# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.046 0.125 0.703 2 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.057 0.124 0.618 3 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.010 0.009 0.008 0.008 0.007 0.006 0.549 0.119 0.052 0.220 4 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.004 0.004 0.791 0.074 0.020 0.096 5 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.007 0.839 0.092 0.007 0.031 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.050 0.004 0.016 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.863 0.105 0.006 0.022 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.027 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.714 0.128 0.027 0.063 9 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.655 0.091 0.060 0.180 10 D 0.134 0.007 0.003 0.002 0.030 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.143 0.133 0.393 11 I 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.061 0.179 0.631 12 T 0.046 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.065 0.093 0.620 13 D 0.086 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.035 0.204 14 D 0.026 0.451 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.335 0.024 0.160 15 N 0.006 0.771 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.146 0.009 0.050 16 L 0.004 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 0.033 17 R 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.026 18 N 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.025 19 R 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.016 20 V 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 21 A 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.017 22 E 0.004 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.032 23 F 0.014 0.842 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.010 0.078 24 L 0.018 0.061 0.467 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.414 0.004 0.036 25 K 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.221 26 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.967 27 K 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.085 0.887 28 G 0.019 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.056 0.139 0.716 29 L 0.028 0.075 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.082 0.768 30 D 0.074 0.194 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.078 0.079 0.420 31 R 0.027 0.076 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.134 0.135 0.101 0.509 32 I 0.049 0.059 0.019 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.003 0.262 0.169 0.066 0.349 33 Q 0.019 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.520 0.029 0.053 0.343 34 Y 0.016 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.408 0.056 0.060 0.423 35 S 0.008 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.531 0.083 0.063 0.281 36 V 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.500 0.092 0.062 0.312 37 F 0.005 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.659 0.095 0.034 0.180 38 M 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.482 0.094 0.054 0.351 39 G 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.725 0.045 0.033 0.181 40 D 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.040 0.125 0.508 41 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.014 0.104 0.546 42 N 0.051 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.006 0.051 43 S 0.039 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 0.034 44 S 0.004 0.826 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.006 0.108 45 R 0.006 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.036 46 L 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.030 47 K 0.003 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.030 48 D 0.019 0.702 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.015 0.056 49 V 0.060 0.831 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.009 0.045 50 E 0.061 0.718 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.016 0.139 51 A 0.090 0.366 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.059 0.437 52 G 0.039 0.492 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.048 0.057 0.336 53 L 0.118 0.573 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.062 0.044 0.189 54 K 0.050 0.354 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.167 0.076 0.290 55 I 0.024 0.501 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.072 0.066 0.296 56 I 0.083 0.509 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.057 0.055 0.219 57 G 0.040 0.486 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.032 0.056 0.322 58 N 0.092 0.485 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.030 0.034 0.315 59 R 0.137 0.402 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.109 0.036 0.264 60 K 0.096 0.291 0.012 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.083 0.060 0.400 61 K 0.084 0.124 0.014 0.002 0.008 0.013 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.038 0.064 0.579 62 L 0.062 0.069 0.007 0.006 0.018 0.035 0.056 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.058 0.094 0.553 63 Q 0.118 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.057 0.086 0.652 64 E 0.201 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.091 0.058 0.620 65 D 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.082 0.783 66 E 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.024 0.096 0.772 67 R 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.033 0.145 0.735 68 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.301 0.047 0.097 0.533 69 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.024 0.021 0.010 0.019 0.658 0.085 0.015 0.122 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.420 0.031 0.040 0.498 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.106 0.020 0.855 0.008 0.001 0.007 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.108 0.054 0.074 0.759 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.018 0.013 0.055 74 P 0.012 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.023 0.169 0.726 75 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.026 0.122 0.736 76 T 0.381 0.355 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.020 0.170 77 E 0.170 0.354 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.069 0.042 0.353 78 N 0.028 0.208 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.048 0.062 0.594 79 Q 0.136 0.202 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.120 0.059 0.323 80 F 0.198 0.177 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.079 0.063 0.373 81 R 0.026 0.144 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.013 0.008 0.003 0.002 0.109 0.042 0.079 0.540 82 E 0.005 0.066 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.026 0.014 0.013 0.507 0.044 0.037 0.267 83 R 0.008 0.025 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.004 0.480 0.086 0.041 0.322 84 I 0.010 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.735 0.041 0.021 0.154 85 V 0.022 0.010 0.002 0.003 0.002 0.014 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.505 0.075 0.038 0.317 86 I 0.005 0.006 0.006 0.001 0.013 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.069 0.063 0.364 87 G 0.047 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.281 0.048 0.080 0.521 88 Y 0.076 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.058 0.102 0.644 89 S 0.020 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.037 0.118 0.742 90 G 0.040 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.025 0.097 0.784 91 S 0.113 0.047 0.004 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.011 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.072 0.095 0.591 92 E 0.078 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.041 0.091 0.688 93 R 0.232 0.027 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.019 0.079 0.069 0.547 94 E 0.064 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.006 0.035 0.069 0.095 0.694 95 E 0.091 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.031 0.090 0.741 96 K 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.078 0.034 0.114 0.713 97 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.150 0.029 0.102 0.707 98 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 0.005 0.004 0.017 0.006 0.483 0.057 0.055 0.354 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.008 0.435 0.042 0.058 0.432 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.561 0.034 0.040 0.347 101 W 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.301 0.038 0.069 0.560