# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 82.3526 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.758 0.149 0.054 0.025 0.010 0.003 0.001 2 A 0.494 0.206 0.134 0.086 0.052 0.024 0.003 3 M 0.284 0.175 0.151 0.152 0.140 0.079 0.019 4 L 0.059 0.052 0.078 0.157 0.269 0.289 0.096 5 Y 0.027 0.030 0.075 0.151 0.217 0.348 0.153 6 L 0.015 0.013 0.019 0.039 0.091 0.380 0.443 7 I 0.014 0.016 0.027 0.068 0.131 0.383 0.361 8 F 0.021 0.026 0.047 0.113 0.234 0.410 0.150 9 Y 0.024 0.028 0.044 0.136 0.309 0.365 0.093 10 D 0.041 0.119 0.243 0.297 0.205 0.089 0.006 11 I 0.047 0.084 0.157 0.318 0.298 0.090 0.005 12 T 0.395 0.393 0.150 0.052 0.010 0.001 0.001 13 D 0.710 0.211 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 14 D 0.751 0.183 0.048 0.015 0.002 0.001 0.001 15 N 0.537 0.318 0.106 0.032 0.007 0.001 0.001 16 L 0.126 0.260 0.268 0.215 0.103 0.027 0.001 17 R 0.020 0.087 0.226 0.333 0.256 0.074 0.004 18 N 0.121 0.338 0.329 0.157 0.046 0.010 0.001 19 R 0.044 0.252 0.349 0.242 0.092 0.020 0.001 20 V 0.006 0.011 0.019 0.085 0.345 0.493 0.041 21 A 0.016 0.082 0.250 0.371 0.227 0.052 0.001 22 E 0.173 0.545 0.214 0.056 0.010 0.002 0.001 23 F 0.034 0.114 0.333 0.391 0.116 0.012 0.001 24 L 0.018 0.026 0.057 0.238 0.448 0.208 0.006 25 K 0.150 0.444 0.288 0.098 0.018 0.002 0.001 26 K 0.616 0.308 0.058 0.015 0.002 0.001 0.001 27 K 0.140 0.323 0.347 0.161 0.026 0.003 0.001 28 G 0.271 0.302 0.235 0.139 0.044 0.008 0.001 29 L 0.105 0.179 0.196 0.242 0.204 0.069 0.005 30 D 0.186 0.259 0.218 0.181 0.104 0.045 0.007 31 R 0.067 0.112 0.166 0.243 0.234 0.152 0.026 32 I 0.026 0.041 0.056 0.106 0.216 0.396 0.159 33 Q 0.032 0.054 0.077 0.142 0.229 0.297 0.170 34 Y 0.028 0.064 0.106 0.175 0.214 0.257 0.156 35 S 0.028 0.059 0.095 0.160 0.207 0.290 0.162 36 V 0.014 0.043 0.096 0.178 0.207 0.268 0.194 37 F 0.011 0.024 0.033 0.074 0.191 0.440 0.227 38 M 0.013 0.052 0.105 0.207 0.252 0.261 0.109 39 G 0.016 0.030 0.054 0.124 0.245 0.382 0.150 40 D 0.038 0.185 0.285 0.267 0.143 0.070 0.011 41 L 0.013 0.027 0.088 0.253 0.365 0.217 0.037 42 N 0.218 0.414 0.252 0.089 0.022 0.006 0.001 43 S 0.382 0.389 0.156 0.057 0.013 0.003 0.001 44 S 0.630 0.261 0.069 0.027 0.010 0.003 0.001 45 R 0.118 0.297 0.292 0.213 0.070 0.011 0.001 46 L 0.024 0.072 0.213 0.379 0.259 0.052 0.001 47 K 0.344 0.473 0.152 0.028 0.003 0.001 0.001 48 D 0.125 0.437 0.329 0.095 0.012 0.001 0.001 49 V 0.005 0.009 0.028 0.181 0.519 0.253 0.004 50 E 0.019 0.111 0.321 0.383 0.144 0.022 0.001 51 A 0.229 0.550 0.176 0.038 0.005 0.001 0.001 52 G 0.018 0.071 0.226 0.397 0.237 0.051 0.001 53 L 0.011 0.021 0.060 0.230 0.431 0.237 0.009 54 K 0.126 0.431 0.297 0.109 0.030 0.007 0.001 55 I 0.096 0.234 0.265 0.247 0.119 0.037 0.002 56 I 0.018 0.042 0.092 0.248 0.370 0.218 0.013 57 G 0.188 0.295 0.276 0.168 0.061 0.012 0.001 58 N 0.320 0.365 0.200 0.086 0.023 0.005 0.001 59 R 0.182 0.183 0.198 0.238 0.153 0.043 0.002 60 K 0.385 0.298 0.186 0.097 0.027 0.005 0.001 61 K 0.540 0.335 0.091 0.026 0.006 0.001 0.001 62 L 0.181 0.248 0.272 0.218 0.068 0.013 0.001 63 Q 0.226 0.243 0.234 0.199 0.080 0.018 0.001 64 E 0.681 0.235 0.058 0.020 0.005 0.001 0.001 65 D 0.728 0.197 0.053 0.018 0.003 0.001 0.001 66 E 0.512 0.363 0.098 0.023 0.003 0.001 0.001 67 R 0.120 0.341 0.323 0.168 0.044 0.005 0.001 68 F 0.004 0.019 0.071 0.253 0.425 0.220 0.008 69 F 0.004 0.034 0.175 0.359 0.276 0.133 0.019 70 I 0.001 0.007 0.014 0.039 0.148 0.565 0.225 71 L 0.003 0.019 0.067 0.194 0.281 0.340 0.097 72 I 0.003 0.014 0.041 0.103 0.259 0.454 0.127 73 V 0.010 0.038 0.067 0.151 0.251 0.373 0.110 74 P 0.019 0.087 0.196 0.330 0.262 0.100 0.006 75 I 0.024 0.056 0.128 0.303 0.349 0.131 0.008 76 T 0.181 0.352 0.273 0.146 0.040 0.008 0.001 77 E 0.607 0.281 0.078 0.026 0.006 0.001 0.001 78 N 0.471 0.325 0.138 0.053 0.011 0.002 0.001 79 Q 0.209 0.255 0.250 0.188 0.078 0.019 0.001 80 F 0.168 0.191 0.203 0.219 0.158 0.057 0.005 81 R 0.282 0.328 0.203 0.120 0.049 0.015 0.003 82 E 0.175 0.284 0.253 0.172 0.079 0.031 0.006 83 R 0.035 0.072 0.124 0.222 0.294 0.217 0.036 84 I 0.033 0.072 0.137 0.219 0.253 0.228 0.059 85 V 0.042 0.072 0.106 0.161 0.219 0.292 0.108 86 I 0.030 0.048 0.082 0.160 0.251 0.305 0.124 87 G 0.055 0.083 0.109 0.172 0.231 0.256 0.095 88 Y 0.123 0.164 0.198 0.224 0.174 0.097 0.020 89 S 0.319 0.281 0.181 0.121 0.063 0.028 0.007 90 G 0.353 0.239 0.178 0.127 0.068 0.030 0.005 91 S 0.369 0.250 0.175 0.118 0.060 0.024 0.003 92 E 0.476 0.261 0.144 0.079 0.031 0.008 0.001 93 R 0.586 0.259 0.094 0.042 0.014 0.004 0.001 94 E 0.450 0.235 0.148 0.106 0.047 0.012 0.001 95 E 0.506 0.254 0.133 0.072 0.027 0.007 0.001 96 K 0.355 0.305 0.188 0.105 0.037 0.009 0.001 97 S 0.140 0.188 0.224 0.241 0.145 0.058 0.005 98 N 0.104 0.171 0.211 0.261 0.175 0.072 0.006 99 V 0.062 0.058 0.103 0.200 0.262 0.265 0.049 100 V 0.113 0.078 0.075 0.109 0.183 0.349 0.094 101 W 0.127 0.115 0.142 0.186 0.190 0.178 0.062