# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0377/T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.030 0.132 0.286 0.001 0.167 0.009 0.003 0.011 0.002 0.019 0.036 0.229 0.001 0.003 0.017 2 A 0.006 0.617 0.152 0.200 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.004 3 M 0.002 0.002 0.065 0.926 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 L 0.001 0.007 0.527 0.463 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 Y 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.001 0.003 0.001 0.970 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 Y 0.001 0.021 0.002 0.966 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 D 0.001 0.010 0.002 0.230 0.008 0.738 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.006 0.192 0.008 0.185 0.071 0.094 0.002 0.008 0.001 0.001 0.428 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 12 T 0.001 0.144 0.007 0.054 0.012 0.326 0.001 0.060 0.004 0.003 0.032 0.351 0.002 0.001 0.003 0.001 13 D 0.002 0.024 0.013 0.013 0.011 0.119 0.009 0.018 0.015 0.023 0.611 0.057 0.063 0.005 0.006 0.010 14 D 0.013 0.046 0.007 0.008 0.001 0.019 0.002 0.014 0.007 0.002 0.228 0.520 0.096 0.001 0.029 0.006 15 N 0.014 0.007 0.024 0.004 0.001 0.010 0.003 0.001 0.006 0.005 0.071 0.329 0.468 0.002 0.006 0.051 16 L 0.015 0.002 0.018 0.002 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.058 0.101 0.763 0.003 0.001 0.007 17 R 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.051 0.900 0.001 0.002 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.051 0.931 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.975 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.002 0.002 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.910 0.002 0.008 27 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 0.908 0.002 28 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.003 0.002 0.156 0.004 0.001 0.817 29 L 0.516 0.004 0.006 0.002 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.043 0.391 0.001 0.002 0.002 30 D 0.003 0.156 0.132 0.013 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.025 0.087 0.528 0.002 0.007 0.015 31 R 0.012 0.021 0.068 0.243 0.001 0.016 0.005 0.001 0.002 0.001 0.034 0.032 0.536 0.001 0.005 0.023 32 I 0.007 0.027 0.431 0.186 0.002 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.278 0.001 0.001 0.008 33 Q 0.003 0.051 0.086 0.497 0.005 0.090 0.013 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.233 0.001 0.001 0.005 34 Y 0.002 0.132 0.056 0.721 0.001 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.052 0.001 0.002 0.005 35 S 0.007 0.018 0.053 0.798 0.003 0.061 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.036 0.001 0.001 0.007 36 V 0.015 0.064 0.177 0.659 0.004 0.030 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.004 0.022 0.001 0.002 0.003 37 F 0.003 0.020 0.048 0.783 0.033 0.044 0.003 0.004 0.001 0.001 0.028 0.005 0.017 0.009 0.001 0.003 38 M 0.005 0.053 0.076 0.776 0.018 0.013 0.004 0.014 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 0.002 0.009 0.004 39 G 0.007 0.020 0.048 0.784 0.011 0.040 0.005 0.008 0.010 0.018 0.005 0.004 0.014 0.001 0.002 0.023 40 D 0.062 0.083 0.050 0.413 0.037 0.287 0.007 0.005 0.005 0.005 0.015 0.007 0.011 0.001 0.001 0.010 41 L 0.011 0.190 0.079 0.581 0.007 0.034 0.002 0.024 0.002 0.003 0.046 0.011 0.006 0.001 0.002 0.003 42 N 0.001 0.009 0.003 0.011 0.001 0.920 0.001 0.003 0.001 0.006 0.005 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 43 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 44 S 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.961 0.012 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.926 0.001 0.001 0.010 46 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.963 0.001 0.001 0.001 47 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.942 0.001 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.003 49 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 50 E 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.901 0.057 0.001 0.005 51 A 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.890 0.001 0.080 0.002 52 G 0.001 0.011 0.015 0.009 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 0.523 0.008 0.004 0.412 53 L 0.104 0.005 0.063 0.033 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.731 0.002 0.011 0.012 54 K 0.006 0.035 0.274 0.064 0.005 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 0.010 0.011 0.509 0.010 0.004 0.031 55 I 0.005 0.006 0.011 0.034 0.290 0.080 0.134 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 0.150 0.250 0.004 0.007 56 I 0.002 0.062 0.033 0.027 0.018 0.016 0.022 0.332 0.002 0.001 0.054 0.016 0.117 0.018 0.271 0.009 57 G 0.006 0.025 0.018 0.042 0.003 0.019 0.011 0.052 0.154 0.182 0.026 0.055 0.157 0.008 0.031 0.210 58 N 0.367 0.017 0.035 0.023 0.002 0.068 0.011 0.011 0.011 0.018 0.061 0.077 0.251 0.004 0.014 0.028 59 R 0.035 0.048 0.122 0.031 0.001 0.085 0.005 0.011 0.004 0.003 0.175 0.125 0.313 0.006 0.016 0.021 60 K 0.017 0.039 0.064 0.082 0.002 0.053 0.008 0.002 0.005 0.002 0.073 0.274 0.352 0.005 0.009 0.014 61 K 0.021 0.037 0.089 0.096 0.003 0.041 0.019 0.003 0.004 0.001 0.040 0.073 0.515 0.012 0.007 0.040 62 L 0.015 0.066 0.259 0.127 0.004 0.028 0.042 0.004 0.003 0.001 0.017 0.038 0.301 0.016 0.014 0.066 63 Q 0.014 0.047 0.344 0.138 0.011 0.047 0.071 0.006 0.002 0.002 0.012 0.015 0.212 0.011 0.015 0.052 64 E 0.031 0.063 0.210 0.147 0.015 0.133 0.033 0.040 0.005 0.007 0.055 0.015 0.173 0.012 0.019 0.042 65 D 0.024 0.060 0.048 0.050 0.014 0.283 0.015 0.034 0.010 0.012 0.212 0.054 0.142 0.009 0.012 0.020 66 E 0.024 0.162 0.043 0.028 0.010 0.039 0.021 0.022 0.011 0.004 0.354 0.102 0.111 0.022 0.021 0.026 67 R 0.046 0.142 0.174 0.075 0.003 0.045 0.042 0.018 0.024 0.003 0.026 0.129 0.088 0.019 0.104 0.061 68 F 0.056 0.124 0.473 0.104 0.001 0.014 0.009 0.005 0.019 0.002 0.004 0.008 0.037 0.001 0.026 0.118 69 F 0.106 0.055 0.473 0.295 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.049 70 I 0.035 0.003 0.535 0.418 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.001 0.008 0.129 0.858 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.004 0.016 0.966 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 P 0.001 0.011 0.004 0.742 0.015 0.221 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.001 0.214 0.004 0.625 0.009 0.098 0.001 0.007 0.001 0.002 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 76 T 0.001 0.035 0.002 0.040 0.009 0.833 0.001 0.006 0.003 0.003 0.018 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 77 E 0.001 0.021 0.007 0.009 0.003 0.028 0.001 0.008 0.002 0.001 0.887 0.017 0.014 0.001 0.001 0.001 78 N 0.003 0.070 0.012 0.025 0.001 0.010 0.002 0.009 0.005 0.001 0.030 0.782 0.036 0.001 0.011 0.003 79 Q 0.016 0.011 0.056 0.024 0.006 0.030 0.028 0.004 0.011 0.004 0.040 0.038 0.605 0.017 0.010 0.099 80 F 0.018 0.035 0.153 0.041 0.002 0.044 0.025 0.009 0.002 0.001 0.067 0.049 0.517 0.005 0.017 0.016 81 R 0.012 0.214 0.128 0.169 0.001 0.029 0.007 0.005 0.010 0.002 0.009 0.055 0.311 0.001 0.010 0.039 82 E 0.037 0.049 0.171 0.520 0.001 0.019 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.008 0.140 0.001 0.003 0.035 83 R 0.008 0.010 0.539 0.393 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 0.004 84 I 0.002 0.006 0.154 0.790 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 85 V 0.002 0.008 0.015 0.482 0.394 0.044 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 86 I 0.001 0.055 0.016 0.642 0.025 0.026 0.002 0.190 0.001 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001 0.022 0.002 87 G 0.004 0.048 0.021 0.324 0.028 0.166 0.005 0.012 0.137 0.172 0.012 0.007 0.013 0.001 0.001 0.051 88 Y 0.240 0.045 0.029 0.119 0.272 0.054 0.073 0.013 0.005 0.009 0.089 0.018 0.008 0.022 0.001 0.004 89 S 0.006 0.162 0.069 0.100 0.005 0.132 0.003 0.321 0.005 0.004 0.033 0.063 0.010 0.001 0.083 0.003 90 G 0.009 0.079 0.051 0.173 0.009 0.061 0.008 0.009 0.174 0.135 0.106 0.039 0.034 0.003 0.004 0.106 91 S 0.358 0.087 0.057 0.140 0.004 0.082 0.007 0.008 0.007 0.003 0.051 0.136 0.047 0.001 0.006 0.005 92 E 0.023 0.097 0.359 0.142 0.005 0.086 0.010 0.008 0.011 0.005 0.074 0.065 0.075 0.004 0.005 0.030 93 R 0.036 0.106 0.168 0.343 0.010 0.084 0.013 0.007 0.007 0.002 0.039 0.078 0.084 0.003 0.007 0.013 94 E 0.016 0.064 0.184 0.193 0.040 0.185 0.042 0.009 0.004 0.004 0.048 0.042 0.139 0.009 0.005 0.017 95 E 0.015 0.098 0.103 0.210 0.026 0.143 0.025 0.045 0.006 0.004 0.110 0.047 0.120 0.011 0.018 0.019 96 K 0.019 0.216 0.103 0.244 0.008 0.065 0.023 0.023 0.037 0.011 0.036 0.058 0.079 0.012 0.025 0.041 97 S 0.079 0.137 0.231 0.297 0.002 0.030 0.012 0.011 0.026 0.005 0.014 0.024 0.061 0.002 0.023 0.048 98 N 0.047 0.029 0.525 0.319 0.001 0.009 0.002 0.002 0.006 0.001 0.008 0.004 0.016 0.001 0.002 0.029 99 V 0.036 0.010 0.360 0.546 0.008 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 100 V 0.004 0.020 0.084 0.690 0.105 0.069 0.007 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 101 W 0.002 0.051 0.013 0.615 0.080 0.145 0.004 0.050 0.003 0.003 0.017 0.004 0.008 0.002 0.002 0.002