# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.007 0.020 0.008 0.194 0.689 2 A 0.281 0.014 0.010 0.003 0.174 0.518 3 M 0.523 0.004 0.003 0.001 0.107 0.363 4 L 0.946 0.002 0.001 0.001 0.010 0.042 5 Y 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 6 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 F 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 9 Y 0.878 0.002 0.001 0.001 0.016 0.103 10 D 0.644 0.006 0.001 0.002 0.116 0.231 11 I 0.149 0.016 0.008 0.007 0.445 0.374 12 T 0.033 0.013 0.010 0.008 0.702 0.234 13 D 0.010 0.005 0.019 0.035 0.733 0.197 14 D 0.002 0.002 0.089 0.504 0.328 0.075 15 N 0.004 0.006 0.046 0.811 0.091 0.042 16 L 0.001 0.001 0.012 0.972 0.007 0.007 17 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 18 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 25 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.003 0.001 27 K 0.001 0.001 0.002 0.969 0.008 0.021 28 G 0.001 0.001 0.002 0.026 0.043 0.928 29 L 0.023 0.015 0.042 0.069 0.217 0.634 30 D 0.183 0.008 0.111 0.112 0.297 0.289 31 R 0.413 0.010 0.104 0.200 0.156 0.116 32 I 0.609 0.013 0.037 0.142 0.132 0.066 33 Q 0.616 0.009 0.022 0.066 0.184 0.102 34 Y 0.503 0.009 0.019 0.108 0.201 0.160 35 S 0.500 0.006 0.014 0.028 0.228 0.224 36 V 0.585 0.011 0.013 0.034 0.136 0.222 37 F 0.624 0.024 0.010 0.046 0.109 0.188 38 M 0.686 0.009 0.007 0.032 0.101 0.165 39 G 0.628 0.011 0.008 0.020 0.103 0.230 40 D 0.536 0.022 0.013 0.015 0.149 0.265 41 L 0.161 0.058 0.005 0.018 0.186 0.571 42 N 0.017 0.007 0.001 0.013 0.143 0.819 43 S 0.001 0.001 0.024 0.950 0.018 0.007 44 S 0.001 0.001 0.026 0.960 0.011 0.002 45 R 0.001 0.001 0.013 0.978 0.007 0.002 46 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 47 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 48 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 49 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 51 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.002 0.001 52 G 0.001 0.001 0.002 0.983 0.005 0.009 53 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.009 0.010 54 K 0.005 0.001 0.013 0.954 0.018 0.009 55 I 0.009 0.001 0.013 0.951 0.017 0.009 56 I 0.007 0.002 0.008 0.945 0.020 0.018 57 G 0.008 0.003 0.016 0.826 0.077 0.070 58 N 0.007 0.003 0.042 0.599 0.175 0.174 59 R 0.016 0.006 0.123 0.379 0.291 0.185 60 K 0.040 0.011 0.176 0.235 0.283 0.255 61 K 0.092 0.013 0.131 0.113 0.270 0.381 62 L 0.160 0.023 0.065 0.102 0.213 0.437 63 Q 0.155 0.034 0.030 0.069 0.224 0.488 64 E 0.093 0.020 0.032 0.035 0.427 0.394 65 D 0.023 0.003 0.291 0.090 0.435 0.158 66 E 0.055 0.007 0.404 0.066 0.364 0.105 67 R 0.174 0.023 0.195 0.028 0.455 0.125 68 F 0.234 0.005 0.025 0.006 0.349 0.380 69 F 0.718 0.006 0.004 0.003 0.100 0.170 70 I 0.978 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 71 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 73 V 0.954 0.001 0.001 0.001 0.007 0.036 74 P 0.817 0.001 0.001 0.001 0.033 0.146 75 I 0.391 0.013 0.003 0.002 0.097 0.493 76 T 0.149 0.013 0.011 0.006 0.484 0.337 77 E 0.020 0.003 0.259 0.099 0.531 0.088 78 N 0.009 0.001 0.330 0.226 0.397 0.037 79 Q 0.049 0.007 0.367 0.160 0.379 0.038 80 F 0.195 0.015 0.081 0.271 0.243 0.195 81 R 0.408 0.009 0.031 0.204 0.176 0.172 82 E 0.627 0.003 0.012 0.180 0.091 0.087 83 R 0.889 0.001 0.002 0.073 0.015 0.021 84 I 0.911 0.002 0.001 0.068 0.007 0.013 85 V 0.888 0.002 0.001 0.080 0.014 0.015 86 I 0.765 0.005 0.002 0.077 0.049 0.103 87 G 0.289 0.005 0.005 0.025 0.238 0.438 88 Y 0.199 0.021 0.010 0.017 0.386 0.367 89 S 0.129 0.020 0.012 0.015 0.348 0.475 90 G 0.076 0.017 0.025 0.020 0.462 0.401 91 S 0.056 0.012 0.025 0.017 0.376 0.514 92 E 0.091 0.024 0.084 0.043 0.335 0.423 93 R 0.129 0.031 0.142 0.052 0.324 0.323 94 E 0.143 0.023 0.156 0.052 0.334 0.292 95 E 0.155 0.027 0.143 0.043 0.344 0.288 96 K 0.156 0.014 0.057 0.025 0.392 0.358 97 S 0.163 0.005 0.025 0.011 0.376 0.419 98 N 0.436 0.013 0.009 0.005 0.194 0.343 99 V 0.700 0.024 0.004 0.004 0.073 0.195 100 V 0.696 0.042 0.003 0.004 0.045 0.211 101 W 0.417 0.015 0.002 0.005 0.091 0.469