# TARGET T0377 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.026 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.016 0.109 0.666 2 A 0.053 0.018 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.016 0.083 0.687 3 M 0.064 0.007 0.016 0.004 0.008 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.306 0.012 0.089 0.481 4 L 0.009 0.002 0.001 0.001 0.008 0.010 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.649 0.002 0.073 0.228 5 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.799 0.001 0.045 0.116 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.001 0.009 0.027 7 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.004 0.012 8 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.948 0.001 0.005 0.028 9 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.007 0.930 0.001 0.010 0.036 10 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.007 0.032 0.004 0.006 0.477 0.010 0.084 0.361 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.504 0.014 0.139 0.329 12 T 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.009 0.577 0.351 13 D 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.014 0.166 0.723 14 D 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.125 0.834 15 N 0.029 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.395 0.526 16 L 0.035 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.568 0.301 17 R 0.006 0.782 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.156 18 N 0.003 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.097 19 R 0.003 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.075 20 V 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 21 A 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 22 E 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 23 F 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 24 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 25 K 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 26 K 0.015 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 27 K 0.107 0.719 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.001 0.027 28 G 0.710 0.051 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.001 0.034 29 L 0.001 0.001 0.963 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 30 D 0.005 0.003 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.424 0.001 0.104 0.443 31 R 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.001 0.095 0.792 32 I 0.037 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.484 0.003 0.069 0.368 33 Q 0.021 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.004 0.019 0.126 34 Y 0.019 0.100 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.489 0.014 0.037 0.325 35 S 0.028 0.048 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.685 0.011 0.024 0.191 36 V 0.019 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.550 0.005 0.054 0.302 37 F 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.790 0.003 0.031 0.135 38 M 0.010 0.023 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.735 0.004 0.028 0.187 39 G 0.007 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.768 0.003 0.019 0.177 40 D 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.377 0.006 0.052 0.516 41 L 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.003 0.070 0.302 42 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.002 0.404 0.531 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.004 0.022 0.923 44 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.463 0.520 45 R 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.748 0.178 46 L 0.035 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.089 47 K 0.005 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.082 48 D 0.008 0.868 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.112 49 V 0.007 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.051 50 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 51 A 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 52 G 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 53 L 0.010 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.022 54 K 0.019 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.037 55 I 0.048 0.833 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.073 56 I 0.078 0.800 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.084 57 G 0.032 0.801 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.006 0.134 58 N 0.029 0.593 0.081 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.017 0.246 59 R 0.139 0.463 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.046 0.028 0.261 60 K 0.200 0.433 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.050 0.031 0.245 61 K 0.133 0.229 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.048 0.041 0.135 0.366 62 L 0.165 0.169 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.019 0.003 0.044 0.023 0.084 0.443 63 Q 0.186 0.126 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.172 0.011 0.087 0.388 64 E 0.200 0.115 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 0.025 0.058 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.121 0.013 0.059 0.333 65 D 0.044 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.012 0.041 0.821 66 E 0.068 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.026 0.325 0.466 67 R 0.412 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.066 0.135 0.327 68 F 0.054 0.049 0.011 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.409 0.022 0.092 0.348 69 F 0.032 0.003 0.019 0.001 0.038 0.014 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.434 0.009 0.142 0.289 70 I 0.018 0.003 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.536 0.002 0.051 0.373 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.001 0.004 0.015 72 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.323 0.002 0.053 0.612 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.965 0.001 0.004 0.017 74 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.701 0.004 0.056 0.227 76 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.063 0.002 0.227 0.688 77 E 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.006 0.034 0.866 78 N 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.015 0.223 0.706 79 Q 0.211 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.398 0.336 80 F 0.099 0.330 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.015 0.078 0.419 81 R 0.022 0.224 0.007 0.001 0.014 0.015 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.016 0.057 0.377 82 E 0.071 0.175 0.006 0.001 0.006 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.027 0.045 0.456 83 R 0.082 0.203 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.384 0.017 0.025 0.250 84 I 0.022 0.171 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.552 0.007 0.029 0.168 85 V 0.013 0.112 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 0.004 0.004 0.576 0.005 0.026 0.215 86 I 0.007 0.074 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.016 0.011 0.013 0.011 0.669 0.005 0.020 0.152 87 G 0.012 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.002 0.004 0.006 0.007 0.004 0.006 0.495 0.013 0.038 0.346 88 Y 0.038 0.014 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.325 0.007 0.055 0.491 89 S 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.116 0.005 0.100 0.716 90 G 0.065 0.007 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.010 0.071 0.754 91 S 0.098 0.011 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.050 0.008 0.183 0.616 92 E 0.033 0.009 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.084 0.825 93 R 0.066 0.026 0.001 0.001 0.010 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.238 0.586 94 E 0.119 0.049 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.016 0.185 0.554 95 E 0.136 0.124 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.020 0.119 0.527 96 K 0.104 0.134 0.009 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.023 0.132 0.514 97 S 0.102 0.095 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.035 0.075 0.540 98 N 0.102 0.052 0.011 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.216 0.038 0.095 0.470 99 V 0.073 0.019 0.019 0.002 0.003 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.357 0.011 0.117 0.385 100 V 0.011 0.015 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.002 0.599 0.003 0.063 0.278 101 W 0.004 0.015 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 0.009 0.007 0.004 0.585 0.003 0.045 0.293