# TARGET T0377 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0377.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.9037 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.293 0.318 0.074 0.068 0.039 0.036 0.006 0.036 0.004 0.001 2 A 0.220 0.212 0.341 0.111 0.035 0.030 0.029 0.006 0.010 0.003 0.002 3 M 0.034 0.499 0.193 0.038 0.172 0.020 0.016 0.003 0.022 0.003 0.001 4 L 0.012 0.595 0.317 0.008 0.040 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 5 Y 0.002 0.818 0.126 0.001 0.024 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 6 L 0.002 0.661 0.300 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 7 I 0.002 0.849 0.096 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 8 F 0.003 0.724 0.196 0.002 0.017 0.033 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 9 Y 0.010 0.732 0.124 0.003 0.041 0.042 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 10 D 0.017 0.183 0.369 0.013 0.011 0.313 0.008 0.001 0.084 0.001 0.001 11 I 0.254 0.219 0.215 0.179 0.030 0.063 0.005 0.001 0.032 0.001 0.002 12 T 0.303 0.085 0.205 0.267 0.044 0.046 0.009 0.004 0.011 0.024 0.001 13 D 0.315 0.078 0.124 0.193 0.073 0.053 0.055 0.008 0.073 0.027 0.001 14 D 0.867 0.002 0.011 0.088 0.002 0.007 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 15 N 0.852 0.002 0.006 0.101 0.001 0.006 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 16 L 0.945 0.001 0.002 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.984 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.985 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 K 0.205 0.001 0.005 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.019 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.188 0.730 0.001 0.053 0.001 29 L 0.155 0.116 0.550 0.055 0.018 0.090 0.006 0.001 0.007 0.003 0.001 30 D 0.452 0.109 0.145 0.165 0.064 0.033 0.013 0.005 0.009 0.005 0.001 31 R 0.331 0.322 0.134 0.050 0.100 0.029 0.004 0.002 0.025 0.002 0.001 32 I 0.286 0.382 0.145 0.042 0.014 0.078 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 33 Q 0.173 0.419 0.158 0.078 0.026 0.093 0.006 0.001 0.045 0.001 0.001 34 Y 0.122 0.292 0.157 0.079 0.165 0.037 0.091 0.012 0.041 0.004 0.001 35 S 0.098 0.262 0.196 0.042 0.346 0.012 0.007 0.015 0.003 0.018 0.001 36 V 0.078 0.686 0.069 0.066 0.065 0.010 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 37 F 0.048 0.525 0.224 0.015 0.119 0.037 0.007 0.002 0.018 0.005 0.001 38 M 0.071 0.648 0.096 0.052 0.029 0.037 0.006 0.001 0.061 0.001 0.001 39 G 0.098 0.325 0.180 0.032 0.257 0.026 0.034 0.010 0.024 0.012 0.001 40 D 0.031 0.375 0.323 0.017 0.030 0.136 0.019 0.001 0.061 0.001 0.007 41 L 0.055 0.374 0.416 0.064 0.023 0.049 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 42 N 0.005 0.137 0.558 0.003 0.101 0.110 0.002 0.001 0.076 0.007 0.001 43 S 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.887 0.001 0.002 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 L 0.964 0.001 0.006 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 K 0.979 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 D 0.952 0.002 0.004 0.031 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 49 V 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 A 0.974 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 G 0.928 0.001 0.002 0.054 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 53 L 0.859 0.013 0.060 0.053 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 K 0.929 0.015 0.017 0.023 0.003 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 55 I 0.870 0.033 0.027 0.054 0.002 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 56 I 0.655 0.069 0.066 0.167 0.005 0.019 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 57 G 0.642 0.028 0.060 0.037 0.053 0.009 0.068 0.050 0.006 0.046 0.001 58 N 0.542 0.027 0.080 0.220 0.020 0.053 0.031 0.005 0.018 0.003 0.001 59 R 0.817 0.022 0.032 0.098 0.004 0.009 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 60 K 0.796 0.037 0.062 0.075 0.004 0.010 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 61 K 0.630 0.074 0.129 0.080 0.021 0.015 0.030 0.005 0.014 0.001 0.001 62 L 0.614 0.068 0.146 0.132 0.006 0.021 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 63 Q 0.304 0.223 0.198 0.182 0.024 0.041 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 64 E 0.075 0.188 0.390 0.043 0.088 0.068 0.025 0.002 0.107 0.013 0.001 65 D 0.733 0.012 0.062 0.131 0.009 0.009 0.022 0.014 0.003 0.004 0.002 66 E 0.541 0.063 0.063 0.279 0.014 0.010 0.016 0.006 0.007 0.001 0.001 67 R 0.198 0.344 0.147 0.203 0.051 0.020 0.011 0.003 0.021 0.002 0.001 68 F 0.025 0.422 0.258 0.082 0.077 0.049 0.040 0.002 0.043 0.001 0.001 69 F 0.003 0.709 0.168 0.010 0.086 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 70 I 0.001 0.898 0.065 0.001 0.029 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 L 0.001 0.931 0.042 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 72 I 0.001 0.750 0.206 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 73 V 0.001 0.722 0.073 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 0.162 0.001 0.001 74 P 0.005 0.095 0.804 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 75 I 0.039 0.390 0.429 0.039 0.024 0.061 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 76 T 0.011 0.240 0.511 0.007 0.117 0.061 0.003 0.001 0.040 0.009 0.001 77 E 0.923 0.004 0.014 0.045 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 78 N 0.582 0.006 0.025 0.340 0.003 0.009 0.019 0.009 0.005 0.001 0.001 79 Q 0.610 0.027 0.041 0.284 0.004 0.011 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 80 F 0.392 0.116 0.266 0.121 0.019 0.030 0.032 0.005 0.012 0.005 0.001 81 R 0.399 0.173 0.203 0.109 0.038 0.024 0.029 0.007 0.015 0.002 0.001 82 E 0.160 0.399 0.278 0.051 0.056 0.027 0.014 0.002 0.013 0.001 0.001 83 R 0.052 0.639 0.223 0.020 0.028 0.018 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 84 I 0.032 0.696 0.195 0.004 0.017 0.024 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 85 V 0.039 0.436 0.398 0.005 0.005 0.082 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 86 I 0.088 0.446 0.154 0.178 0.017 0.039 0.008 0.001 0.070 0.001 0.001 87 G 0.020 0.030 0.127 0.013 0.332 0.007 0.052 0.162 0.003 0.254 0.001 88 Y 0.171 0.358 0.206 0.159 0.045 0.023 0.005 0.002 0.026 0.003 0.001 89 S 0.123 0.128 0.410 0.172 0.039 0.030 0.051 0.009 0.024 0.014 0.001 90 G 0.062 0.019 0.112 0.029 0.121 0.004 0.054 0.299 0.003 0.296 0.001 91 S 0.137 0.153 0.522 0.062 0.064 0.022 0.007 0.004 0.018 0.008 0.004 92 E 0.340 0.102 0.381 0.075 0.032 0.027 0.012 0.009 0.009 0.006 0.005 93 R 0.334 0.202 0.253 0.107 0.039 0.027 0.010 0.004 0.021 0.003 0.001 94 E 0.350 0.143 0.278 0.101 0.046 0.027 0.014 0.006 0.026 0.007 0.002 95 E 0.305 0.138 0.260 0.130 0.038 0.058 0.025 0.007 0.030 0.004 0.004 96 K 0.291 0.180 0.245 0.153 0.029 0.035 0.023 0.004 0.034 0.003 0.001 97 S 0.254 0.150 0.265 0.153 0.068 0.027 0.043 0.016 0.013 0.010 0.003 98 N 0.135 0.283 0.249 0.132 0.073 0.048 0.034 0.006 0.037 0.002 0.001 99 V 0.054 0.542 0.292 0.019 0.042 0.027 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 100 V 0.071 0.597 0.195 0.025 0.013 0.051 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 101 W 0.082 0.337 0.365 0.042 0.042 0.081 0.008 0.002 0.037 0.003 0.001