# TARGET T0378 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0378.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1385 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.110 0.033 0.021 0.034 0.098 0.112 0.502 2 L 0.090 0.130 0.030 0.035 0.025 0.108 0.144 0.437 3 S 0.106 0.349 0.005 0.004 0.008 0.039 0.080 0.410 4 A 0.091 0.539 0.004 0.002 0.003 0.036 0.042 0.282 5 N 0.016 0.614 0.015 0.012 0.010 0.057 0.039 0.237 6 Q 0.013 0.912 0.004 0.001 0.003 0.008 0.013 0.047 7 I 0.053 0.872 0.007 0.002 0.002 0.008 0.022 0.033 8 K 0.024 0.477 0.064 0.017 0.010 0.024 0.292 0.093 9 F 0.021 0.778 0.014 0.003 0.003 0.014 0.088 0.079 10 L 0.099 0.715 0.031 0.003 0.004 0.016 0.055 0.078 11 R 0.054 0.601 0.033 0.012 0.008 0.033 0.044 0.216 12 S 0.049 0.585 0.007 0.002 0.002 0.023 0.038 0.294 13 L 0.078 0.641 0.012 0.004 0.003 0.034 0.048 0.181 14 R 0.053 0.723 0.007 0.005 0.004 0.024 0.039 0.145 15 E 0.058 0.657 0.004 0.002 0.002 0.021 0.033 0.223 16 R 0.034 0.744 0.012 0.005 0.005 0.024 0.048 0.128 17 K 0.044 0.656 0.015 0.011 0.009 0.028 0.053 0.183 18 Y 0.092 0.413 0.024 0.011 0.010 0.048 0.094 0.307 19 R 0.084 0.163 0.043 0.025 0.020 0.078 0.171 0.416 20 L 0.269 0.082 0.013 0.009 0.010 0.055 0.116 0.446 21 R 0.139 0.055 0.008 0.007 0.008 0.065 0.085 0.634 22 E 0.026 0.025 0.011 0.008 0.019 0.118 0.031 0.763 23 Q 0.022 0.022 0.017 0.024 0.066 0.101 0.086 0.663 24 A 0.010 0.011 0.047 0.092 0.141 0.127 0.076 0.496 25 F 0.011 0.010 0.123 0.175 0.322 0.059 0.056 0.245 26 A 0.011 0.017 0.100 0.162 0.230 0.066 0.051 0.362 27 V 0.004 0.016 0.204 0.218 0.229 0.051 0.027 0.252 28 E 0.014 0.132 0.127 0.151 0.195 0.060 0.046 0.275 29 G 0.042 0.808 0.012 0.020 0.021 0.013 0.026 0.058 30 P 0.035 0.746 0.037 0.011 0.012 0.020 0.057 0.082 31 K 0.026 0.756 0.024 0.020 0.011 0.013 0.091 0.060 32 L 0.090 0.733 0.035 0.004 0.006 0.010 0.082 0.039 33 V 0.252 0.598 0.015 0.004 0.005 0.014 0.061 0.050 34 G 0.221 0.209 0.025 0.010 0.008 0.029 0.115 0.382 35 E 0.023 0.096 0.009 0.007 0.007 0.046 0.078 0.734 36 M 0.066 0.057 0.045 0.012 0.012 0.101 0.146 0.561 37 L 0.465 0.031 0.015 0.016 0.010 0.073 0.085 0.305 38 P 0.181 0.013 0.004 0.002 0.004 0.039 0.027 0.730 39 F 0.034 0.010 0.008 0.002 0.007 0.091 0.020 0.827 40 Y 0.028 0.012 0.045 0.013 0.020 0.158 0.045 0.679 41 R 0.052 0.027 0.051 0.017 0.021 0.108 0.040 0.682 42 C 0.027 0.025 0.185 0.021 0.041 0.126 0.071 0.503 43 R 0.011 0.018 0.224 0.058 0.115 0.079 0.112 0.383 44 M 0.004 0.006 0.325 0.113 0.168 0.033 0.218 0.134 45 L 0.006 0.024 0.318 0.117 0.177 0.054 0.085 0.219 46 V 0.006 0.041 0.328 0.211 0.245 0.034 0.024 0.110 47 G 0.011 0.159 0.241 0.112 0.147 0.043 0.048 0.238 48 T 0.069 0.758 0.030 0.019 0.023 0.014 0.044 0.042 49 A 0.099 0.654 0.037 0.015 0.011 0.027 0.043 0.113 50 A 0.070 0.574 0.045 0.012 0.010 0.041 0.061 0.189 51 M 0.269 0.363 0.025 0.007 0.007 0.031 0.119 0.180 52 L 0.352 0.094 0.013 0.005 0.006 0.047 0.197 0.285 53 R 0.050 0.024 0.008 0.006 0.007 0.052 0.232 0.621 54 A 0.035 0.018 0.005 0.005 0.006 0.078 0.060 0.794 55 V 0.048 0.012 0.008 0.011 0.015 0.132 0.044 0.730 56 S 0.040 0.004 0.008 0.009 0.009 0.092 0.038 0.800 57 T 0.344 0.010 0.009 0.010 0.016 0.080 0.045 0.488 58 P 0.101 0.003 0.013 0.006 0.010 0.129 0.034 0.704 59 H 0.027 0.002 0.027 0.010 0.019 0.158 0.014 0.742 60 D 0.029 0.003 0.024 0.007 0.023 0.090 0.026 0.799 61 A 0.016 0.003 0.092 0.044 0.055 0.118 0.065 0.608 62 E 0.030 0.003 0.288 0.102 0.192 0.064 0.050 0.271 63 V 0.010 0.001 0.123 0.105 0.163 0.042 0.035 0.521 64 V 0.002 0.001 0.286 0.182 0.209 0.054 0.014 0.253 65 E 0.002 0.002 0.129 0.105 0.188 0.060 0.025 0.489 66 L 0.024 0.013 0.064 0.114 0.058 0.076 0.048 0.603 67 P 0.388 0.159 0.039 0.028 0.019 0.041 0.150 0.175 68 E 0.113 0.449 0.011 0.009 0.012 0.046 0.041 0.319 69 S 0.053 0.340 0.019 0.007 0.012 0.052 0.020 0.498 70 F 0.057 0.536 0.022 0.027 0.018 0.056 0.050 0.234 71 D 0.106 0.625 0.009 0.007 0.012 0.034 0.055 0.152 72 F 0.195 0.153 0.019 0.009 0.012 0.046 0.372 0.193 73 K 0.022 0.056 0.018 0.021 0.022 0.057 0.547 0.256 74 R 0.057 0.059 0.024 0.014 0.037 0.093 0.168 0.549 75 I 0.171 0.018 0.030 0.032 0.052 0.136 0.102 0.459 76 S 0.068 0.005 0.019 0.022 0.038 0.101 0.086 0.661 77 T 0.021 0.003 0.011 0.012 0.030 0.116 0.042 0.765 78 Q 0.010 0.002 0.019 0.019 0.040 0.206 0.025 0.678 79 T 0.015 0.002 0.025 0.023 0.023 0.172 0.039 0.701 80 T 0.106 0.022 0.028 0.018 0.017 0.130 0.071 0.608 81 P 0.153 0.077 0.029 0.014 0.023 0.118 0.053 0.532 82 Q 0.047 0.056 0.058 0.029 0.068 0.137 0.063 0.541 83 P 0.029 0.065 0.160 0.081 0.228 0.075 0.103 0.259 84 L 0.017 0.031 0.106 0.156 0.329 0.059 0.081 0.221 85 M 0.005 0.006 0.171 0.265 0.373 0.026 0.048 0.105 86 A 0.008 0.004 0.103 0.269 0.476 0.025 0.026 0.089 87 V 0.020 0.003 0.097 0.256 0.373 0.042 0.046 0.164 88 F 0.010 0.002 0.062 0.209 0.301 0.065 0.029 0.322 89 D 0.036 0.002 0.025 0.073 0.137 0.084 0.024 0.620 90 L 0.099 0.004 0.015 0.064 0.060 0.108 0.044 0.605 91 P 0.043 0.005 0.009 0.017 0.025 0.101 0.021 0.780 92 A 0.050 0.006 0.006 0.012 0.016 0.101 0.024 0.785 93 E 0.066 0.018 0.007 0.017 0.015 0.110 0.044 0.723 94 P 0.156 0.040 0.008 0.013 0.014 0.079 0.042 0.649 95 E 0.181 0.045 0.012 0.023 0.031 0.098 0.057 0.553 96 P 0.042 0.011 0.023 0.028 0.038 0.103 0.081 0.673 97 V 0.161 0.010 0.024 0.027 0.052 0.108 0.114 0.505 98 V 0.180 0.005 0.023 0.013 0.021 0.106 0.111 0.542 99 E 0.026 0.003 0.037 0.016 0.043 0.178 0.028 0.669 100 G 0.002 0.001 0.075 0.018 0.079 0.136 0.031 0.658 101 L 0.001 0.001 0.316 0.123 0.230 0.099 0.049 0.182 102 T 0.001 0.001 0.670 0.095 0.137 0.009 0.061 0.028 103 L 0.001 0.001 0.618 0.172 0.102 0.009 0.051 0.046 104 L 0.002 0.001 0.858 0.051 0.043 0.007 0.020 0.019 105 L 0.013 0.002 0.555 0.082 0.094 0.048 0.065 0.142 106 D 0.022 0.003 0.334 0.039 0.082 0.123 0.068 0.330 107 G 0.047 0.007 0.142 0.021 0.055 0.170 0.139 0.419 108 V 0.027 0.009 0.089 0.023 0.035 0.211 0.070 0.536 109 Q 0.039 0.011 0.074 0.016 0.020 0.138 0.068 0.633 110 D 0.209 0.105 0.023 0.010 0.013 0.101 0.279 0.260 111 P 0.088 0.221 0.019 0.004 0.008 0.153 0.049 0.459 112 G 0.023 0.075 0.020 0.004 0.006 0.111 0.312 0.450 113 N 0.020 0.721 0.005 0.002 0.002 0.016 0.198 0.035 114 V 0.014 0.935 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 0.019 115 G 0.012 0.906 0.005 0.003 0.006 0.007 0.034 0.027 116 T 0.014 0.274 0.017 0.006 0.017 0.018 0.620 0.033 117 I 0.004 0.469 0.010 0.002 0.004 0.015 0.479 0.018 118 L 0.006 0.915 0.017 0.003 0.004 0.005 0.036 0.014 119 R 0.022 0.767 0.060 0.013 0.015 0.015 0.063 0.044 120 T 0.040 0.692 0.047 0.005 0.009 0.023 0.136 0.050 121 A 0.193 0.186 0.174 0.007 0.006 0.028 0.291 0.116 122 D 0.638 0.097 0.008 0.006 0.003 0.028 0.043 0.177 123 W 0.038 0.015 0.009 0.001 0.002 0.057 0.033 0.845 124 F 0.004 0.009 0.093 0.008 0.016 0.266 0.060 0.544 125 G 0.121 0.019 0.084 0.013 0.022 0.113 0.162 0.466 126 I 0.069 0.010 0.047 0.014 0.008 0.161 0.083 0.609 127 R 0.004 0.004 0.382 0.016 0.058 0.112 0.078 0.345 128 H 0.006 0.002 0.524 0.027 0.078 0.052 0.132 0.179 129 V 0.002 0.001 0.709 0.050 0.037 0.024 0.065 0.112 130 W 0.003 0.001 0.777 0.049 0.052 0.022 0.025 0.069 131 L 0.013 0.002 0.400 0.073 0.117 0.099 0.068 0.228 132 G 0.037 0.003 0.198 0.036 0.051 0.154 0.067 0.453 133 T 0.129 0.008 0.043 0.015 0.026 0.160 0.055 0.564 134 G 0.072 0.008 0.020 0.008 0.017 0.161 0.058 0.656 135 S 0.079 0.015 0.018 0.012 0.021 0.128 0.043 0.684 136 A 0.061 0.012 0.017 0.019 0.029 0.109 0.113 0.640 137 D 0.082 0.047 0.016 0.022 0.026 0.127 0.127 0.552 138 V 0.017 0.040 0.018 0.020 0.028 0.159 0.040 0.677 139 F 0.017 0.114 0.012 0.009 0.010 0.078 0.032 0.728 140 S 0.087 0.845 0.001 0.002 0.002 0.007 0.030 0.025 141 P 0.022 0.885 0.004 0.002 0.003 0.013 0.018 0.052 142 K 0.017 0.865 0.008 0.007 0.013 0.013 0.031 0.048 143 V 0.026 0.511 0.026 0.008 0.014 0.022 0.340 0.054 144 V 0.017 0.686 0.019 0.014 0.016 0.018 0.182 0.049 145 Q 0.042 0.562 0.071 0.024 0.036 0.029 0.096 0.139 146 A 0.121 0.456 0.029 0.016 0.019 0.059 0.052 0.248 147 S 0.154 0.345 0.045 0.018 0.020 0.048 0.114 0.256 148 M 0.041 0.218 0.027 0.017 0.028 0.086 0.070 0.513 149 G 0.053 0.078 0.084 0.029 0.041 0.089 0.151 0.476 150 A 0.331 0.042 0.034 0.063 0.049 0.074 0.132 0.274 151 L 0.158 0.006 0.030 0.021 0.033 0.059 0.087 0.607 152 A 0.016 0.002 0.028 0.034 0.078 0.111 0.024 0.707 153 R 0.004 0.001 0.025 0.016 0.049 0.071 0.018 0.816 154 V 0.016 0.001 0.044 0.108 0.072 0.136 0.027 0.596 155 Q 0.031 0.003 0.058 0.054 0.093 0.124 0.050 0.586 156 P 0.028 0.003 0.031 0.032 0.050 0.093 0.029 0.734 157 T 0.036 0.008 0.089 0.078 0.067 0.098 0.057 0.566 158 P 0.052 0.058 0.046 0.027 0.032 0.098 0.072 0.615 159 L 0.061 0.202 0.037 0.018 0.022 0.094 0.053 0.513 160 K 0.056 0.160 0.034 0.013 0.013 0.087 0.104 0.532 161 N 0.021 0.159 0.006 0.003 0.002 0.021 0.714 0.074 162 T 0.017 0.878 0.001 0.001 0.001 0.004 0.089 0.011 163 V 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.014 164 D 0.005 0.937 0.002 0.002 0.002 0.004 0.018 0.028 165 T 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 166 L 0.016 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 167 A 0.011 0.934 0.011 0.004 0.002 0.003 0.014 0.021 168 Y 0.056 0.733 0.032 0.003 0.004 0.016 0.056 0.100 169 F 0.126 0.011 0.479 0.007 0.002 0.013 0.322 0.041 170 R 0.948 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 0.037 171 R 0.087 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.898 172 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.189 0.002 0.795 173 G 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.050 0.006 0.928 174 I 0.009 0.004 0.053 0.067 0.015 0.130 0.032 0.690 175 P 0.004 0.004 0.762 0.031 0.053 0.027 0.039 0.079 176 V 0.014 0.011 0.378 0.111 0.133 0.027 0.109 0.217 177 Y 0.003 0.003 0.839 0.055 0.036 0.007 0.015 0.042 178 G 0.011 0.010 0.586 0.090 0.107 0.026 0.048 0.122 179 A 0.015 0.017 0.332 0.088 0.122 0.071 0.063 0.291 180 F 0.087 0.031 0.221 0.072 0.095 0.096 0.084 0.313 181 L 0.073 0.018 0.052 0.032 0.044 0.126 0.088 0.568 182 D 0.108 0.041 0.026 0.022 0.035 0.106 0.091 0.570 183 G 0.119 0.046 0.012 0.014 0.023 0.104 0.046 0.636 184 Q 0.051 0.035 0.021 0.026 0.041 0.116 0.050 0.660 185 S 0.084 0.043 0.019 0.027 0.042 0.101 0.045 0.639 186 L 0.062 0.019 0.031 0.049 0.050 0.134 0.082 0.573 187 Y 0.041 0.016 0.027 0.033 0.040 0.110 0.063 0.671 188 E 0.270 0.021 0.013 0.017 0.023 0.078 0.055 0.524 189 A 0.070 0.006 0.014 0.024 0.026 0.100 0.070 0.689 190 P 0.071 0.005 0.009 0.013 0.027 0.094 0.034 0.747 191 L 0.084 0.002 0.010 0.021 0.032 0.102 0.061 0.689 192 P 0.027 0.001 0.009 0.018 0.025 0.102 0.025 0.793 193 N 0.041 0.001 0.016 0.010 0.027 0.118 0.032 0.756 194 F 0.014 0.001 0.020 0.009 0.013 0.162 0.019 0.761 195 T 0.034 0.003 0.052 0.017 0.024 0.137 0.064 0.669 196 E 0.009 0.003 0.117 0.025 0.040 0.263 0.079 0.465 197 P 0.001 0.001 0.614 0.033 0.092 0.041 0.082 0.136 198 A 0.001 0.001 0.698 0.073 0.089 0.011 0.089 0.040 199 I 0.001 0.001 0.849 0.040 0.041 0.008 0.030 0.031 200 L 0.001 0.001 0.835 0.060 0.060 0.008 0.018 0.017 201 V 0.005 0.002 0.692 0.062 0.106 0.034 0.054 0.045 202 L 0.014 0.005 0.524 0.030 0.072 0.120 0.071 0.165 203 G 0.132 0.011 0.188 0.036 0.072 0.178 0.106 0.277 204 S 0.057 0.007 0.097 0.023 0.045 0.181 0.198 0.392 205 E 0.118 0.007 0.034 0.012 0.033 0.169 0.038 0.590 206 G 0.108 0.004 0.025 0.020 0.042 0.121 0.154 0.525 207 R 0.015 0.007 0.013 0.010 0.016 0.179 0.029 0.732 208 G 0.005 0.014 0.015 0.014 0.028 0.158 0.018 0.748 209 I 0.017 0.108 0.007 0.012 0.007 0.080 0.017 0.753 210 S 0.074 0.906 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.006 211 P 0.028 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 212 E 0.032 0.890 0.010 0.002 0.001 0.005 0.026 0.033 213 V 0.216 0.586 0.008 0.001 0.002 0.011 0.132 0.045 214 A 0.076 0.035 0.010 0.002 0.002 0.021 0.787 0.067 215 A 0.018 0.089 0.010 0.004 0.006 0.059 0.306 0.507 216 E 0.026 0.040 0.015 0.003 0.005 0.076 0.047 0.788 217 I 0.221 0.038 0.028 0.014 0.015 0.164 0.071 0.449 218 T 0.090 0.009 0.021 0.005 0.010 0.104 0.081 0.682 219 D 0.026 0.004 0.113 0.014 0.045 0.177 0.076 0.545 220 R 0.009 0.001 0.211 0.037 0.071 0.093 0.069 0.510 221 L 0.004 0.001 0.388 0.128 0.111 0.081 0.020 0.269 222 T 0.004 0.001 0.388 0.050 0.097 0.072 0.029 0.360 223 I 0.008 0.001 0.184 0.144 0.131 0.131 0.036 0.366 224 P 0.044 0.002 0.038 0.014 0.018 0.114 0.019 0.752 225 A 0.557 0.015 0.012 0.012 0.010 0.077 0.063 0.253 226 S 0.073 0.033 0.011 0.005 0.010 0.099 0.024 0.745 227 G 0.074 0.038 0.017 0.009 0.025 0.108 0.039 0.689 228 L 0.085 0.040 0.034 0.067 0.061 0.138 0.095 0.480 229 S 0.117 0.034 0.019 0.032 0.041 0.120 0.057 0.579 230 V 0.133 0.028 0.024 0.025 0.042 0.108 0.097 0.543 231 K 0.038 0.025 0.022 0.023 0.054 0.121 0.049 0.668 232 G 0.022 0.032 0.028 0.031 0.061 0.100 0.092 0.633 233 H 0.043 0.136 0.032 0.040 0.053 0.115 0.113 0.467 234 T 0.062 0.262 0.028 0.027 0.032 0.079 0.195 0.315 235 E 0.034 0.628 0.011 0.010 0.014 0.039 0.064 0.201 236 S 0.012 0.749 0.008 0.003 0.005 0.023 0.120 0.081 237 L 0.002 0.930 0.002 0.002 0.001 0.003 0.048 0.012 238 N 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 239 V 0.001 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.002 240 A 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 241 I 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 242 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 243 T 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 244 A 0.001 0.840 0.002 0.001 0.001 0.002 0.150 0.003 245 I 0.002 0.921 0.011 0.004 0.004 0.003 0.052 0.003 246 L 0.009 0.937 0.014 0.002 0.004 0.005 0.020 0.010 247 C 0.019 0.785 0.062 0.009 0.010 0.016 0.058 0.041 248 S 0.053 0.562 0.061 0.024 0.022 0.030 0.119 0.129 249 E 0.204 0.242 0.039 0.021 0.022 0.071 0.105 0.296 250 W 0.164 0.047 0.035 0.042 0.041 0.104 0.148 0.417 251 R 0.036 0.007 0.014 0.017 0.024 0.084 0.088 0.730 252 R 0.048 0.004 0.005 0.009 0.014 0.084 0.030 0.806 253 R 0.068 0.005 0.005 0.010 0.013 0.094 0.026 0.780 254 S 0.043 0.005 0.005 0.007 0.013 0.111 0.022 0.794