# TARGET T0374 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0374.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 772 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.009 0.062 0.084 0.102 0.113 0.017 0.524 2 Q 0.110 0.006 0.076 0.101 0.133 0.129 0.013 0.433 3 L 0.052 0.005 0.103 0.216 0.227 0.048 0.005 0.346 4 S 0.020 0.002 0.130 0.214 0.357 0.045 0.004 0.227 5 H 0.010 0.002 0.078 0.085 0.176 0.024 0.003 0.623 6 R 0.005 0.001 0.277 0.364 0.264 0.018 0.001 0.069 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 A 0.007 0.001 0.340 0.076 0.280 0.063 0.003 0.230 9 E 0.101 0.002 0.032 0.014 0.022 0.323 0.004 0.502 10 T 0.108 0.011 0.059 0.017 0.055 0.048 0.005 0.698 11 G 0.034 0.009 0.025 0.005 0.011 0.235 0.003 0.680 12 D 0.140 0.008 0.007 0.002 0.004 0.379 0.013 0.446 13 L 0.161 0.124 0.027 0.006 0.024 0.077 0.007 0.574 14 E 0.018 0.107 0.008 0.003 0.013 0.298 0.005 0.548 15 T 0.046 0.102 0.001 0.001 0.003 0.638 0.004 0.205 16 V 0.067 0.867 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.054 17 A 0.011 0.952 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.026 18 G 0.131 0.687 0.009 0.004 0.003 0.004 0.059 0.102 19 F 0.383 0.367 0.051 0.012 0.020 0.011 0.039 0.118 20 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 21 Q 0.015 0.062 0.027 0.015 0.033 0.120 0.009 0.719 22 D 0.210 0.123 0.024 0.007 0.005 0.092 0.023 0.516 23 R 0.221 0.180 0.035 0.007 0.012 0.049 0.012 0.484 24 D 0.118 0.181 0.043 0.019 0.026 0.139 0.013 0.462 25 E 0.116 0.209 0.041 0.017 0.028 0.129 0.018 0.443 26 L 0.152 0.327 0.021 0.018 0.032 0.114 0.020 0.316 27 F 0.155 0.366 0.036 0.031 0.040 0.062 0.026 0.284 28 Y 0.137 0.275 0.053 0.046 0.054 0.061 0.031 0.342 29 C 0.132 0.190 0.077 0.059 0.090 0.054 0.042 0.357 30 Y 0.108 0.085 0.065 0.092 0.122 0.059 0.015 0.454 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 32 K 0.020 0.017 0.024 0.035 0.070 0.120 0.007 0.707 33 A 0.290 0.026 0.029 0.016 0.021 0.078 0.021 0.519 34 I 0.272 0.066 0.046 0.029 0.040 0.079 0.020 0.448 35 W 0.128 0.035 0.054 0.032 0.043 0.092 0.006 0.610 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 37 F 0.024 0.024 0.014 0.013 0.041 0.125 0.003 0.755 38 S 0.098 0.080 0.011 0.008 0.012 0.159 0.009 0.624 39 V 0.067 0.239 0.008 0.005 0.013 0.081 0.004 0.582 40 A 0.036 0.607 0.006 0.004 0.008 0.085 0.003 0.251 41 Q 0.028 0.833 0.003 0.002 0.003 0.039 0.004 0.087 42 L 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.019 43 A 0.012 0.968 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.012 44 A 0.016 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 45 A 0.056 0.894 0.003 0.002 0.003 0.003 0.013 0.026 46 I 0.085 0.810 0.009 0.005 0.006 0.007 0.018 0.059 47 A 0.091 0.676 0.013 0.008 0.012 0.021 0.028 0.152 48 E 0.129 0.436 0.018 0.011 0.013 0.048 0.060 0.284 49 R 0.223 0.268 0.028 0.016 0.013 0.055 0.088 0.308 50 R 0.313 0.089 0.077 0.041 0.034 0.087 0.078 0.280 51 G 0.110 0.037 0.133 0.110 0.082 0.091 0.048 0.389 52 S 0.073 0.007 0.264 0.171 0.262 0.087 0.009 0.128 53 T 0.010 0.002 0.113 0.369 0.389 0.027 0.001 0.089 54 V 0.002 0.001 0.099 0.362 0.489 0.008 0.001 0.038 55 A 0.003 0.001 0.150 0.388 0.416 0.009 0.001 0.033 56 V 0.002 0.001 0.086 0.437 0.410 0.011 0.001 0.051 57 H 0.004 0.002 0.065 0.193 0.509 0.047 0.002 0.178 58 D 0.006 0.002 0.031 0.045 0.117 0.111 0.009 0.680 59 G 0.101 0.004 0.027 0.063 0.041 0.121 0.083 0.560 60 Q 0.521 0.001 0.027 0.019 0.030 0.279 0.018 0.106 61 V 0.010 0.001 0.059 0.099 0.073 0.081 0.003 0.673 62 L 0.007 0.002 0.078 0.286 0.510 0.043 0.001 0.072 63 G 0.007 0.002 0.116 0.263 0.374 0.045 0.002 0.191 64 F 0.007 0.003 0.131 0.221 0.476 0.036 0.002 0.124 65 A 0.005 0.006 0.112 0.402 0.420 0.019 0.001 0.036 66 N 0.015 0.006 0.078 0.215 0.522 0.046 0.003 0.114 67 F 0.014 0.009 0.111 0.263 0.463 0.029 0.004 0.108 68 Y 0.019 0.014 0.083 0.264 0.409 0.049 0.005 0.158 69 Q 0.024 0.016 0.036 0.128 0.228 0.058 0.010 0.501 70 W 0.053 0.027 0.057 0.094 0.205 0.073 0.012 0.479 71 Q 0.076 0.025 0.022 0.059 0.088 0.181 0.021 0.528 72 H 0.085 0.025 0.025 0.026 0.041 0.102 0.025 0.670 73 G 0.079 0.032 0.032 0.026 0.033 0.099 0.025 0.674 74 D 0.089 0.018 0.036 0.028 0.027 0.146 0.020 0.637 75 F 0.093 0.018 0.065 0.045 0.073 0.120 0.011 0.575 76 C 0.077 0.037 0.136 0.188 0.256 0.107 0.008 0.190 77 A 0.041 0.028 0.149 0.217 0.312 0.099 0.008 0.145 78 L 0.034 0.043 0.127 0.215 0.387 0.040 0.005 0.150 79 G 0.020 0.030 0.139 0.261 0.323 0.046 0.010 0.171 80 N 0.060 0.018 0.110 0.162 0.187 0.084 0.020 0.360 81 M 0.081 0.023 0.232 0.180 0.251 0.054 0.014 0.165 82 M 0.051 0.012 0.118 0.168 0.318 0.080 0.010 0.242 83 V 0.020 0.029 0.152 0.142 0.223 0.049 0.013 0.373 84 A 0.018 0.022 0.120 0.171 0.219 0.055 0.003 0.392 85 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 86 A 0.006 0.014 0.014 0.027 0.124 0.222 0.003 0.591 87 A 0.426 0.151 0.015 0.010 0.012 0.080 0.015 0.291 88 R 0.193 0.627 0.012 0.011 0.010 0.026 0.013 0.108 89 G 0.346 0.408 0.028 0.010 0.008 0.014 0.026 0.160 90 L 0.145 0.400 0.095 0.010 0.011 0.038 0.015 0.287 91 G 0.079 0.312 0.016 0.009 0.015 0.101 0.017 0.450 92 V 0.046 0.724 0.026 0.008 0.010 0.039 0.006 0.141 93 A 0.021 0.711 0.015 0.004 0.010 0.082 0.007 0.150 94 R 0.011 0.906 0.004 0.001 0.002 0.012 0.002 0.063 95 Y 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 96 L 0.013 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.030 97 I 0.006 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 98 G 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 99 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 100 M 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 101 E 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 102 N 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 103 L 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 104 A 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 105 R 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 106 E 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 107 Q 0.024 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 108 Y 0.126 0.758 0.008 0.002 0.001 0.003 0.054 0.047 109 K 0.083 0.618 0.086 0.010 0.009 0.027 0.031 0.136 110 A 0.052 0.477 0.051 0.017 0.020 0.057 0.028 0.297 111 R 0.104 0.454 0.068 0.030 0.023 0.063 0.035 0.223 112 L 0.062 0.316 0.162 0.049 0.045 0.081 0.014 0.270 113 M 0.037 0.208 0.161 0.259 0.157 0.052 0.012 0.114 114 K 0.034 0.107 0.148 0.235 0.266 0.042 0.009 0.159 115 I 0.015 0.076 0.150 0.320 0.345 0.021 0.004 0.069 116 S 0.010 0.076 0.134 0.326 0.342 0.020 0.004 0.088 117 C 0.017 0.074 0.108 0.195 0.340 0.031 0.008 0.228 118 F 0.035 0.088 0.199 0.149 0.278 0.058 0.009 0.183 119 N 0.037 0.122 0.054 0.105 0.122 0.093 0.017 0.450 120 A 0.075 0.144 0.066 0.024 0.055 0.093 0.017 0.527 121 N 0.087 0.135 0.019 0.010 0.019 0.190 0.021 0.519 122 A 0.084 0.226 0.015 0.006 0.014 0.124 0.011 0.519 123 A 0.027 0.341 0.004 0.003 0.005 0.174 0.005 0.441 124 G 0.042 0.602 0.004 0.002 0.005 0.180 0.007 0.159 125 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 127 L 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 128 Y 0.006 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 129 T 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 130 Q 0.008 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 131 L 0.047 0.888 0.005 0.005 0.002 0.001 0.034 0.020 132 G 0.670 0.044 0.015 0.008 0.004 0.005 0.185 0.070 133 Y 0.070 0.047 0.644 0.027 0.022 0.015 0.028 0.147 134 Q 0.031 0.012 0.172 0.154 0.136 0.057 0.007 0.431 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 136 R 0.004 0.002 0.360 0.114 0.230 0.078 0.002 0.208 137 A 0.082 0.010 0.163 0.082 0.050 0.055 0.005 0.553 138 I 0.055 0.012 0.110 0.095 0.211 0.048 0.006 0.462 139 A 0.071 0.016 0.083 0.093 0.185 0.122 0.002 0.428 140 E 0.036 0.027 0.051 0.086 0.107 0.114 0.010 0.569 141 R 0.067 0.029 0.026 0.065 0.101 0.111 0.017 0.584 142 H 0.273 0.029 0.021 0.040 0.079 0.084 0.026 0.448 143 D 0.073 0.037 0.031 0.130 0.121 0.086 0.011 0.511 144 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 145 D 0.016 0.006 0.006 0.019 0.045 0.544 0.008 0.357 146 G 0.428 0.011 0.006 0.008 0.009 0.057 0.033 0.448 147 R 0.115 0.020 0.013 0.009 0.011 0.538 0.008 0.286 148 R 0.073 0.021 0.010 0.024 0.028 0.343 0.008 0.492 149 V 0.125 0.095 0.019 0.074 0.169 0.212 0.005 0.301 150 A 0.046 0.084 0.019 0.200 0.430 0.116 0.004 0.102 151 L 0.022 0.177 0.013 0.273 0.397 0.036 0.003 0.079 152 I 0.015 0.257 0.012 0.231 0.435 0.013 0.003 0.033 153 Q 0.019 0.305 0.008 0.292 0.338 0.012 0.006 0.021 154 M 0.039 0.348 0.020 0.239 0.286 0.008 0.014 0.045 155 D 0.078 0.214 0.038 0.181 0.292 0.019 0.060 0.121 156 K 0.208 0.085 0.044 0.183 0.167 0.049 0.033 0.230 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 158 L 0.015 0.016 0.020 0.050 0.130 0.088 0.016 0.665 159 E 0.415 0.009 0.020 0.023 0.022 0.104 0.016 0.390 160 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999