# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.044 0.064 0.096 0.078 0.101 0.151 0.112 0.113 0.092 0.069 2 A 0.046 0.096 0.125 0.253 0.187 0.124 0.102 0.033 0.019 0.010 0.005 3 M 0.003 0.005 0.011 0.023 0.030 0.042 0.130 0.186 0.230 0.205 0.134 4 L 0.005 0.015 0.025 0.094 0.142 0.155 0.234 0.151 0.097 0.056 0.026 5 Y 0.001 0.003 0.007 0.023 0.036 0.063 0.178 0.197 0.212 0.168 0.113 6 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.060 0.168 0.279 0.284 0.186 7 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.028 0.134 0.224 0.278 0.194 0.118 8 F 0.001 0.002 0.005 0.009 0.009 0.018 0.076 0.150 0.274 0.264 0.192 9 Y 0.001 0.001 0.002 0.013 0.021 0.045 0.164 0.228 0.273 0.178 0.074 10 D 0.004 0.022 0.018 0.072 0.085 0.104 0.231 0.195 0.153 0.082 0.035 11 I 0.002 0.004 0.004 0.014 0.022 0.035 0.114 0.190 0.248 0.223 0.145 12 T 0.096 0.257 0.062 0.233 0.186 0.089 0.048 0.018 0.007 0.003 0.001 13 D 0.135 0.298 0.065 0.212 0.132 0.080 0.049 0.018 0.007 0.003 0.001 14 D 0.516 0.194 0.056 0.116 0.065 0.029 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 15 N 0.708 0.130 0.052 0.069 0.023 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.006 0.016 0.018 0.041 0.052 0.136 0.282 0.180 0.136 0.094 0.039 17 R 0.002 0.005 0.022 0.031 0.058 0.163 0.340 0.185 0.109 0.056 0.029 18 N 0.024 0.056 0.502 0.245 0.100 0.042 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 19 R 0.003 0.020 0.110 0.229 0.278 0.209 0.109 0.029 0.009 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.029 0.071 0.229 0.334 0.328 21 A 0.001 0.001 0.005 0.019 0.096 0.250 0.432 0.126 0.048 0.018 0.006 22 E 0.005 0.024 0.790 0.146 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.005 0.018 0.056 0.200 0.476 0.160 0.056 0.021 0.006 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.042 0.174 0.333 0.439 25 K 0.001 0.003 0.050 0.165 0.359 0.245 0.136 0.031 0.008 0.002 0.001 26 K 0.020 0.044 0.773 0.118 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.004 0.003 0.024 0.055 0.172 0.482 0.169 0.060 0.023 0.006 28 G 0.268 0.243 0.044 0.132 0.075 0.065 0.080 0.039 0.027 0.015 0.011 29 L 0.001 0.003 0.004 0.012 0.017 0.024 0.068 0.106 0.204 0.247 0.314 30 D 0.059 0.213 0.166 0.285 0.150 0.083 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 31 R 0.013 0.017 0.009 0.047 0.062 0.111 0.307 0.215 0.122 0.066 0.032 32 I 0.018 0.013 0.013 0.048 0.061 0.099 0.187 0.148 0.160 0.139 0.113 33 Q 0.002 0.005 0.014 0.023 0.023 0.032 0.108 0.164 0.238 0.223 0.169 34 Y 0.003 0.016 0.046 0.187 0.191 0.158 0.154 0.107 0.075 0.046 0.018 35 S 0.007 0.014 0.028 0.042 0.055 0.095 0.232 0.201 0.170 0.105 0.051 36 V 0.007 0.009 0.026 0.073 0.076 0.081 0.167 0.192 0.197 0.124 0.047 37 F 0.006 0.015 0.030 0.045 0.059 0.088 0.227 0.184 0.172 0.113 0.062 38 M 0.014 0.048 0.111 0.266 0.207 0.115 0.100 0.066 0.041 0.022 0.010 39 G 0.035 0.032 0.043 0.068 0.091 0.114 0.223 0.167 0.129 0.072 0.028 40 D 0.120 0.194 0.142 0.273 0.146 0.066 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 41 L 0.003 0.004 0.004 0.007 0.012 0.019 0.069 0.117 0.228 0.287 0.250 42 N 0.070 0.567 0.147 0.149 0.043 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 43 S 0.308 0.164 0.083 0.205 0.131 0.060 0.035 0.008 0.004 0.001 0.001 44 S 0.889 0.061 0.025 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.006 0.024 0.057 0.162 0.146 0.231 0.237 0.077 0.040 0.015 0.006 46 L 0.004 0.006 0.037 0.022 0.034 0.079 0.242 0.205 0.178 0.126 0.069 47 K 0.022 0.030 0.644 0.183 0.071 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 48 D 0.017 0.055 0.471 0.248 0.131 0.054 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.027 0.135 0.148 0.228 0.236 0.200 50 E 0.007 0.011 0.090 0.137 0.206 0.217 0.219 0.070 0.030 0.010 0.003 51 A 0.007 0.027 0.718 0.119 0.065 0.033 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 52 G 0.013 0.032 0.117 0.124 0.143 0.173 0.230 0.084 0.048 0.026 0.011 53 L 0.003 0.003 0.010 0.010 0.013 0.027 0.111 0.166 0.248 0.252 0.157 54 K 0.040 0.107 0.225 0.247 0.182 0.104 0.053 0.021 0.011 0.006 0.004 55 I 0.006 0.015 0.056 0.043 0.046 0.066 0.161 0.150 0.191 0.161 0.104 56 I 0.010 0.015 0.022 0.043 0.053 0.075 0.193 0.163 0.184 0.141 0.100 57 G 0.117 0.106 0.079 0.152 0.127 0.111 0.124 0.069 0.060 0.036 0.021 58 N 0.069 0.105 0.102 0.135 0.104 0.107 0.126 0.082 0.082 0.056 0.030 59 R 0.079 0.070 0.079 0.131 0.138 0.128 0.160 0.088 0.069 0.040 0.018 60 K 0.333 0.182 0.110 0.172 0.085 0.049 0.039 0.015 0.009 0.004 0.002 61 K 0.176 0.131 0.132 0.175 0.128 0.097 0.079 0.035 0.027 0.013 0.007 62 L 0.020 0.014 0.014 0.028 0.034 0.064 0.148 0.156 0.189 0.176 0.156 63 Q 0.057 0.127 0.079 0.121 0.126 0.125 0.161 0.093 0.061 0.035 0.016 64 E 0.382 0.210 0.180 0.121 0.056 0.026 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 65 D 0.444 0.154 0.061 0.124 0.083 0.057 0.043 0.015 0.010 0.006 0.003 66 E 0.320 0.115 0.076 0.158 0.099 0.074 0.072 0.037 0.027 0.015 0.009 67 R 0.096 0.134 0.102 0.275 0.192 0.111 0.059 0.018 0.008 0.003 0.002 68 F 0.007 0.018 0.026 0.049 0.071 0.129 0.247 0.204 0.142 0.076 0.031 69 F 0.024 0.063 0.064 0.263 0.244 0.173 0.107 0.034 0.016 0.008 0.005 70 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.043 0.108 0.249 0.317 0.264 71 L 0.003 0.013 0.024 0.158 0.229 0.217 0.199 0.089 0.044 0.016 0.008 72 I 0.002 0.008 0.010 0.022 0.024 0.034 0.110 0.167 0.241 0.228 0.154 73 V 0.004 0.007 0.008 0.049 0.080 0.116 0.227 0.188 0.173 0.099 0.048 74 P 0.127 0.209 0.125 0.203 0.128 0.079 0.077 0.029 0.015 0.006 0.002 75 I 0.005 0.009 0.006 0.021 0.030 0.038 0.096 0.143 0.215 0.247 0.191 76 T 0.039 0.372 0.098 0.220 0.122 0.070 0.048 0.016 0.009 0.004 0.002 77 E 0.294 0.118 0.071 0.213 0.153 0.079 0.048 0.014 0.007 0.002 0.001 78 N 0.763 0.114 0.057 0.043 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.009 0.017 0.019 0.064 0.077 0.187 0.315 0.159 0.098 0.041 0.016 80 F 0.010 0.015 0.043 0.071 0.093 0.145 0.228 0.155 0.121 0.078 0.041 81 R 0.037 0.060 0.621 0.136 0.069 0.040 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 82 E 0.017 0.045 0.248 0.322 0.191 0.101 0.049 0.015 0.007 0.003 0.001 83 R 0.007 0.007 0.017 0.019 0.027 0.055 0.151 0.175 0.216 0.201 0.125 84 I 0.007 0.019 0.061 0.139 0.181 0.216 0.202 0.096 0.050 0.021 0.008 85 V 0.004 0.022 0.185 0.081 0.110 0.122 0.186 0.113 0.092 0.059 0.026 86 I 0.004 0.010 0.016 0.037 0.054 0.076 0.200 0.178 0.174 0.153 0.098 87 G 0.059 0.060 0.039 0.076 0.084 0.087 0.188 0.140 0.133 0.085 0.049 88 Y 0.073 0.079 0.061 0.156 0.149 0.138 0.141 0.082 0.060 0.040 0.022 89 S 0.249 0.225 0.079 0.146 0.103 0.066 0.066 0.030 0.019 0.011 0.005 90 G 0.292 0.135 0.048 0.113 0.101 0.089 0.097 0.052 0.037 0.024 0.011 91 S 0.384 0.215 0.062 0.110 0.068 0.045 0.046 0.025 0.020 0.015 0.010 92 E 0.263 0.221 0.088 0.156 0.097 0.067 0.053 0.024 0.016 0.009 0.004 93 R 0.312 0.168 0.072 0.141 0.097 0.074 0.064 0.033 0.021 0.012 0.007 94 E 0.250 0.164 0.075 0.153 0.115 0.082 0.074 0.037 0.026 0.015 0.009 95 E 0.290 0.143 0.103 0.151 0.106 0.073 0.064 0.032 0.020 0.011 0.006 96 K 0.151 0.153 0.098 0.205 0.144 0.094 0.084 0.034 0.020 0.011 0.005 97 S 0.056 0.065 0.044 0.106 0.103 0.119 0.163 0.123 0.100 0.076 0.045 98 N 0.045 0.074 0.048 0.171 0.167 0.150 0.162 0.087 0.054 0.030 0.012 99 V 0.015 0.017 0.021 0.049 0.057 0.085 0.184 0.171 0.184 0.136 0.082 100 V 0.011 0.020 0.024 0.069 0.074 0.090 0.157 0.158 0.174 0.133 0.090 101 W 0.019 0.040 0.026 0.105 0.126 0.120 0.157 0.150 0.132 0.081 0.045