# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.340 0.261 0.049 0.080 0.021 0.026 0.006 0.025 0.007 0.001 2 A 0.240 0.174 0.397 0.080 0.026 0.039 0.020 0.005 0.013 0.003 0.004 3 M 0.040 0.570 0.171 0.028 0.143 0.016 0.007 0.002 0.021 0.002 0.001 4 L 0.025 0.596 0.297 0.014 0.027 0.023 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 5 Y 0.004 0.795 0.138 0.002 0.030 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 6 L 0.004 0.652 0.285 0.001 0.008 0.032 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 7 I 0.003 0.788 0.139 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 8 F 0.009 0.767 0.132 0.004 0.027 0.027 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 9 Y 0.020 0.655 0.152 0.004 0.055 0.055 0.004 0.001 0.055 0.001 0.001 10 D 0.035 0.182 0.406 0.029 0.013 0.247 0.020 0.001 0.064 0.001 0.002 11 I 0.192 0.280 0.248 0.117 0.063 0.065 0.004 0.002 0.026 0.001 0.002 12 T 0.258 0.136 0.204 0.312 0.031 0.028 0.007 0.002 0.009 0.012 0.001 13 D 0.168 0.078 0.170 0.129 0.095 0.091 0.127 0.010 0.102 0.031 0.001 14 D 0.852 0.004 0.009 0.080 0.001 0.009 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 15 N 0.889 0.003 0.005 0.082 0.001 0.007 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 16 L 0.947 0.002 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.989 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.970 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.265 0.003 0.008 0.720 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.076 0.001 0.004 0.009 0.002 0.001 0.085 0.745 0.001 0.075 0.001 29 L 0.380 0.104 0.347 0.059 0.014 0.071 0.011 0.002 0.009 0.002 0.001 30 D 0.765 0.042 0.080 0.058 0.012 0.025 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 31 R 0.745 0.105 0.051 0.042 0.023 0.020 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 32 I 0.693 0.141 0.055 0.055 0.010 0.025 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 33 Q 0.436 0.274 0.118 0.070 0.029 0.040 0.004 0.002 0.025 0.001 0.001 34 Y 0.346 0.274 0.120 0.097 0.067 0.025 0.035 0.007 0.026 0.002 0.001 35 S 0.291 0.209 0.203 0.050 0.181 0.023 0.012 0.010 0.008 0.012 0.001 36 V 0.347 0.362 0.054 0.147 0.052 0.016 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 37 F 0.221 0.369 0.196 0.052 0.069 0.050 0.014 0.003 0.022 0.004 0.001 38 M 0.218 0.376 0.118 0.156 0.022 0.041 0.013 0.002 0.053 0.001 0.001 39 G 0.180 0.194 0.150 0.040 0.241 0.017 0.052 0.053 0.018 0.056 0.001 40 D 0.081 0.259 0.307 0.057 0.023 0.145 0.057 0.003 0.061 0.003 0.005 41 L 0.048 0.353 0.407 0.075 0.037 0.058 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 42 N 0.006 0.152 0.570 0.005 0.087 0.105 0.003 0.001 0.062 0.008 0.001 43 S 0.967 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 44 S 0.976 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.890 0.001 0.003 0.097 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 L 0.985 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.961 0.001 0.002 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 V 0.968 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.987 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.979 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 G 0.966 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 53 L 0.930 0.007 0.026 0.028 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 54 K 0.968 0.007 0.007 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.926 0.014 0.012 0.040 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 I 0.739 0.029 0.032 0.166 0.003 0.012 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 57 G 0.586 0.035 0.091 0.059 0.065 0.008 0.046 0.041 0.005 0.064 0.001 58 N 0.337 0.047 0.144 0.235 0.032 0.110 0.052 0.006 0.032 0.004 0.001 59 R 0.698 0.040 0.074 0.139 0.006 0.020 0.012 0.004 0.006 0.001 0.001 60 K 0.675 0.091 0.112 0.073 0.013 0.014 0.008 0.001 0.010 0.002 0.001 61 K 0.498 0.143 0.161 0.093 0.032 0.023 0.025 0.004 0.019 0.001 0.001 62 L 0.501 0.122 0.167 0.163 0.010 0.022 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 63 Q 0.272 0.302 0.209 0.085 0.035 0.046 0.011 0.003 0.034 0.003 0.001 64 E 0.208 0.194 0.288 0.087 0.051 0.054 0.031 0.002 0.075 0.009 0.001 65 D 0.551 0.039 0.140 0.132 0.030 0.014 0.047 0.022 0.008 0.012 0.004 66 E 0.382 0.145 0.134 0.215 0.030 0.018 0.045 0.012 0.014 0.002 0.001 67 R 0.159 0.436 0.165 0.115 0.063 0.020 0.013 0.003 0.023 0.004 0.001 68 F 0.018 0.482 0.273 0.040 0.047 0.056 0.032 0.001 0.049 0.001 0.001 69 F 0.003 0.753 0.130 0.007 0.075 0.016 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 70 I 0.001 0.905 0.039 0.001 0.048 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 L 0.001 0.908 0.055 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 72 I 0.001 0.595 0.344 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 73 V 0.002 0.729 0.083 0.001 0.014 0.030 0.001 0.001 0.141 0.001 0.001 74 P 0.006 0.054 0.847 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 75 I 0.038 0.399 0.431 0.031 0.035 0.042 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 76 T 0.014 0.185 0.551 0.006 0.156 0.043 0.002 0.001 0.027 0.016 0.001 77 E 0.939 0.002 0.010 0.035 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 78 N 0.743 0.005 0.017 0.202 0.002 0.008 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 79 Q 0.657 0.020 0.025 0.258 0.004 0.011 0.010 0.003 0.011 0.001 0.001 80 F 0.443 0.141 0.241 0.074 0.015 0.025 0.032 0.006 0.017 0.004 0.001 81 R 0.494 0.154 0.173 0.081 0.039 0.018 0.023 0.004 0.010 0.003 0.001 82 E 0.208 0.363 0.245 0.068 0.054 0.028 0.014 0.002 0.016 0.001 0.001 83 R 0.047 0.666 0.183 0.021 0.046 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 84 I 0.041 0.667 0.199 0.007 0.019 0.035 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 85 V 0.035 0.555 0.294 0.007 0.011 0.061 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 86 I 0.093 0.545 0.109 0.119 0.020 0.040 0.004 0.001 0.069 0.001 0.001 87 G 0.030 0.051 0.120 0.018 0.432 0.010 0.070 0.107 0.007 0.155 0.001 88 Y 0.131 0.408 0.255 0.084 0.065 0.021 0.005 0.002 0.026 0.003 0.001 89 S 0.148 0.140 0.440 0.127 0.037 0.035 0.031 0.006 0.018 0.016 0.003 90 G 0.073 0.030 0.092 0.025 0.132 0.005 0.055 0.236 0.005 0.346 0.001 91 S 0.220 0.143 0.434 0.086 0.055 0.027 0.005 0.003 0.013 0.008 0.006 92 E 0.349 0.141 0.271 0.133 0.025 0.033 0.017 0.006 0.016 0.004 0.004 93 R 0.271 0.226 0.287 0.073 0.055 0.027 0.019 0.006 0.030 0.006 0.001 94 E 0.345 0.114 0.377 0.057 0.027 0.030 0.009 0.005 0.019 0.012 0.004 95 E 0.395 0.130 0.226 0.130 0.023 0.035 0.021 0.008 0.024 0.005 0.004 96 K 0.237 0.118 0.218 0.144 0.062 0.039 0.111 0.019 0.033 0.015 0.002 97 S 0.185 0.190 0.314 0.157 0.069 0.029 0.025 0.009 0.013 0.005 0.003 98 N 0.094 0.377 0.249 0.095 0.072 0.047 0.026 0.002 0.036 0.001 0.001 99 V 0.065 0.472 0.357 0.013 0.018 0.048 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 100 V 0.110 0.549 0.173 0.045 0.011 0.066 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 101 W 0.092 0.358 0.317 0.035 0.062 0.069 0.014 0.003 0.046 0.004 0.001