# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.256 0.094 0.015 0.221 0.016 0.050 0.103 0.080 0.048 0.028 2 A 0.181 0.119 0.035 0.008 0.256 0.023 0.045 0.049 0.056 0.140 0.087 3 M 0.172 0.202 0.046 0.004 0.537 0.002 0.006 0.005 0.003 0.006 0.017 4 L 0.259 0.070 0.003 0.001 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 5 Y 0.162 0.042 0.001 0.001 0.791 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 6 L 0.270 0.024 0.001 0.001 0.695 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 7 I 0.226 0.032 0.002 0.001 0.722 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 8 F 0.424 0.026 0.002 0.002 0.401 0.003 0.003 0.002 0.001 0.017 0.118 9 Y 0.087 0.372 0.070 0.003 0.432 0.002 0.003 0.002 0.001 0.006 0.021 10 D 0.380 0.063 0.008 0.001 0.420 0.001 0.002 0.002 0.002 0.017 0.106 11 I 0.161 0.144 0.063 0.033 0.190 0.030 0.032 0.067 0.108 0.087 0.085 12 T 0.026 0.115 0.099 0.099 0.065 0.114 0.102 0.126 0.101 0.126 0.025 13 D 0.061 0.175 0.132 0.056 0.201 0.026 0.029 0.137 0.060 0.087 0.037 14 D 0.009 0.012 0.007 0.006 0.014 0.008 0.016 0.543 0.209 0.152 0.023 15 N 0.008 0.018 0.008 0.002 0.013 0.005 0.019 0.764 0.090 0.064 0.009 16 L 0.006 0.015 0.005 0.001 0.009 0.001 0.003 0.857 0.065 0.035 0.004 17 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.952 0.033 0.003 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.021 0.002 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.019 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.037 0.009 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.023 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.003 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.862 0.124 0.004 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.188 0.724 0.056 0.020 0.001 27 K 0.002 0.426 0.492 0.018 0.032 0.003 0.008 0.006 0.002 0.009 0.002 28 G 0.029 0.016 0.027 0.117 0.005 0.053 0.021 0.070 0.038 0.408 0.216 29 L 0.127 0.232 0.042 0.015 0.253 0.022 0.022 0.097 0.052 0.072 0.066 30 D 0.029 0.220 0.094 0.068 0.145 0.034 0.025 0.226 0.089 0.055 0.015 31 R 0.193 0.071 0.029 0.006 0.230 0.006 0.024 0.284 0.093 0.025 0.039 32 I 0.104 0.106 0.038 0.017 0.226 0.021 0.058 0.292 0.067 0.036 0.034 33 Q 0.163 0.050 0.010 0.011 0.161 0.012 0.047 0.300 0.081 0.098 0.066 34 Y 0.091 0.095 0.022 0.034 0.158 0.054 0.099 0.218 0.112 0.077 0.040 35 S 0.227 0.111 0.024 0.013 0.364 0.012 0.031 0.085 0.047 0.045 0.042 36 V 0.200 0.112 0.016 0.017 0.304 0.045 0.063 0.130 0.051 0.025 0.036 37 F 0.235 0.123 0.036 0.017 0.337 0.015 0.027 0.080 0.023 0.045 0.061 38 M 0.094 0.047 0.016 0.046 0.074 0.061 0.093 0.133 0.126 0.242 0.067 39 G 0.018 0.252 0.269 0.170 0.084 0.064 0.025 0.045 0.032 0.027 0.013 40 D 0.352 0.081 0.020 0.001 0.262 0.001 0.008 0.025 0.016 0.092 0.142 41 L 0.093 0.296 0.103 0.024 0.258 0.018 0.014 0.041 0.031 0.079 0.042 42 N 0.020 0.486 0.346 0.013 0.097 0.002 0.002 0.012 0.003 0.014 0.005 43 S 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.668 0.308 0.010 0.002 44 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.865 0.113 0.011 0.001 45 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.059 0.030 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.046 0.003 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.054 0.002 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.031 0.012 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.063 0.011 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.060 0.002 0.001 51 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.933 0.042 0.004 0.001 52 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.870 0.077 0.036 0.001 53 L 0.020 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.748 0.163 0.037 0.007 54 K 0.006 0.022 0.004 0.001 0.014 0.003 0.017 0.766 0.153 0.011 0.002 55 I 0.024 0.022 0.009 0.001 0.032 0.003 0.048 0.778 0.058 0.020 0.006 56 I 0.035 0.033 0.017 0.024 0.040 0.043 0.078 0.553 0.112 0.049 0.016 57 G 0.022 0.071 0.030 0.049 0.042 0.054 0.058 0.494 0.121 0.048 0.011 58 N 0.045 0.077 0.051 0.013 0.063 0.012 0.029 0.354 0.125 0.195 0.036 59 R 0.092 0.074 0.023 0.013 0.117 0.010 0.021 0.289 0.144 0.162 0.055 60 K 0.045 0.127 0.031 0.015 0.110 0.022 0.051 0.371 0.182 0.033 0.014 61 K 0.139 0.068 0.024 0.005 0.169 0.007 0.044 0.303 0.105 0.083 0.053 62 L 0.098 0.102 0.033 0.012 0.148 0.023 0.067 0.345 0.093 0.052 0.026 63 Q 0.110 0.187 0.070 0.037 0.186 0.034 0.036 0.144 0.056 0.084 0.055 64 E 0.105 0.216 0.115 0.042 0.223 0.020 0.026 0.097 0.059 0.061 0.038 65 D 0.048 0.060 0.039 0.030 0.056 0.019 0.044 0.254 0.280 0.132 0.038 66 E 0.041 0.126 0.077 0.029 0.064 0.031 0.089 0.145 0.198 0.167 0.032 67 R 0.136 0.145 0.033 0.019 0.169 0.035 0.116 0.076 0.077 0.114 0.080 68 F 0.171 0.186 0.029 0.009 0.292 0.013 0.008 0.010 0.021 0.138 0.123 69 F 0.279 0.070 0.010 0.002 0.552 0.002 0.006 0.008 0.009 0.027 0.034 70 I 0.335 0.080 0.007 0.001 0.556 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 71 L 0.046 0.151 0.013 0.001 0.786 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 I 0.510 0.021 0.003 0.001 0.351 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.106 73 V 0.018 0.621 0.134 0.001 0.224 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 74 P 0.114 0.453 0.059 0.001 0.353 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 75 I 0.125 0.194 0.074 0.062 0.215 0.065 0.086 0.042 0.038 0.033 0.065 76 T 0.016 0.235 0.501 0.093 0.063 0.018 0.006 0.012 0.016 0.027 0.014 77 E 0.005 0.016 0.012 0.020 0.012 0.040 0.099 0.491 0.285 0.017 0.003 78 N 0.019 0.034 0.025 0.009 0.035 0.006 0.022 0.249 0.194 0.355 0.052 79 Q 0.054 0.058 0.014 0.008 0.065 0.018 0.064 0.381 0.136 0.173 0.028 80 F 0.190 0.091 0.021 0.006 0.248 0.008 0.014 0.206 0.061 0.084 0.071 81 R 0.056 0.167 0.026 0.028 0.202 0.047 0.061 0.291 0.062 0.044 0.015 82 E 0.315 0.056 0.008 0.004 0.348 0.005 0.020 0.098 0.024 0.058 0.064 83 R 0.206 0.112 0.011 0.003 0.594 0.003 0.006 0.034 0.006 0.008 0.016 84 I 0.257 0.102 0.005 0.002 0.571 0.003 0.008 0.027 0.003 0.004 0.017 85 V 0.399 0.067 0.017 0.005 0.377 0.007 0.015 0.030 0.004 0.014 0.065 86 I 0.091 0.101 0.033 0.085 0.125 0.096 0.109 0.079 0.047 0.146 0.087 87 G 0.077 0.141 0.221 0.185 0.104 0.040 0.016 0.030 0.029 0.108 0.047 88 Y 0.067 0.203 0.156 0.059 0.131 0.035 0.036 0.123 0.080 0.083 0.027 89 S 0.042 0.171 0.140 0.099 0.089 0.066 0.130 0.110 0.060 0.067 0.026 90 G 0.033 0.072 0.131 0.215 0.042 0.079 0.040 0.063 0.075 0.189 0.062 91 S 0.068 0.237 0.147 0.030 0.184 0.021 0.032 0.086 0.080 0.085 0.031 92 E 0.117 0.143 0.070 0.019 0.146 0.022 0.043 0.133 0.121 0.121 0.066 93 R 0.063 0.213 0.188 0.051 0.132 0.023 0.033 0.099 0.078 0.086 0.034 94 E 0.087 0.136 0.079 0.039 0.123 0.050 0.089 0.197 0.105 0.059 0.036 95 E 0.084 0.107 0.077 0.041 0.103 0.041 0.063 0.128 0.099 0.180 0.078 96 K 0.093 0.211 0.090 0.044 0.184 0.026 0.036 0.101 0.066 0.101 0.048 97 S 0.161 0.121 0.032 0.022 0.211 0.023 0.035 0.089 0.086 0.139 0.081 98 N 0.143 0.200 0.049 0.015 0.406 0.011 0.017 0.045 0.032 0.047 0.035 99 V 0.251 0.135 0.015 0.002 0.523 0.002 0.006 0.022 0.008 0.010 0.026 100 V 0.273 0.129 0.026 0.009 0.417 0.008 0.015 0.038 0.011 0.017 0.057 101 W 0.146 0.237 0.080 0.021 0.314 0.015 0.022 0.061 0.023 0.036 0.045