# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36.8509 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.036 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.017 0.130 0.612 2 A 0.053 0.024 0.008 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.011 0.122 0.530 3 M 0.039 0.011 0.008 0.003 0.012 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.008 0.051 0.346 4 L 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.804 0.002 0.033 0.121 5 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.875 0.001 0.022 0.082 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.006 0.022 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.004 0.010 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.945 0.001 0.005 0.033 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.949 0.001 0.007 0.022 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.012 0.052 0.010 0.009 0.491 0.007 0.057 0.344 11 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.002 0.604 0.010 0.114 0.253 12 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.008 0.576 0.343 13 D 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.021 0.148 0.728 14 D 0.032 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.229 0.708 15 N 0.091 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.328 0.511 16 L 0.044 0.183 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.380 0.371 17 R 0.014 0.538 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.180 0.254 18 N 0.005 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.158 19 R 0.003 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.127 20 V 0.002 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.055 21 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 22 E 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 23 F 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 24 L 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 25 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 26 K 0.017 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 27 K 0.121 0.714 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.001 0.031 28 G 0.646 0.092 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.175 0.001 0.066 29 L 0.002 0.004 0.925 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 30 D 0.011 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.384 0.003 0.102 0.480 31 R 0.052 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.003 0.081 0.765 32 I 0.054 0.065 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.004 0.080 0.420 33 Q 0.011 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.794 0.004 0.022 0.100 34 Y 0.018 0.125 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.454 0.013 0.044 0.333 35 S 0.023 0.080 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.675 0.009 0.025 0.175 36 V 0.016 0.120 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.553 0.005 0.036 0.257 37 F 0.017 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.712 0.005 0.040 0.149 38 M 0.020 0.074 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.610 0.006 0.033 0.227 39 G 0.019 0.043 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.584 0.008 0.032 0.287 40 D 0.055 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.207 0.011 0.055 0.616 41 L 0.046 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.006 0.090 0.475 42 N 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.379 0.535 43 S 0.022 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.009 0.049 0.851 44 S 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.401 0.566 45 R 0.091 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.663 0.223 46 L 0.049 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.128 47 K 0.012 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.027 0.136 48 D 0.016 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.159 49 V 0.012 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.072 50 E 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 51 A 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 52 G 0.015 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.030 53 L 0.013 0.932 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.035 54 K 0.015 0.916 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.002 0.049 55 I 0.039 0.820 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.004 0.083 56 I 0.055 0.831 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.003 0.074 57 G 0.039 0.747 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.011 0.166 58 N 0.041 0.498 0.142 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.021 0.260 59 R 0.111 0.452 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.024 0.041 0.309 60 K 0.066 0.404 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.025 0.099 0.355 61 K 0.145 0.304 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.022 0.031 0.108 0.355 62 L 0.214 0.362 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.005 0.002 0.030 0.023 0.034 0.292 63 Q 0.149 0.355 0.018 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.068 0.014 0.031 0.336 64 E 0.116 0.293 0.008 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.028 0.020 0.014 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.092 0.019 0.036 0.356 65 D 0.064 0.134 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.023 0.043 0.643 66 E 0.079 0.068 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.025 0.159 0.597 67 R 0.193 0.037 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.050 0.155 0.490 68 F 0.087 0.043 0.022 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.030 0.123 0.366 69 F 0.021 0.005 0.009 0.001 0.024 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.529 0.007 0.129 0.261 70 I 0.013 0.003 0.003 0.002 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.489 0.002 0.050 0.420 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.001 0.005 0.019 72 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.284 0.002 0.052 0.655 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.970 0.001 0.004 0.019 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.715 0.004 0.057 0.219 76 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.268 0.667 77 E 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.007 0.035 0.855 78 N 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.015 0.246 0.700 79 Q 0.072 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.651 0.242 80 F 0.042 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.013 0.029 0.213 81 R 0.015 0.671 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.015 0.032 0.184 82 E 0.058 0.569 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.039 0.019 0.238 83 R 0.101 0.554 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.036 0.012 0.163 84 I 0.032 0.497 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.262 0.016 0.017 0.142 85 V 0.027 0.297 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.005 0.004 0.373 0.011 0.023 0.220 86 I 0.022 0.193 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.003 0.019 0.017 0.014 0.008 0.488 0.011 0.022 0.182 87 G 0.023 0.067 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.003 0.006 0.012 0.014 0.003 0.005 0.380 0.026 0.042 0.389 88 Y 0.053 0.019 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.006 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.259 0.010 0.046 0.507 89 S 0.026 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.103 0.006 0.105 0.715 90 G 0.051 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.009 0.073 0.751 91 S 0.090 0.009 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.008 0.137 0.694 92 E 0.069 0.013 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.031 0.009 0.091 0.766 93 R 0.118 0.029 0.003 0.002 0.014 0.012 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.039 0.007 0.145 0.609 94 E 0.020 0.020 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 0.080 0.815 95 E 0.034 0.041 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.006 0.114 0.709 96 K 0.039 0.051 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.013 0.161 0.624 97 S 0.304 0.055 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.062 0.071 0.413 98 N 0.141 0.040 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.041 0.092 0.337 99 V 0.021 0.007 0.034 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.451 0.005 0.119 0.350 100 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 0.002 0.777 0.001 0.028 0.154 101 W 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.010 0.010 0.007 0.005 0.543 0.002 0.045 0.348