# TARGET T0375 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2089 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.035 0.005 0.008 0.004 0.376 0.572 2 S 0.129 0.009 0.003 0.001 0.268 0.590 3 Q 0.468 0.011 0.001 0.001 0.111 0.409 4 I 0.962 0.003 0.001 0.001 0.007 0.028 5 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 6 C 0.986 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 7 V 0.878 0.002 0.001 0.004 0.065 0.050 8 G 0.311 0.003 0.004 0.011 0.437 0.234 9 L 0.416 0.011 0.008 0.008 0.377 0.180 10 V 0.618 0.014 0.027 0.022 0.125 0.195 11 V 0.813 0.013 0.026 0.023 0.074 0.050 12 L 0.809 0.004 0.019 0.035 0.072 0.061 13 D 0.796 0.002 0.014 0.033 0.079 0.076 14 V 0.818 0.003 0.015 0.055 0.053 0.055 15 I 0.782 0.006 0.013 0.093 0.039 0.067 16 S 0.788 0.006 0.015 0.096 0.033 0.062 17 L 0.721 0.008 0.014 0.084 0.071 0.102 18 V 0.600 0.012 0.024 0.051 0.155 0.159 19 D 0.310 0.018 0.026 0.046 0.349 0.251 20 K 0.147 0.025 0.029 0.041 0.423 0.335 21 Y 0.098 0.024 0.013 0.009 0.361 0.494 22 P 0.065 0.034 0.022 0.014 0.350 0.515 23 K 0.037 0.019 0.041 0.020 0.718 0.165 24 E 0.030 0.009 0.053 0.039 0.730 0.139 25 D 0.023 0.004 0.042 0.041 0.727 0.162 26 S 0.116 0.019 0.050 0.067 0.557 0.191 27 E 0.292 0.033 0.036 0.077 0.195 0.366 28 I 0.361 0.044 0.036 0.085 0.163 0.310 29 R 0.326 0.016 0.025 0.071 0.164 0.398 30 C 0.325 0.012 0.034 0.126 0.187 0.317 31 L 0.316 0.011 0.039 0.166 0.217 0.252 32 S 0.325 0.010 0.050 0.200 0.220 0.195 33 Q 0.399 0.015 0.048 0.210 0.171 0.158 34 R 0.470 0.016 0.039 0.190 0.125 0.160 35 W 0.438 0.029 0.038 0.224 0.117 0.154 36 Q 0.264 0.031 0.031 0.181 0.261 0.232 37 R 0.102 0.016 0.023 0.169 0.372 0.318 38 G 0.040 0.012 0.014 0.095 0.429 0.410 39 G 0.036 0.034 0.018 0.227 0.298 0.386 40 N 0.020 0.017 0.033 0.587 0.089 0.255 41 A 0.006 0.002 0.033 0.919 0.016 0.024 42 S 0.003 0.001 0.017 0.961 0.007 0.010 43 N 0.001 0.001 0.006 0.986 0.002 0.003 44 S 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 45 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 46 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.003 51 L 0.001 0.001 0.006 0.962 0.004 0.028 52 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.983 53 A 0.007 0.003 0.004 0.003 0.080 0.902 54 P 0.096 0.003 0.006 0.001 0.162 0.731 55 C 0.747 0.011 0.006 0.001 0.062 0.172 56 A 0.957 0.003 0.001 0.001 0.012 0.027 57 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 58 M 0.959 0.002 0.001 0.001 0.008 0.029 59 G 0.791 0.003 0.004 0.002 0.040 0.161 60 S 0.583 0.006 0.009 0.002 0.105 0.296 61 M 0.365 0.050 0.015 0.003 0.138 0.429 62 A 0.154 0.041 0.014 0.008 0.442 0.340 63 P 0.056 0.017 0.026 0.047 0.521 0.333 64 G 0.012 0.006 0.034 0.089 0.637 0.222 65 H 0.007 0.011 0.063 0.516 0.335 0.068 66 V 0.004 0.004 0.037 0.774 0.115 0.066 67 A 0.002 0.002 0.015 0.925 0.036 0.021 68 D 0.001 0.001 0.020 0.939 0.027 0.012 69 F 0.003 0.001 0.029 0.932 0.023 0.012 70 V 0.002 0.001 0.013 0.965 0.010 0.009 71 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 72 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 73 D 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 75 R 0.001 0.001 0.012 0.978 0.006 0.003 76 R 0.001 0.001 0.020 0.960 0.011 0.009 77 Y 0.001 0.001 0.027 0.789 0.050 0.133 78 S 0.002 0.001 0.003 0.005 0.056 0.932 79 V 0.072 0.016 0.006 0.003 0.098 0.804 80 D 0.358 0.019 0.006 0.002 0.132 0.484 81 L 0.547 0.007 0.017 0.004 0.147 0.279 82 R 0.589 0.002 0.013 0.003 0.149 0.245 83 Y 0.900 0.003 0.005 0.002 0.042 0.048 84 T 0.932 0.004 0.001 0.002 0.017 0.044 85 V 0.952 0.003 0.001 0.001 0.010 0.034 86 F 0.876 0.017 0.001 0.002 0.021 0.084 87 Q 0.484 0.025 0.004 0.003 0.417 0.068 88 T 0.090 0.004 0.004 0.002 0.784 0.115 89 T 0.024 0.004 0.007 0.003 0.854 0.108 90 G 0.135 0.037 0.004 0.001 0.689 0.133 91 S 0.274 0.030 0.004 0.004 0.206 0.482 92 V 0.467 0.039 0.006 0.002 0.190 0.296 93 P 0.646 0.008 0.005 0.002 0.145 0.195 94 I 0.833 0.003 0.002 0.001 0.046 0.115 95 A 0.964 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 96 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 97 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 99 I 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 100 N 0.810 0.005 0.001 0.002 0.075 0.108 101 E 0.259 0.011 0.013 0.005 0.656 0.056 102 A 0.079 0.005 0.042 0.004 0.831 0.039 103 S 0.032 0.004 0.048 0.005 0.875 0.035 104 G 0.089 0.008 0.015 0.003 0.780 0.105 105 S 0.370 0.019 0.005 0.009 0.229 0.368 106 R 0.705 0.012 0.003 0.007 0.101 0.172 107 T 0.897 0.004 0.002 0.007 0.031 0.059 108 I 0.954 0.002 0.002 0.008 0.011 0.023 109 L 0.940 0.003 0.003 0.010 0.014 0.031 110 Y 0.854 0.005 0.006 0.015 0.038 0.082 111 Y 0.503 0.012 0.022 0.021 0.176 0.266 112 D 0.159 0.012 0.091 0.025 0.423 0.291 113 R 0.045 0.010 0.235 0.041 0.428 0.242 114 S 0.024 0.025 0.085 0.038 0.410 0.417 115 L 0.010 0.012 0.051 0.011 0.611 0.305 116 P 0.006 0.003 0.170 0.024 0.549 0.248 117 D 0.026 0.016 0.193 0.038 0.481 0.246 118 V 0.063 0.077 0.081 0.041 0.431 0.306 119 S 0.051 0.039 0.031 0.033 0.188 0.657 120 A 0.002 0.001 0.627 0.299 0.051 0.020 121 T 0.003 0.001 0.646 0.281 0.057 0.013 122 D 0.004 0.001 0.601 0.324 0.061 0.009 123 F 0.012 0.011 0.180 0.542 0.144 0.111 124 E 0.016 0.008 0.092 0.599 0.141 0.144 125 K 0.015 0.004 0.166 0.578 0.154 0.082 126 V 0.023 0.009 0.126 0.544 0.167 0.131 127 D 0.020 0.010 0.186 0.411 0.233 0.141 128 L 0.013 0.008 0.246 0.316 0.303 0.114 129 T 0.019 0.003 0.235 0.231 0.395 0.117 130 Q 0.053 0.009 0.137 0.107 0.464 0.230 131 F 0.086 0.005 0.025 0.018 0.439 0.428 132 K 0.261 0.003 0.006 0.004 0.246 0.481 133 W 0.944 0.004 0.001 0.002 0.014 0.036 134 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 135 H 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 136 I 0.969 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 137 E 0.593 0.003 0.001 0.004 0.117 0.282 138 G 0.140 0.005 0.015 0.008 0.376 0.456 139 R 0.072 0.023 0.032 0.013 0.393 0.468 140 N 0.036 0.021 0.016 0.026 0.366 0.535 141 A 0.010 0.005 0.020 0.182 0.235 0.547 142 S 0.001 0.001 0.026 0.928 0.025 0.020 143 E 0.001 0.001 0.024 0.959 0.012 0.004 144 Q 0.001 0.001 0.016 0.972 0.007 0.004 145 V 0.001 0.001 0.007 0.978 0.007 0.005 146 K 0.002 0.001 0.007 0.978 0.007 0.006 147 M 0.002 0.001 0.006 0.979 0.005 0.007 148 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.002 149 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 150 R 0.001 0.001 0.003 0.995 0.002 0.001 151 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 152 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.004 153 A 0.001 0.001 0.009 0.971 0.008 0.011 154 H 0.001 0.001 0.014 0.877 0.030 0.079 155 N 0.001 0.001 0.002 0.004 0.060 0.933 156 T 0.010 0.004 0.002 0.001 0.074 0.910 157 R 0.175 0.039 0.006 0.001 0.139 0.641 158 Q 0.309 0.057 0.009 0.001 0.151 0.473 159 P 0.268 0.024 0.013 0.001 0.198 0.496 160 P 0.160 0.033 0.014 0.002 0.168 0.624 161 E 0.091 0.031 0.015 0.003 0.687 0.173 162 Q 0.015 0.006 0.070 0.012 0.821 0.076 163 K 0.008 0.003 0.061 0.017 0.843 0.068 164 I 0.045 0.033 0.056 0.037 0.759 0.070 165 R 0.076 0.037 0.028 0.057 0.349 0.452 166 V 0.112 0.103 0.050 0.110 0.282 0.343 167 S 0.105 0.028 0.106 0.129 0.301 0.332 168 V 0.128 0.022 0.164 0.133 0.267 0.286 169 E 0.082 0.017 0.129 0.178 0.310 0.284 170 V 0.048 0.014 0.075 0.266 0.263 0.334 171 E 0.023 0.009 0.026 0.230 0.253 0.458 172 K 0.012 0.007 0.026 0.356 0.263 0.336 173 P 0.005 0.006 0.039 0.700 0.109 0.141 174 R 0.003 0.002 0.030 0.861 0.058 0.046 175 E 0.002 0.001 0.024 0.930 0.028 0.015 176 E 0.002 0.001 0.018 0.959 0.012 0.009 177 L 0.002 0.001 0.014 0.966 0.010 0.008 178 F 0.002 0.001 0.019 0.955 0.014 0.009 179 Q 0.002 0.001 0.018 0.948 0.017 0.014 180 L 0.002 0.001 0.020 0.904 0.034 0.038 181 F 0.008 0.005 0.051 0.517 0.231 0.188 182 G 0.005 0.002 0.095 0.343 0.338 0.217 183 Y 0.019 0.007 0.088 0.114 0.388 0.384 184 G 0.035 0.005 0.020 0.011 0.438 0.491 185 D 0.106 0.003 0.015 0.005 0.317 0.554 186 V 0.761 0.020 0.010 0.003 0.064 0.142 187 V 0.901 0.016 0.005 0.002 0.025 0.051 188 F 0.847 0.009 0.006 0.001 0.025 0.110 189 V 0.372 0.014 0.005 0.008 0.058 0.544 190 S 0.034 0.005 0.001 0.008 0.032 0.921 191 K 0.001 0.001 0.025 0.954 0.010 0.010 192 D 0.001 0.001 0.052 0.934 0.011 0.002 193 V 0.001 0.001 0.018 0.977 0.004 0.001 194 A 0.001 0.001 0.007 0.986 0.005 0.001 195 K 0.001 0.001 0.010 0.975 0.009 0.005 196 H 0.001 0.001 0.012 0.936 0.021 0.029 197 L 0.001 0.002 0.016 0.672 0.071 0.239 198 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.961 199 F 0.002 0.003 0.005 0.013 0.061 0.915 200 Q 0.011 0.013 0.007 0.021 0.141 0.807 201 S 0.006 0.008 0.007 0.049 0.111 0.820 202 A 0.001 0.001 0.019 0.963 0.008 0.009 203 E 0.001 0.001 0.017 0.973 0.006 0.003 204 E 0.001 0.001 0.010 0.981 0.006 0.003 205 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.003 0.003 206 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 207 R 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 208 G 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 209 L 0.001 0.001 0.015 0.961 0.016 0.007 210 Y 0.001 0.001 0.038 0.902 0.043 0.015 211 G 0.001 0.001 0.041 0.875 0.051 0.031 212 R 0.002 0.002 0.044 0.744 0.086 0.123 213 V 0.005 0.011 0.044 0.074 0.546 0.320 214 R 0.006 0.005 0.050 0.023 0.744 0.172 215 K 0.015 0.004 0.027 0.006 0.744 0.204 216 G 0.145 0.008 0.004 0.001 0.525 0.317 217 A 0.443 0.002 0.001 0.001 0.093 0.461 218 V 0.983 0.002 0.001 0.001 0.003 0.012 219 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 220 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 221 C 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 222 A 0.858 0.001 0.001 0.001 0.019 0.121 223 W 0.435 0.009 0.003 0.002 0.150 0.402 224 A 0.110 0.017 0.066 0.005 0.616 0.185 225 E 0.082 0.016 0.072 0.008 0.705 0.117 226 E 0.062 0.006 0.082 0.012 0.713 0.124 227 G 0.135 0.006 0.015 0.004 0.543 0.296 228 A 0.367 0.008 0.015 0.007 0.175 0.428 229 D 0.747 0.025 0.013 0.010 0.066 0.139 230 A 0.868 0.010 0.008 0.005 0.038 0.071 231 L 0.820 0.040 0.003 0.004 0.030 0.102 232 G 0.424 0.012 0.003 0.001 0.547 0.012 233 P 0.033 0.001 0.011 0.002 0.948 0.006 234 D 0.005 0.001 0.009 0.001 0.979 0.005 235 G 0.076 0.008 0.005 0.001 0.903 0.008 236 K 0.622 0.011 0.001 0.001 0.104 0.261 237 L 0.965 0.013 0.001 0.001 0.006 0.016 238 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.013 239 H 0.953 0.002 0.001 0.001 0.009 0.034 240 S 0.735 0.005 0.003 0.002 0.062 0.194 241 D 0.328 0.008 0.010 0.004 0.214 0.436 242 A 0.162 0.016 0.025 0.005 0.282 0.510 243 F 0.070 0.012 0.009 0.001 0.253 0.654 244 P 0.066 0.008 0.006 0.001 0.219 0.699 245 P 0.049 0.005 0.003 0.001 0.139 0.803 246 P 0.174 0.016 0.004 0.001 0.116 0.689 247 R 0.437 0.017 0.004 0.001 0.092 0.449 248 V 0.704 0.015 0.004 0.002 0.058 0.218 249 V 0.711 0.033 0.003 0.003 0.056 0.194 250 D 0.522 0.017 0.006 0.009 0.243 0.204 251 T 0.183 0.014 0.028 0.023 0.515 0.237 252 L 0.078 0.025 0.038 0.029 0.564 0.267 253 G 0.037 0.017 0.050 0.035 0.764 0.098 254 A 0.020 0.014 0.034 0.205 0.510 0.217 255 G 0.009 0.018 0.025 0.492 0.225 0.231 256 D 0.003 0.003 0.007 0.958 0.015 0.014 257 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 258 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 259 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 261 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 262 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 263 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 265 S 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 266 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 267 S 0.001 0.001 0.007 0.972 0.017 0.003 268 Q 0.001 0.001 0.008 0.820 0.088 0.084 269 G 0.001 0.001 0.006 0.029 0.254 0.710 270 R 0.002 0.015 0.004 0.013 0.272 0.693 271 S 0.004 0.008 0.001 0.010 0.051 0.927 272 V 0.001 0.001 0.009 0.980 0.004 0.006 273 Q 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 274 E 0.001 0.001 0.003 0.997 0.001 0.001 275 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 277 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 278 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 279 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 280 C 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 281 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 282 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 283 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 284 G 0.002 0.001 0.015 0.967 0.012 0.003 285 K 0.004 0.001 0.013 0.969 0.011 0.003 286 K 0.007 0.001 0.006 0.958 0.011 0.017 287 C 0.017 0.005 0.008 0.827 0.024 0.121 288 G 0.073 0.016 0.015 0.467 0.080 0.348 289 L 0.125 0.017 0.033 0.290 0.206 0.329 290 Q 0.133 0.018 0.035 0.152 0.322 0.340 291 G 0.094 0.016 0.020 0.041 0.424 0.406 292 F 0.116 0.027 0.029 0.030 0.416 0.383 293 D 0.124 0.026 0.038 0.022 0.365 0.425 294 G 0.088 0.021 0.040 0.029 0.325 0.496 295 I 0.060 0.024 0.014 0.018 0.158 0.726 296 V 0.043 0.015 0.003 0.007 0.077 0.856