# TARGET T0375 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1213 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 S 0.074 0.004 0.001 0.003 0.006 0.005 0.907 3 Q 0.345 0.004 0.002 0.008 0.299 0.011 0.331 4 I 0.936 0.006 0.001 0.006 0.004 0.002 0.045 5 L 0.975 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 6 C 0.976 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 7 V 0.918 0.001 0.001 0.004 0.011 0.008 0.056 8 G 0.729 0.003 0.009 0.008 0.087 0.030 0.134 9 L 0.567 0.005 0.035 0.024 0.138 0.031 0.199 10 V 0.667 0.017 0.052 0.040 0.075 0.045 0.104 11 V 0.775 0.009 0.025 0.042 0.042 0.026 0.081 12 L 0.820 0.012 0.015 0.033 0.027 0.015 0.078 13 D 0.752 0.007 0.010 0.041 0.034 0.017 0.139 14 V 0.726 0.010 0.020 0.042 0.028 0.032 0.142 15 I 0.722 0.014 0.013 0.033 0.042 0.022 0.154 16 S 0.564 0.014 0.020 0.024 0.086 0.044 0.248 17 L 0.381 0.027 0.017 0.022 0.130 0.050 0.373 18 V 0.176 0.022 0.038 0.023 0.153 0.100 0.488 19 D 0.078 0.010 0.048 0.023 0.190 0.336 0.314 20 K 0.065 0.015 0.050 0.023 0.273 0.270 0.305 21 Y 0.074 0.031 0.024 0.017 0.312 0.067 0.475 22 P 0.053 0.033 0.021 0.019 0.169 0.076 0.629 23 K 0.054 0.028 0.036 0.026 0.163 0.132 0.560 24 E 0.028 0.009 0.061 0.040 0.151 0.520 0.191 25 D 0.041 0.008 0.062 0.030 0.178 0.455 0.226 26 S 0.150 0.023 0.054 0.055 0.243 0.089 0.386 27 E 0.389 0.065 0.030 0.057 0.087 0.050 0.323 28 I 0.483 0.039 0.024 0.054 0.075 0.043 0.283 29 R 0.488 0.044 0.021 0.045 0.065 0.056 0.281 30 C 0.332 0.021 0.057 0.061 0.119 0.102 0.308 31 L 0.229 0.013 0.099 0.066 0.166 0.176 0.252 32 S 0.270 0.012 0.099 0.072 0.155 0.145 0.248 33 Q 0.482 0.023 0.049 0.045 0.088 0.079 0.234 34 R 0.545 0.023 0.032 0.035 0.087 0.053 0.225 35 W 0.546 0.066 0.026 0.033 0.105 0.043 0.181 36 Q 0.284 0.026 0.023 0.029 0.142 0.065 0.432 37 R 0.068 0.015 0.024 0.021 0.270 0.242 0.360 38 G 0.021 0.010 0.012 0.037 0.400 0.208 0.313 39 G 0.006 0.007 0.017 0.128 0.321 0.134 0.386 40 N 0.001 0.001 0.021 0.813 0.053 0.063 0.047 41 A 0.001 0.001 0.007 0.927 0.013 0.033 0.018 42 S 0.001 0.001 0.002 0.978 0.006 0.006 0.006 43 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.003 0.005 44 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 45 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 46 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 49 S 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.012 0.001 50 L 0.001 0.001 0.003 0.891 0.002 0.102 0.002 51 L 0.001 0.001 0.004 0.316 0.019 0.652 0.009 52 G 0.001 0.001 0.004 0.016 0.064 0.804 0.110 53 A 0.048 0.008 0.002 0.005 0.121 0.014 0.802 54 P 0.305 0.008 0.003 0.002 0.270 0.018 0.394 55 C 0.918 0.007 0.001 0.001 0.008 0.003 0.062 56 A 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 57 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 58 M 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 59 G 0.886 0.004 0.003 0.005 0.024 0.004 0.074 60 S 0.669 0.008 0.012 0.010 0.061 0.017 0.223 61 M 0.297 0.019 0.017 0.016 0.183 0.075 0.392 62 A 0.083 0.022 0.010 0.013 0.357 0.091 0.424 63 P 0.013 0.017 0.016 0.031 0.521 0.082 0.319 64 G 0.005 0.008 0.013 0.134 0.373 0.066 0.401 65 H 0.001 0.001 0.035 0.800 0.027 0.118 0.018 66 V 0.001 0.001 0.016 0.861 0.010 0.102 0.010 67 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.004 0.012 0.004 68 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.002 69 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 73 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 75 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 76 R 0.001 0.001 0.005 0.908 0.004 0.080 0.002 77 Y 0.001 0.001 0.004 0.194 0.010 0.790 0.002 78 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.962 0.014 79 V 0.041 0.014 0.001 0.002 0.067 0.009 0.866 80 D 0.231 0.030 0.002 0.001 0.037 0.005 0.693 81 L 0.420 0.020 0.109 0.010 0.091 0.066 0.283 82 R 0.446 0.007 0.138 0.014 0.099 0.109 0.189 83 Y 0.677 0.004 0.059 0.011 0.068 0.037 0.145 84 T 0.807 0.007 0.007 0.007 0.026 0.006 0.140 85 V 0.785 0.023 0.005 0.009 0.023 0.007 0.148 86 F 0.722 0.035 0.006 0.011 0.030 0.012 0.185 87 Q 0.339 0.016 0.013 0.011 0.087 0.062 0.472 88 T 0.055 0.005 0.019 0.008 0.259 0.522 0.132 89 T 0.038 0.006 0.016 0.003 0.358 0.434 0.146 90 G 0.123 0.016 0.007 0.002 0.398 0.040 0.414 91 S 0.232 0.033 0.008 0.002 0.153 0.033 0.540 92 V 0.425 0.024 0.011 0.001 0.160 0.030 0.350 93 P 0.632 0.011 0.012 0.001 0.102 0.015 0.228 94 I 0.865 0.007 0.006 0.001 0.020 0.003 0.099 95 A 0.968 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 96 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 97 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 98 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 99 I 0.914 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.061 100 N 0.475 0.015 0.002 0.001 0.033 0.020 0.454 101 E 0.046 0.003 0.008 0.001 0.149 0.738 0.056 102 A 0.011 0.003 0.011 0.001 0.215 0.731 0.028 103 S 0.045 0.004 0.007 0.001 0.622 0.138 0.183 104 G 0.241 0.019 0.005 0.001 0.156 0.051 0.527 105 S 0.729 0.061 0.003 0.001 0.038 0.009 0.159 106 R 0.887 0.010 0.002 0.001 0.012 0.003 0.084 107 T 0.932 0.005 0.002 0.001 0.009 0.003 0.047 108 I 0.898 0.007 0.003 0.003 0.012 0.004 0.072 109 L 0.805 0.017 0.004 0.005 0.020 0.006 0.142 110 Y 0.548 0.019 0.007 0.010 0.060 0.019 0.337 111 Y 0.132 0.012 0.038 0.042 0.187 0.162 0.427 112 D 0.028 0.008 0.074 0.071 0.282 0.226 0.310 113 R 0.015 0.007 0.139 0.159 0.213 0.188 0.278 114 S 0.009 0.008 0.169 0.239 0.132 0.186 0.255 115 L 0.008 0.007 0.188 0.275 0.121 0.196 0.206 116 P 0.010 0.006 0.153 0.312 0.116 0.204 0.199 117 D 0.009 0.008 0.114 0.377 0.118 0.148 0.226 118 V 0.010 0.010 0.073 0.367 0.154 0.108 0.278 119 S 0.008 0.007 0.072 0.400 0.087 0.143 0.283 120 A 0.004 0.003 0.108 0.447 0.047 0.143 0.247 121 T 0.004 0.003 0.097 0.530 0.041 0.111 0.214 122 D 0.004 0.005 0.075 0.585 0.054 0.108 0.169 123 F 0.004 0.005 0.059 0.610 0.060 0.097 0.164 124 E 0.004 0.003 0.048 0.628 0.050 0.098 0.168 125 K 0.005 0.003 0.054 0.719 0.044 0.078 0.096 126 V 0.009 0.002 0.071 0.719 0.031 0.087 0.081 127 D 0.007 0.004 0.090 0.679 0.030 0.105 0.086 128 L 0.014 0.008 0.105 0.589 0.047 0.116 0.120 129 T 0.021 0.003 0.114 0.400 0.057 0.318 0.087 130 Q 0.029 0.006 0.092 0.193 0.081 0.460 0.138 131 F 0.042 0.008 0.021 0.033 0.214 0.109 0.573 132 K 0.109 0.001 0.008 0.009 0.516 0.097 0.260 133 W 0.828 0.007 0.003 0.006 0.059 0.014 0.083 134 I 0.965 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.023 135 H 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 136 I 0.973 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.018 137 E 0.764 0.003 0.004 0.006 0.033 0.015 0.176 138 G 0.306 0.004 0.024 0.014 0.198 0.091 0.362 139 R 0.165 0.019 0.053 0.019 0.249 0.135 0.361 140 N 0.113 0.034 0.052 0.020 0.204 0.118 0.459 141 A 0.012 0.009 0.010 0.010 0.064 0.017 0.879 142 S 0.002 0.002 0.002 0.010 0.009 0.006 0.969 143 E 0.001 0.001 0.033 0.512 0.022 0.054 0.378 144 Q 0.001 0.001 0.022 0.821 0.020 0.067 0.068 145 V 0.001 0.001 0.015 0.869 0.027 0.040 0.048 146 K 0.001 0.001 0.002 0.964 0.013 0.007 0.013 147 M 0.002 0.001 0.001 0.979 0.005 0.005 0.008 148 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 149 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 150 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 151 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 152 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 153 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.003 154 H 0.001 0.001 0.003 0.967 0.003 0.023 0.004 155 N 0.001 0.001 0.006 0.877 0.006 0.103 0.006 156 T 0.001 0.001 0.003 0.174 0.019 0.796 0.007 157 R 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.918 0.042 158 Q 0.035 0.003 0.001 0.001 0.162 0.007 0.791 159 P 0.436 0.022 0.001 0.001 0.029 0.003 0.508 160 P 0.884 0.009 0.001 0.001 0.012 0.002 0.092 161 E 0.880 0.003 0.001 0.001 0.012 0.002 0.101 162 Q 0.829 0.012 0.002 0.001 0.032 0.003 0.122 163 K 0.301 0.011 0.003 0.003 0.042 0.006 0.634 164 I 0.027 0.004 0.051 0.024 0.158 0.346 0.390 165 R 0.008 0.004 0.066 0.032 0.221 0.510 0.158 166 V 0.007 0.007 0.128 0.075 0.254 0.251 0.277 167 S 0.008 0.010 0.081 0.137 0.177 0.128 0.458 168 V 0.015 0.021 0.153 0.233 0.146 0.167 0.264 169 E 0.010 0.010 0.161 0.312 0.096 0.159 0.253 170 V 0.009 0.007 0.116 0.481 0.103 0.113 0.170 171 E 0.007 0.003 0.106 0.607 0.058 0.115 0.105 172 K 0.004 0.003 0.104 0.645 0.041 0.122 0.081 173 P 0.003 0.003 0.080 0.654 0.037 0.101 0.122 174 R 0.002 0.002 0.053 0.745 0.037 0.105 0.055 175 E 0.004 0.002 0.047 0.794 0.027 0.082 0.045 176 E 0.002 0.004 0.060 0.787 0.027 0.062 0.057 177 L 0.003 0.003 0.043 0.868 0.013 0.038 0.033 178 F 0.002 0.001 0.057 0.881 0.008 0.037 0.015 179 Q 0.001 0.001 0.066 0.851 0.007 0.064 0.010 180 L 0.001 0.002 0.076 0.822 0.011 0.070 0.018 181 F 0.002 0.002 0.199 0.587 0.022 0.128 0.059 182 G 0.002 0.001 0.191 0.314 0.033 0.445 0.014 183 Y 0.005 0.004 0.192 0.182 0.041 0.509 0.068 184 G 0.017 0.002 0.006 0.016 0.180 0.019 0.760 185 D 0.074 0.001 0.002 0.004 0.775 0.026 0.120 186 V 0.915 0.034 0.002 0.003 0.009 0.006 0.030 187 V 0.962 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 188 F 0.915 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.075 189 V 0.445 0.008 0.001 0.001 0.068 0.003 0.475 190 S 0.036 0.003 0.001 0.001 0.079 0.003 0.877 191 K 0.001 0.001 0.017 0.937 0.025 0.014 0.007 192 D 0.001 0.001 0.022 0.963 0.005 0.007 0.003 193 V 0.001 0.001 0.015 0.975 0.002 0.006 0.002 194 A 0.001 0.001 0.005 0.985 0.002 0.005 0.002 195 K 0.001 0.001 0.010 0.957 0.004 0.022 0.005 196 H 0.001 0.001 0.020 0.897 0.005 0.071 0.005 197 L 0.001 0.003 0.032 0.784 0.020 0.139 0.021 198 G 0.002 0.009 0.039 0.362 0.084 0.433 0.071 199 F 0.002 0.004 0.025 0.082 0.148 0.470 0.269 200 Q 0.001 0.005 0.023 0.049 0.220 0.077 0.625 201 S 0.002 0.008 0.051 0.124 0.222 0.102 0.490 202 A 0.002 0.005 0.082 0.331 0.177 0.148 0.256 203 E 0.001 0.003 0.077 0.690 0.054 0.070 0.105 204 E 0.001 0.001 0.025 0.860 0.026 0.029 0.058 205 A 0.002 0.001 0.007 0.924 0.014 0.018 0.034 206 L 0.002 0.001 0.003 0.948 0.009 0.015 0.022 207 R 0.001 0.001 0.001 0.959 0.007 0.015 0.016 208 G 0.001 0.001 0.001 0.967 0.006 0.013 0.011 209 L 0.001 0.001 0.001 0.969 0.006 0.012 0.010 210 Y 0.001 0.001 0.002 0.975 0.003 0.010 0.009 211 G 0.001 0.001 0.003 0.968 0.005 0.015 0.008 212 R 0.001 0.001 0.009 0.937 0.004 0.044 0.005 213 V 0.001 0.001 0.023 0.756 0.011 0.192 0.016 214 R 0.001 0.002 0.018 0.262 0.069 0.618 0.031 215 K 0.003 0.003 0.006 0.011 0.076 0.730 0.171 216 G 0.016 0.001 0.001 0.001 0.087 0.005 0.890 217 A 0.127 0.001 0.001 0.001 0.603 0.002 0.266 218 V 0.977 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 219 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 220 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 221 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 222 A 0.868 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.115 223 W 0.392 0.004 0.007 0.004 0.185 0.059 0.349 224 A 0.085 0.023 0.051 0.008 0.324 0.146 0.363 225 E 0.072 0.011 0.131 0.011 0.277 0.316 0.181 226 E 0.044 0.007 0.104 0.009 0.171 0.610 0.055 227 G 0.198 0.007 0.055 0.006 0.198 0.404 0.132 228 A 0.701 0.006 0.005 0.003 0.023 0.012 0.251 229 D 0.947 0.004 0.001 0.002 0.012 0.002 0.031 230 A 0.969 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 231 L 0.937 0.009 0.001 0.001 0.005 0.003 0.043 232 G 0.718 0.006 0.003 0.002 0.033 0.027 0.213 233 P 0.094 0.002 0.014 0.002 0.154 0.640 0.093 234 D 0.029 0.002 0.015 0.002 0.244 0.656 0.051 235 G 0.149 0.007 0.017 0.004 0.373 0.146 0.304 236 K 0.438 0.025 0.007 0.004 0.121 0.029 0.377 237 L 0.764 0.033 0.005 0.003 0.032 0.010 0.153 238 L 0.849 0.009 0.005 0.002 0.020 0.006 0.109 239 H 0.847 0.009 0.006 0.002 0.025 0.005 0.106 240 S 0.770 0.016 0.007 0.003 0.031 0.005 0.168 241 D 0.607 0.011 0.005 0.002 0.043 0.006 0.325 242 A 0.500 0.012 0.006 0.002 0.066 0.017 0.398 243 F 0.397 0.012 0.005 0.002 0.104 0.021 0.458 244 P 0.289 0.011 0.005 0.002 0.133 0.014 0.546 245 P 0.410 0.014 0.003 0.001 0.063 0.010 0.499 246 P 0.481 0.009 0.002 0.002 0.041 0.005 0.461 247 R 0.760 0.011 0.002 0.002 0.041 0.005 0.180 248 V 0.760 0.009 0.002 0.002 0.025 0.007 0.194 249 V 0.793 0.011 0.003 0.002 0.048 0.012 0.132 250 D 0.565 0.016 0.004 0.004 0.081 0.010 0.321 251 T 0.191 0.009 0.034 0.017 0.197 0.106 0.446 252 L 0.078 0.014 0.043 0.042 0.249 0.270 0.304 253 G 0.025 0.015 0.058 0.068 0.218 0.334 0.282 254 A 0.009 0.006 0.041 0.248 0.192 0.367 0.137 255 G 0.006 0.004 0.017 0.496 0.168 0.167 0.142 256 D 0.002 0.001 0.006 0.854 0.047 0.037 0.051 257 T 0.001 0.001 0.002 0.956 0.007 0.017 0.016 258 F 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 259 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 260 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 261 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 262 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 263 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 265 S 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 266 L 0.001 0.001 0.002 0.966 0.001 0.029 0.001 267 S 0.001 0.001 0.008 0.697 0.015 0.272 0.007 268 Q 0.001 0.001 0.004 0.069 0.029 0.890 0.008 269 G 0.001 0.001 0.005 0.006 0.138 0.745 0.105 270 R 0.010 0.020 0.002 0.004 0.275 0.015 0.674 271 S 0.012 0.055 0.001 0.013 0.105 0.004 0.810 272 V 0.001 0.001 0.016 0.970 0.005 0.006 0.003 273 Q 0.001 0.001 0.006 0.986 0.002 0.005 0.001 274 E 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.004 0.001 275 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 277 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 278 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 279 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 280 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 281 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 282 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 283 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 284 G 0.003 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.001 285 K 0.003 0.001 0.002 0.980 0.002 0.011 0.002 286 K 0.006 0.001 0.003 0.950 0.003 0.034 0.003 287 C 0.015 0.002 0.005 0.862 0.016 0.074 0.027 288 G 0.023 0.005 0.022 0.697 0.050 0.143 0.060 289 L 0.026 0.010 0.032 0.538 0.132 0.155 0.107 290 Q 0.020 0.007 0.058 0.270 0.178 0.253 0.214 291 G 0.016 0.011 0.057 0.163 0.201 0.350 0.203 292 F 0.025 0.010 0.081 0.094 0.171 0.161 0.458 293 D 0.026 0.010 0.149 0.104 0.210 0.132 0.369 294 G 0.047 0.007 0.141 0.104 0.125 0.217 0.359 295 I 0.057 0.026 0.094 0.065 0.010 0.160 0.589 296 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.993