# TARGET T0375 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0375.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2089 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 2 S 0.122 0.010 0.003 0.001 0.007 0.005 0.853 3 Q 0.421 0.004 0.006 0.001 0.199 0.036 0.332 4 I 0.951 0.002 0.002 0.001 0.006 0.006 0.033 5 L 0.981 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 6 C 0.986 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 7 V 0.889 0.001 0.001 0.008 0.013 0.003 0.085 8 G 0.438 0.003 0.005 0.012 0.132 0.029 0.381 9 L 0.254 0.006 0.024 0.059 0.234 0.047 0.375 10 V 0.320 0.019 0.069 0.106 0.119 0.091 0.275 11 V 0.492 0.010 0.060 0.206 0.049 0.079 0.105 12 L 0.595 0.009 0.037 0.204 0.042 0.033 0.080 13 D 0.557 0.004 0.026 0.246 0.043 0.052 0.072 14 V 0.588 0.005 0.030 0.255 0.015 0.075 0.032 15 I 0.593 0.010 0.024 0.265 0.015 0.046 0.047 16 S 0.536 0.008 0.039 0.226 0.026 0.077 0.089 17 L 0.412 0.011 0.035 0.154 0.072 0.128 0.189 18 V 0.184 0.021 0.052 0.068 0.171 0.087 0.417 19 D 0.082 0.012 0.054 0.025 0.193 0.245 0.389 20 K 0.062 0.020 0.044 0.017 0.256 0.251 0.349 21 Y 0.054 0.025 0.009 0.006 0.254 0.023 0.628 22 P 0.032 0.027 0.011 0.008 0.082 0.040 0.799 23 K 0.029 0.016 0.042 0.018 0.184 0.123 0.589 24 E 0.017 0.008 0.062 0.021 0.236 0.406 0.250 25 D 0.018 0.003 0.067 0.015 0.224 0.417 0.256 26 S 0.071 0.009 0.040 0.027 0.222 0.080 0.550 27 E 0.330 0.043 0.032 0.039 0.110 0.062 0.383 28 I 0.481 0.046 0.011 0.032 0.060 0.010 0.361 29 R 0.418 0.020 0.007 0.025 0.021 0.012 0.496 30 C 0.374 0.017 0.029 0.065 0.049 0.033 0.432 31 L 0.356 0.010 0.055 0.083 0.073 0.096 0.327 32 S 0.368 0.007 0.079 0.105 0.112 0.128 0.202 33 Q 0.500 0.011 0.046 0.123 0.085 0.071 0.164 34 R 0.608 0.016 0.021 0.125 0.055 0.041 0.135 35 W 0.607 0.037 0.013 0.126 0.048 0.030 0.138 36 Q 0.418 0.017 0.016 0.127 0.096 0.046 0.281 37 R 0.148 0.008 0.024 0.125 0.161 0.347 0.187 38 G 0.050 0.010 0.019 0.095 0.188 0.411 0.227 39 G 0.051 0.022 0.014 0.153 0.263 0.114 0.382 40 N 0.050 0.014 0.014 0.241 0.126 0.071 0.483 41 A 0.008 0.003 0.015 0.895 0.018 0.037 0.025 42 S 0.004 0.001 0.008 0.964 0.004 0.012 0.007 43 N 0.005 0.001 0.006 0.973 0.002 0.008 0.006 44 S 0.004 0.001 0.003 0.985 0.001 0.003 0.003 45 C 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 46 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 49 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 50 L 0.001 0.001 0.002 0.932 0.001 0.065 0.001 51 L 0.001 0.001 0.002 0.362 0.002 0.632 0.002 52 G 0.001 0.001 0.003 0.026 0.055 0.872 0.044 53 A 0.007 0.003 0.002 0.005 0.415 0.011 0.556 54 P 0.142 0.020 0.008 0.011 0.088 0.022 0.709 55 C 0.807 0.010 0.004 0.004 0.021 0.005 0.150 56 A 0.960 0.002 0.001 0.003 0.009 0.001 0.024 57 F 0.987 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 58 M 0.964 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.016 59 G 0.928 0.002 0.004 0.013 0.010 0.004 0.039 60 S 0.804 0.006 0.008 0.025 0.024 0.015 0.117 61 M 0.292 0.022 0.017 0.037 0.111 0.035 0.487 62 A 0.043 0.009 0.015 0.017 0.310 0.052 0.554 63 P 0.012 0.011 0.030 0.038 0.360 0.196 0.353 64 G 0.006 0.005 0.056 0.130 0.357 0.258 0.188 65 H 0.004 0.005 0.056 0.363 0.195 0.238 0.140 66 V 0.002 0.005 0.031 0.765 0.039 0.084 0.073 67 A 0.001 0.001 0.009 0.949 0.007 0.012 0.022 68 D 0.001 0.001 0.004 0.981 0.004 0.006 0.005 69 F 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.006 0.002 70 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.007 0.002 71 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 72 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 73 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.001 75 R 0.001 0.001 0.004 0.976 0.001 0.018 0.001 76 R 0.001 0.001 0.008 0.871 0.006 0.113 0.002 77 Y 0.001 0.001 0.004 0.224 0.007 0.763 0.003 78 S 0.001 0.001 0.002 0.009 0.026 0.932 0.030 79 V 0.048 0.017 0.002 0.002 0.054 0.007 0.871 80 D 0.285 0.034 0.003 0.001 0.023 0.003 0.652 81 L 0.440 0.017 0.053 0.005 0.104 0.044 0.337 82 R 0.456 0.004 0.044 0.004 0.149 0.077 0.265 83 Y 0.694 0.004 0.029 0.004 0.056 0.019 0.194 84 T 0.894 0.004 0.003 0.004 0.008 0.004 0.083 85 V 0.962 0.005 0.001 0.003 0.005 0.002 0.023 86 F 0.923 0.021 0.001 0.003 0.005 0.003 0.045 87 Q 0.511 0.011 0.002 0.002 0.032 0.014 0.430 88 T 0.052 0.003 0.010 0.002 0.113 0.740 0.080 89 T 0.011 0.002 0.010 0.001 0.178 0.745 0.053 90 G 0.050 0.008 0.006 0.001 0.470 0.068 0.397 91 S 0.107 0.038 0.003 0.001 0.136 0.041 0.674 92 V 0.428 0.041 0.003 0.001 0.153 0.018 0.355 93 P 0.653 0.009 0.004 0.003 0.073 0.012 0.245 94 I 0.906 0.003 0.002 0.004 0.022 0.004 0.059 95 A 0.969 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.021 96 T 0.983 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 97 V 0.986 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 98 I 0.980 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.012 99 I 0.942 0.004 0.001 0.004 0.009 0.005 0.036 100 N 0.691 0.008 0.006 0.009 0.090 0.028 0.168 101 E 0.235 0.007 0.070 0.032 0.155 0.320 0.181 102 A 0.109 0.018 0.104 0.025 0.166 0.407 0.170 103 S 0.040 0.005 0.055 0.012 0.235 0.517 0.136 104 G 0.057 0.003 0.029 0.006 0.359 0.424 0.122 105 S 0.357 0.024 0.016 0.013 0.171 0.067 0.353 106 R 0.717 0.015 0.008 0.009 0.078 0.022 0.151 107 T 0.883 0.004 0.004 0.009 0.020 0.007 0.073 108 I 0.959 0.002 0.002 0.006 0.005 0.003 0.023 109 L 0.948 0.005 0.002 0.009 0.006 0.004 0.025 110 Y 0.865 0.009 0.003 0.011 0.013 0.010 0.089 111 Y 0.528 0.011 0.021 0.020 0.086 0.070 0.264 112 D 0.185 0.013 0.080 0.026 0.151 0.262 0.284 113 R 0.054 0.013 0.097 0.021 0.218 0.331 0.265 114 S 0.032 0.034 0.074 0.025 0.245 0.178 0.412 115 L 0.022 0.016 0.080 0.021 0.203 0.060 0.597 116 P 0.011 0.004 0.208 0.042 0.111 0.450 0.176 117 D 0.016 0.012 0.194 0.027 0.139 0.429 0.184 118 V 0.044 0.089 0.027 0.013 0.314 0.028 0.486 119 S 0.026 0.033 0.008 0.007 0.036 0.012 0.878 120 A 0.001 0.001 0.579 0.266 0.008 0.126 0.018 121 T 0.001 0.001 0.524 0.294 0.017 0.150 0.014 122 D 0.002 0.004 0.598 0.238 0.023 0.094 0.041 123 F 0.007 0.019 0.154 0.491 0.065 0.071 0.194 124 E 0.015 0.016 0.146 0.323 0.040 0.131 0.329 125 K 0.010 0.009 0.335 0.368 0.062 0.094 0.121 126 V 0.011 0.008 0.284 0.378 0.073 0.139 0.107 127 D 0.023 0.015 0.219 0.242 0.070 0.263 0.168 128 L 0.019 0.011 0.326 0.165 0.069 0.146 0.263 129 T 0.023 0.002 0.321 0.128 0.095 0.304 0.128 130 Q 0.031 0.008 0.295 0.039 0.145 0.398 0.083 131 F 0.133 0.008 0.018 0.002 0.149 0.020 0.670 132 K 0.129 0.001 0.003 0.001 0.617 0.020 0.230 133 W 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.011 134 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 135 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 I 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 137 E 0.759 0.001 0.002 0.002 0.030 0.012 0.194 138 G 0.260 0.003 0.008 0.005 0.330 0.075 0.318 139 R 0.083 0.031 0.023 0.008 0.353 0.072 0.429 140 N 0.067 0.019 0.029 0.016 0.284 0.057 0.528 141 A 0.020 0.007 0.077 0.224 0.141 0.125 0.407 142 S 0.004 0.001 0.120 0.698 0.037 0.091 0.049 143 E 0.003 0.002 0.063 0.840 0.020 0.048 0.025 144 Q 0.001 0.001 0.008 0.965 0.003 0.012 0.011 145 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.003 146 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 147 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 148 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 149 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 150 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 151 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 152 D 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.015 0.002 153 A 0.001 0.001 0.007 0.882 0.005 0.102 0.003 154 H 0.001 0.001 0.003 0.195 0.008 0.789 0.005 155 N 0.001 0.001 0.002 0.010 0.043 0.897 0.047 156 T 0.023 0.008 0.002 0.002 0.106 0.009 0.851 157 R 0.198 0.048 0.002 0.001 0.073 0.007 0.670 158 Q 0.319 0.040 0.002 0.002 0.090 0.008 0.539 159 P 0.210 0.021 0.001 0.001 0.079 0.011 0.677 160 P 0.126 0.045 0.003 0.002 0.117 0.022 0.686 161 E 0.051 0.031 0.003 0.002 0.043 0.010 0.861 162 Q 0.018 0.006 0.182 0.060 0.114 0.466 0.155 163 K 0.020 0.009 0.160 0.080 0.105 0.509 0.116 164 I 0.052 0.033 0.173 0.118 0.187 0.233 0.204 165 R 0.057 0.044 0.037 0.057 0.137 0.145 0.524 166 V 0.058 0.026 0.045 0.056 0.099 0.071 0.645 167 S 0.063 0.033 0.091 0.079 0.057 0.109 0.568 168 V 0.045 0.027 0.139 0.129 0.087 0.128 0.445 169 E 0.036 0.023 0.098 0.127 0.078 0.150 0.489 170 V 0.030 0.014 0.064 0.150 0.160 0.158 0.423 171 E 0.016 0.005 0.021 0.170 0.255 0.060 0.473 172 K 0.019 0.012 0.012 0.273 0.177 0.030 0.476 173 P 0.015 0.011 0.020 0.472 0.028 0.042 0.412 174 R 0.008 0.003 0.026 0.817 0.012 0.022 0.113 175 E 0.003 0.001 0.020 0.938 0.011 0.009 0.018 176 E 0.002 0.001 0.028 0.942 0.005 0.014 0.008 177 L 0.002 0.001 0.018 0.953 0.002 0.020 0.004 178 F 0.002 0.001 0.037 0.929 0.004 0.024 0.003 179 Q 0.002 0.001 0.061 0.834 0.002 0.096 0.003 180 L 0.001 0.001 0.085 0.648 0.009 0.243 0.012 181 F 0.010 0.015 0.073 0.205 0.279 0.188 0.231 182 G 0.014 0.003 0.054 0.033 0.141 0.628 0.127 183 Y 0.062 0.014 0.101 0.020 0.146 0.471 0.187 184 G 0.180 0.007 0.011 0.002 0.074 0.015 0.711 185 D 0.238 0.001 0.008 0.003 0.409 0.026 0.314 186 V 0.958 0.002 0.003 0.002 0.010 0.008 0.017 187 V 0.978 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 188 F 0.977 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 189 V 0.665 0.004 0.001 0.004 0.022 0.005 0.299 190 S 0.042 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 0.912 191 K 0.001 0.001 0.023 0.923 0.016 0.025 0.011 192 D 0.001 0.001 0.011 0.968 0.002 0.017 0.002 193 V 0.001 0.001 0.019 0.970 0.001 0.008 0.002 194 A 0.001 0.002 0.010 0.977 0.002 0.008 0.002 195 K 0.001 0.001 0.021 0.907 0.003 0.062 0.005 196 H 0.001 0.001 0.014 0.706 0.006 0.268 0.005 197 L 0.001 0.002 0.007 0.191 0.038 0.716 0.046 198 G 0.001 0.002 0.007 0.015 0.147 0.533 0.295 199 F 0.004 0.007 0.013 0.005 0.202 0.027 0.742 200 Q 0.008 0.025 0.010 0.010 0.350 0.018 0.578 201 S 0.008 0.058 0.004 0.019 0.160 0.008 0.743 202 A 0.001 0.001 0.013 0.980 0.001 0.004 0.003 203 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 204 E 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 205 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 206 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 207 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 208 G 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 209 L 0.001 0.001 0.004 0.951 0.002 0.039 0.005 210 Y 0.001 0.001 0.020 0.893 0.004 0.079 0.003 211 G 0.001 0.001 0.025 0.494 0.009 0.463 0.008 212 R 0.001 0.002 0.046 0.281 0.055 0.523 0.092 213 V 0.007 0.009 0.036 0.042 0.309 0.086 0.512 214 R 0.017 0.006 0.104 0.032 0.191 0.370 0.280 215 K 0.045 0.011 0.069 0.004 0.201 0.447 0.223 216 G 0.109 0.005 0.011 0.001 0.123 0.036 0.716 217 A 0.366 0.002 0.004 0.001 0.239 0.027 0.362 218 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 219 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 220 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 221 C 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 222 A 0.814 0.002 0.001 0.001 0.028 0.005 0.150 223 W 0.414 0.014 0.008 0.006 0.154 0.053 0.351 224 A 0.123 0.018 0.061 0.011 0.236 0.165 0.386 225 E 0.070 0.009 0.212 0.023 0.240 0.323 0.125 226 E 0.067 0.006 0.142 0.013 0.123 0.601 0.049 227 G 0.104 0.012 0.117 0.009 0.112 0.542 0.104 228 A 0.300 0.012 0.067 0.010 0.070 0.083 0.458 229 D 0.808 0.017 0.025 0.012 0.049 0.007 0.083 230 A 0.938 0.009 0.006 0.010 0.006 0.004 0.028 231 L 0.829 0.067 0.003 0.013 0.025 0.006 0.057 232 G 0.204 0.006 0.001 0.001 0.050 0.002 0.736 233 P 0.008 0.001 0.008 0.001 0.055 0.904 0.023 234 D 0.002 0.001 0.006 0.001 0.040 0.944 0.007 235 G 0.046 0.002 0.022 0.001 0.523 0.209 0.197 236 K 0.330 0.037 0.007 0.003 0.052 0.023 0.548 237 L 0.850 0.055 0.003 0.002 0.021 0.006 0.062 238 L 0.905 0.010 0.004 0.002 0.014 0.004 0.062 239 H 0.889 0.009 0.004 0.003 0.013 0.009 0.074 240 S 0.744 0.011 0.007 0.004 0.043 0.013 0.178 241 D 0.425 0.008 0.009 0.003 0.088 0.044 0.422 242 A 0.203 0.009 0.012 0.002 0.239 0.135 0.401 243 F 0.160 0.028 0.005 0.001 0.291 0.037 0.479 244 P 0.059 0.007 0.001 0.001 0.032 0.005 0.895 245 P 0.020 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.973 246 P 0.160 0.018 0.002 0.001 0.025 0.003 0.790 247 R 0.566 0.016 0.007 0.003 0.060 0.007 0.341 248 V 0.668 0.023 0.006 0.006 0.018 0.004 0.276 249 V 0.665 0.029 0.006 0.012 0.027 0.007 0.255 250 D 0.509 0.017 0.008 0.017 0.097 0.024 0.328 251 T 0.200 0.024 0.017 0.017 0.154 0.157 0.431 252 L 0.065 0.031 0.019 0.019 0.290 0.224 0.351 253 G 0.028 0.017 0.024 0.043 0.279 0.288 0.321 254 A 0.014 0.014 0.040 0.343 0.119 0.304 0.166 255 G 0.005 0.004 0.029 0.767 0.041 0.112 0.042 256 D 0.003 0.001 0.009 0.932 0.012 0.022 0.021 257 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.005 0.002 258 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 259 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 260 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 261 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 262 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 263 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 264 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 265 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 266 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 267 S 0.001 0.001 0.004 0.822 0.004 0.166 0.003 268 Q 0.001 0.001 0.003 0.199 0.007 0.788 0.002 269 G 0.001 0.001 0.005 0.019 0.071 0.811 0.095 270 R 0.001 0.004 0.001 0.002 0.298 0.005 0.689 271 S 0.003 0.031 0.001 0.002 0.026 0.001 0.937 272 V 0.001 0.001 0.028 0.965 0.001 0.005 0.001 273 Q 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 274 E 0.001 0.001 0.010 0.989 0.001 0.001 0.001 275 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 276 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 277 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 278 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 279 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 280 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 281 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 282 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 283 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.002 284 G 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.007 0.002 285 K 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.019 0.001 286 K 0.001 0.001 0.002 0.963 0.001 0.030 0.002 287 C 0.004 0.001 0.004 0.921 0.004 0.055 0.010 288 G 0.016 0.002 0.009 0.792 0.023 0.112 0.046 289 L 0.041 0.006 0.021 0.621 0.073 0.121 0.117 290 Q 0.034 0.008 0.037 0.382 0.094 0.305 0.139 291 G 0.024 0.008 0.047 0.093 0.155 0.424 0.249 292 F 0.036 0.014 0.056 0.063 0.197 0.188 0.445 293 D 0.048 0.021 0.084 0.048 0.244 0.183 0.373 294 G 0.040 0.009 0.061 0.025 0.246 0.240 0.379 295 I 0.032 0.013 0.027 0.012 0.035 0.071 0.809 296 V 0.007 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.980