# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.035 0.001 0.006 0.024 0.087 0.847 2 A 0.254 0.008 0.007 0.011 0.085 0.635 3 M 0.464 0.002 0.003 0.002 0.092 0.436 4 L 0.901 0.001 0.001 0.001 0.017 0.080 5 Y 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 6 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 9 Y 0.897 0.002 0.001 0.001 0.012 0.088 10 D 0.592 0.010 0.001 0.001 0.177 0.219 11 I 0.078 0.008 0.011 0.005 0.532 0.365 12 T 0.023 0.009 0.017 0.010 0.708 0.233 13 D 0.006 0.003 0.024 0.022 0.816 0.129 14 D 0.001 0.001 0.179 0.447 0.320 0.052 15 N 0.003 0.005 0.143 0.690 0.131 0.029 16 L 0.002 0.002 0.079 0.882 0.027 0.009 17 R 0.002 0.001 0.009 0.967 0.011 0.011 18 N 0.002 0.001 0.006 0.971 0.009 0.012 19 R 0.001 0.001 0.005 0.987 0.004 0.003 20 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 21 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 25 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 26 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.005 0.001 27 K 0.001 0.001 0.004 0.968 0.009 0.018 28 G 0.001 0.001 0.003 0.043 0.061 0.891 29 L 0.017 0.008 0.020 0.102 0.174 0.678 30 D 0.128 0.011 0.039 0.161 0.221 0.440 31 R 0.352 0.016 0.059 0.268 0.135 0.169 32 I 0.514 0.007 0.058 0.192 0.125 0.105 33 Q 0.645 0.005 0.036 0.110 0.122 0.082 34 Y 0.695 0.003 0.024 0.095 0.101 0.082 35 S 0.738 0.003 0.012 0.068 0.094 0.084 36 V 0.764 0.003 0.005 0.083 0.064 0.082 37 F 0.795 0.006 0.003 0.073 0.043 0.080 38 M 0.873 0.002 0.002 0.026 0.029 0.068 39 G 0.807 0.005 0.004 0.018 0.042 0.125 40 D 0.596 0.022 0.006 0.010 0.108 0.257 41 L 0.217 0.031 0.004 0.009 0.149 0.591 42 N 0.024 0.004 0.001 0.005 0.128 0.837 43 S 0.001 0.001 0.048 0.924 0.022 0.006 44 S 0.001 0.001 0.056 0.920 0.021 0.002 45 R 0.001 0.001 0.030 0.956 0.012 0.001 46 L 0.003 0.001 0.004 0.980 0.007 0.005 47 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 48 D 0.002 0.001 0.004 0.984 0.007 0.003 49 V 0.002 0.001 0.004 0.981 0.008 0.004 50 E 0.002 0.001 0.005 0.986 0.006 0.002 51 A 0.002 0.001 0.006 0.977 0.010 0.005 52 G 0.003 0.001 0.006 0.953 0.013 0.025 53 L 0.007 0.001 0.009 0.957 0.012 0.015 54 K 0.035 0.001 0.017 0.898 0.029 0.021 55 I 0.058 0.001 0.016 0.875 0.027 0.023 56 I 0.068 0.003 0.014 0.842 0.030 0.042 57 G 0.067 0.002 0.040 0.701 0.100 0.089 58 N 0.078 0.004 0.067 0.543 0.181 0.127 59 R 0.153 0.007 0.074 0.431 0.194 0.141 60 K 0.177 0.006 0.056 0.487 0.150 0.124 61 K 0.252 0.005 0.051 0.406 0.133 0.153 62 L 0.360 0.011 0.031 0.341 0.103 0.154 63 Q 0.230 0.022 0.014 0.306 0.145 0.284 64 E 0.133 0.012 0.013 0.114 0.342 0.386 65 D 0.051 0.001 0.101 0.109 0.464 0.274 66 E 0.126 0.006 0.248 0.061 0.386 0.173 67 R 0.290 0.016 0.156 0.017 0.373 0.148 68 F 0.331 0.004 0.030 0.003 0.301 0.332 69 F 0.848 0.003 0.001 0.001 0.038 0.110 70 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 71 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 73 V 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 74 P 0.782 0.003 0.001 0.001 0.042 0.171 75 I 0.211 0.009 0.004 0.002 0.115 0.659 76 T 0.073 0.011 0.005 0.004 0.242 0.665 77 E 0.007 0.001 0.249 0.447 0.249 0.047 78 N 0.005 0.001 0.190 0.574 0.210 0.020 79 Q 0.022 0.002 0.190 0.520 0.248 0.018 80 F 0.100 0.009 0.054 0.605 0.164 0.068 81 R 0.175 0.006 0.031 0.490 0.191 0.106 82 E 0.319 0.002 0.018 0.420 0.124 0.117 83 R 0.567 0.002 0.004 0.341 0.034 0.052 84 I 0.684 0.003 0.002 0.271 0.016 0.025 85 V 0.690 0.003 0.003 0.254 0.024 0.027 86 I 0.645 0.006 0.003 0.182 0.050 0.114 87 G 0.276 0.005 0.006 0.063 0.212 0.438 88 Y 0.138 0.011 0.014 0.034 0.290 0.513 89 S 0.128 0.017 0.016 0.030 0.276 0.534 90 G 0.088 0.014 0.024 0.030 0.401 0.442 91 S 0.066 0.014 0.047 0.051 0.373 0.449 92 E 0.095 0.027 0.100 0.096 0.322 0.360 93 R 0.104 0.017 0.157 0.109 0.383 0.230 94 E 0.112 0.014 0.209 0.106 0.369 0.190 95 E 0.165 0.016 0.147 0.068 0.371 0.233 96 K 0.147 0.010 0.069 0.042 0.412 0.320 97 S 0.178 0.006 0.024 0.020 0.315 0.456 98 N 0.468 0.011 0.010 0.011 0.130 0.370 99 V 0.755 0.013 0.005 0.008 0.043 0.176 100 V 0.723 0.026 0.003 0.010 0.024 0.214 101 W 0.160 0.004 0.001 0.003 0.028 0.805