# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.105 0.125 0.591 2 A 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.084 0.111 0.548 3 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.003 0.005 0.004 0.005 0.004 0.577 0.102 0.051 0.231 4 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.003 0.770 0.083 0.022 0.107 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.006 0.866 0.076 0.007 0.031 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.040 0.005 0.021 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.074 0.008 0.031 8 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.819 0.068 0.024 0.058 9 Y 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.668 0.069 0.068 0.177 10 D 0.086 0.031 0.010 0.002 0.026 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.125 0.122 0.348 11 I 0.042 0.029 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.125 0.169 0.497 12 T 0.108 0.188 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.109 0.104 0.463 13 D 0.075 0.469 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.076 0.053 0.318 14 D 0.048 0.360 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.370 0.033 0.183 15 N 0.009 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.162 0.018 0.086 16 L 0.006 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 0.051 17 R 0.005 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.036 18 N 0.003 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.029 19 R 0.001 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.021 20 V 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 21 A 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.019 22 E 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.035 23 F 0.014 0.839 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.010 0.082 24 L 0.032 0.162 0.340 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.402 0.007 0.055 25 K 0.599 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.024 0.334 26 K 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.940 27 K 0.011 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.087 0.834 28 G 0.078 0.163 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.083 0.116 0.536 29 L 0.048 0.193 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.072 0.632 30 D 0.049 0.309 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.073 0.070 0.380 31 R 0.021 0.139 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.123 0.120 0.100 0.480 32 I 0.034 0.157 0.030 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.003 0.223 0.154 0.063 0.310 33 Q 0.019 0.087 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.406 0.032 0.054 0.386 34 Y 0.025 0.126 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.338 0.064 0.051 0.388 35 S 0.019 0.115 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.394 0.101 0.062 0.299 36 V 0.026 0.074 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.103 0.072 0.346 37 F 0.021 0.058 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.489 0.113 0.049 0.246 38 M 0.031 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.278 0.151 0.078 0.432 39 G 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.476 0.090 0.071 0.319 40 D 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.070 0.162 0.562 41 L 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.026 0.139 0.696 42 N 0.061 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.007 0.069 43 S 0.073 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.005 0.065 44 S 0.005 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.011 0.167 45 R 0.011 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.058 46 L 0.010 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.033 47 K 0.004 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.038 48 D 0.028 0.438 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.023 0.070 49 V 0.146 0.608 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 0.026 0.095 50 E 0.134 0.355 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.102 0.046 0.305 51 A 0.075 0.139 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.033 0.095 0.632 52 G 0.023 0.225 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.062 0.086 0.520 53 L 0.064 0.194 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.067 0.103 0.502 54 K 0.053 0.111 0.008 0.001 0.005 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.117 0.071 0.308 55 I 0.060 0.139 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.093 0.108 0.474 56 I 0.082 0.191 0.017 0.002 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.060 0.096 0.357 57 G 0.049 0.187 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.033 0.082 0.552 58 N 0.136 0.385 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.063 0.046 0.330 59 R 0.134 0.350 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.093 0.047 0.333 60 K 0.090 0.326 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.069 0.054 0.412 61 K 0.100 0.151 0.013 0.002 0.003 0.006 0.006 0.007 0.007 0.002 0.005 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.046 0.055 0.066 0.519 62 L 0.114 0.071 0.007 0.004 0.009 0.018 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.062 0.088 0.573 63 Q 0.120 0.019 0.007 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.033 0.050 0.090 0.658 64 E 0.114 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.059 0.066 0.725 65 D 0.168 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.046 0.079 0.676 66 E 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.027 0.100 0.766 67 R 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.026 0.141 0.753 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.309 0.045 0.100 0.531 69 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.006 0.012 0.009 0.011 0.016 0.704 0.081 0.017 0.126 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.417 0.028 0.039 0.508 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.018 0.923 0.007 0.001 0.008 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.041 0.076 0.794 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.014 0.013 0.057 74 P 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 0.163 0.752 75 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.027 0.117 0.703 76 T 0.267 0.484 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.077 0.016 0.149 77 E 0.154 0.412 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.033 0.296 78 N 0.032 0.260 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.058 0.055 0.555 79 Q 0.145 0.246 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.158 0.056 0.296 80 F 0.135 0.212 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.106 0.067 0.399 81 R 0.022 0.143 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.088 0.056 0.079 0.562 82 E 0.005 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.008 0.006 0.477 0.062 0.041 0.308 83 R 0.008 0.033 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.003 0.399 0.115 0.051 0.365 84 I 0.010 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.701 0.052 0.026 0.170 85 V 0.028 0.009 0.002 0.002 0.002 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.092 0.047 0.343 86 I 0.006 0.004 0.003 0.002 0.017 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 0.068 0.075 0.411 87 G 0.033 0.007 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.047 0.092 0.596 88 Y 0.056 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.051 0.107 0.679 89 S 0.025 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.035 0.106 0.772 90 G 0.051 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.046 0.099 0.750 91 S 0.041 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.047 0.094 0.707 92 E 0.027 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.047 0.099 0.751 93 R 0.051 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.015 0.008 0.008 0.003 0.075 0.070 0.098 0.640 94 E 0.098 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.006 0.043 0.102 0.091 0.631 95 E 0.114 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.091 0.041 0.100 0.646 96 K 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.107 0.028 0.115 0.735 97 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.392 0.040 0.085 0.475 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.640 0.064 0.037 0.240 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.629 0.053 0.039 0.261 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.721 0.041 0.024 0.201 101 W 0.010 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.381 0.065 0.065 0.451