# TARGET T0377 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.008 0.005 0.039 0.014 0.019 0.161 0.003 0.003 0.049 0.644 2 A 0.014 0.003 0.001 0.074 0.028 0.026 0.187 0.001 0.001 0.029 0.636 3 M 0.003 0.003 0.001 0.267 0.033 0.041 0.120 0.001 0.001 0.044 0.487 4 L 0.001 0.001 0.001 0.581 0.041 0.044 0.053 0.001 0.001 0.084 0.194 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.883 0.026 0.022 0.006 0.001 0.001 0.037 0.024 6 L 0.001 0.001 0.001 0.924 0.016 0.016 0.004 0.001 0.001 0.018 0.021 7 I 0.001 0.001 0.001 0.937 0.018 0.018 0.004 0.001 0.001 0.008 0.015 8 F 0.002 0.001 0.001 0.834 0.022 0.050 0.018 0.001 0.001 0.028 0.046 9 Y 0.003 0.001 0.001 0.558 0.026 0.107 0.082 0.001 0.001 0.050 0.173 10 D 0.039 0.008 0.001 0.185 0.021 0.047 0.187 0.001 0.003 0.049 0.459 11 I 0.058 0.026 0.003 0.032 0.020 0.021 0.220 0.005 0.004 0.070 0.540 12 T 0.081 0.211 0.002 0.004 0.003 0.003 0.103 0.009 0.001 0.051 0.530 13 D 0.106 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.009 0.001 0.029 0.153 14 D 0.055 0.622 0.002 0.001 0.001 0.002 0.026 0.003 0.001 0.143 0.143 15 N 0.011 0.842 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.002 0.001 0.084 0.043 16 L 0.007 0.901 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.050 0.031 17 R 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.007 18 N 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.006 19 R 0.001 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.005 20 V 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 22 E 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.011 23 F 0.012 0.740 0.022 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.171 0.026 24 L 0.038 0.036 0.425 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.328 0.127 0.024 25 K 0.623 0.037 0.006 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.008 0.046 0.236 26 K 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.016 0.878 27 K 0.013 0.013 0.002 0.007 0.001 0.002 0.106 0.001 0.001 0.018 0.838 28 G 0.015 0.061 0.001 0.011 0.004 0.010 0.108 0.005 0.001 0.050 0.734 29 L 0.049 0.235 0.002 0.015 0.011 0.014 0.075 0.004 0.001 0.041 0.554 30 D 0.047 0.450 0.002 0.065 0.012 0.031 0.047 0.004 0.001 0.059 0.283 31 R 0.046 0.104 0.007 0.108 0.031 0.056 0.074 0.003 0.003 0.235 0.334 32 I 0.026 0.241 0.004 0.208 0.071 0.074 0.070 0.006 0.001 0.063 0.238 33 Q 0.045 0.138 0.004 0.164 0.085 0.125 0.064 0.005 0.001 0.106 0.265 34 Y 0.010 0.113 0.003 0.218 0.106 0.149 0.064 0.004 0.001 0.074 0.258 35 S 0.029 0.059 0.007 0.118 0.135 0.199 0.068 0.007 0.003 0.150 0.224 36 V 0.031 0.061 0.014 0.100 0.139 0.150 0.073 0.007 0.004 0.080 0.341 37 F 0.072 0.074 0.005 0.101 0.114 0.181 0.071 0.008 0.003 0.094 0.277 38 M 0.061 0.035 0.004 0.072 0.052 0.092 0.098 0.003 0.002 0.096 0.485 39 G 0.022 0.026 0.002 0.120 0.069 0.125 0.123 0.004 0.001 0.082 0.427 40 D 0.125 0.040 0.004 0.050 0.047 0.070 0.126 0.004 0.002 0.203 0.327 41 L 0.015 0.105 0.004 0.040 0.024 0.029 0.120 0.005 0.002 0.112 0.542 42 N 0.049 0.816 0.001 0.002 0.002 0.004 0.015 0.006 0.001 0.016 0.088 43 S 0.023 0.795 0.003 0.006 0.003 0.003 0.014 0.003 0.001 0.055 0.094 44 S 0.010 0.920 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.016 0.036 45 R 0.008 0.923 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.025 0.032 46 L 0.007 0.943 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.017 0.018 47 K 0.011 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.025 0.022 48 D 0.015 0.371 0.178 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.090 0.244 0.077 49 V 0.251 0.581 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.002 0.058 0.063 50 E 0.054 0.412 0.012 0.008 0.001 0.003 0.040 0.005 0.012 0.082 0.370 51 A 0.022 0.487 0.002 0.007 0.002 0.002 0.090 0.001 0.001 0.027 0.359 52 G 0.011 0.669 0.001 0.013 0.003 0.010 0.040 0.005 0.001 0.046 0.201 53 L 0.059 0.420 0.003 0.014 0.003 0.003 0.042 0.006 0.001 0.243 0.206 54 K 0.010 0.084 0.004 0.062 0.005 0.008 0.022 0.002 0.001 0.754 0.049 55 I 0.028 0.681 0.005 0.017 0.003 0.006 0.027 0.006 0.001 0.052 0.174 56 I 0.105 0.556 0.028 0.039 0.010 0.011 0.024 0.022 0.008 0.040 0.156 57 G 0.045 0.456 0.007 0.022 0.005 0.008 0.049 0.007 0.006 0.038 0.357 58 N 0.134 0.526 0.007 0.007 0.003 0.006 0.041 0.015 0.007 0.032 0.222 59 R 0.197 0.473 0.024 0.008 0.002 0.003 0.034 0.044 0.009 0.036 0.170 60 K 0.172 0.201 0.004 0.008 0.009 0.018 0.070 0.008 0.004 0.041 0.464 61 K 0.044 0.138 0.007 0.018 0.013 0.024 0.105 0.002 0.002 0.036 0.611 62 L 0.037 0.071 0.016 0.017 0.022 0.025 0.111 0.007 0.006 0.050 0.637 63 Q 0.266 0.053 0.010 0.012 0.015 0.017 0.087 0.018 0.007 0.065 0.449 64 E 0.210 0.019 0.003 0.010 0.005 0.013 0.070 0.007 0.002 0.041 0.619 65 D 0.085 0.003 0.005 0.014 0.004 0.014 0.078 0.002 0.002 0.050 0.744 66 E 0.026 0.002 0.002 0.034 0.021 0.032 0.113 0.001 0.001 0.038 0.729 67 R 0.007 0.001 0.001 0.044 0.035 0.037 0.128 0.001 0.001 0.030 0.717 68 F 0.002 0.001 0.001 0.168 0.129 0.099 0.124 0.001 0.001 0.074 0.401 69 F 0.001 0.001 0.001 0.391 0.113 0.178 0.056 0.001 0.001 0.086 0.174 70 I 0.001 0.001 0.001 0.447 0.117 0.147 0.032 0.001 0.001 0.038 0.216 71 L 0.001 0.001 0.001 0.546 0.154 0.180 0.015 0.001 0.001 0.029 0.076 72 I 0.003 0.001 0.001 0.393 0.106 0.159 0.032 0.001 0.001 0.126 0.180 73 V 0.009 0.002 0.001 0.335 0.117 0.151 0.066 0.001 0.001 0.111 0.206 74 P 0.118 0.012 0.003 0.097 0.044 0.066 0.119 0.002 0.003 0.177 0.358 75 I 0.021 0.053 0.003 0.041 0.038 0.042 0.121 0.009 0.002 0.063 0.607 76 T 0.172 0.532 0.002 0.003 0.005 0.008 0.032 0.019 0.001 0.010 0.216 77 E 0.125 0.504 0.008 0.006 0.006 0.008 0.030 0.023 0.003 0.056 0.232 78 N 0.099 0.300 0.012 0.003 0.013 0.021 0.078 0.011 0.008 0.107 0.347 79 Q 0.302 0.193 0.015 0.008 0.016 0.027 0.062 0.020 0.005 0.097 0.256 80 F 0.160 0.139 0.011 0.022 0.025 0.040 0.115 0.016 0.005 0.068 0.398 81 R 0.040 0.055 0.003 0.039 0.040 0.097 0.145 0.003 0.001 0.048 0.529 82 E 0.011 0.026 0.004 0.126 0.080 0.169 0.089 0.003 0.001 0.096 0.395 83 R 0.016 0.008 0.005 0.105 0.082 0.120 0.124 0.004 0.001 0.113 0.421 84 I 0.023 0.004 0.002 0.285 0.110 0.169 0.062 0.004 0.001 0.102 0.238 85 V 0.059 0.003 0.001 0.130 0.047 0.077 0.083 0.001 0.001 0.085 0.511 86 I 0.007 0.001 0.001 0.122 0.052 0.103 0.132 0.003 0.001 0.036 0.542 87 G 0.065 0.004 0.001 0.071 0.022 0.046 0.116 0.003 0.001 0.041 0.631 88 Y 0.089 0.007 0.002 0.045 0.021 0.032 0.134 0.005 0.001 0.057 0.607 89 S 0.060 0.015 0.001 0.013 0.012 0.020 0.116 0.004 0.001 0.031 0.725 90 G 0.103 0.045 0.002 0.011 0.019 0.031 0.114 0.012 0.001 0.039 0.623 91 S 0.108 0.052 0.001 0.008 0.034 0.045 0.110 0.007 0.001 0.041 0.593 92 E 0.053 0.035 0.006 0.009 0.035 0.062 0.107 0.005 0.002 0.037 0.649 93 R 0.083 0.007 0.006 0.009 0.030 0.045 0.088 0.005 0.003 0.042 0.683 94 E 0.266 0.007 0.002 0.010 0.022 0.033 0.097 0.006 0.001 0.074 0.481 95 E 0.059 0.003 0.001 0.016 0.011 0.023 0.120 0.002 0.001 0.042 0.722 96 K 0.005 0.004 0.001 0.037 0.025 0.050 0.131 0.001 0.001 0.029 0.717 97 S 0.002 0.001 0.001 0.055 0.177 0.201 0.105 0.002 0.001 0.078 0.378 98 N 0.002 0.002 0.001 0.215 0.183 0.213 0.053 0.001 0.001 0.075 0.258 99 V 0.001 0.001 0.001 0.268 0.215 0.225 0.035 0.001 0.001 0.050 0.204 100 V 0.003 0.001 0.001 0.287 0.213 0.193 0.041 0.001 0.001 0.049 0.211 101 W 0.024 0.003 0.001 0.288 0.100 0.141 0.067 0.003 0.001 0.079 0.294