# TARGET T0377 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.259 0.017 0.008 0.011 0.104 0.023 0.577 2 A 0.524 0.010 0.006 0.005 0.143 0.020 0.292 3 M 0.907 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.082 4 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.020 5 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 9 Y 0.915 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.071 10 D 0.547 0.012 0.002 0.002 0.039 0.004 0.395 11 I 0.208 0.035 0.018 0.015 0.194 0.073 0.457 12 T 0.038 0.024 0.024 0.052 0.277 0.103 0.482 13 D 0.004 0.002 0.028 0.144 0.291 0.381 0.150 14 D 0.001 0.001 0.014 0.292 0.222 0.401 0.070 15 N 0.002 0.005 0.013 0.560 0.126 0.192 0.102 16 L 0.002 0.005 0.007 0.743 0.027 0.131 0.084 17 R 0.002 0.001 0.003 0.914 0.024 0.033 0.023 18 N 0.001 0.001 0.002 0.976 0.005 0.009 0.007 19 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.004 0.006 20 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 25 K 0.001 0.001 0.004 0.977 0.001 0.017 0.001 26 K 0.001 0.001 0.010 0.873 0.008 0.105 0.004 27 K 0.001 0.001 0.014 0.295 0.012 0.673 0.006 28 G 0.001 0.004 0.006 0.034 0.048 0.864 0.044 29 L 0.027 0.009 0.012 0.033 0.116 0.050 0.752 30 D 0.260 0.019 0.034 0.071 0.148 0.027 0.441 31 R 0.442 0.014 0.075 0.127 0.072 0.051 0.219 32 I 0.510 0.009 0.042 0.195 0.057 0.029 0.159 33 Q 0.514 0.006 0.045 0.254 0.052 0.033 0.097 34 Y 0.540 0.013 0.041 0.202 0.061 0.054 0.088 35 S 0.375 0.009 0.041 0.290 0.042 0.081 0.162 36 V 0.353 0.010 0.048 0.288 0.064 0.107 0.129 37 F 0.353 0.020 0.054 0.332 0.049 0.098 0.093 38 M 0.332 0.015 0.084 0.210 0.063 0.149 0.146 39 G 0.255 0.010 0.065 0.135 0.131 0.235 0.169 40 D 0.333 0.039 0.037 0.060 0.162 0.146 0.223 41 L 0.181 0.070 0.014 0.040 0.219 0.045 0.431 42 N 0.051 0.006 0.002 0.018 0.109 0.015 0.800 43 S 0.001 0.001 0.039 0.897 0.014 0.043 0.006 44 S 0.001 0.001 0.022 0.948 0.007 0.020 0.003 45 R 0.001 0.001 0.019 0.955 0.003 0.017 0.005 46 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.005 0.003 47 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.010 0.003 48 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.002 49 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.004 0.004 50 E 0.002 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.002 51 A 0.003 0.001 0.001 0.977 0.002 0.015 0.002 52 G 0.003 0.001 0.001 0.970 0.002 0.021 0.003 53 L 0.010 0.001 0.001 0.956 0.005 0.014 0.012 54 K 0.014 0.001 0.005 0.944 0.008 0.017 0.011 55 I 0.017 0.001 0.008 0.918 0.013 0.029 0.013 56 I 0.015 0.002 0.012 0.877 0.016 0.053 0.026 57 G 0.011 0.001 0.014 0.734 0.031 0.187 0.021 58 N 0.016 0.002 0.026 0.435 0.124 0.276 0.122 59 R 0.028 0.008 0.069 0.427 0.101 0.175 0.192 60 K 0.042 0.009 0.165 0.333 0.064 0.225 0.160 61 K 0.033 0.005 0.217 0.208 0.055 0.207 0.275 62 L 0.059 0.014 0.196 0.199 0.063 0.173 0.297 63 Q 0.099 0.030 0.050 0.100 0.197 0.073 0.451 64 E 0.061 0.015 0.038 0.047 0.100 0.075 0.664 65 D 0.034 0.008 0.187 0.135 0.133 0.303 0.200 66 E 0.038 0.011 0.289 0.054 0.126 0.351 0.131 67 R 0.054 0.007 0.196 0.016 0.188 0.364 0.176 68 F 0.107 0.004 0.023 0.002 0.351 0.168 0.345 69 F 0.632 0.005 0.003 0.001 0.135 0.021 0.204 70 I 0.967 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 71 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 73 V 0.916 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.076 74 P 0.732 0.007 0.001 0.001 0.028 0.003 0.230 75 I 0.318 0.029 0.003 0.003 0.113 0.016 0.517 76 T 0.097 0.009 0.005 0.005 0.169 0.027 0.689 77 E 0.011 0.002 0.285 0.303 0.149 0.203 0.047 78 N 0.013 0.004 0.294 0.334 0.122 0.169 0.064 79 Q 0.036 0.009 0.361 0.285 0.059 0.150 0.099 80 F 0.154 0.014 0.119 0.307 0.088 0.119 0.201 81 R 0.328 0.006 0.052 0.242 0.113 0.124 0.134 82 E 0.489 0.008 0.035 0.213 0.078 0.064 0.112 83 R 0.681 0.008 0.010 0.115 0.034 0.020 0.132 84 I 0.805 0.005 0.008 0.103 0.020 0.015 0.043 85 V 0.794 0.012 0.007 0.091 0.014 0.023 0.058 86 I 0.533 0.014 0.012 0.083 0.056 0.085 0.217 87 G 0.185 0.009 0.007 0.018 0.295 0.142 0.344 88 Y 0.063 0.012 0.013 0.008 0.365 0.142 0.398 89 S 0.041 0.020 0.031 0.010 0.319 0.165 0.413 90 G 0.036 0.014 0.079 0.021 0.233 0.118 0.500 91 S 0.031 0.010 0.096 0.022 0.147 0.115 0.580 92 E 0.078 0.033 0.091 0.037 0.182 0.134 0.446 93 R 0.088 0.057 0.034 0.028 0.193 0.047 0.553 94 E 0.045 0.022 0.024 0.012 0.106 0.030 0.761 95 E 0.025 0.007 0.110 0.020 0.142 0.450 0.246 96 K 0.035 0.006 0.093 0.014 0.178 0.506 0.167 97 S 0.218 0.017 0.032 0.012 0.220 0.047 0.455 98 N 0.629 0.020 0.004 0.006 0.049 0.015 0.277 99 V 0.819 0.020 0.002 0.006 0.023 0.013 0.117 100 V 0.787 0.021 0.001 0.006 0.001 0.010 0.174 101 W 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996