# TARGET T0378 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1385 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.013 0.029 0.049 0.194 0.671 2 L 0.044 0.029 0.025 0.079 0.205 0.619 3 S 0.025 0.011 0.010 0.067 0.182 0.706 4 A 0.006 0.002 0.024 0.578 0.142 0.248 5 N 0.003 0.001 0.011 0.931 0.029 0.024 6 Q 0.006 0.001 0.012 0.940 0.022 0.018 7 I 0.008 0.001 0.004 0.965 0.010 0.012 8 K 0.012 0.001 0.007 0.963 0.008 0.009 9 F 0.013 0.001 0.010 0.961 0.008 0.008 10 L 0.011 0.001 0.008 0.954 0.011 0.015 11 R 0.008 0.001 0.009 0.954 0.012 0.016 12 S 0.007 0.001 0.010 0.942 0.019 0.021 13 L 0.003 0.001 0.024 0.904 0.035 0.034 14 R 0.003 0.001 0.027 0.866 0.046 0.057 15 E 0.006 0.002 0.035 0.818 0.073 0.066 16 R 0.010 0.002 0.033 0.728 0.094 0.134 17 K 0.025 0.005 0.033 0.505 0.149 0.283 18 Y 0.070 0.010 0.045 0.413 0.174 0.290 19 R 0.110 0.014 0.045 0.419 0.154 0.258 20 L 0.087 0.014 0.042 0.388 0.222 0.248 21 R 0.042 0.006 0.131 0.459 0.245 0.116 22 E 0.062 0.005 0.110 0.402 0.280 0.141 23 Q 0.082 0.007 0.083 0.280 0.355 0.192 24 A 0.150 0.008 0.029 0.126 0.289 0.398 25 F 0.463 0.012 0.015 0.052 0.145 0.313 26 A 0.774 0.017 0.010 0.038 0.067 0.094 27 V 0.741 0.021 0.009 0.042 0.079 0.108 28 E 0.463 0.025 0.013 0.089 0.157 0.254 29 G 0.163 0.009 0.027 0.113 0.261 0.427 30 P 0.060 0.005 0.140 0.325 0.265 0.206 31 K 0.065 0.013 0.172 0.384 0.234 0.132 32 L 0.026 0.011 0.152 0.676 0.092 0.043 33 V 0.020 0.005 0.091 0.796 0.050 0.038 34 G 0.013 0.002 0.180 0.728 0.053 0.025 35 E 0.013 0.003 0.191 0.706 0.064 0.023 36 M 0.009 0.005 0.118 0.758 0.074 0.036 37 L 0.008 0.005 0.101 0.552 0.206 0.127 38 P 0.004 0.002 0.151 0.375 0.287 0.180 39 F 0.005 0.003 0.194 0.237 0.348 0.213 40 Y 0.011 0.006 0.105 0.070 0.516 0.293 41 R 0.026 0.007 0.091 0.078 0.395 0.403 42 C 0.144 0.012 0.042 0.119 0.289 0.393 43 R 0.354 0.005 0.024 0.136 0.213 0.269 44 M 0.775 0.003 0.011 0.098 0.045 0.069 45 L 0.893 0.002 0.003 0.081 0.009 0.012 46 V 0.873 0.002 0.003 0.093 0.009 0.020 47 G 0.758 0.005 0.003 0.088 0.023 0.122 48 T 0.255 0.005 0.006 0.094 0.080 0.559 49 A 0.033 0.002 0.082 0.616 0.115 0.152 50 A 0.010 0.001 0.116 0.759 0.087 0.027 51 M 0.011 0.003 0.091 0.796 0.081 0.018 52 L 0.014 0.003 0.058 0.830 0.061 0.034 53 R 0.010 0.002 0.065 0.828 0.057 0.038 54 A 0.011 0.002 0.069 0.748 0.091 0.078 55 V 0.021 0.009 0.047 0.547 0.149 0.228 56 S 0.027 0.016 0.030 0.273 0.214 0.439 57 T 0.025 0.005 0.051 0.133 0.277 0.510 58 P 0.036 0.012 0.151 0.071 0.348 0.381 59 H 0.059 0.016 0.104 0.037 0.394 0.390 60 D 0.060 0.006 0.016 0.005 0.259 0.654 61 A 0.312 0.006 0.003 0.001 0.112 0.567 62 E 0.738 0.003 0.001 0.001 0.035 0.221 63 V 0.958 0.004 0.001 0.001 0.008 0.028 64 V 0.970 0.002 0.001 0.001 0.006 0.021 65 E 0.931 0.002 0.001 0.001 0.012 0.053 66 L 0.525 0.013 0.001 0.002 0.059 0.400 67 P 0.136 0.010 0.004 0.005 0.456 0.389 68 E 0.026 0.004 0.102 0.133 0.611 0.124 69 S 0.013 0.003 0.139 0.199 0.583 0.063 70 F 0.057 0.021 0.127 0.156 0.574 0.064 71 D 0.106 0.035 0.083 0.326 0.159 0.290 72 F 0.061 0.020 0.138 0.626 0.089 0.066 73 K 0.038 0.002 0.166 0.647 0.096 0.049 74 R 0.039 0.006 0.087 0.715 0.095 0.059 75 I 0.028 0.018 0.033 0.689 0.148 0.083 76 S 0.011 0.007 0.021 0.482 0.284 0.196 77 T 0.006 0.002 0.018 0.148 0.418 0.407 78 Q 0.019 0.012 0.015 0.041 0.439 0.474 79 T 0.072 0.057 0.014 0.032 0.361 0.465 80 T 0.089 0.038 0.012 0.015 0.370 0.477 81 P 0.078 0.012 0.028 0.019 0.497 0.365 82 Q 0.134 0.004 0.039 0.008 0.491 0.324 83 P 0.486 0.006 0.032 0.009 0.271 0.196 84 L 0.895 0.007 0.005 0.005 0.037 0.052 85 M 0.981 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 86 A 0.988 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 87 V 0.976 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 88 F 0.898 0.003 0.001 0.005 0.019 0.075 89 D 0.617 0.006 0.002 0.005 0.079 0.291 90 L 0.213 0.014 0.005 0.004 0.190 0.575 91 P 0.078 0.015 0.007 0.006 0.267 0.627 92 A 0.029 0.013 0.011 0.004 0.244 0.700 93 E 0.023 0.011 0.007 0.003 0.255 0.701 94 P 0.023 0.013 0.033 0.009 0.297 0.625 95 E 0.031 0.016 0.035 0.011 0.309 0.598 96 P 0.068 0.027 0.078 0.016 0.407 0.404 97 V 0.093 0.029 0.125 0.017 0.338 0.399 98 V 0.189 0.047 0.078 0.013 0.477 0.196 99 E 0.149 0.009 0.035 0.007 0.579 0.221 100 G 0.131 0.002 0.008 0.004 0.524 0.331 101 L 0.643 0.007 0.001 0.001 0.150 0.198 102 T 0.963 0.003 0.001 0.001 0.009 0.025 103 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 105 L 0.951 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 106 D 0.599 0.004 0.002 0.004 0.187 0.205 107 G 0.123 0.009 0.008 0.004 0.584 0.272 108 V 0.125 0.068 0.014 0.006 0.590 0.196 109 Q 0.091 0.106 0.013 0.008 0.377 0.405 110 D 0.019 0.013 0.008 0.005 0.863 0.092 111 P 0.002 0.003 0.029 0.050 0.825 0.090 112 G 0.003 0.005 0.023 0.129 0.723 0.117 113 N 0.005 0.016 0.022 0.687 0.208 0.062 114 V 0.001 0.001 0.003 0.981 0.006 0.009 115 G 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 116 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 117 I 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 118 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 119 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 120 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 121 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 122 D 0.001 0.001 0.026 0.963 0.009 0.002 123 W 0.001 0.001 0.046 0.931 0.016 0.006 124 F 0.002 0.001 0.043 0.823 0.028 0.103 125 G 0.002 0.002 0.005 0.007 0.032 0.953 126 I 0.017 0.004 0.021 0.002 0.215 0.741 127 R 0.092 0.001 0.016 0.001 0.269 0.621 128 H 0.794 0.008 0.012 0.002 0.071 0.114 129 V 0.971 0.003 0.001 0.001 0.009 0.016 130 W 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 131 L 0.958 0.002 0.001 0.001 0.009 0.030 132 G 0.592 0.008 0.001 0.002 0.084 0.314 133 T 0.152 0.009 0.006 0.003 0.366 0.464 134 G 0.045 0.021 0.020 0.011 0.512 0.390 135 S 0.036 0.038 0.051 0.045 0.554 0.275 136 A 0.060 0.042 0.090 0.061 0.524 0.223 137 D 0.046 0.024 0.094 0.075 0.550 0.210 138 V 0.023 0.023 0.105 0.091 0.532 0.226 139 F 0.021 0.034 0.028 0.084 0.417 0.415 140 S 0.012 0.009 0.004 0.045 0.269 0.661 141 P 0.001 0.001 0.016 0.947 0.024 0.012 142 K 0.002 0.001 0.010 0.966 0.017 0.005 143 V 0.004 0.001 0.007 0.981 0.007 0.001 144 V 0.008 0.001 0.002 0.983 0.004 0.002 145 Q 0.012 0.001 0.002 0.978 0.004 0.003 146 A 0.013 0.001 0.002 0.975 0.004 0.005 147 S 0.016 0.001 0.003 0.938 0.015 0.028 148 M 0.013 0.003 0.012 0.897 0.038 0.037 149 G 0.062 0.009 0.083 0.587 0.158 0.101 150 A 0.076 0.007 0.218 0.458 0.127 0.112 151 L 0.062 0.010 0.366 0.387 0.121 0.054 152 A 0.091 0.004 0.305 0.347 0.167 0.085 153 R 0.142 0.015 0.078 0.306 0.166 0.293 154 V 0.102 0.025 0.010 0.059 0.181 0.623 155 Q 0.103 0.006 0.006 0.011 0.171 0.702 156 P 0.194 0.011 0.056 0.028 0.212 0.499 157 T 0.309 0.021 0.086 0.020 0.218 0.346 158 P 0.272 0.027 0.104 0.032 0.236 0.329 159 L 0.128 0.020 0.099 0.057 0.232 0.463 160 K 0.051 0.015 0.042 0.053 0.307 0.533 161 N 0.015 0.008 0.043 0.180 0.234 0.520 162 T 0.001 0.001 0.017 0.961 0.013 0.008 163 V 0.001 0.001 0.012 0.976 0.008 0.003 164 D 0.001 0.001 0.009 0.982 0.006 0.002 165 T 0.001 0.001 0.005 0.985 0.003 0.005 166 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 168 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 169 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 170 R 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 171 R 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.002 172 Q 0.001 0.001 0.009 0.933 0.012 0.046 173 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.983 174 I 0.020 0.001 0.001 0.001 0.035 0.944 175 P 0.677 0.002 0.001 0.001 0.031 0.290 176 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 177 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 178 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 179 A 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 180 F 0.703 0.003 0.001 0.001 0.052 0.241 181 L 0.336 0.012 0.004 0.002 0.220 0.427 182 D 0.116 0.013 0.015 0.004 0.495 0.358 183 G 0.074 0.011 0.055 0.020 0.600 0.240 184 Q 0.146 0.029 0.077 0.031 0.418 0.299 185 S 0.223 0.041 0.094 0.044 0.327 0.271 186 L 0.179 0.035 0.057 0.061 0.300 0.368 187 Y 0.145 0.042 0.035 0.057 0.321 0.400 188 E 0.122 0.056 0.034 0.078 0.347 0.363 189 A 0.075 0.025 0.040 0.051 0.468 0.341 190 P 0.054 0.026 0.081 0.065 0.493 0.281 191 L 0.050 0.041 0.144 0.056 0.517 0.191 192 P 0.044 0.031 0.143 0.063 0.502 0.217 193 N 0.028 0.023 0.109 0.045 0.564 0.231 194 F 0.023 0.020 0.054 0.029 0.553 0.321 195 T 0.032 0.019 0.032 0.017 0.392 0.508 196 E 0.039 0.011 0.011 0.004 0.446 0.490 197 P 0.058 0.003 0.008 0.002 0.377 0.553 198 A 0.620 0.010 0.004 0.002 0.120 0.245 199 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 200 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 201 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 202 L 0.920 0.003 0.001 0.002 0.017 0.059 203 G 0.349 0.006 0.002 0.002 0.161 0.479 204 S 0.082 0.019 0.012 0.003 0.411 0.473 205 E 0.043 0.045 0.038 0.006 0.584 0.284 206 G 0.042 0.025 0.086 0.009 0.678 0.160 207 R 0.033 0.022 0.082 0.026 0.717 0.120 208 G 0.025 0.031 0.047 0.019 0.588 0.291 209 I 0.019 0.055 0.008 0.040 0.344 0.534 210 S 0.010 0.017 0.003 0.144 0.198 0.628 211 P 0.001 0.001 0.012 0.974 0.011 0.003 212 E 0.001 0.001 0.020 0.967 0.011 0.002 213 V 0.001 0.001 0.045 0.930 0.019 0.003 214 A 0.006 0.003 0.026 0.916 0.030 0.019 215 A 0.008 0.002 0.033 0.851 0.068 0.038 216 E 0.018 0.004 0.050 0.708 0.131 0.091 217 I 0.045 0.012 0.049 0.409 0.249 0.237 218 T 0.087 0.006 0.044 0.100 0.410 0.353 219 D 0.234 0.003 0.032 0.050 0.233 0.448 220 R 0.722 0.008 0.009 0.021 0.064 0.177 221 L 0.876 0.008 0.003 0.006 0.026 0.081 222 T 0.859 0.013 0.002 0.004 0.016 0.105 223 I 0.610 0.014 0.002 0.003 0.050 0.322 224 P 0.271 0.017 0.004 0.002 0.226 0.480 225 A 0.044 0.010 0.037 0.004 0.672 0.234 226 S 0.013 0.010 0.055 0.008 0.811 0.103 227 G 0.013 0.012 0.052 0.008 0.841 0.074 228 L 0.030 0.017 0.050 0.021 0.626 0.256 229 S 0.038 0.036 0.035 0.031 0.386 0.474 230 V 0.034 0.029 0.018 0.026 0.361 0.533 231 K 0.050 0.024 0.012 0.036 0.290 0.588 232 G 0.048 0.022 0.013 0.060 0.271 0.585 233 H 0.071 0.030 0.012 0.109 0.222 0.556 234 T 0.072 0.019 0.025 0.453 0.129 0.302 235 E 0.082 0.006 0.034 0.605 0.112 0.162 236 S 0.101 0.007 0.048 0.688 0.064 0.093 237 L 0.083 0.011 0.034 0.785 0.030 0.056 238 N 0.024 0.003 0.019 0.907 0.010 0.037 239 V 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.003 240 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 241 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 243 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 244 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 245 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 246 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 247 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 248 S 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 249 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 250 W 0.001 0.001 0.008 0.978 0.003 0.011 251 R 0.002 0.003 0.015 0.782 0.019 0.179 252 R 0.004 0.007 0.010 0.544 0.038 0.396 253 R 0.003 0.003 0.001 0.023 0.028 0.943 254 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.986