# TARGET T0374 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.012 0.685 0.008 0.006 0.004 0.001 0.001 0.023 0.154 0.020 0.050 0.033 2 Q 0.009 0.010 0.644 0.012 0.002 0.003 0.006 0.003 0.080 0.060 0.012 0.018 0.141 3 L 0.085 0.008 0.250 0.026 0.001 0.005 0.068 0.040 0.258 0.026 0.005 0.105 0.122 4 S 0.164 0.005 0.065 0.003 0.001 0.004 0.175 0.115 0.255 0.008 0.002 0.109 0.095 5 H 0.154 0.016 0.081 0.008 0.001 0.005 0.215 0.086 0.174 0.012 0.002 0.040 0.206 6 R 0.015 0.004 0.238 0.009 0.001 0.004 0.029 0.033 0.254 0.031 0.003 0.347 0.034 7 P 0.002 0.009 0.442 0.006 0.002 0.003 0.006 0.003 0.188 0.055 0.021 0.004 0.258 8 A 0.001 0.028 0.662 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.026 0.224 0.012 0.022 0.004 9 E 0.001 0.018 0.779 0.001 0.021 0.008 0.001 0.001 0.015 0.134 0.008 0.001 0.016 10 T 0.001 0.002 0.049 0.001 0.627 0.119 0.001 0.001 0.001 0.040 0.161 0.001 0.001 11 G 0.001 0.004 0.056 0.001 0.493 0.145 0.001 0.001 0.001 0.075 0.223 0.001 0.001 12 D 0.001 0.009 0.135 0.001 0.472 0.262 0.001 0.001 0.002 0.049 0.066 0.001 0.005 13 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 15 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 17 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 20 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 21 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.952 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.911 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.001 0.001 23 R 0.001 0.001 0.028 0.001 0.014 0.840 0.001 0.001 0.001 0.018 0.096 0.001 0.001 24 D 0.001 0.005 0.092 0.001 0.036 0.701 0.001 0.001 0.002 0.043 0.115 0.002 0.002 25 E 0.001 0.003 0.067 0.001 0.056 0.682 0.001 0.001 0.002 0.044 0.139 0.002 0.003 26 L 0.001 0.003 0.102 0.001 0.063 0.574 0.001 0.001 0.002 0.075 0.175 0.002 0.003 27 F 0.001 0.007 0.135 0.001 0.081 0.454 0.001 0.001 0.004 0.090 0.219 0.003 0.005 28 Y 0.002 0.012 0.206 0.002 0.081 0.361 0.001 0.001 0.009 0.096 0.211 0.006 0.012 29 C 0.003 0.016 0.276 0.002 0.076 0.313 0.001 0.001 0.012 0.133 0.138 0.014 0.017 30 Y 0.002 0.018 0.327 0.002 0.056 0.278 0.001 0.001 0.013 0.138 0.132 0.011 0.020 31 P 0.002 0.013 0.368 0.002 0.052 0.241 0.001 0.001 0.010 0.141 0.149 0.008 0.013 32 K 0.001 0.010 0.409 0.001 0.054 0.199 0.001 0.001 0.007 0.181 0.118 0.009 0.009 33 A 0.001 0.011 0.404 0.001 0.063 0.225 0.001 0.001 0.007 0.147 0.126 0.005 0.011 34 I 0.001 0.012 0.343 0.001 0.074 0.295 0.001 0.001 0.006 0.132 0.124 0.005 0.007 35 W 0.001 0.007 0.356 0.001 0.056 0.339 0.001 0.001 0.005 0.129 0.096 0.005 0.005 36 P 0.001 0.009 0.341 0.001 0.042 0.426 0.001 0.001 0.004 0.077 0.093 0.002 0.006 37 F 0.001 0.003 0.184 0.001 0.028 0.665 0.001 0.001 0.002 0.054 0.061 0.001 0.002 38 S 0.001 0.002 0.064 0.001 0.020 0.848 0.001 0.001 0.001 0.025 0.039 0.001 0.001 39 V 0.001 0.002 0.040 0.001 0.022 0.891 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 0.001 0.001 40 A 0.001 0.001 0.030 0.001 0.023 0.909 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.001 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.023 0.001 0.023 0.914 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 0.001 0.001 42 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.027 0.896 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.001 0.002 43 A 0.001 0.001 0.022 0.001 0.022 0.862 0.001 0.001 0.001 0.013 0.076 0.001 0.001 44 A 0.001 0.002 0.055 0.001 0.024 0.749 0.001 0.001 0.001 0.031 0.131 0.002 0.003 45 A 0.001 0.005 0.169 0.001 0.036 0.498 0.001 0.001 0.002 0.074 0.203 0.005 0.006 46 I 0.001 0.008 0.275 0.001 0.047 0.229 0.001 0.001 0.001 0.146 0.273 0.006 0.012 47 A 0.001 0.008 0.394 0.002 0.055 0.077 0.001 0.001 0.001 0.250 0.194 0.006 0.011 48 E 0.001 0.006 0.278 0.008 0.081 0.034 0.001 0.001 0.001 0.242 0.331 0.006 0.011 49 R 0.003 0.008 0.283 0.012 0.054 0.011 0.001 0.001 0.006 0.283 0.297 0.019 0.022 50 R 0.037 0.011 0.485 0.011 0.012 0.004 0.008 0.002 0.039 0.183 0.047 0.058 0.105 51 G 0.262 0.006 0.203 0.026 0.002 0.001 0.029 0.003 0.064 0.051 0.008 0.127 0.218 52 S 0.652 0.001 0.025 0.008 0.001 0.001 0.055 0.011 0.046 0.004 0.001 0.074 0.122 53 T 0.715 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.064 0.015 0.027 0.001 0.001 0.082 0.074 54 V 0.759 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.068 0.010 0.019 0.001 0.001 0.033 0.098 55 A 0.820 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.038 0.001 0.008 0.001 0.001 0.058 0.061 56 V 0.778 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.042 0.001 0.009 0.001 0.003 0.014 0.135 57 H 0.426 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.016 0.045 0.363 0.104 58 D 0.002 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.899 0.008 0.008 59 G 0.001 0.001 0.043 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.628 0.007 0.009 60 Q 0.022 0.008 0.119 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.058 0.003 0.687 0.100 61 V 0.009 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 62 L 0.031 0.001 0.010 0.860 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.012 63 G 0.399 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.235 0.292 64 F 0.580 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 0.290 65 A 0.751 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.032 66 N 0.814 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.038 0.118 67 F 0.780 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.026 0.004 0.007 0.002 0.001 0.070 0.092 68 Y 0.489 0.002 0.044 0.003 0.001 0.001 0.014 0.003 0.018 0.009 0.002 0.318 0.096 69 Q 0.134 0.012 0.121 0.007 0.005 0.003 0.005 0.003 0.016 0.017 0.012 0.017 0.649 70 W 0.054 0.040 0.326 0.041 0.028 0.008 0.005 0.002 0.007 0.144 0.055 0.210 0.079 71 Q 0.009 0.012 0.232 0.016 0.040 0.013 0.001 0.001 0.002 0.328 0.202 0.018 0.128 72 H 0.003 0.014 0.298 0.006 0.040 0.028 0.001 0.001 0.001 0.307 0.239 0.032 0.031 73 G 0.003 0.010 0.155 0.007 0.032 0.025 0.001 0.001 0.001 0.255 0.470 0.016 0.027 74 D 0.016 0.004 0.218 0.031 0.024 0.019 0.001 0.001 0.001 0.247 0.354 0.033 0.052 75 F 0.241 0.017 0.139 0.016 0.015 0.012 0.021 0.003 0.007 0.059 0.036 0.095 0.339 76 C 0.565 0.008 0.045 0.006 0.003 0.005 0.043 0.010 0.009 0.009 0.004 0.107 0.188 77 A 0.653 0.004 0.013 0.003 0.001 0.001 0.047 0.007 0.014 0.004 0.002 0.186 0.064 78 L 0.404 0.004 0.037 0.007 0.002 0.003 0.032 0.012 0.037 0.003 0.003 0.025 0.430 79 G 0.170 0.001 0.029 0.645 0.001 0.001 0.013 0.006 0.015 0.016 0.003 0.083 0.017 80 N 0.431 0.003 0.075 0.032 0.004 0.004 0.027 0.007 0.038 0.037 0.004 0.146 0.191 81 M 0.514 0.003 0.039 0.004 0.006 0.004 0.086 0.026 0.037 0.012 0.003 0.035 0.230 82 M 0.425 0.009 0.042 0.002 0.001 0.004 0.159 0.040 0.063 0.006 0.004 0.180 0.064 83 V 0.179 0.024 0.197 0.003 0.001 0.011 0.056 0.055 0.074 0.017 0.005 0.047 0.330 84 A 0.018 0.007 0.714 0.015 0.002 0.025 0.003 0.001 0.025 0.069 0.006 0.063 0.051 85 P 0.003 0.004 0.094 0.002 0.119 0.366 0.001 0.001 0.003 0.066 0.322 0.001 0.018 86 A 0.001 0.002 0.022 0.001 0.182 0.474 0.001 0.001 0.002 0.039 0.275 0.002 0.001 87 A 0.001 0.006 0.027 0.001 0.351 0.445 0.001 0.001 0.003 0.018 0.145 0.001 0.003 88 R 0.001 0.009 0.071 0.001 0.169 0.399 0.001 0.001 0.005 0.050 0.287 0.001 0.004 89 G 0.002 0.008 0.158 0.001 0.095 0.249 0.001 0.001 0.005 0.102 0.368 0.008 0.004 90 L 0.001 0.024 0.249 0.001 0.024 0.221 0.001 0.001 0.006 0.290 0.163 0.001 0.020 91 G 0.001 0.029 0.223 0.001 0.013 0.463 0.001 0.001 0.002 0.173 0.088 0.003 0.005 92 V 0.001 0.003 0.037 0.001 0.005 0.902 0.001 0.001 0.001 0.027 0.025 0.001 0.001 93 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 100 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 102 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 105 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 106 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.888 0.001 0.001 0.001 0.008 0.077 0.001 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.010 0.001 0.011 0.310 0.001 0.001 0.001 0.018 0.650 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.044 0.001 0.008 0.050 0.001 0.001 0.001 0.030 0.866 0.001 0.001 109 K 0.001 0.012 0.702 0.002 0.019 0.038 0.001 0.001 0.005 0.142 0.062 0.007 0.010 110 A 0.005 0.015 0.418 0.018 0.048 0.039 0.002 0.001 0.045 0.210 0.067 0.041 0.092 111 R 0.020 0.009 0.268 0.062 0.041 0.026 0.008 0.008 0.083 0.224 0.047 0.119 0.086 112 L 0.050 0.011 0.165 0.032 0.018 0.027 0.055 0.041 0.224 0.039 0.020 0.048 0.271 113 M 0.165 0.005 0.085 0.031 0.005 0.015 0.134 0.090 0.179 0.016 0.004 0.170 0.101 114 K 0.144 0.007 0.073 0.024 0.003 0.014 0.128 0.125 0.256 0.011 0.003 0.072 0.140 115 I 0.196 0.006 0.066 0.057 0.004 0.015 0.166 0.112 0.177 0.013 0.006 0.063 0.119 116 S 0.198 0.005 0.123 0.030 0.004 0.014 0.105 0.045 0.151 0.023 0.006 0.195 0.101 117 C 0.109 0.017 0.219 0.015 0.013 0.021 0.050 0.016 0.104 0.049 0.016 0.042 0.328 118 F 0.036 0.018 0.380 0.028 0.036 0.049 0.013 0.006 0.062 0.148 0.045 0.085 0.094 119 N 0.015 0.031 0.320 0.018 0.039 0.073 0.005 0.001 0.033 0.209 0.118 0.035 0.103 120 A 0.002 0.035 0.424 0.001 0.037 0.084 0.001 0.001 0.012 0.236 0.132 0.015 0.020 121 N 0.001 0.004 0.432 0.001 0.007 0.153 0.001 0.001 0.003 0.356 0.035 0.001 0.008 122 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.017 0.935 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 124 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 125 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 128 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 129 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 130 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.903 0.001 0.001 0.001 0.003 0.086 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.008 0.379 0.001 0.001 0.001 0.022 0.582 0.001 0.001 132 G 0.001 0.001 0.070 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.003 0.066 0.842 0.001 0.001 133 Y 0.001 0.014 0.775 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.044 0.085 0.019 0.003 0.046 134 Q 0.001 0.015 0.298 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.116 0.062 0.002 0.475 0.021 135 P 0.003 0.019 0.187 0.003 0.004 0.003 0.004 0.005 0.114 0.015 0.003 0.008 0.632 136 R 0.007 0.006 0.141 0.695 0.006 0.004 0.004 0.004 0.036 0.026 0.005 0.047 0.019 137 A 0.033 0.009 0.266 0.023 0.023 0.013 0.009 0.006 0.083 0.153 0.022 0.188 0.172 138 I 0.035 0.019 0.304 0.024 0.044 0.023 0.016 0.007 0.035 0.105 0.019 0.028 0.341 139 A 0.038 0.010 0.323 0.011 0.018 0.023 0.005 0.002 0.019 0.064 0.008 0.415 0.065 140 E 0.026 0.009 0.246 0.061 0.050 0.035 0.003 0.001 0.009 0.093 0.099 0.022 0.347 141 R 0.037 0.011 0.242 0.044 0.097 0.039 0.002 0.001 0.006 0.159 0.234 0.085 0.042 142 H 0.116 0.040 0.233 0.013 0.069 0.038 0.004 0.001 0.007 0.120 0.080 0.086 0.195 143 D 0.057 0.042 0.400 0.001 0.041 0.045 0.002 0.001 0.010 0.102 0.066 0.100 0.134 144 P 0.021 0.029 0.340 0.004 0.038 0.052 0.001 0.001 0.004 0.197 0.187 0.031 0.095 145 D 0.003 0.011 0.254 0.003 0.028 0.079 0.001 0.001 0.001 0.252 0.338 0.012 0.019 146 G 0.001 0.005 0.191 0.003 0.022 0.128 0.001 0.001 0.001 0.258 0.380 0.004 0.007 147 R 0.002 0.004 0.158 0.001 0.019 0.402 0.001 0.001 0.001 0.195 0.206 0.005 0.007 148 R 0.008 0.015 0.175 0.001 0.013 0.617 0.001 0.001 0.002 0.081 0.052 0.009 0.025 149 V 0.019 0.013 0.072 0.001 0.015 0.800 0.004 0.002 0.004 0.013 0.019 0.007 0.032 150 A 0.041 0.003 0.024 0.003 0.012 0.870 0.006 0.004 0.003 0.004 0.012 0.009 0.010 151 L 0.053 0.002 0.017 0.001 0.024 0.833 0.011 0.002 0.005 0.006 0.015 0.012 0.020 152 I 0.043 0.003 0.013 0.002 0.025 0.842 0.011 0.003 0.005 0.005 0.023 0.006 0.019 153 Q 0.057 0.003 0.016 0.003 0.025 0.791 0.015 0.001 0.005 0.010 0.043 0.010 0.020 154 M 0.060 0.006 0.034 0.004 0.022 0.616 0.012 0.001 0.004 0.016 0.177 0.018 0.032 155 D 0.040 0.005 0.149 0.007 0.014 0.368 0.007 0.001 0.003 0.081 0.227 0.034 0.066 156 K 0.006 0.008 0.379 0.002 0.012 0.176 0.001 0.001 0.002 0.227 0.057 0.070 0.060 157 P 0.001 0.015 0.336 0.004 0.020 0.177 0.001 0.001 0.002 0.222 0.118 0.009 0.096 158 L 0.001 0.020 0.523 0.002 0.018 0.083 0.001 0.001 0.002 0.164 0.153 0.013 0.020 159 E 0.001 0.007 0.905 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.034 0.024 0.002 0.007 160 P 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001