 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.002 0.005 45 F 0.002 0.002 0.026 0.001 0.014 0.920 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 0.003 0.005 46 R 0.002 0.002 0.039 0.003 0.009 0.897 0.001 0.001 0.002 0.013 0.019 0.003 0.009 47 T 0.003 0.001 0.024 0.001 0.007 0.911 0.001 0.001 0.002 0.014 0.023 0.007 0.006 48 E 0.003 0.002 0.031 0.001 0.007 0.911 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.003 0.007 49 L 0.002 0.002 0.033 0.001 0.010 0.908 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 0.003 0.006 50 S 0.003 0.002 0.039 0.005 0.026 0.842 0.001 0.001 0.002 0.021 0.044 0.006 0.010 51 R 0.007 0.001 0.029 0.002 0.037 0.778 0.001 0.001 0.003 0.029 0.084 0.014 0.014 52 Y 0.009 0.003 0.040 0.001 0.033 0.750 0.002 0.001 0.004 0.028 0.102 0.008 0.021 53 I 0.005 0.010 0.092 0.003 0.016 0.583 0.002 0.001 0.006 0.076 0.179 0.014 0.014 54 G 0.003 0.004 0.202 0.006 0.027 0.301 0.001 0.001 0.002 0.110 0.312 0.008 0.023 55 K 0.007 0.004 0.192 0.005 0.034 0.399 0.002 0.001 0.006 0.186 0.117 0.029 0.018 56 E 0.012 0.011 0.251 0.002 0.030 0.438 0.004 0.001 0.013 0.060 0.068 0.015 0.094 57 L 0.018 0.009 0.240 0.005 0.018 0.518 0.006 0.003 0.014 0.046 0.047 0.036 0.040 58 T 0.018 0.015 0.270 0.003 0.013 0.470 0.006 0.004 0.023 0.031 0.031 0.058 0.057 59 Y 0.006 0.002 0.045 0.001 0.019 0.846 0.002 0.002 0.008 0.017 0.021 0.006 0.024 60 Q 0.003 0.001 0.025 0.002 0.010 0.907 0.001 0.001 0.004 0.015 0.015 0.011 0.004 61 Q 0.006 0.002 0.025 0.001 0.011 0.902 0.002 0.001 0.006 0.011 0.013 0.006 0.017 62 V 0.006 0.002 0.017 0.001 0.006 0.936 0.002 0.001 0.003 0.004 0.011 0.004 0.008 63 Y 0.003 0.001 0.012 0.002 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.003 64 D 0.003 0.001 0.010 0.001 0.007 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.003 0.003 65 A 0.004 0.001 0.009 0.001 0.009 0.948 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.003 0.005 66 L 0.005 0.001 0.012 0.001 0.015 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.002 0.004 67 L 0.007 0.001 0.019 0.002 0.020 0.829 0.002 0.001 0.003 0.016 0.088 0.004 0.009 68 G 0.012 0.001 0.038 0.001 0.036 0.653 0.002 0.001 0.002 0.035 0.187 0.026 0.009 69 F 0.012 0.003 0.085 0.001 0.057 0.663 0.002 0.001 0.004 0.031 0.110 0.006 0.028 70 L 0.016 0.017 0.182 0.003 0.037 0.450 0.003 0.001 0.009 0.106 0.095 0.025 0.056 71 E 0.010 0.013 0.375 0.005 0.026 0.281 0.002 0.001 0.009 0.082 0.098 0.043 0.056 72 E 0.001 0.002 0.867 0.002 0.009 0.047 0.001 0.001 0.003 0.028 0.015 0.005 0.021