# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.289 0.118 0.095 0.136 0.083 0.069 0.072 0.043 0.042 0.031 0.022 2 A 0.089 0.143 0.096 0.242 0.169 0.111 0.090 0.028 0.019 0.009 0.004 3 M 0.013 0.024 0.028 0.086 0.101 0.108 0.165 0.149 0.163 0.105 0.058 4 L 0.001 0.006 0.008 0.045 0.096 0.148 0.269 0.195 0.141 0.066 0.026 5 Y 0.001 0.003 0.005 0.032 0.065 0.105 0.249 0.219 0.181 0.099 0.044 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.036 0.118 0.253 0.313 0.273 7 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.017 0.091 0.183 0.272 0.236 0.186 8 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.055 0.124 0.263 0.293 0.242 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.031 0.124 0.191 0.276 0.227 0.127 10 D 0.003 0.014 0.011 0.061 0.086 0.117 0.229 0.202 0.157 0.081 0.039 11 I 0.001 0.003 0.003 0.013 0.024 0.041 0.129 0.182 0.244 0.211 0.148 12 T 0.071 0.308 0.067 0.263 0.160 0.078 0.036 0.009 0.004 0.002 0.001 13 D 0.167 0.240 0.073 0.238 0.145 0.079 0.040 0.011 0.005 0.002 0.001 14 D 0.768 0.127 0.030 0.047 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 N 0.376 0.198 0.073 0.161 0.083 0.054 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 16 L 0.006 0.013 0.011 0.027 0.044 0.109 0.242 0.207 0.189 0.102 0.052 17 R 0.002 0.003 0.017 0.034 0.085 0.200 0.344 0.150 0.094 0.048 0.022 18 N 0.013 0.042 0.631 0.199 0.069 0.027 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 19 R 0.001 0.010 0.054 0.198 0.242 0.229 0.168 0.059 0.027 0.010 0.003 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.071 0.255 0.323 0.329 21 A 0.001 0.001 0.006 0.027 0.130 0.295 0.341 0.116 0.056 0.022 0.006 22 E 0.003 0.021 0.689 0.195 0.058 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.003 0.016 0.055 0.175 0.463 0.178 0.076 0.026 0.008 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.141 0.344 0.482 25 K 0.001 0.002 0.018 0.150 0.360 0.283 0.144 0.032 0.009 0.002 0.001 26 K 0.032 0.090 0.669 0.144 0.041 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.002 0.004 0.003 0.019 0.048 0.172 0.491 0.168 0.065 0.024 0.005 28 G 0.325 0.259 0.064 0.138 0.065 0.041 0.047 0.021 0.020 0.012 0.008 29 L 0.002 0.002 0.002 0.008 0.011 0.020 0.060 0.098 0.200 0.251 0.345 30 D 0.059 0.184 0.119 0.243 0.171 0.126 0.068 0.017 0.008 0.003 0.002 31 R 0.005 0.016 0.009 0.060 0.081 0.156 0.288 0.173 0.117 0.065 0.029 32 I 0.013 0.008 0.008 0.024 0.027 0.039 0.113 0.141 0.202 0.215 0.211 33 Q 0.005 0.012 0.016 0.050 0.057 0.077 0.169 0.152 0.186 0.156 0.121 34 Y 0.003 0.017 0.032 0.079 0.084 0.085 0.155 0.148 0.172 0.139 0.086 35 S 0.005 0.010 0.016 0.059 0.077 0.104 0.199 0.179 0.178 0.113 0.061 36 V 0.005 0.011 0.015 0.050 0.054 0.076 0.158 0.171 0.185 0.176 0.100 37 F 0.005 0.013 0.035 0.059 0.064 0.085 0.182 0.161 0.179 0.136 0.081 38 M 0.007 0.025 0.041 0.181 0.191 0.151 0.153 0.097 0.075 0.045 0.033 39 G 0.007 0.010 0.015 0.033 0.051 0.079 0.181 0.183 0.205 0.156 0.080 40 D 0.051 0.127 0.110 0.343 0.209 0.094 0.047 0.012 0.005 0.002 0.001 41 L 0.002 0.002 0.002 0.004 0.006 0.011 0.047 0.088 0.209 0.295 0.335 42 N 0.033 0.494 0.136 0.239 0.065 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 43 S 0.436 0.179 0.073 0.170 0.087 0.033 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 44 S 0.889 0.068 0.017 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.007 0.032 0.052 0.148 0.164 0.246 0.235 0.072 0.031 0.010 0.004 46 L 0.002 0.004 0.030 0.021 0.034 0.080 0.272 0.195 0.171 0.117 0.075 47 K 0.010 0.026 0.731 0.165 0.048 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.004 0.032 0.461 0.295 0.136 0.053 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.008 0.005 0.008 0.020 0.117 0.152 0.236 0.242 0.212 50 E 0.002 0.006 0.102 0.144 0.221 0.232 0.225 0.048 0.016 0.004 0.001 51 A 0.005 0.027 0.858 0.072 0.023 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 52 G 0.004 0.019 0.112 0.110 0.156 0.226 0.269 0.059 0.029 0.012 0.004 53 L 0.003 0.008 0.039 0.015 0.012 0.026 0.143 0.156 0.237 0.224 0.137 54 K 0.038 0.088 0.409 0.255 0.137 0.048 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 55 I 0.013 0.058 0.260 0.149 0.121 0.125 0.134 0.058 0.046 0.024 0.010 56 I 0.009 0.030 0.049 0.061 0.064 0.090 0.201 0.148 0.165 0.114 0.070 57 G 0.170 0.066 0.070 0.106 0.105 0.114 0.166 0.083 0.063 0.039 0.019 58 N 0.076 0.147 0.260 0.204 0.130 0.088 0.058 0.020 0.011 0.005 0.002 59 R 0.040 0.040 0.082 0.085 0.063 0.075 0.135 0.115 0.142 0.123 0.099 60 K 0.165 0.157 0.085 0.176 0.156 0.117 0.090 0.028 0.016 0.007 0.003 61 K 0.298 0.191 0.178 0.146 0.076 0.049 0.033 0.013 0.010 0.005 0.002 62 L 0.044 0.031 0.027 0.054 0.059 0.084 0.170 0.136 0.151 0.126 0.118 63 Q 0.082 0.116 0.054 0.098 0.101 0.117 0.166 0.105 0.083 0.047 0.030 64 E 0.293 0.372 0.122 0.133 0.047 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 65 D 0.461 0.138 0.072 0.134 0.090 0.055 0.029 0.010 0.006 0.003 0.002 66 E 0.498 0.163 0.070 0.137 0.063 0.031 0.019 0.007 0.006 0.003 0.002 67 R 0.029 0.097 0.093 0.319 0.219 0.128 0.076 0.022 0.010 0.004 0.002 68 F 0.006 0.010 0.010 0.028 0.049 0.101 0.246 0.229 0.185 0.099 0.038 69 F 0.014 0.054 0.061 0.262 0.266 0.186 0.109 0.027 0.013 0.006 0.003 70 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.029 0.079 0.221 0.341 0.319 71 L 0.003 0.014 0.018 0.130 0.176 0.192 0.251 0.114 0.065 0.025 0.011 72 I 0.001 0.003 0.003 0.009 0.011 0.017 0.065 0.139 0.265 0.277 0.210 73 V 0.002 0.006 0.006 0.044 0.082 0.119 0.241 0.192 0.179 0.094 0.034 74 P 0.051 0.092 0.070 0.164 0.144 0.135 0.153 0.090 0.063 0.028 0.011 75 I 0.005 0.009 0.005 0.022 0.033 0.048 0.132 0.176 0.237 0.210 0.124 76 T 0.035 0.239 0.066 0.222 0.162 0.111 0.091 0.038 0.023 0.009 0.004 77 E 0.302 0.137 0.064 0.218 0.141 0.072 0.042 0.014 0.007 0.003 0.001 78 N 0.653 0.157 0.054 0.069 0.029 0.015 0.011 0.005 0.004 0.002 0.001 79 Q 0.023 0.031 0.024 0.086 0.109 0.180 0.248 0.139 0.097 0.046 0.020 80 F 0.015 0.022 0.025 0.066 0.083 0.123 0.214 0.158 0.143 0.095 0.055 81 R 0.036 0.074 0.316 0.212 0.154 0.097 0.063 0.022 0.014 0.007 0.003 82 E 0.030 0.074 0.207 0.300 0.179 0.105 0.064 0.021 0.013 0.006 0.002 83 R 0.006 0.007 0.009 0.025 0.040 0.084 0.187 0.190 0.206 0.158 0.088 84 I 0.006 0.018 0.044 0.114 0.151 0.167 0.246 0.122 0.078 0.038 0.015 85 V 0.002 0.010 0.047 0.046 0.062 0.092 0.185 0.158 0.176 0.138 0.085 86 I 0.006 0.015 0.027 0.064 0.076 0.092 0.190 0.151 0.159 0.128 0.093 87 G 0.055 0.052 0.026 0.077 0.074 0.089 0.167 0.138 0.144 0.109 0.069 88 Y 0.025 0.033 0.032 0.111 0.133 0.140 0.201 0.125 0.099 0.065 0.037 89 S 0.221 0.240 0.079 0.180 0.106 0.066 0.055 0.024 0.016 0.008 0.005 90 G 0.267 0.131 0.049 0.138 0.115 0.094 0.086 0.046 0.036 0.024 0.014 91 S 0.248 0.188 0.054 0.120 0.081 0.064 0.075 0.050 0.051 0.037 0.031 92 E 0.210 0.200 0.080 0.177 0.120 0.082 0.063 0.029 0.022 0.012 0.006 93 R 0.301 0.241 0.076 0.167 0.087 0.049 0.038 0.017 0.012 0.007 0.005 94 E 0.304 0.125 0.076 0.141 0.105 0.083 0.072 0.035 0.028 0.018 0.013 95 E 0.280 0.160 0.095 0.162 0.098 0.070 0.062 0.029 0.022 0.014 0.008 96 K 0.116 0.161 0.128 0.211 0.153 0.105 0.070 0.027 0.017 0.008 0.003 97 S 0.068 0.063 0.053 0.107 0.104 0.111 0.150 0.106 0.108 0.079 0.051 98 N 0.041 0.070 0.052 0.165 0.169 0.159 0.164 0.082 0.055 0.030 0.014 99 V 0.017 0.027 0.028 0.084 0.104 0.122 0.199 0.147 0.138 0.088 0.046 100 V 0.021 0.019 0.015 0.039 0.042 0.052 0.110 0.132 0.196 0.198 0.176 101 W 0.031 0.050 0.041 0.112 0.125 0.125 0.171 0.121 0.113 0.072 0.040