# TARGET T0376 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0376.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 729 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.013 0.007 0.030 0.197 0.726 2 T 0.044 0.036 0.024 0.051 0.301 0.545 3 A 0.039 0.017 0.089 0.061 0.425 0.369 4 S 0.035 0.011 0.123 0.049 0.476 0.307 5 I 0.078 0.029 0.090 0.026 0.466 0.312 6 F 0.137 0.043 0.031 0.013 0.457 0.319 7 S 0.176 0.012 0.017 0.008 0.389 0.398 8 G 0.407 0.013 0.012 0.007 0.261 0.300 9 V 0.702 0.017 0.005 0.006 0.091 0.179 10 I 0.742 0.010 0.005 0.005 0.050 0.188 11 P 0.761 0.014 0.012 0.007 0.056 0.150 12 A 0.599 0.014 0.024 0.006 0.093 0.265 13 L 0.528 0.005 0.026 0.009 0.139 0.292 14 M 0.536 0.034 0.020 0.004 0.132 0.274 15 T 0.482 0.056 0.006 0.003 0.213 0.241 16 P 0.474 0.022 0.009 0.002 0.237 0.256 17 C 0.381 0.123 0.006 0.002 0.260 0.228 18 R 0.042 0.033 0.003 0.002 0.904 0.016 19 Q 0.007 0.002 0.011 0.008 0.953 0.020 20 D 0.005 0.002 0.005 0.002 0.958 0.028 21 R 0.029 0.026 0.003 0.002 0.864 0.076 22 T 0.047 0.022 0.001 0.002 0.053 0.875 23 P 0.223 0.430 0.002 0.005 0.044 0.296 24 D 0.115 0.013 0.004 0.018 0.082 0.767 25 F 0.003 0.001 0.038 0.892 0.040 0.027 26 D 0.001 0.001 0.020 0.962 0.015 0.003 27 A 0.001 0.001 0.016 0.975 0.008 0.001 28 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 29 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 31 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 32 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 33 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 36 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 37 A 0.001 0.001 0.005 0.972 0.017 0.006 38 D 0.001 0.001 0.010 0.819 0.060 0.110 39 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.085 0.909 40 M 0.011 0.002 0.001 0.001 0.118 0.869 41 S 0.074 0.002 0.001 0.001 0.104 0.820 42 A 0.934 0.004 0.001 0.001 0.014 0.046 43 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 44 V 0.981 0.003 0.001 0.001 0.003 0.012 45 Y 0.903 0.005 0.002 0.002 0.026 0.064 46 C 0.483 0.008 0.006 0.004 0.135 0.365 47 G 0.075 0.013 0.023 0.017 0.429 0.442 48 S 0.034 0.021 0.099 0.079 0.559 0.208 49 M 0.017 0.015 0.119 0.072 0.596 0.180 50 G 0.010 0.008 0.116 0.066 0.597 0.202 51 D 0.010 0.005 0.305 0.122 0.404 0.154 52 W 0.011 0.013 0.568 0.134 0.235 0.040 53 P 0.010 0.003 0.514 0.120 0.311 0.042 54 L 0.023 0.010 0.254 0.083 0.419 0.212 55 L 0.017 0.023 0.013 0.018 0.369 0.560 56 T 0.003 0.003 0.001 0.019 0.084 0.889 57 D 0.001 0.001 0.005 0.974 0.013 0.007 58 E 0.001 0.001 0.005 0.985 0.009 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.008 0.986 0.005 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 63 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 64 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 66 R 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.005 67 L 0.002 0.001 0.006 0.968 0.014 0.009 68 V 0.003 0.001 0.020 0.877 0.066 0.033 69 K 0.006 0.002 0.029 0.512 0.247 0.205 70 A 0.005 0.001 0.006 0.028 0.407 0.553 71 G 0.006 0.001 0.002 0.002 0.211 0.778 72 I 0.215 0.007 0.002 0.001 0.189 0.586 73 P 0.668 0.003 0.002 0.001 0.060 0.266 74 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 75 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 76 V 0.955 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 77 G 0.776 0.003 0.002 0.004 0.064 0.151 78 T 0.314 0.019 0.010 0.009 0.281 0.367 79 G 0.088 0.020 0.033 0.018 0.575 0.266 80 A 0.024 0.009 0.058 0.034 0.676 0.199 81 V 0.025 0.013 0.093 0.111 0.571 0.187 82 N 0.027 0.019 0.022 0.162 0.431 0.339 83 T 0.002 0.001 0.008 0.912 0.040 0.038 84 A 0.001 0.001 0.002 0.978 0.012 0.007 85 S 0.001 0.001 0.002 0.979 0.013 0.005 86 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 87 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 89 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.005 90 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.005 91 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.009 0.004 92 H 0.001 0.001 0.001 0.980 0.013 0.005 93 A 0.001 0.001 0.004 0.975 0.016 0.004 94 Q 0.001 0.001 0.009 0.975 0.011 0.004 95 K 0.001 0.001 0.017 0.950 0.022 0.009 96 V 0.001 0.001 0.013 0.881 0.030 0.075 97 G 0.002 0.001 0.002 0.011 0.086 0.899 98 A 0.015 0.001 0.001 0.002 0.145 0.836 99 K 0.132 0.003 0.002 0.001 0.138 0.724 100 G 0.957 0.003 0.001 0.001 0.009 0.030 101 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 102 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 104 I 0.847 0.004 0.001 0.001 0.027 0.120 105 P 0.418 0.007 0.007 0.005 0.190 0.373 106 R 0.187 0.013 0.083 0.012 0.400 0.305 107 V 0.192 0.021 0.132 0.021 0.434 0.200 108 L 0.156 0.032 0.153 0.028 0.439 0.191 109 S 0.088 0.021 0.078 0.022 0.511 0.280 110 R 0.052 0.009 0.047 0.025 0.515 0.352 111 G 0.020 0.008 0.021 0.016 0.413 0.521 112 S 0.014 0.038 0.006 0.015 0.299 0.628 113 V 0.005 0.005 0.002 0.018 0.102 0.868 114 I 0.001 0.001 0.016 0.942 0.024 0.017 115 A 0.001 0.001 0.012 0.956 0.025 0.006 116 A 0.001 0.001 0.014 0.961 0.021 0.004 117 Q 0.001 0.001 0.003 0.980 0.008 0.008 118 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.002 119 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 120 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 121 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 122 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 124 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 125 L 0.001 0.001 0.005 0.982 0.009 0.003 126 S 0.001 0.001 0.013 0.928 0.038 0.020 127 A 0.001 0.001 0.034 0.808 0.091 0.066 128 A 0.003 0.008 0.113 0.372 0.345 0.159 129 P 0.003 0.001 0.066 0.032 0.579 0.320 130 E 0.009 0.002 0.073 0.020 0.508 0.389 131 I 0.087 0.009 0.009 0.006 0.461 0.427 132 P 0.212 0.002 0.005 0.004 0.170 0.607 133 A 0.950 0.003 0.001 0.002 0.012 0.032 134 V 0.986 0.002 0.001 0.001 0.003 0.007 135 I 0.977 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 136 Y 0.895 0.001 0.003 0.005 0.036 0.060 137 N 0.525 0.015 0.004 0.008 0.149 0.300 138 S 0.198 0.031 0.008 0.011 0.399 0.354 139 P 0.097 0.011 0.018 0.009 0.540 0.326 140 Y 0.059 0.017 0.075 0.022 0.610 0.216 141 Y 0.082 0.011 0.067 0.035 0.523 0.282 142 G 0.161 0.025 0.060 0.053 0.404 0.298 143 F 0.118 0.016 0.009 0.012 0.265 0.580 144 A 0.204 0.043 0.005 0.007 0.167 0.573 145 T 0.091 0.025 0.004 0.007 0.149 0.725 146 R 0.029 0.047 0.013 0.054 0.190 0.667 147 A 0.010 0.004 0.004 0.059 0.058 0.865 148 D 0.001 0.001 0.021 0.953 0.013 0.012 149 L 0.001 0.001 0.012 0.968 0.011 0.008 150 F 0.001 0.001 0.014 0.979 0.005 0.002 151 F 0.001 0.001 0.010 0.980 0.006 0.003 152 A 0.001 0.001 0.021 0.967 0.009 0.002 153 L 0.001 0.001 0.040 0.943 0.013 0.003 154 R 0.001 0.001 0.060 0.918 0.018 0.004 155 A 0.001 0.001 0.129 0.794 0.055 0.020 156 E 0.002 0.002 0.072 0.441 0.306 0.176 157 H 0.005 0.003 0.020 0.026 0.746 0.201 158 K 0.004 0.001 0.005 0.001 0.700 0.290 159 N 0.102 0.004 0.015 0.001 0.682 0.196 160 L 0.871 0.007 0.002 0.001 0.091 0.029 161 V 0.955 0.002 0.001 0.001 0.011 0.031 162 G 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 163 F 0.965 0.006 0.001 0.001 0.006 0.022 164 K 0.752 0.009 0.006 0.009 0.070 0.155 165 E 0.270 0.012 0.063 0.018 0.404 0.233 166 F 0.078 0.016 0.074 0.022 0.476 0.335 167 G 0.014 0.010 0.027 0.014 0.498 0.438 168 G 0.009 0.021 0.009 0.008 0.341 0.612 169 P 0.007 0.010 0.007 0.036 0.218 0.722 170 A 0.001 0.001 0.045 0.875 0.060 0.019 171 D 0.001 0.001 0.026 0.920 0.044 0.009 172 M 0.001 0.001 0.019 0.952 0.023 0.005 173 R 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.004 174 Y 0.002 0.001 0.002 0.988 0.005 0.003 175 A 0.002 0.001 0.002 0.986 0.006 0.003 176 A 0.002 0.001 0.002 0.989 0.004 0.003 177 E 0.004 0.001 0.004 0.980 0.007 0.005 178 N 0.003 0.001 0.007 0.968 0.011 0.010 179 I 0.005 0.001 0.010 0.940 0.019 0.026 180 T 0.010 0.004 0.013 0.853 0.045 0.075 181 S 0.011 0.004 0.038 0.544 0.212 0.191 182 R 0.012 0.004 0.061 0.230 0.399 0.294 183 D 0.017 0.011 0.054 0.089 0.532 0.297 184 D 0.022 0.006 0.052 0.036 0.622 0.262 185 E 0.031 0.005 0.046 0.021 0.547 0.350 186 V 0.156 0.012 0.076 0.025 0.420 0.311 187 T 0.635 0.014 0.019 0.012 0.146 0.174 188 L 0.830 0.007 0.007 0.006 0.045 0.104 189 M 0.924 0.007 0.003 0.003 0.019 0.044 190 I 0.899 0.004 0.003 0.004 0.027 0.062 191 G 0.652 0.010 0.006 0.010 0.092 0.229 192 V 0.109 0.008 0.014 0.023 0.235 0.611 193 D 0.045 0.015 0.036 0.045 0.351 0.509 194 T 0.004 0.002 0.191 0.511 0.234 0.059 195 A 0.004 0.002 0.173 0.684 0.115 0.023 196 V 0.006 0.006 0.166 0.717 0.089 0.015 197 V 0.006 0.002 0.059 0.802 0.089 0.042 198 H 0.004 0.001 0.031 0.911 0.041 0.012 199 G 0.003 0.001 0.036 0.922 0.032 0.006 200 F 0.002 0.001 0.041 0.919 0.033 0.005 201 V 0.001 0.001 0.034 0.937 0.022 0.006 202 N 0.001 0.001 0.015 0.954 0.020 0.009 203 C 0.001 0.001 0.007 0.926 0.025 0.041 204 G 0.005 0.002 0.002 0.045 0.121 0.826 205 A 0.033 0.006 0.006 0.037 0.228 0.690 206 T 0.223 0.011 0.016 0.043 0.329 0.378 207 G 0.523 0.008 0.021 0.045 0.191 0.211 208 A 0.766 0.014 0.018 0.046 0.076 0.080 209 I 0.830 0.007 0.010 0.042 0.051 0.061 210 T 0.749 0.008 0.011 0.078 0.061 0.092 211 G 0.402 0.011 0.041 0.130 0.133 0.283 212 I 0.243 0.016 0.227 0.233 0.184 0.097 213 G 0.110 0.004 0.409 0.167 0.237 0.074 214 N 0.068 0.010 0.329 0.228 0.283 0.082 215 V 0.054 0.032 0.142 0.169 0.375 0.229 216 L 0.019 0.006 0.018 0.089 0.289 0.578 217 P 0.001 0.001 0.035 0.825 0.093 0.045 218 K 0.001 0.001 0.018 0.944 0.029 0.008 219 E 0.001 0.001 0.012 0.974 0.011 0.002 220 V 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 221 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 222 H 0.002 0.001 0.001 0.988 0.005 0.004 223 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.007 224 C 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 225 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.009 0.006 226 L 0.001 0.001 0.003 0.981 0.011 0.006 227 S 0.001 0.001 0.007 0.951 0.024 0.017 228 Q 0.001 0.001 0.017 0.843 0.084 0.055 229 A 0.001 0.001 0.009 0.538 0.216 0.237 230 A 0.001 0.001 0.003 0.050 0.212 0.735 231 A 0.001 0.002 0.003 0.034 0.136 0.826 232 K 0.001 0.001 0.011 0.836 0.086 0.065 233 G 0.001 0.001 0.007 0.922 0.053 0.017 234 D 0.001 0.001 0.007 0.964 0.020 0.009 235 A 0.002 0.001 0.005 0.970 0.012 0.011 236 D 0.001 0.001 0.002 0.982 0.009 0.006 237 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.008 0.004 238 R 0.001 0.001 0.002 0.981 0.008 0.009 239 A 0.001 0.001 0.004 0.966 0.014 0.015 240 R 0.001 0.001 0.006 0.948 0.021 0.024 241 A 0.001 0.001 0.008 0.905 0.038 0.048 242 L 0.001 0.001 0.005 0.877 0.036 0.080 243 E 0.001 0.001 0.011 0.751 0.063 0.172 244 L 0.001 0.001 0.024 0.831 0.060 0.082 245 E 0.002 0.001 0.029 0.897 0.041 0.030 246 Q 0.004 0.001 0.037 0.884 0.047 0.026 247 A 0.007 0.001 0.036 0.886 0.041 0.030 248 L 0.008 0.001 0.033 0.869 0.049 0.040 249 A 0.010 0.003 0.028 0.864 0.056 0.040 250 V 0.015 0.004 0.030 0.802 0.085 0.064 251 L 0.016 0.004 0.033 0.661 0.164 0.121 252 S 0.011 0.005 0.031 0.393 0.306 0.255 253 S 0.006 0.004 0.019 0.131 0.380 0.460 254 F 0.005 0.006 0.010 0.068 0.260 0.652 255 D 0.005 0.006 0.033 0.559 0.159 0.238 256 E 0.005 0.003 0.021 0.739 0.103 0.128 257 G 0.003 0.002 0.013 0.939 0.019 0.024 258 P 0.002 0.001 0.007 0.978 0.008 0.005 259 D 0.001 0.001 0.005 0.981 0.009 0.004 260 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 261 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 262 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 263 Y 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.004 264 F 0.001 0.001 0.004 0.975 0.010 0.010 265 K 0.001 0.001 0.004 0.899 0.023 0.072 266 Y 0.004 0.002 0.002 0.057 0.094 0.840 267 M 0.042 0.016 0.011 0.045 0.196 0.690 268 M 0.142 0.034 0.029 0.048 0.291 0.456 269 V 0.076 0.019 0.097 0.052 0.375 0.382 270 L 0.065 0.013 0.069 0.021 0.391 0.441 271 K 0.061 0.014 0.059 0.014 0.367 0.484 272 G 0.081 0.021 0.019 0.012 0.200 0.667 273 D 0.085 0.044 0.021 0.012 0.204 0.635 274 K 0.085 0.047 0.011 0.013 0.258 0.586 275 E 0.069 0.007 0.018 0.016 0.287 0.603 276 Y 0.061 0.019 0.024 0.018 0.358 0.520 277 T 0.079 0.025 0.021 0.018 0.360 0.497 278 L 0.033 0.018 0.010 0.010 0.175 0.754 279 H 0.007 0.010 0.003 0.007 0.152 0.820 280 F 0.001 0.001 0.002 0.014 0.073 0.909 281 N 0.001 0.001 0.013 0.882 0.047 0.057 282 E 0.001 0.001 0.011 0.928 0.044 0.016 283 T 0.001 0.001 0.011 0.956 0.024 0.008 284 D 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.006 285 A 0.001 0.001 0.003 0.981 0.010 0.005 286 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.009 0.009 287 T 0.001 0.001 0.001 0.981 0.006 0.012 288 D 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.007 289 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.006 0.008 290 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.006 291 R 0.001 0.001 0.006 0.965 0.016 0.012 292 G 0.001 0.001 0.007 0.934 0.037 0.022 293 Y 0.001 0.001 0.007 0.862 0.050 0.081 294 V 0.001 0.001 0.002 0.886 0.026 0.085 295 E 0.001 0.001 0.003 0.918 0.025 0.055 296 A 0.001 0.001 0.004 0.958 0.020 0.017 297 Q 0.001 0.001 0.004 0.969 0.013 0.012 298 F 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.002 299 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 300 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.003 0.006 301 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 302 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 303 S 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 304 W 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 305 Y 0.002 0.001 0.011 0.961 0.019 0.006 306 A 0.002 0.001 0.017 0.906 0.055 0.020 307 D 0.002 0.002 0.026 0.542 0.205 0.222 308 W 0.002 0.003 0.325 0.346 0.233 0.091 309 S 0.004 0.016 0.435 0.195 0.238 0.113 310 K 0.003 0.004 0.485 0.173 0.205 0.130 311 L 0.007 0.008 0.103 0.173 0.429 0.279 312 P 0.009 0.004 0.039 0.138 0.466 0.344 313 G 0.047 0.011 0.024 0.187 0.437 0.294 314 A 0.180 0.017 0.020 0.506 0.174 0.103 315 V 0.280 0.017 0.011 0.529 0.066 0.097 316 Q 0.253 0.006 0.016 0.584 0.054 0.087 317 T 0.189 0.013 0.020 0.531 0.080 0.167 318 C 0.037 0.006 0.043 0.644 0.083 0.187 319 K 0.022 0.004 0.133 0.695 0.078 0.068 320 A 0.010 0.004 0.133 0.683 0.090 0.081 321 A 0.009 0.007 0.070 0.525 0.126 0.263